자료상으로부터 수취한 세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서인지 여부

1. 피고가 2007. 5. 9. 원고에 대하여 한 2001년 1기분 부가가치세 1,771,220원, 2003년 2기분 부가가치세 2,301,140원, 2001년 귀속 종합소득세 4,882,280원, 2003년 귀속 종합소득세 7,901,630원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문 기재와 같다.

• 가. 원고는 1990.11.1.부터 2004. 5. 31.까지 서울 ○○구 ○○동 XXX-XX에서 ‘○○○’라는 상호로 금은세공 등의 제조업을 영위하는 사업자로, 소외 주식회사 □□□□(이하 ‘소외 회사’라 한다.)로부터 2001년 1기 과세기간 중 공급가액 8,000,000원의 세금계산서와 2003년 2기 과세기간 중 공급가액 14,999,000원의 세금계산서(이하 위 각 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 각 수취하여 각 과세기간의 부가가치세 신고시 이를 매입세액으로 공제하고, 종합소득세 신고시 필요경비로 산입하였다.
• 나. 피고는 ○○세무서장으로부터 소회 회사가 실물거래 없이 세금계산서를 발행하는 자료상이라는 통보를 받고, 이에 근거하여 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 발행한 허위의 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하고, 매입금액을 필요경비 불산입하여 2007. 5. 9. 원고에게 주문 제1항 기재와 같이 각 부가가치세 및 종합소득세를 증액경정․고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.
• 다. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2007. 8. 3. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 10. 23. 기각결정을 하였다. [인정근거] 갑 제1, 2호증, 을3 내지 6호증의 각 기재

• 가. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 나. 판단 1)세금계산서가사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대해 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

2. 이 사건에 관하여 보건대, 을 제1호증의 기재에 의하면, ○○세무서장은 2004. 12. 29. 소외 회사와 소회 회사의 대표이사 김○○에 대하여 가공세금계산서를 발행하는 자료상으로 조사하여 고발한 사실은 인정된다. 그러나 한편 갑 제5.6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ①원고는 2003. 7. 29. 소외 회사에 이 사건 세금계산서 중 2003년 2기분 세금계산서의 거래대금에 해당하는 16,600,000원을 송금한 사실, ②○○세무서장이 위와 같이 소외 회사와 김○○을 조세범처벌법위반 혐의로 고발한 사건에 대하여 서울중앙지방검찰청은 2005. 12. 23. 소회 회사와 김○○에 대하여 각 혐의없음 처분을 한 사실에 각 비추어 보면, 위와 같이 소회 회사가 자료상으로 고발되었다는 사정만으로는 이 사건 세금계산서가 실물 거래를 동반하지 아니한 허위의 세금계산서라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 아무런 자료가 없다.

그렇다면, 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.