여러 토지에 대하여 하나의 매매계약 체결시 일부토지의 매출원가 산정방법

1. 피고의 2007. 8. 13.자 원고에 대한 2005년 귀속 종합소득세 43,890,920원의 부과처분 중 30,192,871원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 8. 13.(소장 청구취지 란에 기재된 처분일자 2007. 8. 1.은 오기로 보인 다) 원고에 대하여 한 2005년 귀속 종합소득세 43,890,920원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 주식회사 주○인베스트(이하 ‘소외 회사’라고 한다)의 대표이사이고, 소외 회사는 부동산 매매업을 영위하는 법인이다.
• 나. 피고는 소외 회사에 대한 세무조사결과 소외 회사가 경기양평군 양○면 계○리112-3 임야 64㎡, 같은 리 112-5 임야 22,406㎡ 합계 3필지 33,817㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 손○영으로부터 1,019,500,000원에 취득한 후 31필지로 분할하여 김○수 등 43인에게 2,529,685,000원에 매도하였으나 이를 2005년 사업연도 법인세 과세 표준에 산입하여 신고하지 아니한 사실을 밝혀내어, 2006. 8. 30. 소외 회사에 대하여 2005년 사업연도 법인세 144,970,800원을 부과하겠다는 취지의 과세예고를 하였다.
• 다. 이에 소외 회사는 2006. 10. 2. 피고에게 이 사건 토지 31필지 중 8필지 8,356㎡ (이하 ‘이 사건 분할양도토지’라고 한다)는 주식회사 호○랜드(이하 ‘호○랜드’라고 한 다)가 미등기 전매로 처분한 것으로 그 매매가액 568,900,000원은 호○랜드에 귀속된 것이므로 이를 소외 회사의 매출액에서 제외하여야 한다는 취지의 과세전적부심사청구를 하자, 피고는 2006. 11. 8. 이를 받아들여 2005년 사업연도 소외 회사의 매출액에서 이 사건 분할양도토지에 대한 호○랜드의 처분가액 568,900,000원을 공제하고 그에 대응하는 매출원가 251,913,000원을 소외 회사의 매출원가에서 공제하기로 하여 소외 회사의 소득금액을 142,681,000원으로 결정한 후, 위 소득금액에 관하여 대표자인 원고에 대한상여로 소득처분하였다.
• 라. 이에 따라 피고는 2007. 8. 13. 원고에 대하여 2005년 귀속 종합소득세 43,890,920원을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 종전 처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 이 사건 종전 처분에 불복하여 2007. 9. 27. 조세심판원에 심판청구를 하자, 조세심판원은 2008. 6. 26. ‘소외 회사가 이 사건토지 취득시 납부한 취득세 등 22,928,280원 및 등록세 등 24,552,000원 합계 47,480,280원에서 이 사건토지 면적 (33,817㎡)에 대한 이 사건 분할양도토지 면적(8,356㎡)의 점유비율에 47,480,280원을 곱한 금액을 차감한 금액은 소외 회사의 매출누락에 대응하는 매출원가에 해당하므로 이를 제외하여 산정한 소득금액을 기준으로 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 청구는 이를 기각한다’는 취지의 결정을 하였다.
• 바. 이에 따라 피고는 2008. 9. 9. 이 사건 종전 처분의 세액인 43,890,920원을 30,192,871원으로 감액ㆍ결정하였다(이하 위와 같은 감액되어 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑제1, 2, 3호증, 을제1 내지 4, 6, 7,호증의 각 기재, 변 론 전체의 취지]

2. 이 사건 종전 처분 중 30,192,871원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분의 적법여부 직권으로 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 당초 부과한 이 사건 종전 처분의 세액 43,890,920원을 30,192,871원으로 감액하여 경정ㆍ고지하였는바, 이와 같이 부과처분이 감액ㆍ경정되면 당초 처분에서 감액된 부분은 소급하여 효력을 잃게 된다고 할 것이므로, 그에 대한 취소를 구하는 것은 소의 이익이 없게 된다. 따라서, 이 사건 종전 처분 중 30,192,871원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

• 가. 원고의 주장 피고의 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1. 피고는 2005년 사업연도 소외 회사의 소득금액을 결정함에 있어 수입금액은 실지귀속에 따라 결정하면서 대응원가는 실지귀속에 따라 결정하지 아니한 채 이 사건 분할양도토지의 매출원가를 이 사건 토지의 매출원가에 대한 이 사건 분할양도토지의 이 사건토지 대비 면적비율에 의한 안분계산 금액으로 결정하였는데, 이와 달리 매출 원가를 실지귀속에 따라 계산하면 손금부인액은 251,913,000원이 아닌 호○랜드가 손○영에게 이 사건분할양도토지의 매매대금으로 실제로 지급한 100,000,000원이 된다.

2. 가사 피고의 주장대로 251,913,000원을 손금부인액으로 본다고 하더라도 손금 부인한 위 금액의 귀속자는 호○랜드이므로 법인세법 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 다목의 규정에 따라 대표자 상여처분이 아닌 기타 사외유출의 소득처분이 이루어져야 할 것이다.

3. 당기순이익은 소득처분의 대상이 아니고 익금에 산입한 금액만이 소득처분의 대상인데, 피고는 2005년 사업연도 법인세 과세표준을 실지조사 결정함에 있어 소외 회사의 익금에 산입한 금액이 아닌 당기순이익 142,681,414원에 관하여 대표자 상여처분을 하였다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫 번째 주장에 관한판단 원고 제출의 각 증거인 갑제1, 2, 3호증, 갑제4호증의 1 내지 4, 갑제5, 6, 7호증의 각 기재만으로는 호○랜드가 이 사건분할양도토지의 매매대금으로 1억 원을 지급하였다는 취지의 원고의 주장을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 이 사건 토지에 대하여 하나의 매매계약이 체결된 것으로 보여 이 사건 토지 의 매출원가에서 공제하는 이 사건 분할양도토지의 매출원가를 명확히 구분하는 것은 어려우므로 이 사건 분할양도토지의 매출원가를 이 사건 토지의 매출원가에 대한 이 사건 분할양도토지의 이 사건 토지 대비 면적비율에 의한 안분계산 금액으로 산정한 것은 실질과세의 원칙에 부합하는 정당한 산정방법이라 봄이 상당하다. 따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

2. 두 번째 주장에 관한 판단 을제1, 2, 3호증의 각 기재에 의하면, 피고는 이 사건분할양도토지의 매출원가 251,913,000원에 대하여 대표자 상여처분을 한 것이 아니라, 당초 과세예고 통보 당시 소외 회사가 매출누락하였다고 본 소득금액 459,668,413원에서 호○랜드에 귀속되는 소득금액 316,987,000원(= 이 사건분할양도토지의 매출액 568,900,000원 - 위 토지의 매출원가 251,913,000원)을 공제한 차액 인 142,681,413원(= 459,668,413원 - 316,987,000 원)에 대하여 대표자 상여처분을 하였음을 인정할 수 있으므로 원고의 이 부분주장 역시 이유 없다.

3. 세 번째 주장에 관한 판단 을제3호증의 기재에 의하면 피고가 원고에 대하여 상여처분한 142,681,413원의 금액은 피고가 소외 회사의 2005년 사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어 익금에 산입한 금액임을 인정할 수 있으므로 원고의 이 부분 주장도 이유없다(원고는 소외회사가 이 사건 토지의 매출과 관련한 소득금액에 대하여 장부상 기장하였음에도 불구하고 단지 이를 법인세 과세표준에 산입하여 신고하지 못하였을 뿐이므로, 위 소득금액은 대표자 상여처분의 대상이 되는 익금에 산입된 금액이 아니라는 취지로도 주장하고 있으나, 을제3호증의 기재에 의하면 소외 회사가 이 사건 토지의 매출과 관련한 소득금액을 장부상 기장하였다는 취지의 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제7호증의 기재는 믿기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다).

그렇다면, 이 사건 종전 처분 중 30,192,871원을 초과하는 세액의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.