개인 명의 특별부가세 일부를 부담한 것을 법인의 법인세로 본 처분의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 5. 1. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 250,536,570원의 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1994. 1. 19. 주택건설업 및 주택공급업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 1997년경과 1998년경 주식회사 신○○(이하 ‘신○○’이라고 한다)과 사이에 서울 ○○구 ○○동 ○○-○, ○에서 ○○동 복합변전소 건물을 신축하여 분양 및 임대하는 사업(이하 ‘이 사건 ○○동 사업’이라고 한다)과 서울 ○○구 ○○○동 ○○○○-○, ○, ○○에서 교대복합변전소 건물을 신축하여 분양 및 임대하는 사업(이하 ‘이 사건 ○○동 사업’이라고 한다)을 공동으로 시행하기로 하는 내용의 협약을 체결하였다.
• 나. ○○○세무서장은 2003. 6. 2. 신○○에 대하여 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지 및 건물에 대한 1999 사업연도 특별부가세 711,694,230원, 2000 사업연도 특별부가세 698,146,360원, 2001 사업연도 특별부가세 77,214,800원 등 합계 1,487,055,390원의 특별부가세를 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 원고 회사는 2003. 6. 4. 신○○과 사이에, ○○○세무서장이 위와 같이 신○○에 대하여 부과한 특별부가세에 관하여, 원고 회사가 그 중 본세는 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 5/9를, 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 1/2을 각 부담하고, 가산세는 전액을 부담하기로 하는 내용의 합의를 한 후, 신○○에게 2003. 7. 9. 1,054,590,332원, 2003. 10. 9. 105,139,990원 등 합계 1,159,730,322원(주민세 부담분 포함, 이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라고 한다)을 지급하였다.
• 라. 원고 회사는 2004. 3. 31. 이 사건 쟁점금액을 잡손실로 계상한 후, 이를 손금불산입 항목으로 세무조정하여 2003 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.
• 마. 원고 회사는 2007. 3. 2. 피고에 대하여 “이 사건 쟁점금액은 원고 회사에게 부과된 법인세가 아니라 동동사업에 대한 정산 이후 신○○에게 추가로 발생된 사업비용을 분담한 것이므로, 손금불산입 대상에 해당하지 않는다”고 주장하며 2003 사업연도 법인세 250,536,570원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2007. 5. 1. 원고 회사에 대하여 “이 사건 쟁점금액의 실질은 법인세에 해당하므로 법인세법 제21조 제1호 에 의하여 손금불산입으로 세무조정하여야 한다”는 이유로 원고 회사의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다.
• 사. 원고 회사는 이 사건 거부처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2008. 1. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 5. 2. 원고 회사의 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 6, 7, 을 제3호증의 각 기재

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고 회사의 주장 원고 회사는 실제 이 사건 각 사업의 시공자에 불과하고, 이 사건 쟁점금액은 원고 회사가 이 사건 각 사업의 시행자인 신○○으로부터 과다하게 지급은 공사대금 내지는 사업이익금을 신○○에게 부당이득으로 반환한 것으로서, 원고 회사에게 부과된 법인세가 아니므로, 이 사건 쟁점금액은 2003 사업연도의 익금에서 차감되어야 할 것에 해당한다. 따라서 이와 달리 이 사건 쟁점금액을 손금불산입 대상에 해당하는 원고 회사에게 부과된 법인세로 보고 한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 국세기본법 제14조 (실질과세) 국세기본법 제25조 (연대납세의무) 법인세법 제15조 (익금의 범위) 법인세법 제19조 (손금의 범위) 법인세법 제21조 (제세공과금의 손금불산입) 법인세법 제99조 (과세표준)
• 다. 인정사실

1. 원고 회사와 신○○은 1997년경과 1998년경 이 사건 각 사업에 관하여 협약을 체결하면서 아래와 같은 내용이 기재된 협약서를 각 작성하였다. 신○○과 원고 회사는 복합건물을 신축하여 분양 및 임대하는 사업을 공동 시행키로 하고 다음 사항을 협약한다. 제1조 (목적) 본 약정은 이 사건 각 사업 시행과 관련하여 상호 신뢰를 바탕으로 공동사업을 정상적으로 추진, 본 사업의 이익을 극대화 시키며 사업종료시 이익 또는 손실을 약정한 비율에 따라 배분하여 예상되는 분쟁을 최소화시키고 원활한 사업추진을 위하여 신○○과 원고 회사가 상호 합의하여 본 약정서를 작성한다. 제3조 (시행 및 시공방법) 신○○과 원고 회사의 지불을 90:10으로 시행한다(이 사건 ○○동 사업). 신○○을 시행자로 하고 원고 회사를 시공자로 한다(이 사건 ○○동 사업). 제4조 (이익의 배분율) 이 사건 각 사업으로 인해 발생된 이익에 대해 신○○과 원고 회사는 40:60(이 사건 ○○동 사업)과 50:50(이 사건 ○○동 사업)으로 배분한다. 제5조 (관련세금의 부담) 신○○과 원고 회사는 이 사건 각 사업과 관련된 모든 제세공과금에 대해서는 공통비용으로 계산하고 이익 배분으로 인해 발생되는 세금은 이익의 귀속자가 각각 부담한다.

2. 원고 회사와 신○○은 위 협약 체결 당시 이 사건 각 사업을 진행하는 과정에서 토지의 취득 및 자금조달과 관련된 부분은 신○○이 담당하고, 사업시행 인ㆍ허가 및 건설공사 시공과 관련된 부분은 원고 회사가 담당하기로 그 역할을 분담하였고, 이에 따라 1997. 5. 23. 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 “원고 회사가 1997. 2. 3.부터 1999. 6. 30.까지 사이에 도급금액 130억 1,200만원(부가가치세 별도, 이하 같다)에 복합건물의 신축공사를 하기로 하는 내용”의 건축공사표준계약서를, 1998. 3. 10. 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 “원고 회사가 1998. 3. 12.부터 2001. 12. 31.까지 사이에 도급금액 120억 원(이후 13,709,484,365원으로 변경)에 복합건물의 신축공사를 하기로 하는 내용”의 건축공사표준계약서를 각 작성하였다.

3. 원고 회사는 1998. 10.경 신○○과 사이에, 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 신○○의 이익금을 20억 원으로 하기로 합의하였다.

4. 신○○은 이 사건 ○○동 사업과 관련된 토지에 관하여 1997. 7. 1. 소유권을 취득한 후 1997. 7. 19. 원고 회사에게 그 중 1/10 지분에 관하여 소유권을 이전하였고, 이 사건 ○○동 사업으로 인하여 신축된 건물에 관하여 1999. 7. 23. 소유권보존등기를 경료하였으며, 이 사건 ○○동 사업과 관련된 토지에 관하여 1998. 5. 15. 소유권을 취득하였고, 이 사건 ○○동 사업으로 인하여 신축된 건물에 관하여 2000. 11. 1. 소유권보존등기를 경료하였다.

5. 원고 회사는 2003. 6. 4. 신○○과 사이에, ○○○세무서장이 신○○에 대하여 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지(원고 회사 소유의 명의로 되어 있던 이 사건 ○○동 사업과 관련된 토지 중 1/10 지분은 제외) 및 건물의 양도차익을 과세표준으로 하여 부과한 합계 1,487,055,390원의 특별부가세에 관하여, 원고 회사가 그 중 본세는 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 5/9를, 이 사건 ○○동 사업과 관련된 부분에 대하여는 1/2을 각 부담하고, 가산세는 전액을 부담하기로 하는 내용의 합의를 한 후, 신○○에게 2003. 7. 9.과 2003. 10. 9. 두 차례에 걸쳐 합계 1,159,730,322원의 이 사건 쟁점금액을 지급하였다.

6. 원고 회사는 2004. 3. 31. 이 사건 쟁점금액을 잡손실로 계상한 후, 이를 손금불산입 항목으로 세무조정하여 2003 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였고, 신○○은 2003 사업연도 소득금액을 계산하면서 ○○○세무서장이 부과한 위 특별부가세 등 총 1,635,760,937원(주민세 포함) 중 자신이 실제 부담한 479,220,977원(주민세 포함)만을 법인세추납액으로 하여 손금불산입 하였다. [인정근거] 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 6, 7, 갑 제15호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 원고 회사가 이 사건 각 사업의 공동사업자에 해당하는지 여부

• 가) 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 회사가 신○○과 사이에 이 사건 각 사업에 관하여 협약을 체결하면서 이 사건 각 사업을 동동으로 시행하여 이 사건 각 사업으로 인하여 발생된 이익을 일정한 비율에 따라 배분하기로 하는 내용이 기재된 협약서를 각 작성한 점, ② 원고 회사가 위 협약 체결 이후 신○○과 사이에 “원고 회사가 시공자로서 이 사건 각 사업과 관련된 복합건물의 신축공사를 한다”는 내용의 건축공사표준계약서를 각 작성한 바 있기는 하지만, 이는 원고 회사와 신○○ 사이에 위 협약 체결 당시 이루어진 “이 사건 각 사업을 진행하는 과정에서 토지의 취득 및 자금조달과 관련된 부분은 신○○이 담당하고, 사업시행 인ㆍ허가 및 건설공사 시공과 관련된 부분은 원고 회사가 담당하기로 한다”는 내용의 역할분담에 관한 합의에 따른 것으로 보이는 점, ③ 원고 회사와 신○○이 위와 같이 건축공사표준계약서를 각 작성하기 이전 또는 이후에 그전에 작성된 위 협약서의 내용을 무효화시킨 바 없고, 오히려 원고 회사와 신○○은 위 각 건축공사표준계약서가 작성된 이후인 1998. 10.경 이 사건 ○○동 사업과 관련하여 신○○의 이익금을 20억 원으로 하기로 합의한 바 있는 점, ④ 원고 회사와 신○○이 이 사건 각 사업의 종료 이후 실제 이 사건 각 사업으로 인해 발생된 이익을 서로 배분한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고 회사는 단순한 이 사건 각 사업의 시공자가 아닌 이 사건 각 사업의 공동사업자에 해당한다 할 것이다.
• 나) 따라서 이와 다른 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 쟁점금액의 실질이 원고 회사가 납부할 법인세에 해당하는지 여부

• 가) 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 공동사업자는 공동사업 또는 당해 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 국세를 연대하여 납부할 의무가 있으므로, 신○○과 공동사업자 관계에 있는 원고 회사는 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지 및 건물의 양도차익에 대한 특별부가세를 신○○과 연대하여 납부할 의무를 부담하는 점, ② 이 사건 각 사업과 관련된 각 토지 및 건물의 양도차익은 원고 회사와 신○○이 이 사건 각 사업의 종료 이후 서로 배분하여야 할 이 사건 각 사업으로 인해 발생된 이익에 해당하는 점, ③ 원고 회사와 신○○ 사이에 위와 같이 각 작성된 협약서에는 “이익배분으로 인해 발생되는 세금은 이 익의 귀속자가 각각 부담한다”고 기재되어 있고, 원고 회사는 이에 따라 신○○과 사이에 ○○○세무서장이 신○○에 대하여 부과한 위 특별부가세를 그 이익배분 비율 등에 따라 분담하기로 합의한 후, 그에 상응하는 이 사건 쟁점금액을 신○○에게 지급한 것으로 보이는 점, ④ 원고 회사와 신○○은 위와 같이 특별부가세를 각 분담한 후, 당초에 2003 사업연도 소득금액을 계산하면서 위와 같이 자신들이 각자 부담한 부분들에 대하여 이를 손금불산입 항목으로 세무조정한 바 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 쟁점금액은 실질적으로 원고 회사가 원고 회사의 소득 중에서 납부할 법인세에 해당한다 할 것이다.
• 나) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고 회사의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.