장부에 계상하지 않은 외주공사비를 추가로 인정하여야 하는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 1. 2. 원고에 대하여 한 법인세 33,031,069원의 부과처분 및 원천징수분 근로소득세 40,917,530원의 징수고지 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 홍○혜로부터 인천 ○○구 ○○동 ○○○ ○○○상가 지하 1층 ‘25시 ○○보석사우나’와 관련한 헬스 및 사우나 시설공사(이하 이 사건 공사라 한다)를 공사대금 1,507,000,000원(부가가치세 포함, 공급가액: 1,370,000,000원)에 도급받아 이를 시행하였는바, 이와 관련하여 2001. 제1기에 770,000,000원(공급가액: 700,000,000원) 상당의 매출세금서만을 발행하고, 2001 사업연도 법인세와 관련하여 공사수입금액을 위 770,000,000원으로 하고, 공사원가 675,735,657원(장부상 외주공사비: 261,104,220원, 장부상 기타비용: 414,631,437원), 공사이익 24,264,343원으로 하여 법인세 신고를 마쳤는바, 원고가 이 사건 공사와 관련하여 수입금액 및 공사원가를 장부에 계상한 내역은 아래와 같다. 수입금액 및 공사원가 계정과목 금액 계정과목 금액 Ⅰ. 수입금액 700,000,000

8. 운반비 4,817,000 Ⅱ. 공사원가 675,735,657

9. 전력비 0

150,744,873

10. 외주공사비 261,104,220

173,730,000

11. 통신비 214,550

351,260,784

12. 수도광열비 0

1. 복리후생비 23,548,900

13. 소모품비 20,450,610

2. 감가상각비 2,978,104

14. 지급수수료 9,750,000

3. 차량유지비 2,072,000

15. 사무용품비 3,000

4. 폐기물수수료 19,095,000

16. 소모공구비 2,684,850

5. 수선비 415,000 17)도서인쇄비 47,550

6. 중기임차료 2,265,000

7. 여비교통비 1,815,000 Ⅲ. 공사손익 24,264,343

• 나. 이에 피고는 실지조사결과를 토대로 2005. 12. 9. 원고에게 공사대금과 매출세금계산서상의 차액 737,000,000원(공급가액: 670,000,000원)을 원고 대표이사에 대한 2001. 귀속 상여로 처분하여 소득금액변동통지를 하고, 2006. 1. 2. 원고에 대하여 위 차액 737,000,000원에 대하여 세금계산서를 미발행하고 부가가치세 및 법인세를 과소신고하였다는 이유로 2001. 제2기 부가가치세 123,213,000원과 2001 사업연도 법인세 336,356,000원을 부과하고, 위 인정 상여에 대한 원천징수분 갑종 근로소득세 275,226,000원의 징수를 고지하였다(이하 뒤에서 감액된 부분을 제외한 각 나머지를 이 사건 부과 및 징수처분이라 한다)
• 다. 한편, 피고가 실지조사결과 확정한 이 사건 공사수입과 공사내역은 아래와 같다. 구 분 실지발생액 장부계상액 장부미계상액 Ⅰ. 수입금액 1,250,417,727 700,000,000 550,417,727 Ⅱ. 공사원가 1,131,334,437 675,735,657 455,598,780

215,817,818 150,744,873 65,072,945

318,600,000 173,730,000 144,870,000

596,916,619 351,260,784 245,655,835

1. 복리후생비 23,548,900 23,548,900 0

2. 감가상각비 2,978,104 2,978,104 0

3. 차량유지비 2,072,000 2,072,000 0

4. 폐기물수수료 19,413,182 19,095,000 318,182

5. 수선비 415,000 415,000 0

6. 중기임차료 11,592,273 2,265,000 9,327,273

7. 여비교통비 2,077,000 1,815,000 262,000

8. 운반비 4,817,000 4,817,000 0

9. 전력비 0 0 0

10. 외주공사비 469,822,402 261,104,220 208,718,182

11. 통신비 214,550 214,550 0

12. 수도광열비 11,845,380 0 11,845,380

13. 소모품비 35,635,428 20,450,610 15,184,818

14. 지급수수료 9,750,000 9,750,000 0

15. 사무용품비 3,000 3,000 0

16. 소모공구비 2,684,850 2,684,850 0

17. 도서인쇄비 47,550 47,550 0 Ⅲ. 공사손익 119,083,290 24,264,343 94,818,947

• 라. 피고는 2008. 3.경 국세청장의 2008. 3. 24.자 심사청구 결과에 따라 원고에 대한 법인세에 관하여 매출과소 신고금액으로 익금산입한 670,000,000원을 550,417,727원으로 조정하고(공사수입금액 공급가액 포함 1,375,459,500원) 원고가 당초 법인세 신고시에 누락한 관련 공사원가 455,598,780원을 손금에 산입하는 것으로 하여{공사원가 합계 1,131,334,437원=외주공사비(장부 미계상분 포함) 469,822,402원+기타비용(장부미계상분 포함) 661,512,035원} 2006. 1. 2.자 법인세를 33,031,069원으로 감액하고, 2005. 12. 9.자 인정상여 금액을 149,760,720원으로 하여 위 종합소득세액과 징수고지세액을 40,917,526원으로 감액하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6호증, 을 1 내지 6호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재

2. 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 피고는 원고가 당초 법인세 신고시에 누락한 이 사건 공사원가 455,598,780원만을 손금에 산입하였으나, 그 외 원고가 장부에 계상하지 아니한 이 사건 공사와 관련 외주공사비 240,954,728원을 추가로 인정하여야 하고, 그렇게 되면 원고는 이 사건 공사로 오히려 손실을 보게 되었으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단 과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락 하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락 사실을 주장ㆍ입증하여야 하는바(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등 참조), 갑 7 내지 10호증, 11호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 원고가 매출과 매입에 관련된 장부를 제시하지 않고 있어 원고가 매출누락액에 대응하는 매출원가를 별도로 지출하였고, 그 신고를 누락한 사실을 인정하기에 부족하고 그 밖에 이를 인정할 증거가 없으므로(오히려 을 3, 4호증의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 공사와 관련하여 공사현장에서 공사비를 바로 지출할 수 있도록 현장관리책임자에게 전도금을 지급하고 추후에 정산서를 작성하여 이를 정산하였고, 원고는 심사청구절차에서 위 정산내역 등을 바탕으로 장부에 계상되지 아니한 일부 외주공사비를 지출한 것으로 인정받았으나, 원고가 이 사건에서 추가로 주장하는 외주공사비는 위 정산내역에 포함되어 있지도 아니하다), 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.