물류유통단지 개발사업권 취득이 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부

1. 피고가 2007.2.1. 원고에 대하여 한 2006년 제1기 부가가치세 250,000,000원의 환급거부처분, 부가가치세 24,740,000원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문 제1항과 같다.

• 가. 원고는 패션유통물류센터 개발업, 부동산개발 및 분양업 등을 목적으로 2006.11.30. 설립된 법인이다.
• 나. 원고는 2006.2.경 주식회사 ○○코리아(이하 소외 회사라 한다)와 용역대금을 25억 원으로 하여 소외 회사가 대구 ○○○씨 ○○공파 ○○공후손 ○○종중(이하 소외 종중이라 한다) 소유의 이천시 ○○면 ○○리 산48-○, 산49-○, 같은 시 ○○면 ○○리 산51-○, 산52-○ 일대 임야 1,247,270㎡ 중 684.348㎡(이하 이 사건 토지라 한다)에 관하여 추진해 온 물류유통단지 조성사업(이하 이 사건 사업이라 한다)의 사업권 및 이 사건 사업의 우선협상권 등을 양수하기로 하는 내용의 계약(이하 이 사건 계약이라 한다)을 체결하였다.
• 다. 원고는 같은 해 5.2 이 사건 계약에 따라 소외 회사에 25억 원(이하 이 사건 금액이라 한다)을 지급하면서 공급가액 25억 원, 매입세액 2억 5천만 원(이하 이 사건 매입세액이라 한다)의 세금계산서를 교부받았고, 매출세액을 0원, 매입세액을 이 사건 매입세액을 포함한 250,130,000원으로 하여 2006년 제1기 부가가치세를 신고하였다.
• 라. 피고는 원고에 대하여 세무조사결과 이 사건 금액이 이 사건 토지의 취득과 관련하여 지급한 대가로서 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제60조 제6항에서 정한 토지관련 매입세액에 해당된다고 판단하여, 2007.2.7. 원고에게 2006년 제1기 부가가치세의 과세표준에서 이 사건 매입세액 상당액을 불공제한 후 세금계산서 기재불성실 가산세 24,740,000원을 경정ㆍ고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 국세심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2007.10.22. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 제5호증의 1, 2, 을 제1, 2허증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 금액은 원고가 소외 회사로부터 이 사건 사업에 관한 사업권 일체를 양수로 하고 위 사업이 완료될 때까지 컨설팅 용역을 제공받는 데 대한 대가로 지급한 것으로서 이 사건 토지의 가치를 실질적으로 증대시키는 것이 아니므로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당되지 않는다. 따라서 이와 달리 이 사건 금액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 공제하지 않고 세금계산서 기재불성실 가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 (납부세액) 부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위)
• 다. 인정사실

(1) 소외 회사의 물류유통단지 개발사업 진행 내역

• 가) 물류유통단지 개발사업은 일반적으로 부지선정 단계, 사업타당성 분석 단계, 부지에 관한 권리 확보 및 관련 인ㆍ허가 획득 단계, 단지조성 단계로 진행된다.
• 나) 소외 회사는 2000.경부터 물류유통단지 개발사업에 착수하였고, 그 대상 후보지로 광주시, 여주군, 천안시, 용인시, 시흥시 월곡, 화성시 동탄, 화성시 태봉산 부근, 이 사건 토지 일대 등 총 8곳을 선정하였다. 소외 회사는 위 후보지들에 관하여 현장답사를 통해 지형, 접근성, 개발가능성, 환경조건 등에 관한 사항을 조사ㆍ수접하면서 각 후보지의 지역상권 및 물류비용을 분석하고, 물류단지에 대한 수요를 예측ㆍ조사하며, 개발계획 및 자금조달방안을 수립하는 등 사업타당성을 전박적으로 검토해 왔다.
• 다) 한편, 소외 회사는 소외 종중의 대표자들을 지속으로 설득한 결과 소외 종중으로부터 원칙적으로 이 사건 사업에 동의하고 추후 총회를 통해 토지 자체를 출자하는 방식으로 이 사건 사업에 참여할 것인지 또는 이 사건 토지를 소외 회사에 매도할 것인지 결정하겠다는 약속을 받자 2005.경 사업타당성 분석 등 그동안의 검토결과를 종합하여 이 사건 토지 일대를 사업부지로 최종 결정하였다.
• 라) 이후 소외 종중은 이 사건 토지를 대금 200억 원에 매도하기로 결정하였으나, 소외 회사의 요청과 달리 대금의 조기 지급을 요구하자 소외 회사는 소외 종중과의 협의 거쳐 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결할 권리를 원고에게 양도하였다.

(2) 이 사건 계약의 내용 및 체결 경위

• 가) 물류유통단지 개발사업은 당초 의류업체들도 구성된 한국패션협회가 그 회원들이 사용할 물류유통단지가 필요하다고 제안함에 따라 시작된 것이었다. 한국패션협회는 위 (1)의 라)항 기재와 같이 소외 회사의 사업 추진이 곤란하게 되자 이 사건 사업을 직접 진행할 목적으로 2005.11.30. 원고를 설립하였고, 소외 회사와 이 사건 계약을 체결하였다.

(3) 원고는 2006.5.2. 소외 중종과 이 사건 토지를 200억 원에 매수하되, 계약금 20억 원은 계약 당일, 중도금 80억 원은 같은 해 8.9. 자금 100억 원은 2007.5.2. 자 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 2006.5.2. 소외 회사에 이 사건 계약에 따라 25억 원을 송금하였다.

(4) 소외 회사는 2004.3.경부터 이 사건 사업에 관하여 한국물류협회연구의 ○○대학교 ○○○○시엄센터, 소외 호시ㅏ 소속의 TL물류혁신연구소와 공동으로 전반적인 사업추진단계 구상, 물류유통단지 조성여건 및 국내 조성사례 조사, 관련 법령상의 계약요소 및 사업추진시 예상되는 문제점 등을 조사ㆍ연구하였고, 같은 해 9.경과 2005.9.경 이 사건 사업에 관한 세부적인 개발계획 등을 수립하였다.

(5) 이 사건 토지는 수질보전ㄴ특별대책지역으로 용도지역이 농림지역 또는 관리지역이었기 때문에 위 개발계획에서는 사업부지를 30만 평 이상 확보하여 유통단지 개발촉진법(2007.8.3. 법률 제8661호로 전부 개정 및 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률로 법명 변경되기 전의 것) 제5조 의해 건설교통부장관의 유통단지 지정을 받아 이 사건 토지의 용도지역 변경을 이끌어 내는 것을 부지개발의 전략으로 삼았다. 이에 따라 소외 회사는 이천시, 경기도, 건설교통부에 물류단지 개발의 필요성과 경제적 파급효과 등을 강조하면서 이 사건 토지를 유통단지로 지정해 줄 것을 요청하는 작업도 지속하였고 이천시로부터 이 사건 사업을 지원해 주겠다는 약속을 받기도 하였다.

(6) 원고는 2007.8.경 소외 회사로부터 ‘○○ 한국패션유통물류단지 개발을 위한 타당성 검토 및 기본계획수립연구’를 제공받아 이를 토대로 국회에서 이 사건 사업에 관한 공청회를 개최하였다.

(7) 한편, 이천시는 경기도에 이 사건 토지 일대 992,000㎡에 민간업체를 시행자로 하여 사업비 5000억 원, 사업기간 2006년-2010년, 유치시설 패션물류센터, 패션유통단지, 화물터미널 등으로 하는 이천 한국패션유통단지 수요조사서를 제출하기도 하였는데, 이 사건 토지는 2008.4.24.경 이천시 도시기본계획에 따라 시가지화예정지구로 편입되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제2호증의 1, 제3호증의 1, 내지 3, 제5호증의 1, 2, 제7호증의 1 내지 5, 제8내지 12호증, 제15호증, 을 제3, 5, 6호증, 제76호증의 1, 2, 제8호증의 1, 2, 제9호증의 1, 2, 제10호증의 1, 2의 각 기재, 증인 이○섭의 증언, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 (1) 부가가치세법 제17조 제2항 은 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액의 하나로 제4호에서 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있고, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 은 위 규정에서 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액이라 함은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련 매입세액’을 말한다고 규정하고 이는바, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 1999.11.12. 선고 98두15880 판결, 2006.7.28. 선고 2004두13844 참조)

(2) 이 사건 고나하여 보건대, 위 인정사실 및 소외 회사가 2000.경부터 약 6년간 많은 비용과 노력을 들여 이 사건 사업을 진행해왔으며, 이 사건 계약 체결 무렵에는 소외 종중과 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하기로 합의하였고, 관계 행정기관으로부터도 이 사건 사업을 지원하겠다는 약속을 받는 등 이 사건 사업이 상당한 정도로 진척되었으므로 그 사업권을 양수함에는 그에 사용하는 충분한 대가를 지급함이 상당한 것으로 보이는 점, 원고로서는 그 설립경위 및 구성원에 비추어 이 사건 사업을 계속 진행하기 위해 소외 회사의 도움이 필요했을 것으로 보이고 소외 회사가 이 사건 계약 체결 이후 현재까지 실제로 원고에게 이 사건 사업에 보이고 소외 회사가 이 사건 계약 체결 이후 현재까지 실제로 원고에게 이 사건 사업에 대한 컨설팅 용역을 제공해 오고 있는 것으로 보이는 점 등 변론에 나타난 제반사정에 비추어 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 금액은 원고가 이 사건 사업권을 양수하여 이 사건 사업을 계속 진행하기 위해 지출된 금액일 뿐 이 사건 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용이라고 볼 수 없어 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이라고 할 수 없으므로 이 사건 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제60조 제6항에서 정한 토지관련 매입세액에 해당되지 않는다. 따라서 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.