자료상으로 고발만 하고 과세표준과 세액을 경정하지 않은 것이 위법한지 여부

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에게 461,265,983원의 과오납국고금을 반환하는 처분을 하지 않고 있음은 위법함을 확인한다.

• 가. 원고는 컴퓨터 주변기기 제조 및 도매업 등을 목적으로 1997. 1. 11. 설립된 회사이다.
• 나. 원고는 2000년 제2기부터 2002년 제1기까지 사이에 아래와 같이 부가가치세 및 법인세(이하 ‘이 사건 세금’이라 한다)를 신고ㆍ납부하였다. 과세기간 부가가치세(원) 법인세(원) 합계 2000년 제2기 예정 1,197,470 확정 27,307,075 2001년 제1기 예정 2,483,881 196,839,843 확정 17,515,448 2001년 제2기 예정 22,122,755 확정 77,204,108 2002년 제1기 예정 43,872,456 50,606,073 확정 22,116,874 합계 213,820,067 247,445,916 461,265,983
• 다. 피고는 2002. 7. 10.부터 2002. 9. 30.가지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시하여 위 각 과세기간 동안 원고가 수수한 매출ㆍ매입세금계산서 전부가 가공세금계산서에 해당한다고 보아 2003. 6. 17. 원고를 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였다.
• 라. 한편 원고가 2003. 9. 15. 피고에게 세무조사결과를 통보하여 달라는 내용의 고충민원을 제기한 데 대하여 피고는 2003. 9.경 원고가 수수한 매출ㆍ매입세금계산서 전부가 가공세금계산서로 확인되어 자료상으로 확정하여 강남경찰서에 고발조치하였다는 내용을 회신하였다.
• 마. 원고는 2003. 10. 10. 국세심판원에 피고는 원고가 납부한 이 사건 세금을 국세환급금으로 결정하고 환급가산금을 가산하여 환급하여야 한다는 취지의 심판청구를 하였으나 국세심판원은 2003. 12. 31. 피고가 원고에 대하여 국세의 환급을 명시적 또는 묵시적으로 거부하는 처분을 한 바 없다는 이유로 청구를 각하하였다.
• 바. 원고는 다시 2004. 3. 16. 피고에게 국세환급금신청을 한 후 2004. 5. 8. 국세심판원에 동일한 취지의 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2005. 4. 8. 원고가 이 사건 세금을 스스로 납부하였을 뿐 피고가 어떤 부과처분이나 징수처분을 한 사실이 없고, 이 사건 세금은 부가가치세와 법인세의 형식으로 납부하였으나 이는 자료상으로서의 불법행위를 은폐하기 위한 것으로 실질에 있어서 국세에 해당되지 않으므로 국세기본법에 의한 불복의 대상이 되지도 않는다는 이유로 청구를 각하하였다.
• 사. 원고는 2005. 10. 24. 서울중앙지방법원 2005가합95810호로 대한민국을 상대로 이 사건 세금의 환급을 구하는 부당이득금 반환청구의 소를 제기하였으나, 법원은 원고의 신고ㆍ납부행위가 당연무효라고 볼 수 없어 대한민국이 이 사건 세금을 부당이득한 것이 아니라는 이유로 청구기각 판결을 선고하였고, 위 판결은 2007. 7. 13. 대법원의 상고기각 판결로 확정되었다. [인정 근거] 갑 제1~5, 11, 12호증, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 제3호증의 1~3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 피고는 국세기본법 제81조의5, 제81조의9 및 같은 법 시행령 제63조의3 규정에 의한 “부과처분을 위한 실지조사”를 통하여 원고의 가공매출액과 가공매입액을 확인하여 부가가치세 및 법인세 과세표준과 세액의 신고 내용에 오류가 있는 사실을 확인하였다면 자료상 혐의로 고발만 할 것이 아니라 마땅히 부가가치세법 제21조 및 법인세법 제66조 에 의하여 그 조사 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하여 조세채무를 확정하고 부과처분을 하여야 함에도 불구하고 아무런 조치를 하지 않고 있음은 위법하다. 이 사건 세금은 실질에 있어 국세가 아니면서도 국세의 형식으로 과오납되어 피고가 국고금관리법에 따라 국고금으로 관리하고 있으므로 국고금관리법 제5조, 제15조, 같은 법 시행령 제17조에 의하여 과오납국고금 반환을 결정하고 그 결과를 지체 없이 원고에게 통지할 의무가 있음에도 이러한 조치를 하지 않고 있음은 위법하다.
• 나. 관련 법령 국세기본법 제51조 (국세환급금의 충당과 환급) 국고금관리법 제2조 (정의) 국고금관리법 제5조 (수입의 징수와 수납의 원칙) 국고금관리법 제15조 (과오납금의 반환) 국고금관리법 시행령 제17조 (과오납금의 반환 등)
• 다. 이 사건 소의 적법 여부 부작위위법확인소송의 대상이 되는 부작위란 행정청이 당사자의 신청에 대하여 상당한 기간 내에 일정한 처분을 하여야 할 법률상 의무가 있음에도 불구하고 이를 하지 않는 것을 말하므로(행정소송법 제2조 제1항 제2호), 부작위위법확인소송이 적법하기 위해서는 그 신청에 의하여 행정청이 하게 될 행위가 행정소송의 대상인 ‘처분’에 해당하여야 한다. 여기서 ‘처분’이라 함은 원칙적으로 행정청의 공법상의 행위로서 특정사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 등 국민의 권리의무에 직접 관계가 있는 행위를 말하며, 상대방 또는 관계자들의 법률상 지위에 직접 영향을 미치지 않는 행위는 그에 해당하지 않는다.

(2) 이 사건 세금의 성격 국고금관리법상 국고금은 법령 또는 계약 등에 의하여 국가의 세입으로 납입되거나 기금에 납입된 모든 현금 및 현금과 동일한 가치를 가지는 것을 말하는 것으로(국고금관리법 제2조 제1호) 수입의 원인을 가리지 않고 국고에 납입된 모든 현금등을 총칭하는 개념이다. 법령이나 계약 등에 근거가 없는 국고금은 존재할 수 없고 각종 법령이나 계약에 의한 납입금과 국고금이라는 지위는 중복되는 것이다. 따라서 국세의 부과, 징수에 관한 법률에 의하여 납입된 조세는 국세이면서 동시에 국고금이고 과오납된 국세는 동시에 과오납된 국고금에 해당하는 것이지 과오납된 국세라고 하여 국고금에만 해당하고 조세의 성격을 잃는 것은 아니다. 과오납된 국고금의 반환에 관한 일반 규정인 국고금관리법 제15조, 같은 법 시행령 제17조는 국고금 수입의 원인이 된 법령상의 과오납금 반환에 관한 규정과는 일반법과 특별법의 관계로서 후자가 전자에 우선하여 적용된다. 따라서 이 사건 세금이 부가가치세법과 법인세법상의 신고에 의하여 확정된 조세채무의 이행으로서 납부된 이상 국세기본법상 과오납된 국세의 반환에 관한 규정에 의하여 반환받을 수 없다면 국고금관리법에 의한 반환도 불가능하다고 해야 한다. (3) 국세기본법 제51조 의 국세환급금 결정의 성격 국세기본법 제51조 및 제52조의 국세환급금 및 국세가산금결정에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 그 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함)결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로, 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원 1989.6.15. 선고 88누6436 전원합의체 판결). 따라서 이미 납부한 국세의 반환을 구하고자 한다면, 그것이 처음부터 납세신고나 부과처분 등 조세채무 확정행위 또는 징수행위 자체가 당연무효이거나 부존재한 이른바 오납금인 경우에는 이미 환급청구권이 확정되어 있으므로 조세채무 확정과 관련된 처분의 무효 또는 부존재확인을 구하는 행정소송을 제기하거나 막바로 부당이득의 반환을 구하는 민사소송을 제기하는 방법에 의하여야 하고, 조세채무 확정절차에 취소의 원인이 되는 하자가 존재하는 이른바 과납금인 경우에는 조세채무 확정과 관련된 처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하여(신고납세방식의 조세에서는 경정청구거부처분 취소소송에 의하여야 할 것이다) 그 효력을 배제하는 방법에 의하여야 하며, 어느 경우에나 국세기본법 제51조 에 의한 국세환급금 결정의 거부나 부작위를 다투는 것은 허용되지 않는다.

(4) 소결론 이제까지 살핀 법리에 비추어 볼 때 이 사건 소는 피고가 위와 같이 항고소송의 대상인 처분에 해당하지 않는 국세환금급 결정 내지 과오납국고금 결정을 하지 않고 있음을 이류로 부작위위법확인을 구하고 있는 것으로서 부적법하다.

그렇다면 이 사건 소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.