고가증자에 따른 부당행위계산부인 규정 적용 가능 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 ① 2007. 7. 11.에 한 2004 사업연도 법인세 4,331,150원(가산세 포함)의 부과처분 및 ② 2007. 7. 12.에 한 2005 사업연도 법인세 594,380,784원의 환급경정거부처분을 각 취소한다.

• 가. 주식회사 ○○소프트(2004. 2. 24. 상호가 ‘○○○웍스 주식회사’로 변경되었다가 2005. 12. 26. 원고에 흡수합병되었다. 이하 ‘원고’라 한다)는 2003. 12. 4.경 유상증자를 통해 신주 5.400주(발행가액: 주당 50만 원)를 발행하였고(당시 원고는 2001년 이후 사업실적이 거의 없는 상태였다), 원고는 발행주식 100% 지분(35,000주)과 원고에 대하여 27억여 원의 대여금채권을 보유하고 있던 한국정보통신서비스 주식회사(이하 ‘소외회사’라 한다)는 위 신주 전부를 인수하여 그 대금 27억 원을 납입하였다.
• 나. 원고는 위 증자대금 27억 원 중 주당 액면가액 5,000원에 상당하는 2,700만 원은 자본금으로 처리하고 나머지 26억 7,300만 원은 주식발행초과금으로 회계처리한 후 2003. 12. 5. 소외회사에 대한 차입금 27억 원을 상환하였고, 소외회사는 2003. 12. 31. 이○혁에게 원고 발행주식 전부인 40,400주(35,000주 + 5,400주)를 1,010,00원(40,400주 × 25원/주)에 양도한 후 투자주식처분손실로 회계처리하였다.
• 다. 서울지방국세청장은 원고와 소외회사간의 유상증자와 채무상환 거래를 개별거래가 아닌 일련의 거래로 보고, 소외회사가 부실채권을 대손처리하는 과정에서 업무무관가지급금 등에 대한 손금불산입 규정을 회피하고 원고에게 채무면제이익을 부여한 것으로 보아, 고가증자에 따른 부당행위계산부인 규정 등을 적용하여 원고에 대하여 위 주식발행초과금 26억 7,300만 원을 익금에 산입하고 소외회사에 대하여도 위 채권포기액 27억 원을 익금에 산입하여 2006. 3.경 피고 및 영등포세무서장에게 과세자료로 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 원고에 대하여, ① 위 채무면제이익 26억 7,300만 원의 한도에서 2003 사업연도 결손금 191,988,472원 및 이월결손금 27억 24,106,004원 중 24억 81,011,528원을 감액하여 이월결손금 243,094,476원이 남은 것으로 보고, 원고가 2004 사업연도 이월결손금으로 신고한 263,013,312원 중 19,918,836원이 과다신고된 것으로 보아 이를 익금에 산입하여, 2007. 7. 11. 2004 사업연도 법인세 4,331,150원을 경정ㆍ부과하였고, ② 원고가 2005 사업연도 법인세를 신고하면서 서울지방국세청장의 통보내용에 따라 이월결손금이 없는 것으로 하여 법인세 594,380,784원을 신고하였다가 위 이월결손금 26억 7,300만 원이 있음을 전제로 위 법인세 594,380,784원을 돌려달라는 환급경정청구를 한 데 대하여, 2007. 7. 12. 이를 거부하였다(이하 위 2004 사업연도 법인세 부과처분 및 위 거분처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 한편 영등포세무서장은 서울지방국세청장의 통보 내용에 따라 2006. 4. 6.경 소외 회사에 대하여 2003 사업연도 법인세 279,450,530원을 경정ㆍ부과하였고, 소외회사는 징수유예를 신청하여 징수유예받았다가 2007. 1. 31. 이를 전액 납부하였다. [인정근거: 갑1, 2호증, 갑 4호증의 1, 2, 3, 을1 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 주장 원고와 소외회사간의 이 사건 유상증자 및 채무상환은 순차로 발생한 별개의 행위로서 채무의 출자전환이 아니므로 주식발행초과금을 채무면제이익으로 보아 나온 이 사건 처분은 법률에 근거가 없는 것으로서 조세법률주의에 위배된다. 가사 채무의 출자전환으로 본다 하더라도 2003년도 출자전환분에 대하여 액면가액초과액을 채무면제 이익으로 보아 과세한 이 사건 처분은, 2005. 12. 31. 개정되기 전 법인세법 제17조 제1항 제1호 의 해석과 관련하여 2003. 9. 5. 변경된 재정경제부 예규(재법인 46012-147)에서 그 시행일 이후 최초로 개시하는 사업연도(2004. 1. 1. 이후)에 출자전환하는 거래부터 주식발행가액 중 그 시가초과액을 채무면제이익으로 보도록 해석한 것에 배치되는 것으로 신뢰보호원칙 및 소급과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이다.
• 나. 관계법령 법인세법 제4조 (실질과세) 법인세법 시행령 제10조 (결손금공제) 법인세법 시행령 제11조 (수익의 범위) 법인세법 시행령 제87조 (특수관계자의 범위)
• 다. 판단 1) 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙장하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 위 법령상의 ‘법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’라 함은 당해 법인이 행한 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결, 대법원 2007. 11. 29. 선고 2005두10767 판결 등 참조).

2. 이러한 법리 및 위 1.항의 사실관계를 종합하여 보건대, 소외회사가 사업실적이 거의 없이 사실상 파산위기에 있는 원고 발행의 주식을 주당 액면가액 5,000원을 훨씬 초과하여 주당 50만 원에 인수하고 원고는 소외회사로부터 위 인수대금 27억 원을 받아 그 다음날 소외회사에 대한 채무 27억 원을 상환한 일련의 행위는, 소외회사가 그로부터 1달도 채 지나지 않아 인수한 주식 등을 제3자에게 주당 25원에 양도한 점 및 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 행위라고 인정되고, 이는 별지 관계법령상의 법인세법 제52조 및 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 소정의 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다 할 것이므로(위 법인세법상의 부당행위계산 부인 규정이 적용되는 사안에서 같은 법 제17조 제1항 제1호는 그 적용이 배제된다 할 것이어서 이를 전제로 한 원고의 신뢰보호원칙 및 소급과세금지원칙 위배 주장은 더 나아가 살필 것 없이 이유 없다), 위 신주발행대금 중 그 액면가액을 초과하는 26억 7,300만 원 상당액을 원고의 채무면제이익으로 보아 익금에 산입함을 전제로 나온 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.