매출누락이 과대계상되고, 필요경비가 과소계상되었다는 주장의 당부

1. 피고가 2007.9.3.원고에 대하여 한 2005년 사업연도 법인세 17,791,568원의 부과처분 중 14,027,863원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 90%는 원고가, 10%는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2007.9.3.원고에 대하여 한 2005년 귀속 법인세 17,791,568원, 2005년 1기분 부가가치세 19,006,952원, 2005년 2기분 부가가치세 11,611,746원의 부과처분을 각 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고 회사는 서울 강서구 ◯◯동 1114-22 번지에서 의료외품 등을 제조 판매하고 있는 법인이다.
• 나. 피고는 2007.6.28.부터 7.19.까지 원고 회사에 대하여 세무조사를 한 결과, 2005 사업연도 252,154,039원의 매출누락분을 적출하고 이를 전부 익금 산입하는 등 하여 2007.9.3.2005년도 법인세 74,317,623원, 부가가치세 2005년도 1기분 20,203,361원, 2005년도 2기분 12,804,334원을 증액하여 경정∙고지하였다(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다). 다.이에 원고는 2007.9.27.위 당초처분에 대하여 피고에게 이의신청을 하였으나 기각되자 2008.1.29.국세청장에게 심사청구를 하였는데, 국세청장은 2008.3.31.원고의 주장을 일부 받아들여 매입세액을 추가 공제하여 부가가치세액을 감액, 경정하고, 원고가 비용으로 지출하였다고 주장하는 금액이 필요경비에 기반영되었는지 여부를 조사하여 기반영되지 않은 비용에 한하여 이 사건 법인세액을 감액, 경정하라는 내용의 심사결정을 하였다.
• 라. 피고는 위 결정에 따라 아래 [표1]의 내역을 필요경비로 추가 인정하여 1차로 2005년도 1기분 부가가치세를 1,016,409원, 2005년도 2기분 부가가치세를 529,389원, 2005년도 귀속 법인세를 46,676,582원 감액하는 경정결정을 하였고, 2차로 2005년도 1기분 부가가치세를 180,000원, 2005년도 2기분 부가가치세를 221,805원, 2005년도 귀 속 법인세를 7,544,706원 감액하는 내용의 경정결정을 하였다.
• 마. 피고는 이 사건 소송이 진행 중이던 2008.11.사실조사를 통하여)[표 2] l내역을 필요경비로 추가 인정하여 손금 산업하고, 특허재판 수수료를 부가가치세 매입세액으로 추가 공제하였으며, 개인소비자를 상대로 한 온라인 매출액 가운데 환불처리 된 23 건 1,555,340원(부가가치세포함)을 매출에서 차감하여 익금 불산입하는 등 조정을 거쳐, 원고의 2005년도 2기 부가가치세 441,394원, 2005년도 법인세 2,304,767원을 감액 경정하였다.
• 바. 이 사건 당초 처분은 위와 같은 감액, 경정 과정을 거쳐 2005년도 1기 부가가치세 19,006,952원, 2005년도 2기 부가가치세 11,611,746원, 2005년도 법인세 17,791,568원 이 남게 되었다(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다). [인정근거: 갑 1호증의 1, 2, 3, 갑 2호증의 1, 2, 3, 갑 3호증, 을 1호증, 을 2호증, 을 3호증, 을 4호증, 을 5호증, 을 6호증, 을 9호증, 을 10호증, 을 11호증, 을 12호증, 을 13호증, 을 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

(1) 아래 [표 3] 1번 내지 9번 항목은 원고 회사의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 손금 산입되어야 한다.

(2) 아래 [표 3] 2번은 부가가치세액에서 매입세액으로 추가 공제되어야 한다.

(3) 아래 [표 3] 10번, 11번, 12번은 원고 회사의 통장에 입금되었다는 이유만으로 구체적인 거래사실에 대한 확인 없이 매출누락분으로 간주된 부분이므로 익금에서 제외 되어야 한다. 즉, 10번 항목은 온라인상의 개인소비자에 대한 판매 23건이 반품되었음 에도 환불 전 통장 입금금액 1,555,340원이 전액 매출로 과다계상된 것이고, 11번 항목은 ◯◯벤텍에 321,101,880원 상당을 출고하였다가 그 중 211,105,000원 상당이 반품되었음에도 환불 전 통장 입금금액 190,751,000원 중 실제 매출액(321,101,880원 -211,105,000원)을 제외한 나머지 부분 80,754,120원{=190,751,000원-(321,101,880원 - 211,105,000원)}까지 매출로 과다계상된 것이며, 12번은 원고 회사의 매출과는 아무런 관련이 없으므로 매출누락분에서 제외되어야 한다.

• 나. 관계법령 법인세법 제19조 (손금의 범위) 부가가치세법 제17조 (납부세액)
• 다. 판단

(1) 손금 산입 주장에 대하여 먼저, [표 3] 1번, 3번, 6번, 9번 항목에 대하여 살피건대, 갑 4호증의 5, 갑 6호증 의 1, 갑 7호증의 2, 갑 10호증의 1의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고 회사는 2005.7.13.◯◯◯ ◯◯경제 TV에 원고 회사 광고를 약 8분가량 내보내면서 광고비용으로 500만원을 지출하였고, 미국 애틀랜타 의료기기 전시회 참여비용으로 참가비 500만원, 한국 실버박람회 참여비용으로 참가비 60만원(실제로는 180만원을 지출하였으나, 아래에서 보는 바와 같이 이 중 120만원은 이미 필요경비로 반영됨), 여성 의학박람회 부스비용 50만원을 각 지출하는 등 총 1,110만원의 비용을 지출한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 비용은 원고 회사의 사업과 관련하여 상품 판매촉진이나 기업 이미지 개선 등 선전효과를 위하여 필수불가결하게 지출된 것이므로 손금에 산입되어 야 할 것이다. 한편, [표 3] 2번, 7번, 8번 항목에 대하여 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이 피고는 이 사건 당초처분을 경정 및 재경정하는 과정에서 위 각 항목을 이미 필요경비 로 인정하여 손금 산입한 사실은 앞서 본 바와 같고{[표 1] 9번 항목, [표 2] 2번, 3 번 항목 각 참조}, [표 3] 4번, 5번 항목 역시 을 9호증의 기재에 의하면 원고가 2006.3.31.2005년도 2기 부가가치세를 자진신고 할 당시 거래처별 매입세액에 포함 시켜 신고함으로써 매입세액으로 기공제 된 사실을 인정할 수 있다. 따라서, 이 부분 원고 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

(2) 매입세액 추가 공제 주장에 대하여 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이 피고는 2008.3.31.자 국세청장 심사결정 취지에 따라 이 사건 당초처분을 감액 경정하는 과정에서 [표 3] 2항목을 매입세액으 로 기공제하여 부가가치세를 감액,경정하였으므로{[표 2] 2번 항목 참조}, 이 부분 원 고 주장은 이유 없다.

(3) 매출누락분 관련 주장에 대하여 (가) [표 3] 10 항목 관련 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이 피고는 이 사건 소송이 진행 중이던 2008.11.사실조사를 통하여 개인소비자를 상대로 한 온라인 매출액 중 환불처리 된 23건 1,555,340원(부가가치세포함)을 이미 매출에서 차감하여 익금 불산입하여 이 사건 당초처분을 감액, 경정하였으므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다. (나) [표 3] 11 항목 관련 살피건대, 갑 12호증의 1, 2, 갑 14호증의 1 내지 26, 갑 15호증의 1 내지 26, 갑 16호증의 1 내지 26, 갑 17호증의 1, 2, 을 15호증, 을 17호증의 각 기재 및 변론 전 체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고 회사의 대표이사는 세무조사가 이루어진 2007.7.6. ◯◯벤텍 관련 부분을 포함하여 252,154,039원의 매출을 누락하여 과소신고하였음을 확인한다는 내용의 확인서(을 17호증)를 작성하고 서 명, 날인하여 피고에게 교부하였고, 피고는 이에 근거하여 ◯◯벤텍으로부터 원고 회사 의 통장에 입금된 190,751,000원 중 자진 신고 금액을 제외한 나머지 부분을 매출누락분으로 보아 익금산업한 점, ② 원고 회사는 세무조사 당시와는 달리 이 사건 소송 에 이르러 위 매출누락분이 2005.10.15.자로 ◯◯벤텍으로부터 반품요청을 받은 부 분이라고 주장하고 있는데, 갑 14호증의 l(출고내역)에는 반품요청일인 2005.10.15.을 전후하여 2005.10.14.과 2005.10.20.에도 ◯◯벤텍에 출고가 이루어진 것으로 기재되어 있는 점, ③ 원고 회사는 이 사건 소송 진행 중 갑 14호증의 1 내지 26(출 고내역서)에 일부 출고내역이 누락되었고 출고총액이 잘못 계산되었다며 갑 16호증의 1 내지 26을 새로운 출고내역서로 다시 제출하였는데, 나중에 제출된 갑 16호증의 1 에는 위 2005.10.14.자, 2005.10.20.자 기존 출고 내역이 삭제되고 그 자리에 2005.9.15.자, 2005.9.26.자 출고내역이 새로 삽입된 점, ④ 두 차례에 걸쳐 제출 된 반품입고증(갑 12호증의 2, 갑 17호증의 2)은 같은 날짜에 같은 거래처로부터 반품 받은 내역을 기재한 것임에도 불구하고, 총 환불금액부터 반품된 품목, 수량, 색상, 단가 및 규격 등이 서로 다르고, 특히 갑 12호증의 2에는 원고 회사가 ◯◯벤텍에 출 고하지도 않은 품목인 바이오세트가 반품품목으로 포함되어 있는 점, ⑤ 원고 회사의 ◯◯벤텍에 대한 발주 및 출고는 2005.4.이후에 이루어진 것으로 되어 있는 반면, ◯◯벤텍의 원고 회사에 대한 송금은 그보다 훨씬 이전인 2005.1.3.부터 이루어진 것으로 되어 있어, 발주 출고내역과 송금내역이 서로 일치하지 않는 점, ⑥ 원고 회사 는 반품내역을 기재한 수불장부나 ◯◯벤텍에 반품대금을 환불한 금융자료를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 보면, [표 3] 11 항목 금액은 ◯◯벤텍에 대한 매출누락 분으로 봄이 상당하다. 따라서 피고가 이 부분을 익금산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (다) [표 3] 12 항목 관련 살피건대, 위 인정사실에 의하면 원고 회사의 대표이사는 세무조사 당시 원고 회사 의 통장에 입금된 금액을 포함하여 252,154,039원의 매출을 누락하여 과소신고하였음 을 확인한다는 내용의 확인서(을 17호증)를 작성하고 서명, 날인하여 피고에게 교부하였다는 것이므로, 일응 원고 회사의 통장에 입금된 위 [표 3] 12 항목의 금액은 매출 누락분으로 봄이 상당하고, 이에 반하는 갑 18호증은 원고 본인의 확인서에 불과하여 위 인정을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다. 피고가 이 부분을 매출로 보아 익금 산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 소결 따라서, [표 3] 1번, 3번, 6번, 9번 항목 합계 11,100,000원을 손금산입하는 것으로 하여 별지 세액계산표에 따라 정당한 법인세액을 계산하면 14,027,863원이 되므로, 이 사건 법인세 17,791,568원의 부과처분 중 14,027,863원을 초과하는 부분은 위법하다. 결과 그렇다면, 원고 회사의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.