관할을 위반한 소득금액변동통지 처분은 위법함

1. 피고가 2006.1.13. 원고에 대하여 한 상여처분액 6,186,187,840원의 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증(을제5호증의 5와 같다), 갑 제2호증, 을제2호증의 2, 을 제5호증의 1 내지 4, 6, 을제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 피고는 2005.5.10.부터 같은 해 6.20.까지 주식회사 ○영(이하 ○영이라 한다)에 대하여 주식변동조사를 실시한 결과, 원고가 2001.12.28. 자신이 보유하던 ○영 주식 676,160주(이하 이 사건 주식이라 한다)를 장○택, 김○규, 홍○석, 김○오, 이○동에게 1주당 5,000원 내지 5,005원으로 계산하여 합계 3,380,800,000원에 양도한 사실과 관련하여, 이 사건 주식의 취득자금 3,380,800,000원을 실제로 납부한 원고 이사장 이○근이 위 주식을 취득한 실질상 소유자이며 다만 형식상 장○택 등을 양수자로 하는 주식양도양수계약서를 작성하고 주식등 변동상황명세서에 장○택 등에게 양도한 것으로 기재한 것으로 보고, 양도대금 잔금청산일 2002.1.9. 원고가 이○근에게 이 사건 주식을 저가 양도한 것으로 판단하여 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인 규정을 적용함으로써 이 사건 주식의 정당한 가액 13,964,056,320원(상속세 및 증여세법 제63조 소정의 보충적 평가방법에 따라 산정한 1주당 시가 20,625원☓676,160주)과 실제 양도가액 3,380,800,000원의 차액 10,583,256,320원을 원고의 2001사업연도 법인세 계산시 익금에 산입하도록 광주세무서장에게 통보하는 한편, 위 10,583,256,320원을 원고 대표자 이○근에게 상여로 소득처분하고 그에 따라 2006.1.13. 원고에게 상여처분액 10,583,256,320원의 소득금액변동통지를 하였다.
• 나. 광주세무서장은 위 통보에 따라 2005.12.9. 원고에게 위 10,583,256,320원을 익금산입하여 2001 사업연도(2001.3.1.부터 2002.2.28.까지) 법인세 5,727,020,480원을 결정ㆍ고지하였다.
• 다. 원고는 이에 불복하여 2006.3.10. 국세심판원에 위 소득금액변동통지 및 법인세 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 국세심판원은 2007.1.9. 법인세 부과처분에 대한 심판청구는 청구기간 도과를 이유로 각하하고, 소득금액변동통지처분에 대한 심판청구에 대해서는 이 사건 주식의 양도시기를 잔금청산일인 2002.1.9.이 아닌 주식양도양수계약서상 계약체결일인 2001.12.28.로 보아 위 주식의 정당한 가액을 상속세 및 증여세법 제63조 규정에 따라 평가하여 그 소득금액을 경정하라고 결정하였다.
• 라. 이에 피고는 2007.2.7. 원고에게 위 국세심판원 결정 취지에 따라 이 사건 주식의 가액을 2001.12.28. 기준으로 새로 산정함으로써 상여처분액을 6,186,187,840원으로 감액하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 감액된 금액의 피고의 원고에 대한 주문 기재 소득금액변동통지를 이 사건 소득금액변동통지처분이라 한다)

• 가. 원고의 주장 소득세법 시행령 제192조 제1항, 법인세법 시행령 제103조 제1항 등 각 규정에 의하면, 소득금액변동통지는 그 처분 당시 법인세의 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장이 하여야 하고, 법인세의 경우 내국법인의 법인세 납세지는 당해 법인의 등기부상의 본점 또는 주사무소의 소재지인바, 원고의 등기부상 주사무소 소재지는 ‘전남 ○○군 ○○면 ○○리 106’이므로 원고에 대하여 이 사건 처분을 할 것임에도 법률상 아무런 권한이 없는 피고가 이 사건 소득금액변동통지를 하였으니, 이 사건 소득금액변동통지처분은 권합 없는 자에 의하여 이루어진 처분으로서 위법하다.
• 나. 관계법령 법인세법 제9조 (납세지) 법인세법 제12조 (과세관할)
• 다. 판단 법인세법 제66조 제2항, 제67조, 동법 시행령 제103조 제1항의 각 규정에 의하면, 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액의 경정하고, 이 경우 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분(소득처분)하도록 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제192조 제1항 의 규정에 의하면, 법인세법에 따른 소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일로부터 15일 내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동금액통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하도록 되어 있다. 요컨대, 법인세법 및 동법 시행령과 소득세법 시행령의 각 규정상 소득금액변동통지는 당해 법인에 대한 법인소득을 결정 또는 경정하는 과세관청, 즉 법인세의 납세지를 관할하는 세무서장이나 지방국세청장이 하도록 규정하고 있다. 한편, 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의 무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 고나할 세무서장 드엥게 납부하여야 할 의무를 부담하며, 만일 이를 이행하지 아니하는 경우에는 가산세의 제재를 받게 됨은 물론이고 형사처벌까지 받도록 규정되어 있는 점에 비추어 보면, 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 봄이 상당하고(대법원 2006.4.20. 선고 20021878 전원합의체 판결 참조), 이와 같이 소득금액변동통지가 단순히 소득금액의 지급시에 납세의무가 자동적으로 성립, 확정하는 원천징수의 소득세에 관하여 그 지급시기를 의제하여 과세관청이 징수처분에 나아가기 위한 절차적인 요건을 규정한 것에 불과한 것이 아니라, 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영상, 소득금액변동통지를 당해 법인에 대한 법인소득을 결정 또는 경정하는 과세관청이 하도록 규정하고 있는 법인세법 대한 법인소득을 결정 또는 경정하는 과세관청이 하도록 규정하고 있는 법인세법 및 동법시행령과 소득세법시행령의 각 규정은 과세관할을 규정하고 있는 것으로 보아야 할 것이다. 한편, 법인세법 제9조 에 의하면 내국법인의 법인세의 납세지는 당해 법인의 등기부상 본점 또는 주사무소의 소재지로 하고 있고, 앞서 본 바와 같이 소득금액변동통지는 당해 법인에 대한 법인세의 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 주식의 정당한 가액과 실제 양도가액의 차액을 원고 대표자 이○근에게 상여로 소득처분하고 그에 기하여 원고에게 소득금액변동통지를 할 수 있는 권한은 원고에 대한 법인세의 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장인 광주세무서장 내지 광주지방국세청장에게 있다 할 것이다. 따라서 세무조사 과정에서 과세자료를 확보하였다는 이유로 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 소득금액변동통지처분은 권한 없는 행정청의 과세처분으로서 위법하다 할 것이다(대법원 2003.1.10. 선고 2002다64897 판결, 1999.11.26. 선고 98두 17968 판결 등 참조).

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.