과점주주는 회사경영과는 무관하게 질실로 과반수주식을 소유하였는지로 판단함

1. 이 사건 소 중 소득금액변동통지에 대한 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 법인세 및 부가가치세 각 부과처분에 대한 청구를 모두 기각하낟.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 ① 2007.9.18. 한 2001 사업연도 법인세 98,832,450원 및2001년 제1기분 부가가치세 44,755,410원의 각 부과처분, ② 2007.6.5. 한 2001년 귀속 소득금액 268,346,959원의 변동통지를 각 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 2001.3.9.부터 2003.3.26.까지 소프트웨어 개발업 등을 영위하는 주식회사 ○우드(변경 전 상호는‘○우드정보통신 주식회사’였다, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 대표이사로 재직하였고, 2001.3.10. 이 사건 회사의 출자지분 60%를 취득하여 같은 해 12.31.까지 계속 이를 소유하였다.
• 나. 이 사건 회사는 2001.1.30.부터 같은 해 3.19.까지 사이에 주식회사 ○○원정보통신으로부터 공급가액 합계 298,800,000원(10원미만 버림) 상당의 컴퓨터 및 주변 기기 매입에 관하여 세금계산서 6매(이하 통틀어‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부 받은 뒤, 2001 사업연도 법인세 정기신고 당시 이 사건 세금계산서의 공급가액 합계 298,800,000원을 손금에 산입하는 한편, 2001년 제1기분 부가가치세 확정신고 당시 매출세액에서 이 사건 세금계산서의 부가가치세액 합계 29,880,000원을 매입세액으로서 공제하였다.
• 다. 피고는 2007.1.경 이 사건 세금계산서가 모두 실물거래에 따르지 아니한 것으로서 사실과 다른 세금계산서임을 적발하였고, 이에 2007.6.1. 이 사건 회사에 대하여 ① 이 사건 세금계산서의 공급가액 합계 298,800,000원을 2001 사업연도 법인세 손금에 불산입함으로써 위 법인세(가산세포함) 156,281,590원을 부과하였으며, ② 이 사건 세금계산서의 부가가치세액 합계 29,880,000원을 2001년 제1기분 부가가치세 매출세액에서 불공제함으로써 위 부가가치세(가산세포함) 70,770,780원을 부과하였다.
• 라. 한편 피고는 위 다.① 항의 손금불산입에 따라 이 사건 세금계산서의 공급대가 합계 328,680,000원 중 원고의 재직기간에 비례하여 계산된 268,346,959원을“원고에 대한 상여”로 소득처분하여, 2007.6.5. 원고에게 2001년 귀속 소득금액 268,346,959원의 변동을 통지하였다(이하‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)
• 바. 원고는 2007.8.21. 이 사건 소득금액변동통지에 관하여 피고에게 이의신청을 하였고, 위 이의신청이 2007.9.18. 각하되자 2007.12.13. 이 사건 처분 및 소득금액변동통지에 관하여 국세청장에게 심사청구를 하였던바, 국세청장은 2007.12.31. 원고의 이 사건 처분에 관하여 국세청장에게 심사청구를 하였던바, 국세청장은 2007.12.31. 원고의 이 사건 처분에 관한 심사청구를 기각하는 한편 이 사건 소득금액변동통지에 관한 심사청구를 각하하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재

2. 이 사건 소 중 소득금액변동통지에 대한 청구 부분의 적법 여부

• 가. 원고는 항소소송으로서 이 사건 소득금액변동통지의 취고를 구하는바, 직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관하여 본다.
• 나. “소득세의 원천징수 의무자인 법인에 대하여 행하여진 소득금액변동통지”는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이다(대법원 2006.4.20 선고2002두 1878 전원합의체 판결 참조). 그러나 ① 원천납세의무자는 원칙적으로 원천징수의무자의 원천세액 징수·납부를 수인할 의무만을 부담할 뿐 직접 납세의무를 부담하지는 아니하는 점, ② 따라서 과세관청은 원칙적으로 원천납세의무자에게 원천징수세액에 관한 납세고지를 할 수 없는 점, ③ 소득세법 등 관계법령에 원천납세의무자에 대한 소득금액변동통지가 원천납세의무자의 구체적인 납세의무자에 대한 소득금액변동통지와 별도로 원천납세의무자에 대하여 소득금액변동통지를 하였다 하더라도, 이러한 별도의 소득금액 변동통지는“원천징수의무자에 대하여 소득금액변동통지가 행하여진 사실”에 관한 안내 내지 통지로서의 의미만을 가질 뿐 원천납세의무자의 납세의무에 직접 영향을 미치는 행위라고 볼 수 없으므로, 원천납세의무자에 대한 소득금액변동통지는 특별한 사정이 없는 한 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분에 해당하지 아니한다.
• 다. 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 소득금액변동통지는 소득세의 원천납세의무자인 원고에 대한 것으로서 항고소송의 대상이 될 수 없으므로, 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 회사에 대한 법인세 및 부가가치세 각 부과처분의 처분사유인“사실과 다른 이 사건 세금계산서의 교부” 중 일부는 원고가 이 사건 회사의 대표이사로 취임하거나 그 과점주주가 되기 전에 전 대표이사(선○문)의 행위로 인하여 발생하였으므로, 원고에게 위 처분사유 전부에 관한 납세의무를 부담시키는 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제14조 국세기본법 제21조 국세기본법 제39조
• 다. 판단 납세의무의 확장의 하나로서의 과점주주의 제2차 납세의무는 국세부과 및 세법적용상의 원칙적으로서의 실질과세의 원칙을 구현하려는 것으로서, 형식적으로는 제3자에게 재산이 귀속되어 있으나 실질적으로는 주된 납세의무자와 동일한 책임을 인정하더라도 공평을 잃지 않을 특별한 관계에 있는 제3자를 제2차 납세의무자로 하여 보충적인 납세의무를 지게 하여 그 재산의 형식적인 권리 귀속을 부인함으로써 그 내용상의 합리성과 타당성을 내지 조세형평을 기하는 한편 조세징수의 확보라는 공익을 달성하기 위한 제도이므로, 그 제도의 취지는 실질적 조세법률주의에 위반되지 않는다(헌법재판소 1997.6.26.자 93헌바49, 94헌바38·41, 95헌바64 전원재판부 결정 참조), 또한 국세기본법 제39조 제1항 제2호 가목이“당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자”를 과점주주라고 하여서 그에 대하여 제2차 납세의무를 지우는 것은, 그가 소유주식수에 따라 주주총회에서의 의결권의 행사 등을 통하여 회사경영을 사실상 지배할 가능성이있는 지위에 있다고 보기 때문이므로, 어떤 사람이 위 규정의 과점주주에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그가 진실로 과반수주식을 소유하는지에 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관하여 사실이 없다는 사실만 가지고 그가 과점주주가 아니라고 판단할 수는 없으며, 위와 같은 해석은 실질과세의 원칙, 평등원칙, 비례의 원칙과 연좌제 금지에 관한 헌법규정에 위반되지 아니한다.(대법원 1995.3.24. 선고 94누13077 판결 취지 참조). 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 회사의 2001 사업연도 법인세 납부의무 성립일(2001.12.31.)및 2001년 제1기분 부가가치세 납부의무 성립일(2001.06.30) 현재 이 사건 회사의 출자지분 과반수를 소유하여 국세기본법 제39조 제1항 제2호 가목에 따라 이 사건 회사의 법인세 및 부가가치세 납부의무에 관하여 제2차 납세의무를 지는 이상, 원고가 이 사건 회사에 대한 법인세 및 부가가치세 각 부과처분의 처분사유 중 일부에 직접 관여하지 아니하였다는 사정을 들어 실질과세의 원칙을 근거로 위 제2차 납세의무를 부인할 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 그 자체로 이유 없고, 이 사건 처분에는 원고의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없으며, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 모두 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지에 대한 청구 부분은 각하하고, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.