1. 과세처분의 경위
다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1, 2호증, 갑제3호증의 1, 2, 갑제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
- 가. 원고는 서울 서초구 ○○동 0000-00에서 ‘○○메디텍’이라는 상호로 의료장비 도ㆍ소매업을 운영하고 있는 사업자로, 2004년 귀속 종합소득세를 신고, 납부함에 있어 ○○에프(사업자등록번호 ‘생략’)로부터 수취한 공급가액 합계 90,909,091원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)상의 총 공급가액(이하 ‘이 사건 금액’이라 한다)을 필요경비에 산입하였다.
- 나. 피고는 대구지방국세청장으로부터 이 사건 세금계산서가 위장가공자료라는 과세자료를 통보받고, 이에 이 사건 금액 상당을 필요경비에 불산입하여 소득세액을 경정하고 여기에서 기납부세액을 공제한 다음, 2007. 7. 2. 원고에게 2004년 귀속 종합소득세 42,887,050원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).
- 다. 원고는 이 사건 과세처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2007. 11. 30. 국세청에 심사청구를 하였으나 2008. 2. 25. 기각결정을 받았다.
2. 이 사건 과세처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 원고가 ○○에프로부터 이 사건 세금계산서를 수취한 것은 사실이나, 실제에 있어서는 ○○○메디시스템의료기(사업자등록번호 ‘생략’ 이하 ‘○○○의료기’라 한다)로부터 의료기기를 매입하고, ○○인의료기 대신 ○○에프를 공급자로 하는 이 사건 세금계산서를 수취하였던 것이므로, 이 사건 세금계산서상의 매입금액 상당액인 이 사건 금액을 필요경비에 산입해 주어야 한다. 따라서 피고가 이와 달리 보고 이 사건 금액을 필요경비에 불산입하여 과세한 이 사건 과세처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
- 나. 관계 법령 소득세법 제80조 (결정과 경정) 소득세법 시행령 제142조 (과세표준과 세액의 결정 및 경정) 소득세법 시행령 제143조 (추계결정 및 경정)
- 다. 판단 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다. 따라서 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 대한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자 측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1994. 10. 28. 선고 94누5816 판결, 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 1996. 4. 26. 선고 96누 1627 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보면, 원고는 ○○○의료기로부터 이 사건 금액 상당의 의료기기를 실제로 구입하였으므로 그 금액 상당을 필요경비에 산입하여야 한다는 것이나, 원고가 위 주장과 같이 ○○○의료기로부터 이 사건 금액 상당의 의료기기를 실제로 구입하였다는 점에 관하여, 원고가 내세우는 갑제6호증의 1 내지 6은 원고가 강남 ○○의원 등에 의료기기를 매도하고 받은 매출세금계산서에 불과하여, 그 내용대로 원고가 의료기기를 매도하였다는 자료일 뿐 그와 같이 매도한 의료기기를 ○○○의료기로부터 매입하였다는 직접적인 증거로 볼 수 없는 터여서 위 각 증거와 원고의 주장에 부합하는 갑제4호증의 기재만으로는 이를 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려, 원고가 그 주장과 같이 실제로 ○○○의료기로부터 이 사건 의료기기를 매입하였음에도 ○○에프를 공급자로 하는 이 사건 세금계산서를 수취하였어야만 할 별다른 사정이 엿보이지 아니하고, 을제2호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, ○○에프의 운영자인 손○진은 원고 앞으로 발행된 이 사건 세금계산서 3매는 실물거래 없는 가공세금계산서라고 인정하고 있을 뿐이다. 원고의 주장은 이유 없다.