의료장비를 매출누락 하였는지 여부

1. 이 사건 소 2008.9.19.자 보정서로 추가한 청구취지 부분과 당초 청구취지 중 2001사업년도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고가 2007.4.13. 원고에 대하여 한 2002사업년도 법인세 13,485,360원, 2003사업년도 법인세 11,778,700원, 2002년 제2기 부가가치세 5,965,370원, 2003년 제1기 부가가치세 6,759,650원의 각 과세처분과 소득자를 최○룡으로 하여 소득처분한 2002년도 귀속 34,800,000원, 2003년 귀속 56,500,000원의 각 소득금액변동통지를 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용은 각자 부담한다. 청구취지 피고가 2007.4.13. 원고에 대하여 한 2001사업연도 법인세 3,422,000원, 2002사업년도 법인세 13,485,360원, 2003사업년도 법인세 11,778,700원, 2002년 제2기 부가가치세 5,965,370원, 2003년 제1기 부가가치세 6,759,560원, 2003년 제2기 부가가치세 2,042,080원의 각 과세처분과 소득자를 최○룡으로 하여 소득처 분한 2001년 귀속 6,600,000원, 2002년 귀속 34,800,000원, 2003년 귀속 56,500,000원의 각 소득금액변동 통지를 취소한다. [2008.9.19.자 보정서로 추가한 청구취지] 당초 청구취지 금액에 최근 가산금까지 합하여, 피고가 원고에 대하여 한 2001년 제2기 부가가치세 1,315,200원, 2002년 제1기 부가가치세 585,540원, 2002년 원천분 소득세 5,774,440원, 2002년 제2기 부가가치세 7,074,870원, 2002사업년도 법인세 15,993,580원, 2003년 소득세 13,893,680원, 2003년 제1기 부가가치세 8,016,770원, 2003사업년도 법인세 13,969,480원의 부과처분을 취소한다,

• 가. 원고는 1998.8.15. 개업하여 서울 ○구 ○○동 369-○○ ○○빌딩 3층에 사무소를 두고 의료기기도소매업을 영위하고 있는 회사이다.
• 나. 서울지방국세청장은 2005.12.22. ~ 2006.3.31. 사이에 성남시 ○○구 ○○동 ○○○○에 위치한 ○○이안과의원을 운영하던 의사 ㅇ○석에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이○석이 2003.6.30. 까지 서울 ○○구 ○○동 638-○○에서 ○○○○안과의원을, 2003.7.1. 이후 ○○이안과의원을 각 운영하면서 2001년 ~ 2003년 사이에 원고로부터 총 97,900,000원의 의료장비를 구입하였으나 필요경비로 신고하지 않은 것을 확인하고 판매자인 원고가 매출을 누락시킨 혐의가 있다고 보아 피고에게 과세자료로 통보하였다.
• 다. 피고는 이○석에 대한 세무조사에서 밝혀진 아래와 같은 거래 내역을 근거로 원고가 이○석에게 의료장비 등을 매출하고 97.900.000원을 신고누락한 것으로 보아 2007.4.13. 원고에 대하여 청구취지에 기재된 2007.4.13.자 각 조세부과처분 및 소득금액변동통지를 하였다.
• 라. 원고는 2007.5.30. 위 각 조세부과처분 및 소득금액변동통지 중 2001사업년도 법인세 부과처분을 제외한 나머지 처분에 불복하여 국세심판원에 심판을 청구하였고, 국세심판원은 2008.1.7. 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 갑 제1, 10호증의 1~3, 제11, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 2008.9.19.자 보정서로 추가한 청구취지 부분과 2001사업년도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 소의 적법 여부

• 가. 2008.9.19.자 보정소로 추가한 청구취지 부분 원고는 2008.9.19.자로 보정서를 제출하면서 당초 소를 제기한 조세부과처분에 최근까지의 가산금을 합하여 정정청구한다는 취지로 주장한다. 그러나 가산금은 조세의 납부기한을 경과함으로써 특별한 절차 없이 법률의 규정에 의하여 당연히 발생하고 그 액수도 확정되며, 당초의 부과세액이 결정취소되거나 감액경정되면 그에 응하여 자동적으로 취소 또는 감액되는 것으로서 가산금에 관하여 부적법하다. 또한 보정서에 기재된 세목 중 2001년 제2기 부가가치세, 2002년 제1기 부가가치세, 2002년 원천분 소득세, 2003년 소득세 부과처분은 당초 소 제기 시 소송의 대상이 아니었던 것을 새로이 추가한 것인데, 이는 별소로 제기하여야 하지 청구취지 변경으로 청구를 확장할 대상이 아니므로 이 부분 역시 부적법하다.
• 나. 2001 사업년도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분 위법한 국세부과처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 않으면 이를 제기할 수 없는데(국세기본법 제56조 제2항), 원고가 2001사업년도 법인세 부과처분에 관하여 국세심판 등 전치절차를 거치지 않은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 부분 소는 부적법하다.

3. 전항을 제외한 나머지 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)의 취소청구에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 원고는 2002.10.14. 이○석에게 노안수술장비인 CK시스템을 매도한 후 이를 반품받아 매매대금을 반환하고 다시 새장비를 매도하고 대금을 지급받는 과정에서 피고 주장과 같이 총 97,900,000원의 매출이 발생한 것은 사실이나, 원고가 반환한 매매대금 35,000,000원과 2005.10.5.자로 55,000,000원의 세금계산서를 발행하여 매출신고한 금액을 공제하면 매출신고를 누락한 금액은 7,900,000원이 되므로, 7,900,000원의 과소매출에 대하여만 과세표준과 세액을 경정하여야 함에도 불구하고 97,900,000원의 전액을 기준으로 법인세 및 부가가치세를 부과하고 소득금액변동통지를 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 구 부가가치세법 제16조 (세금계산서) 부가가치세법 시행령 제21조 (제화의 공급시기)
• 다. 인정사실

(1) 원고는 2001년 제2기 2001.8.20. 3,000,000원, 2001.11.16. 3,600,000원의 CK시스템용 소모품을 이○석에게 공급하였으나 부가가치세 및 법인세 신고시 매출을 누락하였고, 2003년 제2기에 2003.7.30. 3,000,000원, 2003.8.20. 4,500,000원, 2003.11.4. 4,500,000원, 2003.12.31. 1,500,000원의 CK시스템용 소모품을 이○석에게 공급하였으나 역시 부가가치세 및 법인세 신고시 매출을 누락하였다

(2) 원고는 2002.10.14. 이○석에게 CK시스템 1대 (이하 이 사건 구장비라 한다)를 공급가액 60,000,000원에 매도하고 2002.10.15. 매매대금 중 30,0000,000원과 소모품대금 1,800,000원을 지급받았다.

(3) 이후 원고는 이 사건 구 장비의 결함을 이유로 한 이○석의 반품 요구를 받아 들어 2003.1.10. 이 사건 구 장비를 회수하고, 함께 회수한 소모품대금 3,200,000원을 합한 35,000,000원을 이○석에게 반환하였는데, 대금의 반환은 원고가 이○석에게 직접 지급하지 않고 원고와 거래관계에 이던 ○○알콘 주식회사가 이○석의 예금계좌로 송금하는 방법으로 하였다

(4) 원고는 2003.3.6. 다시 이○석에게 CK시스템 1대(이하 이 사건 신 장비라 한다)를 공급가액 70,000,000원에 매도하고 매매대금 중 30,000,000원과 소모품대금 10,000,000원을 지급받았으며, 앞서 본 거래 내역과 같이 2003.5.26.부터 2003.12.31.까지 사이에 소모품 16,500,000원 어치를 공급하였다.

(5) 원고는 2005.10.5. 이○석에게 CK 시스템 및 소모품 공급 명목으로 공급가액 50,000,000원의 세금계산서 1장을 발행하였다. [인정근거] 갑 제2호증, 제3호증의 1, 2, 제4-7, 11, 13호증, 을 제6호증의 2~4, 제7호증, 제8호증의 1~3, 제9호증의 1~7의 각 기재, 증인 이○석의 증언, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 이 사건 처분 중 2003년 제2기 부가가치세 2,042,080원의 부과처분 및 6,600,000원을 원고 대표이사 최○룡에 대한 2001년 귀속 상여로 소득처분하여 한 소득금액변동통지의 적법 여부 원고가 2001년 제2기에 합계 6,600,000원, 2003년 제2기에 합계 13,500,000원의 CK시스템을 소모품을 이○석에게 공급하고서도 각 부가가치세 및 법인세 신고시 매출을 누락한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 이를 전제로 2001년 제2기의 매출누락액을 귀속불명 사외유출로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분한 조치와 2003년 제2기 부가가치세를 부과한 처분은 모두 적법하다(원고가 2005.10.5. 발행한 공급가액 50,000,000원의 매출세금계산서는 위 각 처분과는 과세기간을 달리하는 것이어서 여기에 영향을 미칠 수 없다).

(2) 이 사건 처분 중 전항을 제외한 나머지 처분(이하 이 부분 처분이라 한다)의 적법여부 피고는 원고가 2002년 제1기에 3,000,000원, 2002년 제2기에 31,800,000원, 2003년 제1기에 43,000,000원, 2003년 제2기에 13,500,000원의 각 매출을 누락하였음을 전제로 하여 이 부분 처분을 하였다. 그러나 앞서 인정한 사실에 의하면 원고가 2002년 제2기에 이 사건 구 장비를 공급하고 매출신고에서 누락한 금액은 외상매출금을 합하여 61,800,000원이고, 2003년 제2기에 이 사건 구 장비를 회수하고 대금을 반환한 후 다시 이 사건 신 장비를 매도함으로써 매출신고에서 누락한 금액은 800,000원이 되므로, 이 부분 처분에는 과세표준과 세액 산출의 근거가 되는 원고의 매출에 관한 사실을 잘못 인정한 위법이 있다. 따라서 이 부분 처분 중 정당하게 계산된 세액을 초과하는 부분은 취소되어야 하나, 이 사건 변론에 제출된 자료만으로는 그 각 과세기간 별로 정당한 세액을 구분하여 산출하는 것이 불가능하므로 위 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

그렇다면 이 사건 소 중 원고가 2008.9.19.자 보정소로 추가한 청구취지 부분과 2001년 사업년도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 피고가 2007.4.13. 원고에 대하여 한 2002사업년도 법인세, 2003사업년도 법인세, 2002년 제2기 부가가치세, 2003년 제1기 부가가치세의 각 과세처분과 소득자를 최○룡으로 하여 소득처분한 2002년 귀속 34,800,000원, 2003년 귀속 56,500,000원의 각 소득금액변동 통지를 취소청구는 이유 이어 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

그렇다면, 원고들의 이 사건 소 중 2차 처분 중 제11 내지 15번의 각 부과처분과 3차 처분 중 제22, 24, 27, 29 내지 34번의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고들의 각 나머지 청구는 이유 이어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.