실지거래가액으로 과세하는 경우에 기준시가에 의한 양도소득세를 초과하지 못함

1. 피고가 원고에 대 하여 2007. 9. 3. 한 2002.귀 속 양도소득세 161,877,350원과 2007. 11. 1. 한 2002.귀속 양도소득세 31,270,360원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

갑 제1, 3 내지 10호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다의 각 사실을 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2002. 5. 30. ○○시 ○○동 375-1 과수원 3,206㎡ 중 2/1 지분(이하 ’이 사건 부동산’이라 한다)을 최○두에게 양도하고, 실지거래가액을 기준으로 양도가액 250,000,000원, 취득가액 232,500,000원, 양도차액 9,130,000원으로 정하여 양도소득세 507,190원을 2002. 6. 3. 신고∙납부하였다.
• 나. 피고는 2007.경 이 사건 부동산의 실지거래가액에 대한 조사를 거쳐 실지거래가 액을 601,000,000원으로 보고 양도소득세를 다시 계산한 다음 원고에 대하여 2007. 9. 3. 2002.귀속 양도소득세 161,877,350원을 부과하고, 2007. 11. 1. 가산세 적용이 잘못 되었다는 이유로 2002. 귀속 양도소득세 31,270,360원을 추가로 부과하였다(이하 위 2개의 양도소득세 부과처분을 ‘이 사건 처분들’이라 한다).

• 가. 원고의 주장 이 사건 부동산의 매도 당시 양도소득세는 기준시가를 적용하여 계산한 금액을 납부하면 되었고 기준시가를 적용하여 계산하면 원고는 이 사건 부동산의 양도와 관련 하여 양도소득세를 납부할 의무가 없었는데, 회계사의 잘못된 안내로 인하여 착오에 빠져 양도소득세를 실지거래가액으로 신고한 것인바, 원고에게는 조세부담의 회피목적 이 없었음에도 불구하고, 목적이 조세회피를 방지하기 위한 소득세법 제114조 제4항 단서를 적용하여 원고에게 이 사건 처분들을 한 것은 위법하다.
• 나. 관계 법령 구 소득세법 제96조 (양도가액) 구 소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정경정 및 통지)
• 다. 판단

(1) 구 소득세법 제114조 제4항 단서의 해석 살피건대, ① 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 구 소득세법 제96 조는 양도차익의 산정방식에 관하여 원칙적으로 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되 같은 조 단서에 의하여 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 경우의 하나로 ’양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우’를 들고 있는 바, 이는 그 규정형식상 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익 산정에 관하여 기준시가 과세원칙에 대한 실질과세의 예외로서 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익 의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 취지의 규정으로 보아야 할 것인 점(대법원 2000. 4. 11. 선고 99두7227 판 결 등 참조, 다만, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 소득세법 제96조 가 개정됨으로써 그 때부터 양도차익의 산정방식에 관한 원칙이 종전의 기준시가방식에서 실지거래가액방식으로 전환된 것으로 보이므로, 위 개정 이후의 양도분에 대하여는 더 이상 위와 같은 해석이 유지될 수 없을 것이다), ② 따라서, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 는 그 규정취지로 보아 실지거래가액에 의한 양도차익이 기준시가에 의한 그것보다 낮아 납세자에게 유리한 경우를 전제로 하는 것으로 양도자의 신고가 있으면 어떤 경우이든 그 실지거래가액을 조사하여 조사된 가액 을 기초로 하여 양도소득세를 부과할 수 있다는 취지는 아닌 것으로 보아야 하는 점, ③ 비록 2001. 12. 31. 법률 제6557호로 구 소득세법 제114조 제4항 단서를 신설한 입 법의도가 납세자가 실지거래가액을 허위로 신고한 경우에 과세관청이 조사∙확인한 실지거래가액에 의하여 과세표준과 세액을 경정하여도 그로 인한 양도소득세가 기준시가 에 의하여 산정한 양도소득세보다 높은 경우 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세로 과세하여야 한다는 종래의 대법원 판결을 변경하기 위한 것이라 하더라도, 구 소득세 법상 인정되는 기준시가 과세원칙, 당해 조문의 문언내용과 구 소득세법상의 조문체계 및 규정형식(특히 양도소득과세표준 확정신고기한까지 신고한 경우에만 적용되도록 한 점) 등에 비추어, 위 단서 조항은 그와 같은 입법의도에도 불구하고 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 규정취지에 부합되게 해석하여야 할 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 구 소득세법 제114조 제4항 단서는 양도자가 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신 고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때 에는 그 확인된 가액에 의하되, 다만 그 확인된 가액에 의하여 산정한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세를 초과하지는 못하는 것으로 해석함이 상당하다. 따라서 이러한 점을 지적하는 취지의 원고 주장은 이유 있다.

(2) 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세의 산정 이 사건 부동산의 양도와 관련한 양도소득세를 기준시가를 기준으로 산정하면 그 세액이 0원이 된다는 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없는바, 따라서 이 사건 부동산의 양도와 관련한 양도소득세가 없음에도, 피고가 이와 달리 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분들은 위법하다.

그렇다면, 이 사건 처분들은 위법하여 취소함이 상당하므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용한다.