토지수용 협의 중에 실가과세로 변경된 경우 기준시가 적용 가능 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 10. 12. 원고에 대하여 한 양도소득세 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 소유이던 구리시 ○○동 ○○○-35 답 877㎡와 같은 동 ○○○-2 전 53㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 구리시장이 시행하는 국도 47호선 확장공사(신내시계~남양주 퇴계원시계)에 편입된 후, 원고는 2003. 12. 12. 구리시장으로부터 이 사건 토지 및 지장물에 대한 손실보상금을 207,197,000원으로 한 손실보상협의요청을 받았다.
• 나. 이에 원고는 구리시장을 상대로 의견서 제출 및 이 사건 토지에 대한 재감정 요구 등 이의신청민원을 제기하여 구리시장과 협의를 조정해 오다 2007. 2. 14. 최종적으로 손실보상금을 375,450,000원(지장물 포함시 418,725,000원)으로 협의한 후, 같은 날 구리시에이 사건 토지에 대하여 ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로 한 소유권이전등기 절차를 이행하고, 구리시장으로부터 같은 달 15. 위 손실보상금 375,450,000원을 지급받았다.
• 다. 그 후 원고는 2007. 4. 30. 이 사건 토지에 대한 양도가액을 375,450,000원으로 하여 양도소득세 36,294,440원을 예정신고ㆍ납부하였다가 2007. 7. 30. 세액계산 잘못으로 인한 양도소득세 14,293,600원을 추가납부한 후, 2007. 8. 16. 이 사건 토지의 양도시기를 토지수용에 따른 사업시행자의 손실보상협의요청일인 2003. 12. 12.로 주장하면서 이를 기초로 2003. 12. 12. 당시의 공시지가를 기준으로 그 양도가액을 산정하고 양도소득세를 재계산하여 양도소득세 19,593,160원의 환급을 요구하는 내용의 경정청구서를 제출하였다.
• 라. 피고는 이 사건 토지의 양도시기는 손실보상금에 대한 협의가 성립되어 손실보상금을 수령하는 경우에 해당하므로 손실보상금 수령일인 2007. 2. 15.과 소유이전등기일인 2007. 2. 14. 중 빠른 날인 소유권이전등기일을 이 사건 토지의 양도일로 보고 원고의 당초 신고가 정당하다는 이유로, 2007. 10. 12. 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2007. 12. 17. 국세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2008. 3. 21. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1~4(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을1~3, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

(1) 이 사건 토지의 수용으로 인한 보상가격의 협의 중에 소득세법의 양도가액의 산정기준이 2006. 12. 31. 기점으로 기준시가에서 실거래가로 변경됨에 따라 개정된 세법을 납세의무자에게 적용하는 것은 다음과 같은 점에서 타당성을 잃은 것으로서 부당하다. (가) 이 사건 토지는 공익사업을 위한 토지로 수용하는 것으로서 기업자는 원고의 의사와 관계없이 사업이 확정된 시기에 토지를 수용할 수 있는 법률적 권한을 갖게 됨으로써 공탁 등의 방법으로 토지소유자에게 손실보상금을 지급하고 수용절차를 취한 경우에는 그 양도시기가 소득세법의 개정 전 또는 그 후일지는 기업자 측에 의하여 일방적으로 정해진다. (나) 공익사업을 위한 토지수용의 경우에는 주위 토지의 시세에 비해 현저히 저가로 평가가 이루어져 토지소유자로서는 제대로 평가된 손실보상금을 받기 위하여 재감정 등의 권리를 행사하여 그 협의에 이르기까지 통상 시일이 경과되는데, 이와 같이 헌법 내지 법률에 보장된 토지소유자의 권리의 행사에 의해 부득이 하게 생길 수밖에 없는 시일의 경과로 인한 불이익을 토지소유자에게만 부담시키는 것은, 사실상 토지소유자에게 최조 제시된 보상가의 수용을 강제하여 헌법상 또는 법률상의 권리 행사를 정당한 이유 없이 제한하는 것이다.

(2) 재감정 등을 통하여 정당한 보상을 요구하는 토지소유자의 권리행사에 의한 시일의 경과를 토지소유자의 귀책사유로 돌려 납세의무가 무거운 개정된 세법을 적용하는 것은 국세기본법 제18조 소정의 소급과세금지의 원칙에 위반된다.

• 나. 판단

(1) 개정법 적용이 부당하다는 주장 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 자산의 취득시기 및 양도시기에 관하여 대통령령에 포괄적으로 위임하고 있고, 그 위임에 의하여 소득세법시행령 제162조 에서 취득시기 또는 양도시기를 구체적으로 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석ㆍ적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 등 참조). 그런데 원고 주장의 사정은 법령에 근거를 두지 않고 원고의 개인적인 사실상의 사정에 터 잡은 것에 불과한 것으로서 위와 같이 ‘자산의 취득시기 및 양도시기를 의제하고 있는’ 소득세법 제98조 및 법 시행령 제162조의 규정에 정면으로 반하는 내용이므로 원고의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

(2) 소급과세금지원칙의 위반에 대한 주장 국세기본법 제18조 제2항 은 ‘국세를 납부할 의무가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다’고 규정하고 있는바, 원고는 이 사건 토지의 양도시기를 구리시장의 손실보상협의 요청일인 2003. 12. 12.로 보아 이를 기초로 납세의무가 성립하였음을 전제로 위와 같은 주장을 하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 원고는 손실보상금을 수령하기 전에 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기절차를 마쳤는바, 소득세법 제98조 및 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 의하면 이 사건 토지의 양도시기는 소유권이전등기일인 2007. 2. 14.이 되고 이를 기초로 납세의무가 성립하는 것이므로 원고의 위 주장 역시 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.