분양권 양도와 관련하여 기 납부한 부가세를 양도소득세에서 공제할 수 있는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고가 2007. 9. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 106,535,018원의 부과처 분 중 35,890,909원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 2005. 12.경 소외 주식회사 ◯◯공영으로부터 신축 중이던 서울 ◯☆☆ ◯◯동 1280-6 ◯◯뉴타운 ◯◯단지 내 제상가동 제108호 내지 112호의 분양권(이하, 이 사건 분양권이라 한다)을 12억 원에 취득하였다가, 2006. 1. 20. 소외 허☆☆에게 14억 3,000만 원에 양도하였으나, 이를 사업소득으로 보아 양도소득세 신고, 납부를 하 지 않았다(대신에 원고는 위 분양권의 양도와 관련하여 2006. 8. 9. 2006년 l기분 부가가치세 24,710,360원을 확정 신고, 납부하였다).
• 나. 원고는 2006. 8. 22. 소외 허☆☆로부터 완공된 제상가동 제108호 내지 112호 (이하, 이 사건 상가라 한다)를 15억 원에 다시 취득하고, 같은 날 그 중 제112호(이하, 이 사건 부동산이라 한다)를 소외 김○만에게 3억 2,500만 원에 양도한 후, 그 취득가액을 4억원으로 하여 양도차손 75,000,000원이 발생한 것으로 2006년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 다. 피고는 2007. 6. 20. 성동세무서장으로부터 정기 감사 결과에 따른 양도소득세 결정 내용을 통보받고, 2007. 9. 1. 이 사건 분양권의 양도가액을 14억 3,000만 원, 취득가액을 12억 원으로 적용하여 산출한 104,402,170원의 양도소득세와, 이 사건 부동산의 양도가액을 3억 2,500만 원, 취득가액을 이 사건 상가의 기준시가 합계액에서이 사건 부동산의 기준시가가 차지하는 비율을 기준으로 안분계산 한 296,535,000원으로 적용하여 산출한 12,509,490원의 양도소득세 등 합계 116,911,660원을 원고에게 2006 년도 귀속 양도소득세로 부과하였다(이하, 이 사건 처분이라 한다).
• 라. 이에 대하여 원고는 2008. 4. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2008. 9. 26. 이 사건 부동산의 취, 등록세를 필요경비로 추가 공제하라는 취지의 결정이 있자, 피고는 2008. 10. 9. 10,376,653원을 감액하는 내용의 양도소득세 감액경정 처분을 하였다(위 감액경정처분으로 인하여 2006년 귀속양도소득세는 106,535,018원으로 감액되었다).
• 마. 이에 대하여 원고는 2008. 2. 12. 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소송을 제기 하였다.
• 바. 그 후, 피고는 2009. 6. 1. 이 사건 분양권의 양도와 관련하여 원고가 기 납부한 2006년 1기분 부가가치세 24,710,360원을 필요경비에서 배제하여 16,303,890원을 증액 하는 내용의 양도소득세 증액경정 처분을 하였다(이하, 이 사건 증액경정 처분이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 1 내 지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 2005. 12.경 이 사건 분양권을 소외 주식회사 ◯◯공영으로부터 12억 원에 취득하여 2006. 1. 20. 허☆☆에게 14억 3,000만 원에 양도함으로써 2억 3,000만 원 상 당의 양도차익이 발생한 사실은 맞으나, 그 후 완공된 이 사건 상가를 2006. 8. 22. 허 시구로부터 다시 취득하면서 위 상가 중 이 사건 부동산을 4억 원에 취득하고, 2006. 8. 22. 3억 2,500만 원에 양도하여 75,000,000원의 양도차손이 발생하였고, 그 이외에 위 부동산의 취, 등록세로 18,400,000원을 지출하였으므로, 위 각 양도와 관련된 양도 소득세 과세표준은 일응 113,600,000원(230,000,000원 - 75,000,000원 - 18,400,000원) 이 되고, 여기에 1년 미만 보유의 경우에 적용되는 세율 50%를 적용하면 양도소득세 는 56,800,000원으로 산정되며, 여기에서 다시 이 사건 분양권의 취득, 양도 과정에서 신고, 납부한 부가가치세 20,909,091원을 공제하면, 실제 납부할 2006년도 귀속 양도소득세는 35,809,909원(56,800,000원 - 20,909,091원)에 불과하다. 따라서 이 사건 처분 중 35,809,909원을 초과한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 판단

(1) 이 사건 부동산의 실지 취득가액이 4억 원인지 여부 (가) 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항에 의하면, ’토지 및 건물 등을 포함한 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하되, 다만, 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도와 취득 후 l년 이내의 부동산을 양도하는 경우 등에는 실지 거래가액을 기준으로 양도가액을 산정한다.’고 규정하고, 그와 아울러 동법 제100조 제1항은 위와 같이 양도가액을 실지 거래가액에 의해 산정할 경우 그 취득가액도 실지거래가액에 의해 산정하도록 규정하고 있다. 따라서 원고가 2005. 12.경 이 사건 분양권을 취득하여 2006. 1. 20. 양도하고, 2006. 8. 22. 허☆☆로부터 완공된 이 사건 상가를 다시 취득한 후 같은 날 위 상가 중 이 사건 부동산을 양도하였으므로, 원고는 이 사건 분양권 및 이 사건 부동산을 포함 한 이 사건 상가의 양도와 관련하여 실지 양도가액과 실지 취득가액을 기준으로 양도 차익을 산정하여 양도소득세를 납부하여야 한다. (나) 그러므로 원고가 주장하는 바와 같이 완공된 이 사건 상가를 2006. 8. 22. 허☆☆로부터 15억 원에 다시 취득하면서 그 중 이 사건 부동산을 4억 원에 취득하였 는지 여부에 관하여 살피건대, 갑 제4호증의 기재에 의하면, 원고가 2006. 8. 22. 허○구로부터 완공된 이 사건 상가를 합계 15억 원에 취득하기로 하는 매매계약을 체결하면서 당일 대금 전액을 지급받기로 하는 내용의 매매계약서가 작성되어 있고, 위 매매 계약서 별지 목록1 제5항 우측에는 이 사건 부동산의 매매가액의 표시로 보이는 ’4억 원’이, 같은 목록 제1 내지 제4항 우측에는 각 나머지 상가들의 매매가액의 표시로 보이는 ’2억 7,500만 원’이 각 수기로 표시되어 있는 사실을 인정할 수 있으나, 다른 한 편, 을 제2 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정 되는 다음과 같은 사정, 즉, 원고는 이 사건 부동산은 공급면적(전용면적 + 공용면적) 이 52.3㎡로서 나머지 상가들(l08호 내지 111호)과 전용면적이 같거나 오히려 조금 작 고, 완공 후 최초 고시된 2007. 1. 1.자 평방미터당 기준시가도 6,806,000원으로서 이 사건 상가 중에서 제일 적음에도, 원고가 주장하는 이 사건 부동산의 매매가액이 4억 원으로서 나머지 상가들의 매매가액이라는 2억 7,500만 원보다 현저히 높은 점, 원고 가 이 사건 부동산의 취득가액이 4억 원이라는 근거로 제시하는 2006. 8. 22.자 매매계 서(갑 제4호증)에도 인쇄체로 이 사건 부동산을 포함한 상가 전체를 매매대상으로 하여 15억 원에 일괄하여 매매계약이 이루어 진 것으로 기재되어 있고, 원고가 주장하는 4억 원은 별지 목록1에 수기로 가필된 것으로서 정정인의 날인도 없는 점, 이 사건 부동산의 취득, 양도가 같은 날 이루어졌음에도 75,000,000원의 손실을 감수한다는 것 은 이례적 인 점, 원고에게 이 사건 분양권을 양도할 당시 포괄하여 매매대금을 정하였다는 취지의 매도인 허☆☆의 확인서(을 제3호증)가 있다는 점 등에 비추어 보면, 원 고 제출의 위 갑 제4호증(매매계약서)의 기재는 쉽사리 믿기 어렵고, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제10호증의 각 기재만으로는 위와 같은 원고 주장의 실 지 취득가액을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. (다) 그런데, 구 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령(2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제4항 단서 및 같은 항 제1호에 의 하면, 구 소득세법 제100조 제2항 에 의하여 실지 거래가액에 의한 양도차익(양도가액, 취득가액)을 산정함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가 가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 및 같은 항 제l호의 규정에 따라 양도계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 하도록 규정하고 있으므로, 이 사건에서와 같이 완공된 이 사건 상가를 15억 원에 포괄적으로 취득하는 경우 그에 포함된 이 사건 부동산의 취득가액은 위 상가의 기준시가 합계액에서 이 사건 부동산 의 기준시가가 차지하는 비율에 의하여 안분계산 한 금액을 기준으로 산정하여야 할 것이다. (라) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 분양권 양도와 관련하여 기 납부한 부가가치세 24,710,000원을 양도소득세에서 공제할 수 있는지 여부 (가) 나아가, 원고가 이 사건 분양권을 양도한 후 그 양도차익 230,000,000원에 관하여 세금계산서를 발행하고 가산세를 포함하여 부가가치세 24,710,000원(부가가치세 20,909,000원 + 가산세 3,801,000원)을 신고, 납부하였으므로, 위 부가가치세 상당액을 양도소득세 기 납부세액으로 공제하여 달라는 주장에 대하여 살피건대, 원고가 2005. 12.경 소외 주식회사 ◯◯공영으로부터 신축 중이던 이 사건 분양권을 12억 원 에 취득하여, 2006. 1. 20. 허☆☆에게 14억 3,000만 원에 양도한 후, 이를 사업소득으로 보아 2006. 8. 9. 2006년 1기분 부가가치세 24,710,360원을 신고, 납부한 사실은 앞서 제1항에서 살펴 본 바와 같으나, 한편, 부가가치세와 양도소득세는 같은 국세로서 재화의 공급 내지 자산의 양도와 관련되어 있기는 하지만, 부가가치세는 사업자가 사 업상 재화나 용역을 공급하는 경우 등에 부과되는 세금으로서 그러한 사업목적과 상관없이 자산의 양도에 관하여 부과되는 양도소득세와는 과세요건과 과세표준 및 세율이 달라 상호간에 공제를 하는 것은 불가능하다고 할 것이다{원고가 이 사건 분양권의 양 도와 관련하여 양도소득세를 신고, 납부할 것을 사업소득으로 보아 부가가치세 신고, 납부를 하였다면, 이는 환급 등의 대상이 될 뿐이고, 실제 을 제7 내지 9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 피고는 2009. 6. 16.자로 원고가 기 신고, 납부한 2006년 1 기분 부가가치세 24,710,360원이 환급 대상이나 기 체납한 양도소득세가 있으므로 위 환급 세액에 가산금 3,242,090원을 합한 금액을 위와 같이 원고가 체납한 양도소득세 에 충당한 사실을 인정할 수 있다}. (나) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 그러므로, 이와 결론을 같이 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여, 주문과 같 이 판결한다.