신축주택 감면관련 5년간 발생한 소득금액 감면시 안분기준으로 일할계산해야 된다는 주장의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 11. 6. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 14,208,370원 및 주민세 1,420,830원의 반환경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2001. 12. 29. 서울 강○구 도○동 삼○래미안 104동 102호(전유면적 84.89㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 신규분양으로 취득하여 보유하다가 2008. 6. 9. 이를 소외 이○태 등에게 양도하였다.
• 나. 원고는 2008. 8. 8. 피고에게 이 사건 주택의 양도와 관련하여 양도가액 920,000,000원에서 취득가액 259,570,000원과 필요경비 등을 공제한 양도차익을 641,594,080원으로 하여 양도소득세 과세표준신고를 하면서 원고가 1세대 1주택이고, 이 사건 주택은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 (이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)에 해당하는 신축주택임을 전제로 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 (이하 ‘이 사건 시행령 규정’이라 한다) 등의 규정에 의하여 산출한 양도소득세 14,208,370원을 2008년 귀속 양도소득세로 자진신고, 납부하였다.
• 다. 그 후 원고는 2008. 9. 12. 이 사건 특례규정에서는 해당 신축주택 취득 후 5년을 과세대상에서 차감하도록 되어 이 경과하여 양도한 경우 5년간 발생한 양도소득 있는데, 이 사건 시행령 규정 등에서는 5년간 발생한 양도소득금액의 계산방법에 관하여 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득 당시의 기준시가를 차감하도록 규정함으로써 2006년도 기준시가 기준일인 2006. 1. 1.부터 이 사건 주택의 취득일로부터 실제 5년이 되는 날인 2006. 12. 29.까지 발생한 양도소득금액을 차감 받지 못하는 결과가 되어 부당하다는 이유로 기납부한 청구취지 기재 양도소득세 및 주민세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였는데, 피고는 2008. 11. 6. 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 포함), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

피고는 먼저 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소가 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 소로서 부적법하다고 주장하나, 갑 제6호증의 기재에 의하면, 원고는 이 사건 소 제기 무렵 조세심판원에 심판청구를 하여 2009. 2. 26. 기각결정을 받음으로써 전심절차를 거쳤음이 명백하므로, 피고의 위 주장은 이유가 없다.

• 가. 원고의 주장 2006년 중반기 이후 아파트 가격이 수직 상승하면서 이 사건 주택의 기준시가도 2006. 1. 1. 기준 584,000,000원에서 2007. 1. 1. 기준 736,000,000원으로 급격히 상승 하였는데, 이 사건 시행령 규정에 의할 경우 2006년도 기준시가가 공시된 2006. 1. 1. 부터 실제 이 사건 주택의 취득일로부터 5년이 되는 날인 2006. 12. 29.까지 상승한 양도소득금액에 대하여는 양도소득세를 감면받지 못하는 결과가 되므로, 이 사건 시행령 규정은 실질과세의 원칙에 반하여 무효이고, 이를 근거로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련법령 별지 관련 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 먼저 이 사건 시행령 규정이 실질과세의 원칙 등에 비추어 무효인지 여부에 관하여 보건대, ① 이 사건 특례규정은 부동산 경기침체에 따라 주택건설을 장려하고 부동산 경기를 부양시키기 위하여 일정 기간 내에 취득한 신축주택의 양도에 따라 발생하는 양도소득세를 감면하여 주는 특혜규정이라고 할 것인데, 이와 같은 특혜규정을 입법함에 있어서 어느 범위의 양도소득에 대하여 세금을 감면하여 줄 것인지 여부에 관하여는 당해 규정의 입법목적이나 정책적 기술적 판단에 따라 입법자에게 광범위한 입법형성적 재량이 부여되어 있다고 보이는 점, ② 이 사건 특례규정에서는 일정한 신축주택에 대하여 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우 당해 주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 하면서, 같은 조 제4항에서는 특례규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항을 대통령령에서 위임하고 있고 그 위임에 따라 이 사건 시행령에서는 제40조 제1항의 규정을 준용하여 5년간 발생한 양도소득금액을 “양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)”의 방법으로 계산하도록 하고 있는바, 이 사건 시행령은 이와 같이 특혜규정인 모법의 위임근거 규정에 따라 마련된 규정인 점, ③ 이 사건 시행령 규정은 실제 취득일로부터 5년이 되는 날에 실제 양도행위가 없어 5년간 발생한 실제 양도소득금액을 확정할 수 없음에도 이 사건 특례규정에 의하여 5년간의 양도소득금액의 계산하여야 할 필요성에 따라 마련된 의제적이고, 기술적인 규정에 불과하고, 실제 부동산의 가격은 1년 중에도 등락을 계속하는 것이므로 이를 규정함에 있어서 양도일이 속하는 연도 기준시가와 다음 연도 기준시가의 차액을 기준으로 양도일이 속하는 연도의 1. 1부터 실제 주택 양도일까지의 주택가격 등락분을 일할계산하지 않았다고 하더라도 이와 같은 규정이 반드시 납세자에게 불리한 규정이라거나 실질과세의 원칙에 반하는 규정이라고 보기 어려운 점, ④ 일반적으로 기준시가는 매년 1. 1.을 기준으로 공사되어, 다음 기준일의 기준시가가 결정, 고시되기 전까지 기준시가로 적용되는 것으로 소득세법 시행령 제164조 제3항 에서도 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의하도록 하고 있는 점 등을 고려하여 보면, 이 사건 시행령 규정이 실질과세의 원칙에 반하는 무효의 규정이라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 시행령 규정에 근거하여 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이 사건 시행령이 무효임을 전제로 한 원고의 주장은 이유가 없다.

그렇다면, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.