장기보유특별공제 특례(45%)가 적용되는 1세대1주택 소유자에 비거주자를 포함할 수 있는지 여부

1. 피고가 2007. 8. 27.자로 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 비거주자로서 1986. 6. 27. 서울 ○○구 ○○동 ○○○-1외 2필지 소재 ○동 아파트 5동 203호(이하 이 사건 부동산이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007. 4. 16. 김○리에게 850.000.000원에 양도하였다.
• 나. 원고는 2007. 3. 12. 이 사건 부동산의 처분과 관련하여 양도차익을 778,281,804 원으로 계상하고 여기에 장기보유특별공제 30%를 적용하여 양도소득세 165,174,310원 을 산출하여 양도소득세예정신고를 하였다.
• 다. 원고는 위와 같이 양도소득세예정신고를 한 후 2007. 4. 5. 이 사건 부동산을 보유한 기간이 15년 이상에 해당하므로 구 소득세법(2007. 12. 3

1. 법률 제8541호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 제3호의 단서에 따라 장기보유특별공제율을 45%로 적용하여 양도소득세 37,824,490원의 환급을 요구하는 경정청구를 하였다.

• 라. 피고는 2007. 8. 27. 위 구 소득세법 단서 규정은 거주자인 경우에만 적용되는 것으로 비거주자인 원고에게는 적용되지 않는다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장과 처분의 적법여부

• 가. 당사자의 주장 원고는 구 소득세법시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제159조의2는 [법 제95조 제2항 제3호 단서에서 "대통령령이 정하는 1세대 l주택"이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155 조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.] 라고만 규정하고 있고‘ 1 세대’에 관하여 명시적으로 정의하고 있지 않으므로 같은 법 시행령 제154조에서 말하는‘ 1 세대’의 개념과 동일하게 볼 수 없고, 나아가 동일하게 보더라도 구 소득세법 제121조 제2항이 비거주자에 대하여 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하고 있어 위 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서규정은 비거주자에게도 적용되므로 장기보유특별공제율은 45% 가 적용되어야 함에도 피고가 원고의 양도소득세 경정청구를 거부하였으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여, 피고는 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서는‘대통령령이 정하는 1 세대 1 주택’의 경우 45% 의 장기보유특별공제율을 적용한다고 규정하고 있고, 1 세대는 구 소득세법시행령 제154조 제1항에서 규정하고 있는 바와 같이‘거주자 및 그 배우자 가 그들과 통일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1 세대’를 의미하므로 비거주자에게는 장기보유특별공제율 45% 가 적용되지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.
• 나. 관련법령 소득세법 제89조 (비과세양도소득) 소득세법 제95조 (양도소득금액) 소득세법 제121조 (비거주자에 대한 과세방법) 소득세법 시행령 제154조 (1세대1주택의 범위) 소득세법 시행령 제159조의2 (15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택)
• 다. 판단 비거주자에 대한 양도소득세의 과세는 거주자와 달리 개별규정을 두지 않고 구 소득세법 제121조 제2항에서‘거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라는 일반 규정만을 두고 있는바, 이 사건의 쟁점은 결국‘거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라는 의미를 어떻게 이해하여 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서를 적용할 것인지에 있다 할 것이다. 살피건대 ① 구 소득세법 제 3 장은‘거주자’의 양도소득에 대한 납세의무를 규정하고 있으므로 구 소득세법 제89조, 제95조 제2항 제3호 단서 및 같은 법 시행령 제154조, 제159조의2에서 말하는‘1세대’는 당연히 거주자를 전제로 한 개념정의에 불과하다는 점, ② 장기보유특별공제란 부동산 양도의 경우 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도 하게 누적되는 것을 감안하여 일정기간 이상 보유한 부동산 양도에 있어 양도소득금액 을 계산할 때 양도차익의 일정부분을 공제하여 주는 제도로, 그 목적은 부동산의 건전 한 투자행태 내지 소유행태를 유도하고 또한 양도소득은 계속·반복적으로 발생하는 사업소득과 달리 장기간 보유함으로써 형성된 소득이 양도시점에 와서 실현된 것으로 서 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강하므로 물가상승분을 공제하여 주는데 있는 바, 그 제도의 취지나 성격면에서 비과세나 감면과는 달라 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없는 점, ③ 양도소득세의‘과세’란 그 취지상 특별한 사정이 없는 한 양도가액, 양도소득금액, 양도소득과세표준, 세액 등을 계산하여 양도소득세를 부과한 다는 넓은 의미로 이해하여야 한다는 점, ④ 중과세율을 규정하고 있는 구 소득세법 제104조 제l항 및 관련 시행령(같은 법 시행령 제167조의4 내지 6)도‘1세대’라는 용어를 사용하고 있음에도 불구하고 중과세율은 거주자는 물론 비거주자에게도 적용된다는 것이 일반적인 해석론이자 실무인 점 (1 세대를 거주자에 한정된 개념으로 본다면 비거주자의 경우에는 중과세율을 적용할 수 없다고 보는 것이 논리적이다. 그러나 그렇게 보면 부동산 투기수요를 억제한다는 목적에서 두게 된 중과세율이 비거주자에게 적용 되지 않게 되어 입법목적에 반한다), ⑤ 비과세나 감면 등과 달리 장기보유특별공제는 그 성격상 물가상승에 대한 공제의 의미가 강하므로 거주자나 비거주자를 특별히 차별하여 적용할 여지가 없는 점, ⑥ 구 소득세법 제89조 와 구 소득세법시행령 제154조 는 비과세되는 양도소득에 관한 규정이고 비과세는 기본적으로 과세소득이 아니라는 점에서 이는 거주자에 한정하여 적용하여야 할 필요성이 있지만, 일단 과세소득에 포함되는 소득에 대한 과세의 경우에 있어서는 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불라 하게 차별하거나 우대하는 것을 허용하지 않는 조세평등주의 원칙상 거주자와 비거주자를 차별하여서는 아니 되는 점, ⑦ 장기보유특별공제를 규정한 구 소득세법 제95조 제2항 제 1, 2 호 및 제3호 본문은 거주자와 비거주자에게 모두 적용되는데, 3 호 단서만 비거주자에게 적용되지 않는다는 합리적인 이유가 없는 점, ⑧ 구 소득세법 제95조 제2항 제1, 2호 및 제3호 본문은 거주자에 대한 규정인데 이를 비거주자에게도 적용된다고 보는 이유는 구 소득세법 제121조 제2항 을 근거로 위 규정의‘거주자’를 비거주자 로 대체하여 해석하기 때문인 점, ⑨ 양도소득에 대하여‘거주자와 동일한 방법으로 과세’한다는 의미는 양도소득세 계산구조에서 보면 거주자와 동일한 방법으로 양도가액, 양도소득금액, 양도소득과세표준, 세액 등을 계산하여야 한다는 것이므로 양도소득금액 을 계산함에 있어 공제되는 장기보유특별공제도 거주자와 동일하게 적용하여야 한다고 보아야 한다는 점 등에 비추어 보면, 비거주자에 대한 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서 및 시행령 제159조의2를 적용함에 있어 1세대는‘거주자’를‘비거주자’로 대체 하여‘비거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1 세대’라고 해석함에 상당하다. 요컨대, 구 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서가 규정하는 장기보유특별공제도 비거주자에게 적용된다고 보아야 할 것이다. 따라서 이와 달리 비거주자에게는 위 단서 규정이 적용되지 않는다고 보아 한 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.

론 그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.