법인세신고서를 신고함에 투입하였는지와 사업연도를 달리하여 환급청구가능여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 6. 1. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 4,831,080원의 부과처분을 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제4, 5호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2003. 2. 26. 원고의 2002 사업연도 법인세를 신고하면서, 원고가 1999 및 2000 사업연도 법인세로서 피고로부터 환급받을 3,585,490원(1999 사업연도 분 33,050원 + 2000 사업연도 분 3,552,370원)이 기한 후 신고로 인정되는 바람에 위 금액을 환급받지 못하였다는 이유로, 위 금액을 아래 <당초 신고내역> 기재와 같이 기타공제세액(이하 ‘이사건 공제세액’이라고 한다)으로 하여 공제하는 것으로 신고를 마쳤다. <당초 신고내역> (단위: 원) 과세표준 산출세액① 가산세액② 총결정세액③

① + ② 원천납부세액

④ 자진납부세액

⑤ 기타공제세액

⑥ 차감세액

③ -④-⑤-⑥ 36,808,390 4,417,006 1,029,498 5,446,504 9,800 -1,434,967 3,585,490 3,286,181

• 나. 피고는, 이 사건 공제세액은 위 사업연도 공제항목과 아무런 관련이 없다는 이유로, 2006. 6. 16. 원고에게 아래 <경정내역> 기재와 같이 위 공제세액을 공제하지 아니하는 것으로 하여 산출한 2002 사업연도 법인세 4,831,080원을 경정고지 하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다). <경정내역> (단위: 원) 과세표준 산출세액① 가산세액② 총결정세액③ (① + ②) 원천납부 세액④ 자진납부 세액⑤ 기타공제 세액⑥ 차감세액⑦ (③-④-⑤-⑥) 당초세액

⑧ 차감고지세액 (⑦-⑧) 36,808,390 4,417,006 2,275,097 6,692,103 9,800 -1,434,967 0 8,117,270 3,286,181 4,831,089

• 다. 원고는 2006. 6. 20. 이의신청을 거쳐 같은 해 7. 31. 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2006. 11. 8. 원고의 심판청구를 기각하였다.

• 가. 원고의 주장 원고는 2001. 3. 30. 원고의 2000 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 피고 세무서 현관 접수함에 투입하였는데 위 신고서가 처리되지 아니하여 원고가 2000 사업연도 법인세에 관하여 기한 후 신고한 것으로 처리하였고, 원고는 위기한 후 신고에 의하여 환급받지 못한 이 사건 공제세액 3,585,490원을 2002 사업연도 법인세 신고 시 기타공제세액으로 공제하여 신고하였다. 피고의 이 사건 부과처분은 법인세 신고여부의 입증책임을 납세자에게만 돌리는 것으로서 부당하고 따라서 원고는 2002 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 공제세액을 공제할 수 있다.
• 나. 관계법령

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표⋅손익계산서 및 이익잉여금 처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 ‘세무조정계산서’라고 한다)

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방 국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득세에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 인정사실 앞에서 든 증거에 을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1, 2, 3의 각 기재를 종합하여 보면 다음 각 사실을 인정 할 수 있다.

(1) 원고가 제출한 1999 사업연도 법인세 신고서에는 수입금액과 당기순이익이 동일하게 27,735,000원으로 기재되어 있고, 이 금액에서 이월결손금 76,525,000원을 공제하여 과세표준이 ‘0원’으로, 기 납부세액이 ‘33,050원’으로, 법인세 과세표준 및 세액신고일이 2000. 3. 15.로 기재되어 있다. 그리고 2000 사업연도 법인세 신고서에는 누적결손금이 50,990,565원으로 과세표준이 ‘0원’으로, 중간예납세액 1,544,100원 및 원천납부세액 2,008,270원 합계 3,552,370원을 기 납부세액으로 하여 2001. 3. 30.에 신고한 것으로 되어 있다.

(2) 그러나 국세청 통합전산망에는 원고는 1999 및 2000 사업연도 법인세에 관하여 각 신고기한인 해당 사업연도 3. 31.을 경과하여, 1999 사업연도 법인세에 관하여 2002. 7. 25.에, 2000 사업연도 법인세에 관하여는 2002. 7. 31.에 각 신고한 것으로 되어 있다.

• 라. 판단 원고가 1999 및 2000 사업연도 법인세에 관하여 각 신고기한 내에 신고하였는지에 관하여 보건대, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 5의 각 기재만으로는 원고가 1999 및 2000 사업연도 법인세에 관하여 각 신고기한 내에 신고하였다는 점을 인정하기 어렵고, 달리 이 점을 인정할 아무런 증거가 없다. 가사 원고 주장이 사실이라고 하더라도 원고로서는 국세기본법 제51조 에 의하여 1999 및 2000 사업연도 법인세에 대하여 국세환급금신청을 하여 환급을 받아야 하는 것이지 피고에게 아무런 환급청구도 하지 아니한 채 임의로 이 사건 공제세액을 2002 사업연도 법인세 기타공제세액으로 산입할 수는 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.