가공거래로 본 처분에 대하여 실제 MRI장비를 구입했다는 주장의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006.3.6. 원고에게 한 2003년 2기분 부가가치세 28,183,510원의 부과처분 및 2003 사업연도 법인세 18,244,769원의 부과처분과 피고가 2006.2.23. 원고에게 한 449,100,000원의 소득금액변동총지를 각 취소한다.

• 가. 원고(변경 전 상호: 주식회사 ○○○○○교역)는 무역업 등을 영위하는 법인으로 2003년 2기분 부가가치세와 2003 사업연도 법인세의 신고·납부를 함에 있어서 ○○커뮤니케이션 주식회사(이하‘○○커뮤니케이션’이라 한다)로부터 교부받은 공급가액 합계 181,000,000원의 세금계산서 2매와 김○경이 운영하던 개인사업체인 ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니로부터 교부받은 공급가액 700,000,000원의 세금계산서 1매 등 세금계산서 3매에 기하여 그 세액을 매입세액으로 공제하고 그 매입액을 손금산입하는 등으로 산정된 2003년 2기분 부가가치세와 2003 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
• 나. 피고는 위 세금계산서 3매가 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 세액을 매입세액 불공제하고 그 매입액을 손금불산입하여 2006.3.6. 원고에게 2003년 2기분 부가가치세 (가산세 포함) 137,180,510원 및 2003 사업연도 법인세 (가산세 포함) 282,463,685원을 부과하는 한편, 위 세금계산서상의 금액(공급가액 및 부가가치세액) 합계 969,100,000원과 원고의 2003 사업연도 재무제표에 자산인 임대차보증금채권으로 계상되었음에도 당시 원고의 실제 대표자 김○경 개인의 아파트 임대차 보증금으로 쓰인 250,000,000원 등 합계 1,219,100,000원을 대표자 김○경에 대한 2003년 귀속 상여로 처분하여 2006.2.23. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 원고는 2006.4.26. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2007.8.29. 위 세금계산서 3매 중 원고가 김○경으로부터 교부받은 공급가액 700,000,000원의 세금계산서 1매는 가공세금계산서가 아닌 것으로 보아 그 매입세액을 공제하여 2003년 2기분 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하고, 그 세금계산서상의 금액을 상여처분 대상에서 제외하여 2003 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하며, 원고의 나머지 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.
• 라. 이에 따라 삼성세무서장(원고에 대한 관할이 2007.6.16. 피고의 관항에서 삼성세무서장의 관할로 변경되었다)은 2007.10.2. 원고에 대한 2003년 2기분 부가가치세 중 108,997,000원 및 2003 사업연도 법인세 중 264,218,916원을 감액하고, 2003년 귀속 상여처분액 중 770,000,000원을 감액하는 결정을 하였다{그 결과 피고가 2006.3.6. 원고에게 한 2003년 2기분 부가가치세 18,244,769원 부분만이 남게 되었고, 피고가 2006.2.23. 원고에게 한 소득금액변동통지는 449,100,000원 부분만이 남게 되었는바, 이를 통틀어‘이 사건 처분’이라 한다}. [인정근거] 갑 제20호증, 을 제2호증의 1,2, 제3호증의 2,3, 제6,10,16,17,21,22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 첫째, 원고는 ○○커뮤니케이션으로 MRI 장비 부속기기를 대금 181,000,000원에 실제로 매입하여 이를 주식회사 ○○너스(이하‘○○너스’라 한다)에 공급하고, ○○커뮤니케이션에 그 대금을 지급하였는바, 원고가 ○○커뮤니케이션으로부터 교부받은 공급가액 합계 181,000,000원의 세금계산서 2매(이하‘이 사건 세금계산서’라 한다)는 실물거래의 내용에 부합하는 것이므로, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서인 것으로 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하다. 둘째, 원고는 김○경에게 수수료 700,000,000원을 지급할 채무가 있어서 그 채무의 일부변제로 250,000,000원을 지급하였는데, 그 250,000,000원의 원고의 2003 사업연도 재무제표에는 원고 직원의 회계처리상의 실수로 임대차보증금채권으로 잘못 계상되었는바, 위 250,000,000원은 사외유출된 것이 아니어서 상여처분될 수 없는 것이고, 그렇지 않다고 하더라도 당시 김○경이 원고의 운영을 위하여 개인 자금을 제공한 가수금이 454,000,000원에 이르렀고, 위 250,000,000원은 김○경에 대한 가지급금으로 보아 김○경의 위 가수금과 사이에 공제되어야 할 것이므로, 위 250,000,000원을 상여처분 하여 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.
• 나. 인정사실

(1) 김○경은 1993.11.8.경부터 ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니를 운영하면서 대한민국 정부가 극빈국가를 지원하기 위하여 실시하는 차관사업인 EDCF사업(대한민국 정부가 외국 정부에 차관계약 형식으로 자금을 대여하되, 외국 정부가 대한민국의 제품 또는 용역을 수입하면 그 대금을 대한민국 정부가 국내 수출업체에 결제하는 방식으로 자금을 대여하는 사업)과 관련하여 국내 수출업체와 외국 정부사이의 제품 또는 용역 공급계약 체결을 알선하고 국내 수출업체로부터 그 보수를 지급받는 사업을 하여 왔는데, 한국수출입은행과 스리랑카공화국 사이에 2001.8.29. MRI 장비 2대 미화 2,600,000불에 과한 차관계약이 체결됨에 따라 국내 수출업체인 ○○너스와 스리랑카 공화국 사이의 MRI 장비 공급계약 체결을 알선하여 2003.5.경 그 공급계약이 체결되도록 하였고, 그 과정에서 2002.11.경 원고를 설립하여 (임○정을 대표이사로 내세웠다) 당초 김○경 자신이 ○○너스와 사이에 체결하였던 MRI 장비 공급계약 알선에 따른 보수 지급 약정상의 지위를 원고에게 승계하였다(그 약정에 의하면 스리랑카공화국이 차관자금이 아닌 자비로 수입하려고 하는 MRI 장비 부속기기에 관하여 원고가 ○○너스에 이를 공급하기로 하고, ○○너스는 한국수출입은행 및 스리랑카공화국으로부터 지급받을 수출대금 중 MRI 장비 2대의 대금을 제외한 나머지를 MRI 장비 부속기기의 대금 및 MRI 장비 공급계약 알선에 른 보수로 원고에게 지급하기로 하였다).

(2) 원고는 ○○너스에 모니터, 서버 등 MRI 장비 부속기기를 공급하였고, ○○너스는 2003.8.경부터 2004.9.경까지 스리랑카공화국에 MRI 장비 부속기기 대금 626,449,000원과 보수 등 합계 2,314,093,900원을 지급받았다.

(3) ○○커뮤니케이션은 2003년 1기 과세기간에 주식회사 ○○○정보통신으로부터 공급가액 합계 13,762,000원의 세금계산서를 교부받고, 2003년 2기 과세기간에 주식회사 ○○○정보통신 및 ○○○시스템으로부터 공급가액 합계 1,176,873,000원의 세금계산서를 교부받는 한편, 2003년 2기 과세기간에 원고에게 공급가액 합계 181,000,000원인 이 사건 세금계산서를 교부하고, ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니에 공급가액 합계 940,000,000원의 세금계산서를 교부하였다. 한편, 원고는 강○건의 예금계좌로 2003.8.25. 101,000,000원, 2003.8.26. 11,000,000원을 각 송금하였고, 2003.9.3. ○○커뮤니케이션 대표이사 이○원의 아들인 이○수의 예금계좌로 80,000,000원을 송급하였다.

(4) 수원세무서장은 2005.5.2. ○○커뮤니케이션에 이 사건 세금계산서를 비롯하여 2003년 1기 및 2기 과세기간에 교부받거나 교부한 세금계산서가 실물거래 업시 교부된 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 세액을 매출세액에서 제외하거나 매입세액 불고제하여 2003년 1기분 부가가치세 2,006,280원, 2003년 2기분 부가가치세 51,844,950원을 부과하였고, 이에 ○○커뮤니케이션이 수원세무서장을 상대로 그 부과처분의 취소를 구하는 소송(수원지방법원 2006구합7806)을 제기하였는데, 그 소송에서 2007.6.27. 이 사건 세금계산서를 비롯하여 ○○커뮤니케이션이 2003년 1기 및 2기 과세기간에 교부받거나 교부한 세금계산서가 전부 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금계산서로 인정된다는 이유로 ○○커뮤니케이션의 청구를 기각하는 판결이 선고되었고, 그 판결은 항소기간의 경과로 인하여 그대로 확정되었다.

(5) 한편, 김○경은 자신의 명의로 아파트를 임차하면서, 기업은행에 개설된 원고의 예금계좌에서 2003.8.27.과 2003.9.3. 인출된 합계 250,000,000원을 아파트 임대인에게 임대차보증금으로 지급하였는데, 원고는 2003 사업연도 재무제표에는 위 250,000,000원이 원고의 자산인 임대차보증금채권으로 계상되었다. [인정근거] 갑 제1호증, 제2호증의 2, 제6호증의 1, 2, 제16, 18, 21, 27, 28, 30, 31, 32호증 을 제5, 6, 7, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 관하여 위 인정사실에서 본 다음과 같은 사정, 즉① 김○경 1인에 의하여 운영되던 원고 및 ○○○○○엔터프라이즈컴퍼니가 2003년 2기 과세기간에 ○○커뮤니케이션으로부터 교부받은 세금계산서의 공급가액은 합계 1,121,000,000원인데, 이에 비하여 원고 및 김○경 ○○커뮤니케이션에 지급한 금액은 원고의 주장에 의하더라도 959,044,176원이고(원고는 그 중 어음으로 지급한 합계 422,644,176원은 ○○커뮤니케이션이 김○경이 추진하던 ○○스의 통신사업에 400,000,000원을 투자하기로 하면서 ○○커뮤니케이션으로부터 이를 다시 회수하였다고 주장하나, 김○경(○○○○○엔터프라이즈컴퍼니)과 ○○커뮤니케이션 사이의 2003.11.12.자 투자계약서(갑 제34호증의 1, 2)에는 김○경이 ○○커뮤니케이션에 지급할 수수료에서 400,000,000원을 공제하는 것으로 되어 있는 점에 비추어 ○○커뮤니케이션이 어음을 돌려주면서 그 어음금액 상당인 400,000,000우너을 투자하였다는 원고의 주장에 관하여도 의문이 든다}, 그 중 금융자료 (갑 제30, 31, 32호증)에 의하여 지급사실이 확인되는 금액은 강○건과 이○수의 예금계좌로 송금된 합계 192,000,000원에 불과하며, ○○커뮤니케이션이 수원세무서장의 부가가치세 부과예고에 대한 과세전적부심사 단계에서 주장하였단 원고 및 김○경의 금원지급 내역(을 제11호증)과 원고가 이 사건 소송에서 주장하는 금원지급 내역이 서로 일치하지 않는 점, ② ○○커뮤니케이션이 수원세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 취소소송에서 이 사건 세금계산서 등이 실물거래 없이 교부된 사실과 다른 세금꼐산서로 인정된다는 이유로 넷빌커뮤니케이션의 청구를 기각하는 판결이 선고 되어 그대로 확정된 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 교부된 것으로서 사실과 다른 세금계산서로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 관하여 위 인정사실에서 본 바와 같이 김○경이 자신의 명의로 아파트를 임차하면서 원고의 예금계좌에서 인출된 회사자금 250,000,000원을 그 아파트의 임대차보증금으로 지급하였음에도, 원고의 2003 사업연도 재무제표에는 위 250,000,000원이 원고의 자산인 임대차 보증금채권으로 계상된 점, 원고가 김○경에게 지급한 250,000,000원이 원고의 김○경에 대한 수수료 700,000,000원 채무의 일부변제로 지급된 것인데도 원고 직원의 회계처리상의 실수로 원고의 재무제표에 자산인 임대차보증금채권으로 잘못 계상되었다거나 위 250,000,000원이 원고의 김○경에 대한 가지급금이라는 원고의 주장을 뒷받침할 만한 자료가 없고, 당시 김○경이 위 250,000,000원을 원고의 운영자금으로 제공된 자신의 개인자금의 회수에 충당하였음을 인정할 만한 자료도 없는 점 등을 종합하여 보면, 위 250,000,000원은 2003.8.27.경과 2003.9.3.경 사외유출되어 당시 원고의 실제 대표자인 김○경에게 귀속되었다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.