원시장부를 폐기하여 관련자 진술과 계좌를 근거로 소득금액을 산정함은 정당함

1. 가. 피고가 2005. 7. 1. 원고에 대하여 한, 1)2001년도 귀속 종합소득세 762,343,684원의 부과처분 중 669,087,508원을 초과하는 부분, 2)2002년도 귀속 종합소득세 422,345,043원의 부과처분 중 361,309,410원을 초과하는 부분,

2. 이 사건 소 중 2002년도 귀속분 종합소득세와 2004년도 귀속분 소득세 중 154,153,730원을 초과한 부분에 대한 취소를 구하는 부분의 적법 여부

• 가. 피고의 본안 전 항변 원고가 변경된 청구취지에서 구하고 있는 2002년 귀속 종합소득세 부분과, 2004년 귀속 종합소득세 부분은 원고가 이 사건 소 제기시 청구하지 아니하여 이미 확정되었으므로 원고의 이 부분 소는 각하되어야 한다.
• 나. 판단 원고가 소장의 청구취지에서 2002년 귀속 종합소득세의 취소를 구하지 아니하고, 2004년분 귀속 종합소득세에 관하여는 증액경정되기 전의 종합소득세 154,153,730원의 취소를 구하고 있음은 피고의 주장과 같으나,① 원고는 소장의 청구원인에서는 2002년 귀속 종합소득세의 취소를 구하고 있고, 2004년 귀속 종합소득세에 대하여도 증액 경정된 종합소득세의 취소를 구하고 있는 점,② 국세심판원의 2007. 7. 19.자 국심 2005서3846 결정의 주문에 2002년 귀속 종합소득세에 관한 내용이 없고, 2004년 귀속 종합소득세의 액수가 154,153,730원으로 기재되었는데, 소장의 청구취지는 위 결정의 주문 내용에 따라 작성된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 원고는 이 사건 소로써 2002년 귀속 종합소득세와 증액경정 후의 2004년 귀속 종합소득세 부과처분의 위법까지 다툴 의사였으나 착오로 청구취지의 기재를 누락하거나 잘못 기재하였다가 2009. 1. 5. 청구취지를 정정하여 이를 보충한 것으로 해석하여야 할 것이다. 그렇다면, 피고가 부적법하다고 다투는 위 각 종합소득세 부과처분의 제소기간 도과 여부는 이 사건 소 제기시를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 이 사건 소는 제소기간 내에 제기된 것이므로 이 사건 소는 모두 적법하다고 할 것이다.

• 가. 원고의 주장

1. 근거과세 위반 피고는 원고 운영의 한의원의 계좌 입금액 중에는 현금수입에 해당하지 않는 입금이 다수 존재함에도 명확한 증빙자료 없이 자의적인 판단과 임의적인 추정에 근거하여 이를 원고의 수입금액으로 인정하여 과세하였는바, 이는 근거과세를 위반한 위법한 처분이다.

2. 원고의 각 사업연도 소득금액 산정에 관한 위법 가)원고가 수입자금의 통합계좌로 사용한 박AA 명의 국민은행 계좌, 나BB 명의 신한은행 계좌, 원고의 신한은행 계좌(이하 위 각 통합계좌를 ’이 사건 각 통합계좌’라 한다)의 각 입금액 중에는 ① 자금관리의 편의를 위하여 원고의 각 계좌나 안CC, 김DD 등의 차명계좌에 분산되어 입금된 수입금액을 현금으로 인출한 후 재입금한 돈,② 원고가 이 사건 각 통합계좌에서 현금으로 인출하였다가 재입금한 돈이 포함되어 있으므로, 피고가 이 사건 각 통합계좌의 입금액을 모두 원고의 수입금액으로 본 것은 중복과세로서 위법하다.

• 나) 이 사건 각 통합계좌 입금액 중에는 가족 등으로부터 개인적 용도로 입금되었거나 아파트 매매대금 중 일부로 입금된 돈, 금융기관의 입금오류로 입금된 돈 등 매출액이 아닌 돈이 포함되어 있고, 치료비로 입금되었다가 환불된 돈도 있으므로 피고가 위와 같은 돈을 원고의 2001년도 수입금액에 합산한 것은 위법하다.
• 다) 원고가 지출한 병원 임대료에 관한 차입금 이자, 병원 인테리어 비용, 직원급여 등 한방병원 운영비, 약재비, 탕전실 운영비, 양방병원인 ▽▽의원 운영비 등은 모두 필요경비로 인정되어야 하므로, 피고가 위 금액 중 일부를 필요경비로 인정하지 아니하고 원고의 소득금액을 산정한 것은 위법하다.
• 나. 인정사실

1. 원고는 2001. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지 기간 동안 ▽▽한방병원, ▲▲한 의원, ◁◁한의원 등의 상호를 순차로 사용하여 한의원을 실질적으로 운영하였으나 의료법위반으로 영업정지 처분을 받는 등 사유로 2001. 7. 21.부터 같은 해 10. 17.까지는 약혼녀인 한의사 안CC, 2004. 5. 20.부터 같은 해 12. 31.까지는 고용 한의사 나 BB의 명의로 사업자등록을 하여 한의원을 운영하였다. 원고는 위와 같이 안CC나 나BB 명의로 한의원을 운영하는 기간 중에는 그들 명의의 차명계좌로 매출액 중 신용카드 사용분, 의료보험금을 지급받았다.

2. 원고는 암환자들을 상대로 장뇌삼 등을 원료로 제조한 산삼약침과 산삼탕액 등을 시술하며 고액의 진료비와 약제비를 지급받았는데, 한의원 매출액 중 현금 수입은 박AA, 김DD 등 명의의 차명계좌에 입금하고, 그에 해당하는 금액은 종합소득세신고에서 제외하는 방법으로 수입금액을 축소 신고하였다. 또한 원고는 주식회사 ☆☆제약(2002년: 29,568,000원)이나 직원의 아버지 김EE (2003년: 42,600,000원, 2004년: 30,000,000원)으로부터 한약재료를 매입하지 않고, 주식회사 ■■으로부터 DVD와 인쇄물을 매입하지 아니하였음에도 위 각 재화를 매입한 것처럼 허위의 세금계산서 또는 매입확인서를 교부받거나, 어머니 김FF(2003년: 4,000,000원, 2004년: 3,751,608원)가 직원으로서 급여를 지급받은 것처럼 가장하는 등 방법으로 가공 원가를 계상하였다. 원고는 위와 같은 수입금액 축소와 가공 원가 계상 등 사기 기타 부정한 행위로 종합소득세를 포탈한 행위 등 조세범처벌법위반죄로 서울중앙지방법원에서 유죄 판결을 받고(제1심: 2006고단3275, 제2심: 2008노344) 확정되었다.

3. 원고는 한의원 운영과 관련한 수입에 관하여 컴퓨터로 작성한 SS을 폐기하였다.

4. 피고는 원고가 한의원 매출과 관련하여 관리한 원고 명의의 계좌와 박AA, 안CC, 나BB 등 차명계좌의 입금액을 토대로 원고의 2001년 내지 2004년 소득금액을 산정하여 종합소득세를 부과하였다.

5. 피고는 이 사건 소송 도중 원고 주장의 중복계상 수입금액과 매출액이 아닌 계좌 입금액, 한의원 운영과 관련하여 지출된 비용들 중 일부씩을 인정하여 원고의 소득금액을 다시 산정하여 종합소득세를 감액경정(제2차 감액 경정처분)하였다. 【인정 근거】 다툼없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증의 42 내지 45, 을 제9호증 내지 14호증, 을 제20 내지 24호증의 각 기재, 이 법원의 서울중앙지방법원에 대한 문서등 본송부촉탁결과, 변론 전체의 취지

• 다. 관련 규정 별지 관련 규정 기재와 같다.
• 라. 판단

1. 근거과세 위반 주장에 대한 판단 위 인정사실에 의하면 피고는 원고가 수입금액에 관한 장부를 폐기한 상황에서 원고가 한의원과 관련된 수익을 관리한 계좌의 입금액과 관련자들의 진술 등을 토대로 원고의 소득금액을 계산하였는바, 이는 객관적이고 합리적인 자료에 기하여 소득금액을 계산한 것으로서 근거과세의 원칙에 반한다고 할 수 없으므로 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 중복과세 주장에 관한 판단 살피건대, 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 원칙적으로 피고에게 있다고 할 것인데, 이 사건 각 통합계좌 등 원고가 한의원 운영과 관련하여 관리하던 각 계좌에 입금된 금액은 일응 원고의 수입금액으로 봄이 상당하다고 할 것이나,① 현금 수 입금액의 입금용으로 사용된 각 계좌의 출금액 또는 출금액의 합계액이 이’사건 각 통합계좌의 입금액과 같거나 유사하고,② 출금과 입금 사이의 시간적 간격과 위 각 계좌의 당일 입출금 내역 등에 비추어 출금된 금액이 통합계좌에 대한 입금 이외의 용도로 사용되었을 가능성이 거의 없으며,③ 입출금이 동일한 지급수단으로 이루어지는 등, 출금액이 다른 용도로 유출되지 아니하고 원고 주장의 통합계좌로 단순히 이전되었을 가능성이 상당한 경우에는 그와 같은 금액은 위 각 입금액 중 중복되는 부분으로 보아 과세표준을 산정함에 있어서 수입금액에서 제외하여야 할 것이다. 위와 같은 기준에 비추어 각 과세연도별로 원고 주장의 중복금액에 관하여 판단하여 보건대, 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3호증의 12 내지 15, 17, 18, 22 내지 36, 51, 을 제16 내지 19호증, 을 제29 내지 33호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 각 계좌의 입출금 액수와 입출금 시기, 같은 날의 기타 입출금 내역, 지급 수단 등에 비추어 보면, 별지(2) 중복계상 판단 표의 ’중복금액’란에 기재한 입금액은 동일한 수입금액의 단순한 이전으로 보이므로 이는 과세표준에서 제외하여야 할 것이나, 나머지 원고 주장의 중복금액은 이와 같이 볼 수 없고 별도의 수입금액이라 할 것이므로 이를 과세표준에서 제외할 수 없다고 할 것이다. 이에 따라 중복된 수입금액 산정을 이유로 각 과세연도의 과세표준에서 제외되어야 할 금액을 계산하여 보면 다음과 같다.

3. 한의원 매출액이 아닌 돈이 수입금액에 잘못 산입되었다는 주장에 대한 판단

• 가) 2001년분

① 우선 박AA 차명계좌에 박AA의 명의로 2001. 4. 3.과 같은 해 5. 23. 입금된 합계 2,450,000원이 개인적 용도의 입금이라는 주장에 관하여 본다. 박AA 차명계좌는 원고의 한의원 매출액 입금에 사용된 계좌인 점에 비추어 보면, 비록 입금자 명의가 박AA이라고 하더라도 이는 한의원 매출에 관하여 수취한 수표 등을 입금한 것으로 봄이 상당하고, 이와 달리 볼 자료가 없으므로 위 금액을 수입금액에서 제외하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

② 다음으로 박AA 차명계좌 입금액 중 2001. 2. 22. 입금된 1,757,660원은 금융기관의 착오로 입금되었다가 취소되었고, 2001. 11. 28. 입금된 30,000,000원은 현금으로 인출되었다가 재입금되었다는 주장에 관하여 본다. 갑 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고 주장의 1,757,660원은 국세심판원의 2007. 7. 19.자 심판결정에 의하여 2001년 수 입금액에서 제외하는 것으로 이마 감액경정된 점, 원고 주장의 30,000,000원은 출금액 이 31,000,000원, 입금액이 30,000,000원으로 상이하고, 출금과 입금 사이의 시간적 간격이 5시간이나 되어 동일한 금액이 출금되었다가 그대로 입금되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

③ 다음으로 ㉠ 박AA 차명계좌에서 박GG 국민은행, 신한은행, 및 우리은행 계좌, 안CC 평화은행 계좌로 입금된 금액과 ㉡ 김DD 차명계좌에서 박GG 신한은행 계좌로 입금된 금액 합계 178,749,771원은 급여, 임대료 등 병원 관련자금으로 사용하기 위하여 재입금되어 비용으로 지출된 것이므로 매출 누락이 아니라는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 박GG의 각 계좌와 안CC의 평화은행 계좌의 2001년분 입금액은 매출누락금액으로 산정되지 아니하였으므로 수입금액 중복계산의 문제가 발생하지 아니한다. 또한, 위 각 금액이 비용으로 지출되었는지 여부는 비용의 산정에 관하여 문제될 뿐, 매출 누락금액인 위 금액을 원고의 수입금액으로 가산함에 방해가 되지 아니한다. 더구나 원고와 안CC의 계좌에서 비용으로 지출된 금액은 원고가 소득금액을 신고함에 있어서 이미 비용으로 산정되어 신고되었다고 봄이 상당하고 위 금액을 별도의 비용으로 볼 만한 자료가 없으므로, 위 금액을 원고의 소득금액 산정에 있어서 공제할 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

④ 다음으로 박AA 차명계좌에서 210,556,892원이 병원관련비용으로 지출되었다는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 을 제1호증의 기재에 의하면 원고는 2001년 소득금액을 신고함에 있어 당초 수입금액으로 906,214,880원을, 사업소득금액으로 120,955,590원을 신고하여 7억 원 이상의 비용을 신고한 것으로 보이는바, 앞서 본 바와 같이 원고가 소득금액을 신고함에 있어 허위의 비용을 계상한 점 등에 비추어 보면, 원고가 실제로 비용으로 지출한 금액은 비록 박AA 차명계좌에서 지출되었다고 하더라도 원고가 소득금액을 신고함에 있어서 이마 비용으로 산정하여 신고하였다고 봄이 상당하고 위 금액이 신고 금액 이외에 별도로 지출된 비용으로 볼 만한 자료가 없으므로, 위 금액을 원고의 소득금액 산정에 있어서 공제할 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑤ 매출액 중 582,150원이 환불되었다는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 갑 제3호증의 15, 23, 24의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 2001. 11. 6. 정HH로부터 1,063,700원을 원고 국민은행 계좌로 입금 받은 사실, 같은 해 12. 1. 정HH에게 원고 신한은행 계좌에서 582,150원을 지급한 사실이 인정되고, 당시는 원고 명의로 한의원 사업자등록을 하였던 시기였던 점, 위 582,150원의 지급의 시기, 액수 등에 비추어 보면, 위 582,150원은 매출액에 계상되었다가 치료비의 일부를 환불한 것으로 봄이 상당하므로 원고의 매출액에서 공제하여야 할 것이다.

⑥ 소결 그렇다면, 원고의 2001년 수입금액 중 582,150원이 제외되어야 한다.

• 나) 2002년분

① 우선 박AA 차명계좌에 박AA의 가족들 명의로 2002. 3. 25. 입금된 14,000,000원과 같은 해 6. 14. 입금된 1,000,000원과 같은 해 8. 19. 입금된 5,000,000원이 개인적 용도의 입금이라는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 박AA 차명계좌는 원고의 한의원 매출액 입금에 사용된 계좌인 점에 비추어 보면, 입금자 명의가 원고인 14,000,000원은 한의원 매출에 관한 수입금을 입금한 것으로 봄이 상당하다고 할 것이나 박AA의 가족인 박II, 박JJ이 입금한 합계 6,000,000원은 원고의 한의원 매출액으로 보기 어렵다고 할 것이다. 따라서 위 6,000,000원은 2002년분 원고의 수입금액에서 공제하여야 할 것이다.

② 다음으로 박AA 차명계좌에서 원고 신한은행 계좌, 안CC 평화은행 계좌로 입금된 금액 합계 34,680,000원은 병원 관련 비용으로 지출된 것이므로 매출 누락이 아니라는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 원고 신한은행 계좌와 안CC의 평화은행 계좌의 2002년분 입금액은 매출 누락금액으로 산정되지 아니하였으므로 수입금액 중복계산의 문제가 발생하지 아니한 다. 또한, 위 각 금액이 비용으로 지출되었는지 여부는 비용의 산정에 관하여 문제될 뿐, 매출 누락금액인 위 금액을 원고의 수입금액으로 가산함에 방해가 되지 아니한다. 더구나 앞서 본 바와 같이 원고는 주식회사 ☆☆제약 등으로부터 가공매입세금계산서를 교부받아 이를 비용으로 신고하기도 한 점, 원고는 2002년 당시 사업자로 등록되어 있었던 점 등에 비추어 보면, 원고와 안CC의 계좌에서 비용으로 지출된 금액은 원고가 소득금액을 신고함에 있어서 이미 비용으로 산정되어 신고되었다고 봄이 상당하고 위 금액을 별도의 비용으로 볼 만한 자료가 없으므로, 위 금액을 원고의 소득금액 산정에 있어서 공제할 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

③ 다음으로, 매출액 중 15,073,620원이 환불되었다는 주장에 관하여 본다. 매출액 중 15,073,620원이 환불되었다는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 을 제15호증의 기재에 의하면 원고는 권KK로부터 2002. 4. 29.부터 6. 11.까지 사이에 2,906,800원을, 김LL로부터 2002. 5. 3. 833,000원을, 박MM으로부터 2002. 3. 7.부터 같은 해 5. 8.까지 사이에 9,655,000원을, 전NN로부터 2002. 6. 18.부터 7. 22.까지 사이에 1,900,000원을 각 지급받은 사실, 위 각 금액은 모두 원고의 2002년 수입금액으로 계상된 사실을 각 인정할 수 있다. 그렇다면, 원고가 권KK에게 2002. 11. 4. 지급한 456,300원, 김LL에게 2002. 9. 18. 지급한 돈 중 108,000원, 박MM에게 2002. 8. 9. 지급한 6,000,300원, 전NN에게 2002. 9. 13. 지급한 550,300원의 합계 7,114,900원은 원고의 2002년 수입금액에서 공제함이 상당하다고 할 것이다. 그러나 원고 주장의 나머지 금액에 관하여 보건대, 비록 원고 주장의 금액이 치료비 중 일부를 환불한 것이라고 하더라도, 원고는 차명계좌를 이용하여 수입을 관리한 점, 원고는 창구에서 현금으로 수취한 치료비가 적지 아니하고 그와 같이 수취한 금액이 모두 원고의 계좌나 세무조사에서 적출된 원고의 차명계좌로 입금되어 원고의 수입금 액으로 산정되었다고는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면 위 각 환불액과 관련된 치료비가 원고의 수입금액으로 계상되었다고 보아 위 각 환불액을 원고의 수입금액에서 공제할 것은 아니다.

⑥ 소결 그렇다면, 원고의 2002년 수입금액 중 13,114,900원이 제외되어야 한다.

• 다) 2003년분 원고는 매출액 중 26,369,300원이 환불되었다고 주장한다. 살피건대, 갑 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고 주장의 위 환불액은 국세심판원의 결정에 의하여 이미 수입금액에서 제외하는 것으로 과세표준과 세액이 감액경정된 사실을 인정할 수 있으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 라) 2004년분 원고는 매출액 중 32,120,000원이 이OO 등 환자들에게 환불되었다고 주장한다. 살피건대, 을 제18호증의 기재, 갑 제3호증의 40의 일부기재에 의하면 원고는 박PP으로부터 2004. 2. 12. 350,000원을 송금 받았다가 2004. 11. 12. 이를 환불한 사실, 위 금액은 원고의 2004년 수입금액으로 계상된 사실을 각 인정할 수 있다. 그렇다면, 원고의 2004년 수입금액에서 350,000원을 공제함이 상당하다고 할 것이다. 그러나 원고 주장의 나머지 금액에 관하여 보건대, 비록 원고 주장의 금액이 치료비 중 일부를 환불한 것이라고 하더라도, 원고는 차명계좌를 이용하여 수입을 관리한 점, 원고는 창구에서 현금으로 수취한 치료비가 적지 아니하고 그와 같이 수취한 금액이 모두 원고의 계좌나 세무조사에서 적출된 원고의 차명계좌로 입금되어 원고의 수입금 액으로 산정되었다고는 보이지 않는 점, 특히 박PP에 대하여 지급하였다는 돈 중 합 의금의 경우에는 위 금액에 상당하는 매출액을 인정할 자료가 없는 점 등에 비추어 보 면 위 각 환불액과 관련된 치료비가 원고의 수입금액으로 계상되었다고 보아 위 각 환 불액을 원고의 수입금액에서 공제할 것은 아니다(원고는 합의금으로 30,000,000원을 지급하였다고 주장하나, 위 환불금액을 초과하는 부분은 인정할 수도 없다).

4. 원고 주장의 필요경비에 관한 판단 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 그 누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있었다고 볼 증거가 없는 한 그 수입액 전체가 소득액에 가산되어야 하고 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락 되었다는 점에 관하여는 그 별도의 공제를 구하는 납세의무자가 주장․입증하여야 한다(대법원 2008. 1. 31. 선고 2006 두9535 판결). 위 법리에 비추어 원고 주장의 필요경비에 관하여 판단한다.

• 가) 차입금 이자(2001년 분 35,220,000원, 2002년분 43,245,000원)을 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 원고 주장의 이자 지급일 당시 원고 또는 차명 계좌의 출금 내역, 원고의 2001년 당시 소득의 규모 등에 비추어 보면, 갑 제3호증의 58 내지 62의 각 기재 등 이에 관하여 제출된 모든 증거를 종합하여 보아도 피고가 이미 인정한 은행이자 대납 금액 이외에 원고가 한의원 임대차 보증금과 관련한 지급이자로 손QQ에게 매월 3,000,000원씩을 추가로 지급하였다거나, ▲▲한의원의 임대차보증금 역시 손QQ으로부터 차용한 돈으로 지급한 것으로서 손QQ에게 그에 관한 이자를 계속하여 지급하였다고 보기는 어려우므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나) 한방병원 운영기간 동안의 당직 지급금액 또는 의사급여 등 병원 운영비용 (2001년분 32,800,000원, 2002년분 40,472,000원)을 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 관한판단 이 부분 주장 중 2002년에 ★★★트에 대하여 38,472,000원의 급여를 지급하였다는 주장에 관하여 보건대, 갑 제3호증의 65, 67의 각 기재에 의하면 원고가 ★★★트에 대하여 2002. 8. 27. 근무의사로 신고하였다가 같은 해 11. 13. 근무의사 해지 신고를 한 사실, 원고가 같은 기간 동안 ★★★트에 대한 급여를 원천징수하여 신고하지 아니 한 사실을 각 인정할 수 있으나, 위 각 증거에 갑 제3호증의 66호증의 기재를 종합하여 보아도 이 부분 주장과 같은 급여 지급 사실을 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 자료가 없다. 이 부분 주장 중 나머지 부분에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 어머니 김FF를 직원으로 허위로 등록하여 가공의 인건비를 계상한 점 등에 비추어 보면, 원 고가 실제로 지출한 당직비, 직원 급여 등 한의원 운영비용은 이미 신고한 인건비 등 한의원 운영비용에 포함되어 있었을 것으로 봄이 상당하고, 원고가 위와 같이 신고한 비용 이외에 원고 주장의 이 부분 비용을 별도로 지출하였음을 인정할 자료가 없다.
• 다) 장뇌삼, 웅담, 사향 등 현물거래를 통한 지출비용(2001년분 446,830,308원, 2002년분 161,672,000원, 2003년분 220,662,000원, 2004년분 449,285,000원)을 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 대한 판단 갑 제3호증의 56의 기재에 의하면 원고는 2004년에 이RR으로부터 중국산 장뇌삼을 구입하고 그 대금으로 6,830,000원을 지급한 사실을 인정할 수 있으므로 위 금원은 원고의 2004년 소득금액에 관하여 비용으로 산입하여야 할 것이다. 반면, 나머지 금액에 관하여는 그와 같은 비용이 지출되었음을 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 원고가 주식회사 ☆☆제약과 김EE으로부터 허위의 매입세금계산서나 구매사실확인서를 교부받아 비용으로 신고한 점 등에 비추어 보면, 원고가 실제로 지출한 약품 관련 구입비용은 이미 신고한 의약품비용에 포함되었을 것으로 봄이 상당하고, 위와 같이 인정한 비용 이외에 원고 주장의 이 부분 비용을 별도로 지급하였음을 인정할 자료가 없다.
• 라) 양방의원인 ▽▽의원의 실질적 운영비(2001년분 107,773,490원, 2002년분 150,000,000원)를 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 대한 판단 살피건대, 피고는 원고가 한의원의 사업자명의를 차용한 안CC와 나BB의 수입금액을 원고의 수입금액으로 합산하였을 뿐, 양방의원인 ▽▽의원의 수입금액을 원고의 수입금액으로 합산하지 아니하였음은 당사자 사이에 다툼이 없고, ▽▽의원의 운영비용이 한의원의 매출에 대응된다고 볼 만한 자료도 없으므로, ▽▽의원의 수입금액에 관련된 비용인 ▽▽의원의 운영비를 원고의 수입금액을 산정함에 있어서 공제할 것은 아니다.
• 마) 병원 이전시 인테리어 비용(2001년분 126,000,000원, 2004년분 36,240,000원)을 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 대한 판단 살피건대, 비록 원고가 병원 이전시 인테리어에 관하여 비용을 지출하였다고 하더라도 이는 감가상각을 통하여 비용에 산입하여야 할 건물의 부속설비에 관한 지출에 해당할 뿐만 아니라, 원고가 이미 신고한 감가상각비 이외에 원고 주장의 이 부분 비용을 별도로 지출하였음을 인정할 만한 자료가 없다.
• 바) 탕전실 운영비용 22,800,000원을 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 대한 판단 원고의 이 부분 주장은 탕전실을 운영함에 따른 인건비, 관리비, 장소 임대에 관한 기회비용을 추산한 후, 이를 비용으로 산입하여 달라는 것인바, 원고 주장의 이 부분 비용을 인정할 자료가 없다.
• 사) 권SS을 통한 약재 구입 대금(2003년 2,400,000원, 2004년 21,900,000원)을 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 대한 판단 갑 제3호증의 54의 기재에 의하면 권SS이 원고로부터 원고 주장의 각 금원을 지급 받고 장뇌삼 또는 약침을 구입하여 준 사실이 인정되므로, 이 부분 지출금액은 채WW 에게 지급한 장뇌삼 구입대금과 마찬가지로 비용으로 산입하여야 할 것이다. 따라서 위 각 금원은 원고의 2003년과 2004년도 수입금액에 대응하는 비용으로 산입하여야 한다.
• 아) 한약 첨가액 구입비 중 비용으로 인정받지 못한 2003년분 구입비 9,000,000원을 비용으로 계상하여야 한다는 주장에 대한 판단 원고는 위 금액을 우선 박YY이 ZZ차에게 송금한 후, 원고가 다시 박YY의 계좌로 송금을 하는 방식으로 ZZ차로부터 첨가액을 구입하였다고 주장하나, 갑 제3호증의 47 내지 50의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고가 위 거래 전후에 직접 ZZ차에게 송금을 하였던 점, 원고 주장의 시기에 원고의 금융계좌가 정지되는 등 직접 ZZ차에게 첨가액 대금을 지급하지 못할 사정이 있었다고 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고가 박YY에게 송금한 9,000,000원을 한약 첨가액 구입을 위하여 지급된 돈이라고 보기는 어렵고 달리 이를 인정할 자료가 없다.
• 자) 소결 결국, 원고의 2003년 소득금액에 관하여 2,400,000원이, 2004년 소득금액에 관하여 28,730,000원이 각 추가로 비용으로 인정되어야 한다.

5. 원고에 대한 적법한 종합소득세 계산 내역 앞서 본 바에 따라 원고에 대한 과세표준 중 추가로 제외하여야 할 수입금액과 추가로 인정하여야 할 비용을 정리하면 다음과 같고, 그에 따라 원고에 대한 종합소득세를 다시 계산하면 별지(1) 종합소득세재계산표와 같다.

그렇다면, 피고의 원고에 대한 2005. 7. 1.자 처분 중 2001년도 귀속 종합소득세 762,343,684원의 부과처분 중 669,087,508원을 초과하는 부분, 2002년도 귀속 종합소득세 422,345,043원의 부과처분 중 361,309,410원을 초과하는 부분, 2003년도 귀속 종합소득세 195,352,161원의 부과처분 중 181,387,434원을 초과하는 부분, 2005. 8. 16. 자 2004년도 귀속 종합소득세 384,938,836원의 부과처분 중 362,615,219원을 초과하는 부분은 각 위법하므로 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.