자료상으로부터 수취한 매입세금계산서에 대해 실지거래를 하였다는 주장의 당부

1. 피고가 2006. 3. 3. 원고에 대하여 한 2000년 2기 부가가치세 6,002,105원, 2001년 1기 부가가치세 5,968,022원, 2002년 1기 부가가치세 4,772,688원의 부고처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 ‘○○상사’라는 상호로 면사 등의 도매업을 영위하는 사업자로서 2000년 2기부터 2002년 1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ○○○○○○○○○○(이하 ‘소외 회사’라 한다)으로부터 공급가액 합계 252,930,000원 상당의 세금계산서 15매(2000년 2기: 57,782,000원, 2001년 1기: 32,723,000원, 2001년 2기: 100,798,000원, 2002년 1기: 61,627,000원)를 교부받아 위 공급가액을 매입세액으로 하여 각 과세기간별로 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 피고는 2006. 3. 3. 위 세금계산서 중 152,289,000원(2000년 2기: 57,781,000원, 2001년 1기: 32,723,000원, 2001년 2기: 25,598,000원,;2002년 1기: 36,187,000원)부분을 실물거래 없는 허위의 세금계산서로 보아 신고된 매입세액에서 이를 제외하고 계산한 부가가치세를 경정부과하는 이 사건 처분을 하였고, 이후 이 사건 처분에 대한 원고의 이의신청과 심판청구를 거친 결과 피고는 2007. 7. 23. 경정을 통하여 최종적으로 위 세금계산서 중 합계 83,382,000원(2000년 2기: 28,328,000원, 2001년 1기: 29,359,000원, 2002년 1기: 25,695,000원, ‘이 사건 매입액’이라 한다) 부분(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)을 실물거래 없이 이루어진 사실과 다른 세금계산서로 보아 위 각 부가가치세액을 2000년 2기 부가가치세 6,002,195원, 2001년 1기 부가가치세 5,968,022원, 2002년 1기 부가가치세 4,772,688원으로 감액 부과하는 것으로 이 이 사건 처분을 경정하고 이를 원고에게 고지하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 1호증의 1 내재 4, 4호증의 각 기재

• 가. 원고의 주장 이 사건 세금계산서는 원고가 소외 회사로부터 실제 면사 등을 매입한 다음 이 사건 매입액을 지급하고 교부받은 정상적인 거래와 관련된 것이므로, 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 위 매입세액을 불공제하는 등으로 하여 부가가치세를 부과한 이 사건처분은 위법하다.
• 나. 판단 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세청에 있는 것이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 등 참조0. 다만, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세 요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방아 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족 시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등). 위와 같은 입증책임의 법리에 따라 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부에 관하여 보건대, 을 2, 3호증의 각 기재에 의하면, 소외 회사의 대표이사 김○○이 원고 등 16개 업체에게 실물거래 없는 허위 세금계산서를 발행하여 그 상대방으로 하여금 부가가치세를 부당하게 공제받게 하는 등의 조세포탈 혐의로 고발되었고, 그 조사결과 원고가 수취한 위 15매의 세금계산서 공급가액 총액 중 일부인 이 사건 매입액에 상응하는 현금이 직접 소외 회사에 입금되었다는 금융자료가 확인되지 않는 사실은 인정되나, 한편 갑 1 내지 8호증, 을 4호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면 김○○은 2006. 5. 18. ○○○○지방검찰청에서 위 조세범처벌법위반 사건에 관하여 무혐의 결정을 받은 사실, 피고는 당초 원고와 소외 회사 사이의 거래 중 거의 전부를 가공거래로 보고 과세처분을 하였다가 국세심판결정 등을 거쳐 위 거래대금 중 상당부분이 소외 회사에 입금된 사실이 밝혀지자 그 입금금액 상당의 경우 실제 거래가 있었다고 보았으면서도 나머지 부분은 소외 회사에 직접 입금된 자료가 없다는 이유를 내세워 그에 한하여 실제 거래가 없다고 보아 부과금액을 변경한 사실, 원고는 2000. 10. 19. 16,2000,000원, 2000. 11. 3. 19,500,000원, 2001. 1. 31. 22,000,000원, 2001. 2. 20. 22,000,000원, 2001. 5. 31. 13,520,000원 등 합계 93,220,000원을 원고 계좌에서 인출한 다음 소외 회사에 위 금원을 물품거래대금으로 송금하였다는 내용의 입금표를 작성하여 오고 있는데, 위 입금표는 앞서 피고로부터 정상거래로 인정받은 거래와 관련하여 작성된 입금표와 동일한 형식과 내용의 것인 사실, 원고 계좌에서의 출금 내역 및 입금표 기재 내용과 부가가치세를 포함한 이 사건 매입액이 대체로 일치하는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 인정사실들과 함께 피고는 세금계산서와 거래명세표상의 수량과 금액이 정확히 일치하지 않는다고 주장하면서도 그에 관한 아무런 근거자료는 제시하고 있지 않고 있는 사정들을 종합해 보면 원고의 매입거래처인 소외 회사의 대표이사가 이 사건 매입액 등과 관련하여 조세포탈 혐의로 고발되었고, 이 사건 매입액에 해당하는 대금결제에 관한 금융자료가 확인되지 않았다는 사정만으로 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 허위의 것이라고 할 수 없고 달리 이에 관한 증거도 없으므로 이 사건 처분은 적법한 과세요건을 갖추었다고 할 수 없다. 따라서 이에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

그렇다면, 이 사건 처분은 위법하여 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 내 역 표 (단위: 천원)*** 기별 세금계산서 공급가액 정상거래 인정금액 가공거래금액 소외회사 조사인정금액 피고 추가 인정금액 국세심판결정 인정금액* 계

2000. 2기 57,782 29,454 29,454 28,328

2001. 1기 32,723 3,364 3,364 29,359

2001. 2기 100,798 65,200 10,000 32,435 107,635 △6,837

2002. 1기 61,627 25,440 10,492 35,932 25,695 252,930 90,640 10,000 75,745 176,385 83,382 국세심판원은 이와 관련하여 각 과세기간별 세금계산서 총액에서 원고가 소외 회사에 실제 지급한 것으로 인정한 금원을 일괄하여 공제하였다. 공급대가 83,320,000원 * 1000원 미만 금원의 반올림 등에 따른 근사치임. **** 공급대가 91,720,200원