출연받은 토지를 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하였는지 여부

1. 피고가 2006. 12. 15. 원고에 대하여 한 증여세 6,513,880원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 90％는 원고가, 10％는 피고가 각 부담한다. 청구취지 주문 제1항과 같은 판결 및 피고가 2006. 12. 15. 원고에 대하여 한 2002 사업연도 법인세 195,728,638원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ○○○○○○○○에 소속되어 예배, 선교 등을 목적으로 하는 종교단체인 비법인사단으로서, 정○○, 정○○로부터 1996. 10. 22. 분할 전 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○번지 임야 143,443㎡ 중 9,000/143,443 지분을 매수하고, 1996. 10. 23. 나머지 134,443/143,443 지분을 출연 받아, 1996. 10. 30. 원고 명의의 소유권이전등기를 경료하였고, 그 후 1998. 12. 30. ○○시에게 분할 전 ○○리 ○○○번지 토지 중 2,595/143,443 지분을 증여하고, 1999. 2. 12. ○○시 명의로 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
• 나. 분할 전 ○○리 ○○○번지 토지는 2000. 4. 19. 929㎡ 부분이 ○○리 ○○○번지로 분할되었고, 2001. 3. 7. 10,125㎡ 부분이 ○○리 ○○○번지, 1,360㎡ 부분이 ○○리 ○○○번지로, 446㎡ 부분이 ○○리 ○○○번지(그 후 지번이 ○○○번지로 변경되었다)로 각 분할되었으며, 2003. 11. 10. 2,595㎡ 부분이 ○○리 ○○○번지(그 후 지번이 ○○○번지로 변경되었다)로 분할되었다.
• 다. 원고는 2002. 4. 4. ○○○건설 주식회사에게 ○○리 ○○○번지 임야 10,125㎡ 중 140,848/143,443 지분을 대금 730,000,000원에 양도하고, 2002. 5. 21. ○○○건설 주식회사 명의로 소유권이전등기를 경료하여 주었다(그 후 ○○리 ○○○번지 토지는 2003. 10. 10. 9,588㎡ 부분이 ○○리 ○○○번지로, 537㎡ 부분이 ○○리 ○○○번지로 각 분할되고, 2003. 11. 20. 그 지목이 대지로 변경되었다).
• 라. 피고는 원고가 1996. 10. 23. 정○○, 정○○로부터 분할 전 ○○리 ○○○번지 토지를 출연받고도 그 출연 토지 가운데 분할 후 ○○리 ○○○번지 토지 중 119,333.91㎡ 부분 및 ○○리 ○○○번지 토지 중 9,941.83㎡ 부분(전체 면적 10,125㎡ 중 ○○시에게 증여된 2,595/143,443 지분을 제외한 나머지 140,848/143,443 지분에 상응하는 면적이다, 이하 위 9,941.83㎡ 부분을 ‘이 사건 토지’라 한다)을 출연일부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않음으로써 출연일부터 3년이 경과한 시점인 1999. 10. 23. 정○○, 정○○로부터 위 토지부분을 증여받은 것으로 보아 원고에 대하여 증여세 157,954,000원을 과세예고 통지하고, 또 원고가 2002. 5. 21. ○○○건설 주식회사에 이 사건 토지를 양도한 것이 그 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산의 처분이라는 이유로 이 사건 토지의 양도가액 730,000,000원을 익금에 산입하는 등으로 과세표준을 경정하여 원고에 대하여 2002 사업연도 법인세 310,034,000원(가산세 포함)을 과세예고 통지하였는데, 그 후 2006. 11. 16. 원고의 청구에 따른 과세전 적부심사 절차에서 분할 후 ○○리 ○○○번지 토지 중 119,331.91㎡ 부분이 출연일부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용된 것으로 보아 그 부분에 관한 증여세 과세예고 통지만을 취소하였다.
• 마. 피고는 2006. 12. 15. 원고에 대하여, 구 상속세 및 증여세법(1999. 12. 28. 법률6048호로 개정되기 전의 것) 제48조 제2항 제1호에 따라 원고가 1999. 10. 23. 정○○, 정○○로부터 이 사건 토지를 증여받은 것으로 보아 증여세 6,513,880원을 부과 ․ 고지하고(이하 ‘이 사건 증여세 부과처분’이라 한다), 또 원고가 2002. 5. 21. ○○○건설 주식회사에게 이 사건 토지를 양도한 것이 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산의 처분에 해당하는 것으로 보아 2002 사업연도 법인세 314,438,050원(가산세 포함)을 부과 ․ 고지하였다(그 후 피고는 2007. 5. 22. 법인세 중 가산세 118,709,418원 부분을 취소하였고 이에 따라 법인세 195,728,638원 부분만이 남게 되었다, 이하 잔존하는 법인세 195,728,638원 부분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2007. 3. 9.국세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 국세심판원은 2007. 6.5. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 갑 제1호증의 1, 2, 3, 제2, 4, 15, 21호증, 을 제1호증의 1, 2, 제2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 증여세 및 법인세 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

(1) 원고는 1996. 10. 22. 정○○, 정○○로부터 분할전 ○○리 ○○○번지 토지를 출연받은 때부터 그 토지의 일부인 이 사건 토지 위에 존재하던 건물 2동을 원고 소속 목사들의 숙소로 사용되기 시작하여 2000. 3.경 그 건물 2동이 철거될 때까지 계속하여 목사들의 숙소로 사용하였는바, 이 사건 토지는 그 출연일부터 원고 소속 목사들의 숙소 건물의 부지로 사용됨으로써 출연일부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용된 경우에 해당하여 증여세 과세대상에서 제외되어야 할 것이므로, 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.

(2) 원고는 당초 이 사건 토지상에 은퇴한 목회자들을 위한 무료 요양시설을 건립할 계획이었으나 ○○시로부터 무료 요양시설에 지급하여야 하는 보조금 재원고갈 등의 재정상 문제로 건축허가가 곤란하다는 답변을 듣게 됨에 따라 부득이하게 유료 노인복지시설을 건립하는 것으로 계획을 변경하여 1998. 12. 4.○○시장으로부터 유료 노인복지시설에 관한 건축허가를 받고, 2000. 3.경부터 그 건축공사를 시행하다가 2002. 5. 21. ○○○건설 주식회사에 이 사건 토지를 양도하였던 것인바, 원고가 노인문제에 관한 기독교적 대안으로서 노인복지시설을 건립하려고 하였고, 영리를 목적으로 노인복지시설을 운영하려던 것이 아닌 점에 비추어 이 사건 토지가 노인복지시설 건축공사의 부지로 사용된 것은 원고의 고유목적사업에 사용된 것으로 보아야 하므로, 이 사건 토지는 원고 소속 목사들의 숙소 건물의 부지로 사용된 1996. 10.경부터 노인복지시설 건축공사의 부지로 사용되다가 ○○○건설 주식회사에 양도된 2002. 5. 21.경까지 계속하여 원고의 고유목적사업에 사용된 것이어서 그 양도일인 2002. 5. 21. 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용된 경우에 해당한다. 따라서 원고의 이 사건 토지 양도로 인한 수입은 법인세의 과세소득에 해당하지 않으므로 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

• 나. 관계법령

○ 구 상속세 및 증여세법(1999. 12. 28. 법률 6048호로 개정되기 전의 것) 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

○ 구 상속세 및 증여세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 16660호로 개정되기 전의 것) 제40조 【공익법인등에게 부과되는 증여세과세가액의 계산등】 법 제48조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 가액”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 가액을 말한다.

1. 법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 3년 이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

○ 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정하기 전의 것) 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정하기 전의 것) 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지 ․ 관리 등을 위한 관람료 ․ 입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 다. 판단

(1) 이 사건 증여세 부과처분 부분 갑 제6, 7, 8, 13, 16, 17, 18, 19, 22호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상과 증인 이○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1996. 10. 23. 정○○, 정○○로부터 이 사건 토지가 포함된 분할 전 ○○리 ○○○번지 토지를 출연 받을 당시 이 사건 토지상에 건물 3동이 존재하였던 사실, 원고가 위 출연시부터 이 사건 토지상의 건물 3동 중 2동을 원고 소속 목사들의 숙소로 사용하기 시작하여 2000. 3.경까지 계속하여 목사들의 숙소로 사용하여 온 사실을 인정할 수 있고, 갑 제2호증, 을 제4, 5, 7, 9호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없는바, 위 인정 사실에 의하면 종교단체로서 공익법인인 원고는 정○○, 정○○로부터 출연받은 이 사건 토지를 그 출연일 무렵부터 2000. 3.경까지 사이에 계속하여 목사들의 숙소 건물의 부지로 사용함으로써 그 출연일부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하였으므로, 원고가 이 사건 토지를 출연일부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않았다고 보아 이루어진 피고의 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.

(2) 이 사건 법인세 부과처분 부분 갑 제2, 3, 4호증, 제12호증의 1, 2, 제15호증, 을 제3호증, 제6호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1998. 12. 4. ○○시장으로부터 이 사건 토지상에 지하 2층, 지상 9층 240세대 규모의 유료 노인복지시설 건물을 건축하는 내용의 건축허가를 받았고, 1999. 7. 6. 위 건축허가상의 건축주 명의를 사단법인 ○○○○○○○○으로 변경한 사실, 원고가 이 사건 토지상에 있던 목사들의 숙소 건물을 철거한 다음 2000. 3. 8.경 노인복지시설 건물의 건축공사에 착수한 사실, 그 후 2001. 12. 30. 위 건축허가상의 건축주 명의가 ○○○건설 주식회사로 변경되었고, 2002. 3.경 노인복지시설 1세대당 입주보증금(15년간의 기초시설이용비용 포함)을 16평형의 경우 5,600만 원 ~ 8,600만 원으로, 32평형의 경우 1억 5,200만 원 ~ 1억 7,200만 원으로 정하여 분양하는 내용의 분양광고가 일간신문 등에 게재된 사실, 원고가 2002. 4. 4. ○○○건설 주식회사에 이 사건 토지를 양도하고, 2002. 5. 21. ○○○건설 주식회사 명의로 소유권이전등기를 경료하여 준 사실, ○○○건설 주식회사는 2003. 3. 20. 188세대 규모의 유료 노인복지주택 건물을 완공하여 사용승인을 받은 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는바, 위 인정 사실에서 본 바와 같이 원고가 1998. 12. 4. 이 사건 토지상의 유료 노인복지시설 건물에 관한 건축허가를 받고, 2000. 3. 8.경 건물 건축공사를 착수한 점, 노인복지시설 건물에 관하여 1세대당 입주보증금(15년간의 기초시설이용비용 포함)을 16평형의 경우 5,600만 원 ~ 8,600만 원, 32평형의 경우 1억 5,200만 원 ~ 1억 7,200만 원으로 정하여 분양하는 내용의 분양광고가 일간신문 등에 게재된 점, 원고가 2001. 12. 30. 유료 노인복지시설 건물에 관한 건축허가상의 건축주 명의 자체를 ○○○건설 주식회사로 변경하고, 2002. 5. 21. 이 사건 토지에 관하여 ○○○건설 주식회사 명의로 소유권이전등기를 경료하여 준 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지는 지상의 숙소 건물이 철거된 2000. 3.경부터는 원고의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기 어려우므로 그 처분일인 2002. 5. 21. 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하지 않는다. 따라서 원고의 이 사건 토지 처분으로 인한 수입은 원고에 대한 법인세의 과세소득에 해당하므로, 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 증여세 부과처분 취소청구는 이유 있어 인용하고 이 사건 법인세 부과처분 취소청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다..