1. 처분의 경위
다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호적의 1 내지 7, 갑제2호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 을 제6호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
- 가. 원고(2004.12.9. 그 상호를 주식회사 ○○엔디에서 현재와 같이 변경하였다)는 임용고시 및 공인중개사 전문학원을 경영하는 법인인바, 서울지방국세청장은 2006.3.20.부터 같은 해 4.28.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 원고가 2003사업연도에 교재비 수입 361,145,531원, 동영상자습실 수입 19,290,000원, 구내매점임대료 수입 18,000,000원(부가가치세 1,636,364원 포함) 현금매출분 합계 398,435,531원을 신고누락한 사실을 밝혀내고, 이러한 사실을 동작세무서장에게 통보하는 한편, 2003 사업연도 현금매출누락분 398,435,531원에서 매출누락에 대응하는 매입원가 76,219,500원을 차감한 322,216,031원이 사외로 유출되어 그 귀속이 불분명하다는 이유로 이를 원고의 대표이사 이○수에 대한 2003년 상여로 소득처분하고 그에 따라 2006.7.9. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다.
- 나. 피고는 위 통보내용에 따라 2006.7.3. 원고에 대하여 2003 사업연도 현금매출 누락분 398,435,531원을 익금산입하고, 매출누락에 대응하는 매입원가 등 77,855,864원(매입원가 누락분 76,219,500원 + 매출누락관련 부가세 1,656,364운)을 손금산입한 다음 2003 사업연도 법인세 118,533,269원을 경정○고지하였다(이하 이 사건 법인세 부과처분이라 한다)
- 다. 원고는 위 소득금액변동통지에 따라, 2006.8.10. 피고에게 대표이사 이○수에 대한 갑종근로소득세를 수정신고하고 그 차액 105,067,940원을 원천징수 소득세 납부하였다.
- 라. 원고는 2006.9.29. 위 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지에 대하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007.5.28. 기각되었다.
2. 갑종근로소득세 부과처분 취소청구의 적법 여부 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음날 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담하게 되는 것인바, 앞서 본 바와 같이 서울지방국세청장은 원고의 매출누락분 중 금 322,216,031원에 대하여 원고의 대표이사 이○수에 대한 상여로 소득처분하고 그에 따른 소득금애변동통지를 하였고, 이에 따라 원고가 원천징수의무자로서 이○수에 대한 갑종근로소득세를 원천징수하여 피고에게 이를 납부하였다는 것이므로 그 과정에 피고의 어떠한 근로소득세 부과처분이 존재한다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 소중 갑종근로소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 조재하지 않는 부과처분의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다
3. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 원고는 당초 서울 ○○구 ○○○1동 72-○○ 소재 건물(이하 이 사건 건물이라 한다) 2층만을 임대차보증금 5억원 (후에 7억원으로 증액)에 임차하여 학원으로 사용하던 중 수강생들이 증가하자 기존 2층에서 2002.8.부터 위 건물 2층~6층까지 임대면적 1,060,60평을 임차ㆍ사용하게 되면서 임대차보증금 7억 원이 30억원으로 증가하게 되었으며, 증가된 임대차보증금(23억 원)과 학원인수비용, 학원운영비용 등에 필요한 자금을 조달하기 위하여 아래 표의 기재와 같이 34억 3,500만 원을 차용하고, 또 최○호가 은행으로부터 담보 대출받아 매입하여 소유하고 있던 서울 ○○구 ○○진 ○○아파트를 임차하여 직원들의 숙소로 사용하면서 월차임에 갈음하여 최○호가 은행으로부터 담보 대출받은 대출금에 대한 이자 1,230,000원을 매월 부담하였는바, 위 매출누락분 322,216,031원은 위와 같은 차용금 등에 이자 지급, 즉 원고의 운영자금으로 사용하였으므로(2003년도 위 차용금 등에 대한 지급이자 등 총액은 327,061,296원디), 위 금액은 원고 2003 사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어 전액 손금에 산입하여야 할 것인바, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 부과처분은 위법하다.
- 나. 관계법령 법인세법 제15조 (익금의 범위) 법인세법 제19조 (손금의 범위)
- 다. 판단
1. 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 위와 같은 익금에 산입할 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 그에 대응하는 손금에 산입할 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같은 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자가 입증을 하여야 할 것인바, 이는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고하는 경우에도 비용만큼은 누락없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정 즉 납세의무자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소신고하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자인 원고로 하여금 입증케 함이 입증의 난이와 형평면에서도 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합하는 것이기도 하다(대법원 1992.3.27. 선고 91누 12912 판결 등 참조)
2. 원고는 채권자들로부터 합계금 34억 3,500만 원을 차용하여 학원 건물 임차보증금, 학원인수비용 및 학원 운영자금 등(이하 임차보증금 등이라 한다)으로 사용하였고, 그 차용금에 대한 이자로 이 사건 매출누락금액을 사용하였다는 것이므로, 원고 주장의 각 채권자들 별로 원고 주장을 살펴본다.
- 가) 이○복 부분(차용금 5억 원, 이자 7,700만 원) 갑제4호증의 1 내지 3, 갑제10호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 이○복은 2001.9.3. 경 탁○자, 김○식에게 5억 원을 대여하였고, 원고로부터 2차례에 걸쳐 1,400만 원을 지급받았으며 2003.11.11.경 원고로부터 5억 원을 변제받은 사실을 인정할 수 있으나, 을제9호증의 기재에 의하면, 2001.9. 무렵은 원고가 학원사업을 시작하기 전이었을 뿐만 아니라(그 상호는 주식회사 ○○○모다스 였음) 휴업 중이었고 대표이사도 권○일이어서 이○복으로부터 차용한 위 금원을 어떠한 경위로 원고가 인수받아 변제하게 되었는지가 불분명한 이상 위 자금을 원고가 운영자금으로 사용하였다고 보기 어렵고, 따라서 원고가 이○복에게 지급한 1,400만 원도 원고의 사업과 관련된 비용으로 인정할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
- 나) 정○환(차용금 13억 4,000만 원, 이자 101,429,520원), 오○호(차용금 13억 9,500만 원, 이자 111,768,910원) 부분 갑제5호증의 1 내지 10, 갑제6호증의 1 내지 10, 갑제9호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 이○수, 오○호, 정○환은 공동출자하여 원고의 전신인 주식회사 ○○엔디(이하 ○○엔디라고만 한다)와 주식회사 ○○관 법정연구회(이하 ○○관이라 한다)(를 인수하였는바(그 지분율은 이○수 50%, 정○환, 오○호가 각 25%), 정○환은 ○○엔디에 2001.11.14. 2억 원, 2002.4.23. 1억 원, 같은 해 7.29. 4억 5,000만 원 등 합계 7억 5,000만 원을 태○관에 2002.7.30. 5억 원을 각 투자하였고, 오○호는 ○○엔디에 2002.5.11. 2억 4,000만 원, 같은 해 6.3. 4억 7,000만 원 등 합계 7억 1,000만 원을, ○○관에 2002.8.1. 6억 8,500만 원(갑제9호증의 1의 82,780,000원은 약정수입금을 잘못기재한 것으로 보인다)을 각 투자한 사실, 이○수는 2003.1.15. 정○환과 사이에 정○환의 ○○엔디와 ○○관에 대한 투자금 12억 5,000만 원을 2004.1.31.까지 지급하고 정○환의 지분 25%를 인수하기로 하되, 위 12억 5,000만 원에 대하여 2003.2.1.부터 완제일까지(각 금원에 대한 2003.1.30. 까지의 약정수익금 78,333,333원은 그 무렵 지급된 것으로 보인다) 연 10%의 비율에 의한 이자를 지급하기로 약정하였고, 그 무렵 오○호와 사이에도 오○호의 ○○엔디와 ○○관에 대한 투자금 13원 9,500만 원을 2004.1.31.까지 지급하고 오○호의 지분 25%를 인수하기로 하되, 위 13억 9,500만 원에 대하여 2003.2.1.부터 완제일까지(각 금원에 대한 2003.1.31. 까지 약정 수익금 82,780,000원은 당일 지급함) 연 10%에 비율에 의한 이자를 지급하기로 약정한 사실, 그 후 이○수는 위 약정에 따라 정○환에게 2003.3.11.부터 같은 해 12.10.까지 사이에 ○○엔디 또는 이○수 이름으로 10회에 걸쳐 합계 84,346,180원을 지급하였고, 오○호에게 2003.3.11.부터 같은 해 12.10.까지 사이에 ○○엔디 또는 이○수 이름으로 합계 94,539,050원을 지급한 사실을 각 인정할 수 있다. 위 사실관계에 의하면, 정○환과 오○호는 ○○엔디에 금원을 대여한 것이 아니라 투자한 것이고(그 금액도 정○환은 7억 5,000만 원, 오○호는 7억 1,000만 원이다) 이○수가 정○환고 오○호로부터 위 투자금액 상당을 지급하고 그 지분(25%)을 인수하기로 하되 그 금액을 완제할 때까지 연 10%의 비율에 의한 이자를 지급하기로 하는 약정에 따라 2003.3.11.부터 같은 해 12.10.까지 매달 이자를 지급하였던 것이므로, ○○엔디나 이○수 명의로 정○환과 오○호에게 지급된 금원이 원고의 차용금에 대한 이자임을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
- 라) 배○천 부분(차용금 2억 원, 이자 2,400만 원) 갑제7호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 2003.1.18. 원고가 배○환으로부터 2억원을 이자 월 10%(1%의 오기로 보인다)로 정하여 차용하기로 하였고, 원고가 2003.2.27. 김○성 앞으로 200만 원을 입금한 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정사실만으로는 실제로 원고가 위 금원을 대여 받아 원고의 운영자금등으로 사용하고, 이자를 매월 200만 원씩 합계 2,400만 원을 지급하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.
- 마) 최○호 부분(대출금 대납 12,862,866원) 갑제8호증의 기재에 의하면, 원고가 2003.3.27.부터 같은 해 12.29.까지 10회에 걸쳐 최○호에게 매달 1,230,000원씩 합계 12,300,000원을 지급한 사실은 인정할 있으나, 위 금원이 원고의 주장과 같이 직원 숙소로 사용하는 아파트에 대한 월차임 대신 지급된 금원이라는 점에 대하여 이를 인정할 아무런 증거가 없으니 이 부분 비용이 손금으로 인정되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
3. 따라서 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 매출누락금이 원고가 기존에 차용하여 사용하였던 금원에 대한 이자로 사용되었음을 전제로 한 원고의 주장은 모두 이유 없다.