사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

1. 피고가 2007. 2. 10. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 63,608,310원 및 2003사업연도 법인세 85,547,400원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

다음의 각 사실은 갑 제1호증, 갑제2호증의 1, 2, 갑제4호증의 1 내지 11, 을제1, 2, 3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 금은 제조 및 도소매업 등을 영위하는 회사로서, 2003년 제2기 과세기간 중 ○산금은 주식회사(이하 ‘○산금은’이라 한다)로부터 공급가액 합계 250,533,290원의 매입세금계산서 11매(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 각 수취하였음을 이유로 2003년 제2기분 부가가치세 신고시 위 각 세금계산서상의 매입세액을 공제하고, 2003 사업연도 귀속 법인세 신고시 위 각 세금계산서상의 공급가액을 손금으로 산입하였다.
• 나. 피고는 원고가 ○산금은으로부터 수취한 이 사건 각 세금계산서는 실물거래가 없는 가공의 세금계산서라는 이유로, 이 사건 각 세금계산서상의 매입세액을 불공제하고, 공급가액을 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 재산정한 후, 2007. 2. 10. 원고에게 2003년 제2기분 부가가치세 63,608,310원 및 2003사업연도 법인세 85,547,400원을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2007. 3. 16. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2007. 5. 21. 기각 결정을 받았다.

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 세금계산서는 실제 거래에 따라 작성된 것으로서, 원고는 ○산금은으로부터 지금을 매입하면서 그 대금을 무통장입금 또는 폰뱅킹의 방법으로 지급하였고 그 증빙자료까지 갖추어져 있음에도, 이 사건 세금계산서상의 거래가 모두 가공거래임을 전제로 한 이 사건 각 부과처분은 근거과세원칙을 위반한 것으로서 위법하다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제16조 (세금계산서) 부가가치세법 제17조 (납부세액) 법인세법 제66조 (결정 및 경정) 법인세법 제116조 (지출증빙서류의 수취 및 보관)
• 다. 판단 일반적으로 과세요건사실에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있는 것이므로 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 허위의 것이라는 점에 대하여는 과세관청인 피고가 이를 입증하여야 하는 것이다. 피고는, ○산금은을 실질적으로 설립ㆍ운영하였던 자는 조○수인데, 위 조○수는 ○산금은이 자료상 업체임을 진술하고 있는 점, 조○수는 친인척 명의로 여러 금지금 업체를 설립ㆍ운영하면서 가공세금계산서를 수취하고 이를 토대로 금지금 도소매업체들에게 가공세금계산서를 남발한 자료상으로서 관련 형사사건에서 유죄로 확정되었으며, ○산금은의 경리담당인 전○숙, 홍○선은 ○산금은의 가공세금계산서 수취 및 발행경위를 구체적이고 상세하게 진술하고 있는데 원고 역시 조○수의 가공매출처임을 진술하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서는 자료상인 조○수에 의하여 실물거래 없이 발행된 허위의 것이라는 것이다. 살피건대, 을제4호증, 을제5호증의 1, 2, 을제6호증의 1,2, 을제7호증, 을제8호증의 1 내지 5의 각 기재에 의하면, 피고의 주장과 같이 ○산금은은 실질적으로 조○수가 설립ㆍ운영하던 업체로서 조○수는 ○산금은을 운영하면서 거래처로부터 요청을 받으면 실물거래 없이 수수료만 받고 가공세금계산서를 발행해 왔던 사실, 조○수는 ○산금은 외에도 주식회사 ○용금은, 주식회사 ○○인터내셔날, ○○데골드 주식회사 등을 운영하던 자로서 허위매입세금계산서를 교부받거나 허위매출세금계산서를 발행한 행위 등으로 기소되어 유죄의 확정판결을 받은 사실 및 ○산금은의 경리였던 홍○선은 원고 역시 ○산금은의 가공매출처라고 진술하고 있는 사실은 모두 인정되나, 을제5호증의 2의 홍○선의 진술기재는 ○산금은의 가공매출처를 나열하는 과정에서 원고를 언급한 것에 불과하고 구체적인 근거를 제시한 바 없을 뿐만 아니라, 홍○선은 ○산금은에 2003. 5월부터 같은 해 7월까지만 근무하였고 이 사건 세금계산서의 발행 당시에는 ○산금은에 근무하지 아니하고 있었으므로 위 진술만으로 이 사건 각 세금계산서가 허위임을 인정하기 부족하고, 나머지 위 각 인정사실만으로는 아래에서 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 조○수가 ○산금은과 관련한 허위세금계산서발행과 관련하여서는 기소되지 아니한 점, 조○수에 대한 관련 형사사건에 의하면 일부 거래업체와 사이에는 실물거래가 인정된 점과 갑제8호증의 1 내지 8의 기재에서 인정되는 바와 같이 원고 및 그 대표이사인 손○권이 허위로 이 사건 각 세금계산서를 수취함으로써 조세범처벌법을 위반하였다는 혐의로 고발되었으나, 2007. 5. 4.자로 각 혐의없음의 불기소처분을 받았던 점 등에 비추어, 이 사건 각 세금계산서가 허위임을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 세금계산서가 허위의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 각 부과처분은 모두 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.