1. 처분의 경위
다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑9호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
- 가. 원고는 의료도매업을 영위하는 것을 목적으로 설립된 주식회사 ○○(이하 ‘○○회사’라고 한다)의 대표이사로서, 소외 회사는 2001년 2기분 부가가치세와 2001 사업연도 법인세를 신고함에 있어,○○○(대표 ○○○)으로부터 공급가액 합계 60,123,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라고 한다)를 교부 받아 그 매입세액을 공제하고, 매입액을 손금산입하여 위 부가가치세 및 법인세를 신고 납부하였다.
- 나. 피고는 이 사건 매입세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것으로 보아, 그에 따른 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 2006. 7. 1. ○○회사에게 2001년 2기분 부가가치세 12,865,740원(가산세 6,853,740원 포함) 및 2001 사업연도 법인세 16,623,330원을 각 경정ㆍ고지 히야 그 무렵 납세고지서가 송달되었다(이하 이 중 위 부가가치세 결정ㆍ고지를 ‘이 사건 처분’, 위 법인세 결정ㆍ고지를 ‘법인세 부과처분’이라고한다).
- 다. 소외 회사는 2006. 9. 22. 국세심판원에 법인세 부과처분에 대한 심판청구를 하여 2007. 3. 23. 인용결정을 받았으나, 이 사건 처분에 대하여는 따로 심판청구를 하지 아니하였다.
- 라. 한편, 원고는 서울 행정법원 2007구합21129호로 피고를 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다.