가공매입과 관련한 납세자의 신의성실의 원칙 위배 여부

1. 피고가 2006. 5. 10. 원고 주식회사 OO시스템즈에 대하여 한 2003년 사업연도 법인세 19,344,680원의 부과처분, 2006. 10. 4. 원고 문OO을 원고 주식회사 OO시스템즈의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고 문OO에 대하여 한 2003년 사업연도 법인세 19,344,680원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

다음의 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑7, 8, 10호증, 갑11호증의 1, 2, 3, 갑12호증의 1, 2, 갑13호증, 을1호증의 1 내지 4, 을2호증, 을4호증의 1 내지 4, 을6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고 주식회사 OO시스템즈(이하 ‘원고 OO‘이라고 한다)는 컴퓨터 및 주변기기 도․소매업을 영위하는 법인으로, 2003년 2기분 부가가치세와 2003년 사업연도 법인세를 신고함에 있어, 주식회사 ΔΔ정보통신(이하 ’ΔΔ‘라고 한다)으로부터 공급가액 합계 90,122,727원(= 34,090,909원+56,031,818원)인 매입세금계산서 2매를 교부받아 그 매입세액을 공제하고, 매입액을 손금산입하여 위 부가가치세 및 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. 피고는 OO세무서장으로부터 위 매입세금계산서가 실물거래 없는 가공 매입세금계산서라는 사실을 통보받아 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 2006. 5. 10. 원고 OO에게 2003년 2기분 부가가치세 13,973,410원을, 2003년 사업연도 법인세 19,344,680원을 각 경정․고지(이중 법인세 경정․고지 부분을 ‘이 사건 1처분’이라고 한다)하였다
• 다. 피고는 원고 문OO이 국세기본법 제39조 소정의 원고 OO의 과점주주(출자지분 100%)에 해당한다고 보아, 2006. 10. 4. 원고 문OO을 원고 OO의 제2차 납세의무자로 지정함과 아울러 원고 문OO에 대하여 2003년 2기분 부가가치세 13,973,410원을, 2003년 사업연도 법인세 19,344,680원을 각 부과․고지(이중 법인세 부과․고지 부분을 ‘이 사건 2처분’이라고 한다)하였다.
• 라. 원고 OO은 이 사건 1처분에 불복하여 2006. 8. 31. 피고에게 이의신청을 제기 하였으나 같은 해 9. 15. 기각되었고, 이에 2006. 11. 22. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2007. 2. 15. 기각되었다.

• 가. 피고의 본안전 항변 원고 OO이 이사건 1처분에 대해서만 전심절차를 경유하였을 뿐, 원고 문OO은 이 사건 2처분에 대하여 적법한 전심절차를 경유하지 않은 채 이 사건 소를 제기하였으므로 피고 문OO이 이 사건 2처분의 취소를 구하는 소는 부적법하다.
• 나. 판단

(1) 행정소송을 제기함에 있어서 행정심판을 먼저 거치도록 한 것은 행정관청으로 하여금 그 행정처분을 다시 검토케 하여 시정할 수 있는 기회를 줌으로써 행정권의 자주성을 존중하고 아울러 소송사건의 폭주를 피함으로써 법원의 부담을 줄이고자 하는 데 그 취지가 있으므로, 동일한 행정처분에 의하여 여러 사람이 동일한 의무를 부담하는 경우 그 중 한 사람이 적법한 행정심판을 제기하여 행정처분청으로 하여금 그 행정처분을 시정할 수 있는 기회를 가지게 한 이상 나머지 사람을 행정심판을 거치지 아니하더라도 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 1998.2.23. 선고 87누704 판결).

(2) 그런데 피고가 원고 문OO을 원고 OO의 제2차 납세의무자로 지정하여 이 사건 2 처분에 대하여, 원고 문OO이 제2차 납세의무자 지정 등 자체의 위법사유를 들어 다투는 것이 아니라 단지 그 전제가 되는 이 사건 1처분이 위법함을 들어 다투는 것이라면, 원고 OO이 이사건 1처분에 대하여 이미 전심절차를 거친 이상, 이 사건 2처분에 대하여도 피고 과세관청으로 하여금 그 처분을 시정할 수 있는 기회를 제공하여 적법한 전심절차를 거쳤다고 보아야 할 것이므로, 피고의 위 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고들의 주장 2003년 2기에 있었던 ΔΔ로부터의 공급가액 90,122,727원의 매입거래(이하 ‘이 사건 매입거래’라고 한다)가 가공거래인 것은 사실이나 같은 과세기간 중 주식회사 □□(이하 ‘□□’라고 한다)에 대한 공급가액 100,000,000원의 매출거래(이하 ‘이 사건 매출거래’라고 한다) 역시 실물거래 없는 가공거래이므로, 피고가 이 사건 각 처분을 함에 있어서는 이 사건 매입거래에 따른 매입금액을 손금불산입할 뿐만 아니라, 이 사건 매출거래에 따른 매출금액 역시 익금불산입하였어야 함에도 불구하고, 피고가 이 사건 매입거래만을 가공거래로 판단하여 그 매입금액만을 손금불산입하고 이 사건 매출거래에 따른 매출금액은 익금불산입하지 아니하고 법인세를 경정․고지한 이 사건 1처분과 이를 전제로 한 이 사건 2처분을 하였으니 이는 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실 다음의 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑1, 2호증, 갑4호증의 1, 2, 갑 5호증의 1, 2, 갑6, 9, 14호증, 을8호증의 1 내지 6의 각 기재와 증인 장OO의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 원고 OO의 대표이사인 원고 문OO은 2003. 6.경 □□를 운영하는 대학동기인 장OO으로부터 ‘중소기업진흥공단으로부터 중소기업 창업시설자금을 대출형식으로 지원받기 위해서는 시설투자 증빙자료인 물풀공급계약서 및 매입세금계산서가 필요하니 허위의 물품공급계약서를 작성하고 그에 따른 세금계산서를 발행해 달라’는 부탁을 받고 2003. 7. 2. 원고 OO이 □□에게 100,000,000원 상당의 전산장비를 공급하는 내용의 이 사건 매출거래가 실제로 있었던 것처럼 가장하여 물품공급계약서를 작성하고, 같은 달 4. 공급가액 100,000,000원의 세금계산서를 발행하여 주었다.

(2) 원고 문OO은 위와 같은 허위로 가공한 이 사건 매출거래에 대응하는 원가를 보충하기 위해 ΔΔ에게 수수료 3,000,000원을 지급하는 조건으로 이 사건 매입거래가 실제로 있었던 것처럼 가장하여 2003. 7. 8. 공급가액 34,090,909원, 2003. 7.29. 공급가액 56,031,818원의 매입세금계산서를 발행받았다.

(3) 한편, 중소기업진흥공단은 자금지원대상인 □□를 실사하여 위 물품공급계약서 등과 원고 OO이 유니어플라에게 임시로 빌려주었던 전산장비를 확인한 후 ΔΔ에게 중소기업 창업시설자금을 지원하기로 결정하고, 2003. 7. 28. 위 시설자금 명목으로 원고 OO의 계좌로 100,000,000원을 입금하였다.

(4) 원고 OO은 2003. 7. 30. ΔΔ에게 이 사건 매입거래에 따른 물품대금 명목으로 99,000,000원을 입금하였고, ΔΔ는 같은 날 원고 문OO의 계좌로 위 금액 중 수수료 2,970,000원을 공제한 96.030,000원을 입금하였다.

(5) 이에 원고 문OO은 장OO의 계좌로 2003. 7. 30. 41,000,0000원, 2003. 9. 3. 46,000,000원, 2003. 9. 3. □□의 계좌로 10,000,000원 도합 97,000,000원을 입금하였다.

• 라. 판단

(1) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 매출거래는 원고 OO과 □□ 사이에 실제로 이루어진 거래가 아니라 단지 원고 OO 명의의 세금계산서만의 발행된 가공의 거래인 사실을 인정할 수 있다.[이는 갑9. 14호증의 각 기내나 증인 장OO의 증언에 의해 인정될 뿐 아니라, 위 인정사실에서 드러나는 제반 사정, 즉, ① 원고들(원고 문OO이 원고 OO의 100% 출자지분을 가진 주주로서 그 경제적 실질에 있어 원고들을 동일시 할 수 있다), 장OO, ΔΔ 및 □□ 사이의 금융거래내역을 살펴볼 때, 원고들이 중소기업진흥공단으로부터 100,000,000원을 입금받은 다음, ΔΔ를 거쳐 위 금액 중 가공매입계산서 발행에 대한 수수료 3,000,000원을 제외한 나머지 97,000,000원을 장OO과 그가 운영하는 □□에게 최종적으로 지급한 결과가 되는 점, ② 피고에 의해서도 가공거래라고 인정된 이 사건 매입거래의 매입금액과 이 사건 매출거래의 매출금액이 수수료 3,000,000원을 제외한 금액 범위 내에서 정확히 일치할뿐더러, 위 각 거래가 시기적으로 근접하는 점 등에 비추어도 추단된다]. 그런데, 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 사업소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 하는 것인바(대법원 1993. 7. 27. 선고 90누10384 판결), 이 사건 각 처분은 가공매출인 이 사건 매출거래에 따른 매출금액은 익금불산입하지 아니한 채 이 사건 매입거래에 따른 매입금액만을 손금불산입하여 산정된 소득을 기준으로 한 위법한 처분이라고 할 것이다.

(2) 또한, 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다는 제약을 받으며 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이고, 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 형태가 존재하고, 그 형태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인바(대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두10170 판결, 대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 참조), 이 사건에 있어서와 같이 원고들이 친구의 부탁을 받고 가공의 매출세금계산서를 발행하고 이에 대응하는 허위의 매입세금계산서를 발행받아 이에 따라 법인세를 신고․납부하였다가 후에 과세관청에 의해 매입세금계산서가 허위임이 밝혀지자 매출세금계산서 역시 허위라고 주장하며 다툰다는 것만으로 심한 배신행위를 하였다고 할 수 없고, 또 실지조사권을 가지고 있을 뿐 아니라 경우에 따라서 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있고 그 과세처분의 적법성에 대한 입증책임도 부담하고 있는 피고 과세관청이 위 신고만을 보고 이를 그대로 믿었다고 하더라도 이를 보호받을 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다.

(3) 한편, 을1호증의 1의 기재에 의하면, 이 사건 각 처분의 세액산정의 기준이 된 원고 OO에 대한 2003년 사업연도 법인세 과세표준(이 사건 매입거래에 따른 매입금액만을 손금불산입하였다)은 90,122,000원임을 알 수 있는데, 이 사건 매입거래에 따른 매입금액을 손금불산입함은 물론, 이 사건 매출거래에 따른 매출금액(100,000,000원)도 익금불산입하여 위 과세표준을 다시 산정해 보면, 위 과세표준 금액이 - 9,878,000원(= 90,122,000원 -100,000,000원)이 되어 원고 OO이 납부하여야 할 법인세액이 없게 됨이 계산상 명백하므로, 이 사건 각 처분은 그 전액에 대하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고들이 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계법령 법인세법 13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 제14조(각 사업연도의 소득)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제15조(익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각호의 금액은 이를 익금으로 본다.

1. 제52조제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동조제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조제4항의 규정에 의한 외국법인세액(세액공제된 경우에 한한다)에 상당하는 금액

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 끝.