투자유가증권 손실이 합병법인에 승계되는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2004. 12. 23. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 ○○(이하 ○○이라 한다)은 1975. 7. 19. 미국 뉴욕에 현지법인인 ○○ 인터내셔널 인코퍼레이티드(○○ INTERNATIONAL INC., 이하 ○○이라 한다)를 설립하였고, ○○의 4차(2000. 2. 28.부터 2000. 12. 18.까지)에 걸친 유상증자 중 1차 유상증자시 신주인수를 포기하는 대신 법인세법상 특수관계자에 해당하는 ○○산업 주식회사(이하 ○○산업이라 한다)가 참여하도록 하였고, 2, 3, 4차 유상증자시 ○○산업이 포기한 신주배정주식을 모두 인수하여 ○○ 발행 주식 150,040주를 보유하게 되었다.
• 나. ○○은 1999 사업연도 결산시 ○○의 장부상 보유주식 90,040주의 취득가액 2,731,618,000원에 대하여 기업회계기준상의 지분법으로 평가한 평가차액 2,009,603,155원을 평가감하면서 102,400,213원은 손익계산서상 지분법 평가이익계정으로, 1,363,208,162원은 이익잉여금상 지분법 평가손실로, 나머지 748,795,206원은 대차대조표상 자본조정계정의 자본조정감소로 회계처리하고, 이에 대한 세무조정으로 위지분법 평가이익 102,400,213원은 익금불산입 유보처분하고, 지분법 평가손실 1,363,208,162원은 손금분산입 유보처분하여 법인세 과세표준 신고를 하였다.
• 다. ○○은 2000. 12. 18. 보유 중인 ○○ 발행주식 150,040주 중 117,040주를 ○○산업에 3년 이내 환매한다는 조건으로 2,106,720,000원에 매각(이하 이 사건 환매거래라 한다)하였고, 장부가액 대비 부족액 1,724,827,001원(이하 쟁점금액이라 한다)을 투자유가증권처분손실로 계상하는 한편, 관련 지분법 평가로 인한 1999 사업연도 세무조정사항에 대하여도 매각 해당비율만큼 세무조정사항이 실현된 것으로 보아 반대로 세무조정(102,400,213원에 대한 매각해당비율 79,882,406원은 익금산입 유보, 1,363,208,162원에 대한 매각해당비율 1,063,438,687원은 손금산입 유보)하여 2000 사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 라. 원고(당초 주식회사 ○○이었으나 2003.8.29. 현재 상호로 변경됨)는 2001. 7. 1. ○○을 흡수합병한 후 2001. 10. 31. ○○이 매각한 ○○ 발행주식 117,040주를 당초 매도가격인 2,106,720,000원에 ○○산업으로부터 환매하였고, 2003. 7. 1. ○○의 유상감자로 인하여 발행주식 150,040주 중 131,040주가 유상감자되었다.
• 마. ○○세무서장은 2004. 11. ○○에 대한 세무조사 결과 ○○의 4차에 걸친 유상증자와 관련하여 ○○이 1차 유상증자시 신주인수포기하고, ○○산업이 인수한 것은 고가인수로 인한 이익분여로 보아 351,495,749원을 익금가산 유보처분하고, 나머지 3차례 유상증자시 ○○산업이 신주인수포기하고 ○○이 고가인수한 것은 부당행위계산부인하여 116,814,357원을 익금가산 기타처분하고 동시에 손금가산 유보처분하였으며, ○○의 이 사건 환매거래를 매매를 가장한 실질적인 자금융통행위로 보아 2000. 12. 18. 매각당시 감액세무조정하였던 지분법 평가이익 유보 △79,882,406원과 지분법 평가손실 유보 1,063,438,687원을 다시 반대로 세무조정하고, 쟁점금액을 손금불산입 유보처분한 사실을 2004. 10. 25. 원고에게 통보하였다.
• 바. 원고는 이에 대하여 2003. 7. 1. 실시한 ○○의 유상감자로 인하여 원고가 보유하고 있던 주식 150,040주 중 131,040주가 감자되어 지분법 평가이익 유보 △79,882,406원, 지분법 평가손실 유보 1,063,438,687원, 투자유가증권처분손실 유보 1,724,827,001원, 불균등유상증자로 분여받은 이익 유보 351,495,749원 및 분여한 이익 유보 116,814,357원 차가감 총유보금액 2,943,064,674원 중 감자비율(131,040/150,040)에 상당하는 금액 2,570,375,865원을 원고의 2003.7.1. ~ 2004.6.30. 사업연도의 손금으로 인정하여 법인세 694,001,480원을 환급하여 달라는 내용의 법인세경정청구를 하였고, 피고는 2004. 12. 23. ○○에 대하여 세무조정하여 처분한 위 유보금액은 피합병법인인 ○○의 청산소득금액 계산시 반영되어야 할 금액이라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 내용의 처분(이하 거부처분 중 쟁점금액에 해당하는 부분을 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.
• 사. 원고가 2005.3.23. 이 사건 처분에 대하여 국세심판을 청구하자 국세심판원은 2007.1.4. 원고에 흡수합병된 ○○의 투자유가증권에 대한 지분법 평가이익 익금불산입 △유보금액 79,882,406원, 지분법 평가손실 손금불산입 유보금액 1,063,438,687원을 원고가 승계하고, 그 승계금액 중 원고가 보유한 투자유가증권 중 감자비율(131,040주/150,040주)에 상당하는 금액은 익금 또는 손금산입하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다. 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증의 각 1, 2, 갑 제7, 8호증의 각 기재

• 가. 원고의 주장 원고가 회계처리로 손금에 반영한 쟁점금액은 세무조정사항으로서 손익의 귀속년도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액으로 법인세법 시행령 제85조 제1항 제2호 의 규정에 따라 합병법인인 원고에게 승계되어야 하는 바, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) ○○은 2001. 7. 1. 원고에 흡수합병되기 전에 ○○ 주식을 20% 이상 (170,040주 중 150,040주, 88.2%)을 보유하고 있어 기업회계기준 제59조 규정에 의하여 보유주식인 ○○ 주식 150,040주를 지분법으로 평가하였다.

(2) 서울지방국세청장은 ○○산업에 대한 세무조사를 실시한 결과 이 사건 환매거래는 실질적으로 자금차입에 해당하므로 ○○ 주식에 대한 투자유가증권처분손실을 손금불산입 유보처분하라는 내용의 과세자료를 ○○세무서장에게 통지하였고, ○○세무서장은 이에 따라 쟁점금액과 세무조정으로 손금가산하여 신고한 983,556,281원 합계 2,708,383,282원을 익금에 가산하여 유보처분하여 과세표준과 세액을 경정, 결정하였으며,○○산업에 대하여는 주식을 담보로 한 실질적인 자금대여로 보아 인정이자를 익금에 가산하는 결정을 하였다.

(3) 원고는 위 익금가산 유보처분된 금액 2,708,383,282원 합병법인 원고에게 세무조정으로 승계되어야 하고 2003.7.3. 당해 유가증권발행법인이 131,040주를 유상감자하여 대가를 반환받았으므로 위 금액 중 감자한 주식에 상당하는 금액은 손금가산유보처분되어야 한다면서 피고에게 법인세 경정청구를 하였고, 피고가 이를 거부하는 내용의 이 사건 처분을 하자 국세심판청구를 하였다.

(4) 국세심판춴은 당초 ○○이 세무조정으로 손금가산 신고한 금액 중 익금가산 유보 처분한 983,556,281원만 원고가 승계하는 것이 타당하다고 인용하고, 회계처리로 손금에 반영한 쟁점금액 부분은 기각하는 내용의 결정을 하였다. 〔인정근거〕 갑 제12호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2, 3호증의 각 1, 2, 을 제4호증의 1, 2, 3의 각 기재

• 라. 판단 (1) 법인세법 제49조 는 내국법인이 합병하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등의 처리 및 그 금액 기타 자산 ․ 부채의 합병법인에의 승계 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정 한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조 제1항은 내국법인이 합병하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의하도록 하면서, 제2호로 법 제40조의 규정에 의한 손익의귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 귀속사업연도에 따라 합병법인에게 승계하도록 규정하고 있으며, 제3호로 감가상각의 경우 법 제42조의 규정에 의한 평가 그 밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니하되, 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가(가목), 채권 ․ 채무의 재조정, 채권 ․ 채무의 현재가치에 의한 평가(나목) 등과 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인이 승계할 수 있다고 규정하고 있다.

(2) 이 사건의 경우, ○○이 2000.12.18. ○○산업에 3년 후 환매조건으로 매매한였던 ○○ 주식 117,040주를 당초 매각하였던 가액 2,106,720,000원으로 원고가 2001.10.31. 재취득한 이 사건 환매거래는 그 실질이 주식의 매매라기보다 주식을 담보로 한 자금차입거래로 봄이 상당하고, 따라서 이는 ○○이 특수관계법인인 ○○산업과 합의하여 가공의 손실을 계상한 것이어서 피고가 부당행위계산부인규정을 적용하여 그 세법상의 효과를 부인한 것인바, 117,040주의 기업회계상의 관계회사 주식 장부가액은 그 실질이 ○○이 매각 당시 계상하였던 2,106,720,000원으로 보아야 하므로, 원고가 계상한 쟁점금액은 법인세법 시행령 제85조 제1항 제2호 의 합병 이전에 손익의 귀속시기가 도래하지 아니하여 합병 후 손익의 귀속시기가 도래함으로 인하여 합병 당시 인계되는 세무조정사항에 해당한다고 볼 수 없다. 또한, ○○ 주식 150,040주에 대한 ○○의 지분법평가손실 손금불산입 유보금액 및 지분법평가이익 익금불산입 유보금액 합계 983,556,281원이 법인세법 시행령 제85조 제1항 제3호 단서 규정의 ‘유가증권의 평가’와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액에 해당하여 합병법인인 원고에게 승계되는 것과 달리 쟁점금액은 투자유가증권 평가손실이 아니라 투자유가증권 처분손실로서 세무조정과 관련하여 피합병법인의 손금에 산입하지 아니한 금액에 해당하여 법인세법 시행령 제85조 제1항 제3호 본문에 따라 합병법인에게 승계되지 않는다고 할 것이다.

(3) 따라서 쟁점금액을 원고가 승계하지 아니한다고 본 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다. 관계법령 〔법인세법〕 제40조 (손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제49조 (합병 및 분할시의 자산 ․ 부채의 승계 등) 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인 ․ 분할법인 또는 소멸한 분할 합병의 상대방법인(이하 “피합병법인등”이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액등의 처리 및 그 금액 기타 자산 ․ 부채의 합병법인등에 승계등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 〔 법인세법 시행령〕(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제68조 (자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)

① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다) 인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 제85조 (합병 및 분할시의 자산 ․ 부챙의 승계 등)

① 내국법인이 합병하는 경우에 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의하다.

2. 법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 합병법인에게 승계되는 것으로 한다.

3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 그밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 다음 각목의 규정에 의한 금액은 합병법인이 이를 승계할 수 있다.

• 가. 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립, 대손충당금의 적립 및 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액
• 나. 기업회계기준에 의한 채권 ․ 채무의 재조정, 채권 ․ 채무의 현재가치에 의한 평가, 지급보증충당금의 적립과 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액
• 다. 조세특례제한법에 의하여 손금에 산입한 준비금
• 라. 그밖에 재정경제부령이 정하는 금액 〔 법인세법 시행규칙 〕 제42조 (합병 및 분할시의 자산 ․ 부챙의 승계) 영 제85조제1항제3호 라목 및 동조제2항제3호라목에서 “이라 함은 전기사업법 시행령 제61조 의 규정에 의한 원자력발전소사후처리충당금 상당액으로서 손금에 산입되지 아니한 금액(전력산업 구조 개편촉진에 관한 법률에 의하여 분할하는 경우에 한한다)을 말한다. 끝.