실물거래없는 세금계산서로 보아 매입세액불공제 하고 손금불산입한 처분의 당부

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 2005. 6. 4. 한 2001년 1기분 부가가치세 112,480,560원, 2001 사업연도 법인세 275,567,820원의 각 부과처분 및 같은 달 8. 한 2001년 귀속 대표자 상여처분 617,100,000원의 소득금액변동통지를 각 취소한다(원고는 예비적 청구취지를 따로 구하고 있으나, 이는 위 청구취지와 양립할 수 없는 별개의 청구가 아니므로 예비적 청구로 판단하지 아니하고 예비적 주장으로 살펴본다)

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1, 2호증, 갑3, 4호증의 각 1, 2, 갑5호증의 1, 2, 3, 을1호증의 1 내지10, 을2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 컴퓨터 및 컴퓨터주변기기 도·소매업을 영위하는 것을 목적으로 설립된 법인으로서 2001년 1기분 부가가치세와 2001 사업연도 법인세를 신고함에 있어, 주식회사 ○○○○○○○(이하 ‘○○소프트’라고 한다)로부터 공급가액 합계 561,000,000원(= 2001. 1. 8.자 85,000,000원 + 2001. 1. 11.자306,000,000원 + 2001. 2. 9.자 170,000,000원)인 세금계산서 3매(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라고 한다)를 교부받아 그 매입세액을 공제하고, 매입액을 손금산입하여 위 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.
• 나. 피고는 ○○소프트가 자료상으로 고발된 업체로서 이 사건 매입세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것으로 보아, 그에 따른 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 2005. 6. 4. 원고에게 2001년 1기분 부가가치세 112,480,560원(가산세 56,380,500원 포함) 및 2001 사업연도 법인세 275,567,820원을 각 경정·고지하였고, 2005. 6. 8. 2001 사업연도 소득금액변동통지(소득자: ○○○, 소득종류: 상여, 소득금액: 617,100,000원)를 하였다(이하 위 부가가치세 및 법인세 결정·고지 및 위 소득금액변동통지를 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 다. 원고는 이의신청을 거쳐 2006. 1. 4. 국세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 2006. 12. 14. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장

(1) 주위적 주장

○○소프트가 어음할인 등을 할 수 없는 금융상의 문제 때문에 주식회사 ○○○○(이하 ‘○소프트’라고 한다)와 주식회사 ○○○○○○(이하 ‘○○정보’라고 한다)에 노트북을 직접 납품할 수가 없어서 원고를 경유하여 납품하기로 상호 합의한 후, 원고는 ○○소프트로부터 2001. 1. 8., 같은 달 11., 같은 해 2. 9. 3차례에 걸쳐 ○○노트북 335대(공급가액 561, 000, 000원) 상당을 납품받아 아무런 이익을 남기지 않은 채 구입가격 그대로 ○소프트 및 ○○정보에 납품하였으므로, 이 사건 매입세금계산서는 사실(실질)에 부합하는 것이다. 그럼에도 불구하고 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 예비적 주장 가사 피고의 주장대로 원고가 ○○소프트로부터 노트북을 매입한 거래(이하 ‘이 사건 매입거래’라고 한다)가 실물 거래 없는 가공거래라고 하면 이에 대응하여 원고가 ○소프트와 ○○정보에게 노트북을 납품한 거래(이하 ‘이 사건 매출거래’라고 한다) 역시 실물 거래 없는 가공거래라고 보아야 할 것이므로 이 사건 매입거래에 따른 매입세액과 매입액 뿐만 아니라, 이 사건 매출거래에 따른 매출세액과 매출액이 함께 부인되어야 하고, 이에 따르면 위 각 거래로 인한 부가가치나 법인의 소득이 없게 됨에도 불구하고(다만 사실과 다르게 기재된 이 사건 매입세금계산서를 수취한 것에 대해서는 세금계산서합계표 불성실가산세만을 부과하여야 한다)이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실 다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑11호증의 1 내지 6, 갑12호증, 갑13호증의 1, 2, 갑16호증의 1, 2, 3, 갑17호증의 1, 2, 갑18, 19호증의 각 1, 2, 3, 갑 20, 21, 22, 23호증의 각 1, 2, 갑24호증, 갑25호증의 1 내지 5, 을3호증의 1 내지 4, 을4, 5호증의 각 1, 2, 3, 을8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 원고는 다음 표 기재와 같이 ○○소프트로부터 이 사건 매입세금계산서를 발행 받고, ○소프트와 ○○정보에게 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라고 한다)를 발행하여 주었다. 매입세금계서 매출세금계산서 날짜 매입처 공급가액 날짜 매출처 공급가액 2001/1/8

○○소프트 85,000,000 2001/1/9

○소프트 85,000,000 1/11

○○소프트 306,000,000 1/12

○○정보 306,000,000 2/9

○○소프트 170,000,000 2/13

○소프트 170,000,000 합계 561,000,000 합계 561,000,000

(2) 원고는 ○소프트, ○○정보와 사이에 이루어진 이 사건 매출거래에 따라 다음 표 기재와 같이 위 업체들로부터 이 사건 매출세금계산서의 각 매출액에 해당하는 약속어음을 지급받은 다음, 위 어음을 자기앞수표로 할인받아 다시 누군가에게 지급하였다(원고는 ○○소프트의 대표이사 ○○○에게 지급하였다고 주장한다). 매출세금계산서 대금지급내역 날짜 약속어음금액 날짜 금액 결제구분 배서확인내용 2001/1/9 935.000.000 2001/1/5 100,000,000 수표발행 확인불가 어음할인금액 91,213,000 1/13 1,000,000 수표발행

○○○ 1/12 336,600,000 1/13 90,000,000 수표발행

○○○외 어음할인금액 328,263,000 1/17 40,000,000 수표발행 내용없음 2/13 187,000,000 1/17 90,000,000 수표발행

○○○ 1/17 10,000,000 수표발행

○○○ 2/16 187,000,000

○소프트배서후 지급 (주)○시스템 3/19 100,920,000 수표발행

○○○ 합계 617,000,000 합계 618,920,000

(3) ○○국세청은 ○○소프트에 대하여 자료상혐의자로 조사를 실시한 결과 ○○소프트가 이 사건 매입세금계산서를 비롯하여 2001년 1기 귀속분부터 2002년 2기 귀속분까지의 세금계산서 52매 18,510,446,000원을 실물 거래 없이 발행하였다는 사실을 밝혀내어 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

(4) 한편, ○○소프트는 허위세금계산서를 발행하였다는 사실에 관해 조세범처벌절차법위반죄로 고발되었다.

• 라. 판단

(1) 주위적 주장에 대한 판단 위 인정사실에 의해 드러나는 다음과 같은 사정, 즉, ① ○○소프트는 2001.1.1.부터 2002. 12. 31.까지의 기간 중 수백억 원의 실물 거래 없는 허위의 세금계산서를 수취 또는 발행한 혐의로 ○○경찰서에 의해 고발된 속칭 ‘자료상’인 점, ② 원고는 매출외형을 늘리기 위해 아무런 이익도 얻지 않은 채로 이 사건 매입·매출거래를 하였다고 주장하나, 그 과정에서 당연히 발생하였을 운반비(노트북이 335대에 달한다)나 어음할인비용 등을 감안하면 불이익한 거래를 원고 스스로 감수하였다는 것이 되어 납득하기 어려운 점, ③ 따라서 원고가 ○○소프트가 아닌 제3의 매입처 등으로부터 노트북을 저렴한 가격으로 무자료 구입하였음에도 불구하고 ○○소프트와 사이에 이 사건 매입거래가 있었던 것처럼 가장한 세금계산서를 발행받은 것이 아닌지 의심이 드는 점, ④ 특히 이 사건 매입세금계산서와 이 사건 매출세금계산서의 금액이 정확히 일치하는 점, ⑤ 당시 ○○소프트가 에이서 노트북의 한국총판으로서 독점적인 공급처였다는 사실에 대한 별다른 증거가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 매입거래는 원고와 ○○소프트 사이에 실제로 이루어진 거래가 아니라 단지 ○○소프트 명의의 세금계산서만이 발행된 가공의 거래인 것으로 일응 추인된다고 할 수 있다. 이에 반해 갑11호증의 1 내지 6, 갑12호증, 갑13호증의 1, 2, 갑14호증, 갑15호증의 1내지 7, 갑16호증의 1, 2, 3, 갑17호증의 1, 2, 갑18, 19호증의 각 1, 2, 3, 갑20 내지 23호증의 각 1, 2, 갑24호증, 갑25호증의 1 내지 5, 을5, 6호증의 각 1, 2, 3의 각 기재만으로는, 원고가 ○○소프트에게 이 사건 매입거래에 따른 매입대금을 지급하였다는 사실을 인정하기 어려워 위 추인을 뒤집기에 부족하다(특히 원고의 주장대로 자기앞수표를 지급받은 자 또는 그의 배우자가 ○○소프트의 대표이사 ○○○과 사이에 금전소비대차관계에 있었다는 사실에 대하여 관련자 진술 이외에 객관적인 증빙자료가 없을뿐만 아니라, 그 수표에 ○○○의 배서가 전혀 되어 있지 않다). 따라서, 피고가 이 사건 매입거래를 가공거래라고 인정하여 이 사건 매입거래에 따른 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 행한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 예비적 주장에 대한 판단 (가) 부가가치세법 제17조 의 규정에 의하면, 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은, 실제로 재화 또는 용역을 공급받았더라도 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 데 비하여, 매출신고의 경우는 납세의무자가 스스로 매출로 신고한 이상 그러한 매출은 실제 있었던 것으로 봄이 상당하고, 가사 실제 매출이 없었다고 하더라도 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 있어서 납세의무자가 매출로 신고한 부분은 그대로 확정되는 것이어서(매출세액 등이 과다신고 된 경우라면 납세의무자가 감액경정청구 등의 절차를 밟아야 할 것이다.) 그 매출로 신고한 부분을 형평의 원칙상 전체 매출액에서 공제하여야 한다고 볼 것도 아니다[대법원 2005. 11. 10. 선고 2004두9197 판결 참조, 위 판례사안은 매입세금계산서가 사실과 다르게 기재되었다는 이유로 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 증액경정한 처분(국세기본법 제22조 의 2의 규정이 시행되기 전에 이루어졌다)에 대해 납세자가 취소를 구하면서 당초 신고하여 확정된 매출액 중 일부가 가공거래로 인한 것이므로 전체 매출액에서 공제해줄 것을 주장한 사안이다]. (나) 이처럼 납세자의 신고에 의하여 확정되었던 과세표준과 세액에 대해서는 증액경정처분을 다투는 소송에서 더 이상 다툴 수는 없는 것이므로, 원고가 이미 이 사건 매출거래에 따른 매출액을 적법하게 신고하여 확정된 이 사건에 있어 뒤늦게 위 거래가 가공의 거래로서 전체 매출액에서 공제되어야 한다고 주장한다고 하여도 이를 받아들일 수 없다(뿐만 아니라, 위 인정사실에서 본 어음수수 및 자금지급내역 등에 의하면, 원고가 ○소프트와 ○○정보에게 공급가액 561,000,000원을 노트북을 판매하고 그에 대한 대금을 지급받은 사실을 넉넉히 인정할 수 있으므로 이를 허위의 거래라고도 할 수 없다). 따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계법령 국세기본법 제22조의 2 (경정 등의 효력)

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 부가가치세법 제13조 (과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제21조 (결정 및 경정) (2003. 5. 29 법률 제6905호로 개정되기 전의 것)

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. (단서생략) 제22조 (가산세) (2001. 12. 29. 법률 제6539호로 개정되기 전의 것)

② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

3. 제32조의2제3항의 규정에 의한 신용카드매출전표 등을 교부받아 제18조제1항 및 제2항 단서 또는 제19조제1항의 규정에 의하여 신고를 하는 때에 정부에 제출하여 매입세액을 공제받지 아니하고 대통령령이 정하는 사유로 매입세액을 공제받는 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 1천분의 5, 법인에 있어서는 1천분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. 제20조제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재상항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조제2항제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때 법인세법 제13조 (과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법류에 의한 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 제14조 (각 사업연도의 소득)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연동 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제15조 (익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각호의 금액은 이를 익금으로 본다.

1. 제52조제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동조제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조제4항의 규정에 의한 외국법인세액(세액공제된 경우에 한한다)에 상당하는 금액

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조 (손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제66조 (결정 및 경정) (2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 시고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다