공급자의 일방적인 발급 거절로 인하여 세금계산서를 교부받지 못한 경우, 실지 거래사실이 확인되는 경우라 하더라도 공급자가 발행하지 아니하고 매입자가 임의로 작성한 세금계산서를 부가가치세 매입세액 공제대상으로 볼 수는 없음.
공급자의 일방적인 발급 거절로 인하여 세금계산서를 교부받지 못한 경우, 실지 거래사실이 확인되는 경우라 하더라도 공급자가 발행하지 아니하고 매입자가 임의로 작성한 세금계산서를 부가가치세 매입세액 공제대상으로 볼 수는 없음.
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 9. 7. 원고에 대하여 한 2005년도 1기분 부가가치세 38,560,430원, 2005년도 2기분 부가가치세 718,342,760원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
(1) 이 사건 세금계산서는 ○○상사 대표 이○○의 포괄적인 세무업무 위탁에 따라 원고 회사의 직원인 김○○이 작성한 것이므로, 이는 공급자가 직접 작성하여 교부한것과 같다고 보아야 한다.
(2) 설혹 위와 같은 업무 위탁사실이 인정되지 않는다 하더라도, ○○시 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 외 6필지 토지 및 그 지상건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)과 그에 부착된 기계류는 원고가 이 사건 세금계산서에 상당하는 금액을 지불하고 이○○으로부터 매입한 것이고, 이 사건 세금계산서의 내용이 실제 재화의 공급거래내역과 일치하므로, 이를 사실과 다른 허위의 세금계산서로 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
○ 국세기본법 제14조 【실질과세】
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】
① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 ‘세금계산서’라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액. 끝.
- 다. 인정사실
(1) 이○○은 노인전문병원을 설립하기 위해 2004. 10. 5. 주식회사 ○○와의 사이에 위 회사 소유의 이 사건 부동산 및 그 지상 건물에 설치된 기계류 일체를 부가가치세 별도로 하고 총 대금 90억 원(토지 3,318,000,000원, 건물 4,590,000,000원, 기계류 1,092,000,000원)에 매수하기로 하고, 계약금은 3억 원으로 하되 그 중 2억 원은 계약 당일에, 나머지 1억 원은 2004. 10. 12.에 각 지급하며, 잔금 87억 원은 2004. 11. 4.까지 위 회사로부터 소유권이전등기에 필요한 제반 서류를 교부받음과 동시에 지급하기로 하는 내용의 토지 등 매매계약을 체결하였다.
(2) 이○○은 위 매매대금의 조달이 어려워지자 2005. 4.말경 원고에게 공동매수를 제안하였고, 이에 원고가 승낙하여 이○○과 원고는 아래와 같은 내용의 공동매입계약을 체결하였다. (가) 원고는 이 사건 매매목적물의 매입을 위하여 금 44억 5,000만 원을 이○○과 위 회사 사이의 매매계약 잔금 지급일(2005. 5. 12. 예정)에 이○○에게 대여한다(공동 매입계약서 제2조 제1항). (나) 이○○은 위 회사에 매매잔대금을 지급하는 즉시 이 사건 매매목적물에 대하여 이○○과 원고의 공동소유로 등기하고 그 지분은 50 대 50으로 한다(같은 계약서 제2조 제2항). (다) 이○○은 원고가 대여한 위 44억 5,000만 원 중 원고가 2005. 6. 29.까지 ‘고철판매대금으로 회수하는 금액’(원고의 고철매매대금에서 고철매매이익 5억 원과 이자 1억 원, 고철 철거를 위한 제반 비용을 공제한 금액)을 공제한 나머지 잔액을 2005. 6. 30.까지 변제하여야 한다. 이○○이 위 기일까지 이를 변제할 경우 원고는 이 사건 매매목적물에 대한 소유권 지분 전부를 이○○에게 양도하고, 이○○이 위 기일까지 변제하지 못할 경우 원고는 위 매매목적물에 대한 소유권 지분을 그대로 소유하고, 이에 더하여 이○○은 위 매매목적물에 대한 자신의 소유권 지분까지 원고에게 전부 양도한다(같은 계약서 제2조 제3, 4항).
(3) 그런데 원고는 2005. 5. 13. 이○○에게 이 사건 매매목적물에 대한 지분 소유권등기를 이 사건 부동산 전체에 대한 가등기로 변경하여 달라고 요구하였고, 이에 같은 날 위 공동매입계약서 중 다음과 같은 내용을 변경하기로 하는 약정이 이루어졌다. (가) 공동매입계약서의 목적: 이○○과 원고가 체결한 위 공동매입계약서는 이○○이 주식회사 ○○으로부터 이 사건 매매목적물을 매수함에 있어 그 자금을 대여하고 기계류에 대한 우선 판매권을 확보하는 것을 목적으로 하는 것이며, 어떠한 형태로든 원고가 매매계약의 실질적 당사자가 되는 것을 목적으로 하는 것은 아니다(약정서 제1조) (나) 이○○은 공동매입계약서 제2조 제2항에 갈음하여 잔금 지급 즉시 이 사건 매매목적물에 대하여 소유권이전등기를 취득한 후 원고를 가등기권리자로 하는 매매예약가등기 절차를 이행하고, 위 가등기에 소요되는 비용은 이○○의 부담으로 한다(위 약정서 제2조). (다) 이○○은 원고가 대여한 위 44억 5,000만 원 중 원고가 2005. 6. 29.까지 ‘고철판매대금으로 회수한 금액’을 공제한 나머지 잔금을 원고에게 2005. 6. 30.까지 변제하여야 하고, 이○○이 위 기일까지 이를 변제할 경우 원고는 위 매매목적물에 경료된 가등기를 말소하며, 이○○이 위 기일까지 전액 변제하지 못하는 경우 원고는 2005. 7. 1.을 기준으로 가등기에 의한 본등기를 경료하고, 이○○은 이에 대하여 일제의 이의 없이 동의하여야 하며, 위 본등기 경료의 이행을 위하여 이 사건 매매목적물 중 부동산에 대한 가등기 경료 시에 원고에게 인감증명 등 본등기 이전에 필요한 서류 일체를 미리 교부하고, 공동매입계약서 제2조 제3항은 본 조항으로 대체한다(위 약정서 제3조).
(4) 그 후 이○○은 2005. 5. 31. 원고에게 자금을 추가로 대여하여 줄 것을 요구하였고, 원고가 이를 승낙하여 같은 날 다음과 같은 내용이 추가로 변경 약정되었다. (가) 공동매입계약서 제2조 제1항의 대여금액을 70억 원으로 증액한다. (나) 공동매입계약서 제2조 제3항과 약정서 제3조 제1항의 ‘원고가 대여한 금 44억 5,000만 원’은 ‘원고가 대여한 금 70억 원’으로 수정한다. (다) 공동매입계약서 제2조 제4항의 ‘고철매매이익 5억 원과 이자 1억 원’을 ‘고철매매이익 8억 원과 이자 2억 원’으로 증액 수정한다. (라) 원고는 이○○의 이 사건 매매목적물에 대한 소유권이전등기 경료와 동시에 채권최고액을 원금 27억 원의 120%에 해당하는 금액인 32억 4,000만 원으로 한 원고 명의의 근저당권을 2순위로 설정한다. (마) 공동매입계약서 제2조 제2항(공동소유로 등기)는 삭제한다.
(5) 이○○은 위 추가 약정에 따라 원고와 사이에 같은 일자로 아래와 같은 내용의 이 사건 부동산에 대하여 매매예약 약정서를 작성하였다. (가) 이○○은 원고에게 위 약정들에 따라 이 사건 부동산을 금 90억 원에 매도할 것을 예약하고, 원고는 이를 승낙한다. (나) 위 매매예약의 매매완결일자는 2005. 6. 30.로 하고, 위 완결일자가 경과하였을 때에는 원고의 매매완결의 의사표시가 없어도 당연히 매매가 완결된 것으로 본다. (다) 매매가 완결되었을 때에는 이○○과 원고 사이에 이 사건 부동산에 대한 매매계약이 성립되고, 이○○은 원고로부터 위 90억 원을 수령함과 동시에 원고에게 위 부동산에 관하여 매매로 인한 소유권이전등기절차를 이행하고 위 부동산을 인도 및 명도하여야 한다. (라) 원고는 이○○에게 위 매매예약의 증거금으로 예약당일 금 70억 원을 지급하기로 하고 위 70억 원을 위 90억 원에서 공제한다. 단 매매잔금은 이 사건 부동산에 1 순위로 설정된 주식회사 ○○신용금고 명의의 근저당권설정금액으로 갈음한다. (마) 이○○은 위 매매예약의 체결과 동시에 이 사건 부동산에 대하여 원고에게 매매예약에 의한 소유권이전청구권 보전의 가등기절차를 이행하기로 한다. (바) 위 매매예약에 의한 등기신청비용, 등록세 등은 이○○이 부담한다.
(6) 원고는 위 약정들에 따라 2005. 5. 31. 이○○에게 67억 5,000만 원을 대여하였고, 또한 같은 해 6. 1. 이○○의 주식회사 ○○산업과의 분쟁에 따른 공탁금 명목으로 1억 2,000만 원, 운영자금 명목으로 3,000만 원, 가등기절차 비용 42,738,190원, 같은 달 2. 이 사건 부동산의 리모델링 비용 명목으로 1억 원, 같은 달 17. 운영자금 명목으로 1억 원, 같은 달 12. 감정비용 명목으로 15,682,000원, 같은 달 15. 운영자금 명목으로 8,000만 원, 같은 해 9. 16. 고철철거비용 명목으로 이○○을 대신하여 ○○건설에게 513,700,000원, 폐기물처리비용 명목으로 이○○을 대신하여 ○○코리아에게 15,000,000원, 전기료 명목으로 이○○을 대신하여 19,244,980원, 2005. 10. 18. 20,430,570원 등 합계 1,056,795,740원을 지급하였으며, 같은 해 8. 30. 이○○의 부탁에 의해 이○○의 위 주식회사 ○○은행에 대한 피담보채무 31억 원을 대위변제하였다.
(7) 한편 이○○은 2005. 5. 31. 원고로부터 금 67억 5,000만 원을 차용하여 위 회사에게 매매잔대금으로 지급한 다음 같은 해 6. 1. 이 사건 부동산에 관하여 자신 명의의 소유권이전등기를 경료하였고, 위 차용금 등을 담보하기 위하여 같은 날 위 부동산에 관하여 2005. 5. 31.자 매매예약을 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전청구권가등기(이하 ‘이 사건 가등기’라고 한다) 및 채권최고액 50억 4,000만 원으로 된 근저당권설정등기를 각 경료하여 주었다.
(8) 당시 이○○은 노인전문병원 설립업무를 추진하면서 원고의 사무실을 빌려 함께 사용하였는바, 별도의 경리직원이 없어 원고의 경리과 직원 김○○이 ○○상사의 업무를 일부 도왔고, ○○상사의 사용인감을 가지고 있으면서 이 사건 부동산에서 반출되는 고철의 매매와 관련된 경리업무 등을 처리하여 주었다. 이에 이○○은 2005. 7. 중순 경 원고에게 고철매각대금으로 924,423,966원을 변제하였으며, 김○○의 도움을 받아 ○○으로부터 이 사건 부동산 중 건물과 기계류를 매입한 것을 ○○상사 의 사업을 위한 고정자산을 매입한 것으로 하여 부가가치세 환급 신청을 한 뒤, 이에 따라 2005. 7. 말경 환급된 부가가치세 538,940,972원 역시 원고에게 변제하였다.
(9) 그러나 이○○은 약정된 2005. 6. 30.까지 위 변제금액을 제외한 나머지 대여금을 원고에게 변제하지 못하였고, 이에 원고는 이○○의 상환기일 연장 요청에도 불구하고 2005. 8. 2. 위 가등기에 기하여 이 사건 부동산에 대한 소유권이전의 본등기(이하 ‘이 사건 본등기’라 한다)를 경료한 뒤, 이○○에게 당장 원고의 사무실에서 퇴거할것을 요구하였다. 이어서 원고는 2005. 8. 30. 위 주식회사 ○○은행과 사이에 근저당권설정계약을 체결한 뒤 위 ○○은행에게 이 사건 부동산에 관하여 채권최고액 58억 5,000만 원으로 된 근저당권설정등기를 경료하여 주었다.
(10) 원고가 이 사건 부동산에 대한 본등기를 경료한 후 김○○은 소지하고 있던 ○○상사의 사용인감을 이용하여 원고가 ○○상사로부터 이 사건 부동산 및 부착된 기계류 및 고철 일체를 부가세 포함 총 90억 원에 매입한 것으로 가정하여 그 범위 내에서 토지, 건물, 기계류에 대하여 금액을 적당히 안분(건물 5,035,810,205원, 고철 292,590,280원, 기계류 487,778,892원, 각 부가가치세 제외)한 뒤, 고철에 대하여 2005. 6. 30.자 공급가액 292,590,280원, 건물부착물 및 기계류 등에 대하여 2005. 7. 31.자 공급가액 487,778,892원, 건물에 대하여 2005. 8. 2.자 공급가액 5,035,810,205원의 각 세금계산서를 작성하고, 이를 이용하여 이 사건 부가가치세 신고를 하였다.
(11) 한편 이○○은 이 사건 세무조사 과정에서 일관하여 이 사건 세금계산서 발급 사실을 전혀 모르고 있으며 김○○에게 이 사건 부동산이나 고철과 관련한 세금계산서 발급을 위임한 사실도 없다고 주장하였고, 김○○은 고철 매매 업무에 대하여 위임을 받았기 때문에 업무의 연속성 상 이 사건 세금계산서를 작성하여도 될 것으로 생각하였다고 진술하였다. 한편, 원고와 이○○ 사이의 이 사건 부동산과 관련한 가압류 이의 소송 과정에서 원고 및 이○○은 이 사건 채무 중 변제된 금액에 대하여 치열한 공방을 하였는데, 그 과정에서 이 사건 세금계산서와 관련 부가가치세 환급액에 대하여는 쌍방 아무런 주장을 하지 않았다. 【인정근거】갑 제4호증 내지 갑 제18호증, 갑 제20호증, 갑 제21호증의 1 내지 3, 갑 제22호증, 갑 제23호증의 1, 갑 제24호증, 갑 제25호증의 1 내지 21, 갑 제26호증의 1 내지 32, 을 제3호증 내지 을 제13호증의 각 기재, 증인 신○○의 일부 증언, 변론 전체의 취지
- 라. 판단
(1) 세금계산서 작성 위탁여부에 대한 판단 살피건대, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2에 따르면 사업자가 공급자로부터 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우, 원칙적으로 해당 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다 할 것이다. 이에 대하여 원고는 이○○이 이 사건 세금계산서를 직접 작성하지 아니하였지만, 이○○이 김○○에게 이 사건 세금계산서의 작성을 위탁하고 세무업무에 대한 대리권 일체를 위임하였으므로 이는 공급자가 직접 작성하여 교부한 것과 마찬가지라고 주장한다. 그러나 원고의 주장에 부합하는 증인 신○○의 일부 증언은 아래에서 보는 사정들에 비추어 볼 때 이를 믿지 아니하고, 갑 제19호증, 갑 제29, 32호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하며, 달리 원고의 주장을 인정할 만한 증거가 없다. 즉, 위 인정사실에 의하면, 김○○은 원고의 직원으로서 이○○을 도와 ○○상사 명의로 고철을 타에 판매한 뒤 그 매매대금을 받아 원고에게 입금하는 업무를 하기는 하였으나, 이○○으로부터 이 사건 세금 계산서 발급 업무에 대하여 명확히 위임받은 사실은 없는 점, 김○○은 고철 매매 업무에 대하여 위임을 받았기 때문에 업무의 연속성 상 이 사건 세금계산서를 작성하여도 될 것으로 생각하였다는 것이나, 고철을 매매하여 원고의 채무를 변제하는 것과 원고가 담보권을 행사하여 이 사건 부동산을 취득하는 것은 엄연히 별개의 행위인 점, 원고는 이○○의 채무 상환기일 연기 요청을 거절한 뒤 당장 담보권을 행사하여 일방적으로 이 사건 부동산 등의 소유권을 취득하였고, 사무실에서도 당장 퇴거하도록 하였는데, 위와 같이 감정이 악화되었을 것으로 보이는 상황에서 이○○이 새삼 원고의 매입세액 공제를 위하여 이 사건 세금계산서의 작성을 위탁하거나 이에 대한 대리권을 위임할 생각을 하였으리라고 보기 어렵고, 당초 이 부분에 대한 명확한 합의가 있었다고 볼 만한 자료도 없는 점, 만일 위와 같은 고려 하에서 세금계산서를 작성 ․ 교부하기로 하였다면 원고와 이○○ 사이에 원고가 공제받을 부가가치세액의 정산에 대한 논의(채무 변제에 충당하기로 한다는 등)가 있었을 것인데, 위 가압류 이의 소송과정에서 이 부분에 대하여는 쌍방 아무런 주장도 없었던 점 등이 인정될 뿐이다.
(2) 사실에 부합하는 세금계산서라는 주장에 대한 판단 또한 원고는, 비록 이 사건 세금계산서가 공급자의 명확한 위임 없이 작성된 것이라 할지라도 이는 원고 측의 귀책사유 없이 공급자의 일방적인 발급 거절로 인하여 세금계산서를 교부받지 못한 경우에 해당하므로, 실지 거래사실이 확인되는 경우에는 그 해당 매입세액을 공제하여 주어야 한다고도 주장하나, 위와 같은 경우라 하더라도 공급자가 발행하지 아니하고 매입자가 임의로 작성한 세금계산서를 부가가치세 매입세액 공제대상으로 볼 수는 없을뿐더러, 위에서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서는 실제 원고와 이○○ 사이에 있었던 거래와 거래 일자, 개별 품목에 대한 공급 가액 등에 있어서도 전혀 일치하지 아니하므로, 이를 사실에 부합하는 세금계산서라고도 보기 어렵다.
(3) 결국 위와 같은 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.
따라서 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.