공급시기 이후에 교부된 세금계산서에 대한 매입세액 불공제 처분의 당부

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005.12.29. 원고에게 한 2005년 제2기분 부가가치세 392,363,636원의 환급거부처분을 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1내지 4, 갑제2호증, 갑제3, 4호증의 각 1, 2, 갑제12호증, 을제1호증의 1,2, 을제2호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 ○○건물의 리모델링 및 분양사업을 시행하던 회사로서 2005. 10. 25. 2005년 제2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 주식회사 ○○종합건설(이하 ‘○○종합건설’이라고 한다)로부터 받은 공급가액12,343,636,366원, ○○ 주식회사(이하 ‘○○’라고 한다)로부터 받은 공급가액 3,448,302,727원, 주식회사 ○○사무소로부터 받은 공급가액49,000,000원, ○○으로부터 받은 공급가액 2,026,900원 등 합계 15,842,965,993원의 세금계산서수취분에 대하여 피고에게 매입세액 조기환급신청을 하였다.
• 나. 이에 대하여 피고는 2005. 11. 9. 위 신청금액 중 10,716,056,000원에 대하여는 조기환급이 아닌 일반환급대상이고, 나머지 5,126,909,993원은 매입세액 불공제처분을 하겠다는 내용의 세무조사결과 통지를 하였다.
• 다. 원고는 2005. 11. 28. 피고에게 위와 같이 매입세액 불공제처분하겠다고 통지한 5,126,909,993원 상당의 세금계산서는 모두 적법하게 수취한 것이고, 또 사업설비인 건축물의 리모델링 관련 매입세액은 조기환급 대상이 되는 것이라고 주장하면서 과세전적부심사청구를 하였고, 피고는 같은 해 12. 29. 원고의 주장을 받아들일 수 없어 이를 채택하지 아니한다는 결정을 하였으며(피고는 이와 같은 과세전적부심사결정서를 통지한 이외에 별도로 원고의 매입세액 환급신청에 대하여 거부처분을 한바 없으므로 위와 같은 과세전적부심사결정서를 통지한 날에 그 환급거부처분이 있는 것으로 본다),이에 원고는 2006. 3. 9 이의신청을 하였는데 ○○지방국세청장은 2006. 4. 24. 매입세액 불공제된 5,126,909,993원 중 ○○ 냉난방공사 해당 공급가액인 1,203,273,627원은 매입세액 공제하고, ○○건설의 공급가액인 3,923,636,366원은 사실과 다른 세금계산서 발행분으로 매입세액 불공제하는 것이 정당하다고 결정하였다(따라서 이와 같이 일부환급이 인정되고 남은 금 392,363,636원의 거부처분을 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다). 이에 원고가 2006. 6. 9. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. 12. 12. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고와 ○○건설 사이의 공사도급계약서(이하 ‘이 사건 도급계약서’라 한다)에 기성청구(제21조)와 공사대금지급시기(제38조)에 관한 규정이 포함되어 있기는 하나, 이는 위 당사자들이 거래계에서 통상 사용되고 있던 표준도급계약서를 그대로 차용하여 계약서 작성에 갈음한 것에 불과하고, 당사자 사이의 기성금 및 공사대금지급시기에 관한 합의는 위 계약서의 문헌과 전혀 다르다. 도급계약 당시 원고는 ○○건설의 청구에 따라 매월 기성금을 지급할 자력이 없었고, ○○건설 또한 이러한 원고의 자금사정을 잘 아는 상태였으므로, ○○건설의 기성청구에 대하여 원고가 실제로 기성검사를 하여 기성을 확정한 후 공사대금을 정산하기로 하는 합의가 있었다. 즉 우선 매월 ○○건설이 기성청구를 하되, 이러한 기성청구에 대해서는 원고의 기성검사 여부에 관계없이 기성이 확정되는 것이 아니라, 원고가 지급할 공사대금이 마련되는 대로 기성청구에 대해 실제로 검사를 함으로써 기성을 확정하고, 확정된 기성고에 따라 대금을 지급하기로 약정한 것이다. 이러한 원고와 ○○건설 사이의 대금지급에 관한 합의에 의하면, 기성금의 지급시기인 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’는 이 사건 도급계약서 제21조에 따라 ○○건설이 형식적으로 기성청구한 달의 익월 6일이라고 볼 수 없고, ○○건설과의 합의에 따라 원고가 실제로 기성검사를 완료하여 기성을 확정한 때라고 할 것이다. 따라서 원고가 ○○건설로부터 2005. 제2기 과세기간 내에 교부받은 세금계산서는 모두 위와 같은 원고와 ○○건설 사이의 합의에 따라 각 해당 세금계산서 발행 날짜에 기성을 확정하고 ○○건설이 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’ 발행된 것으로 모두 사실에 부합하는 세금계산서라 할 것임에도 피고가 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법이다.
• 나. 관계법령

○【부가가치세법】

○ 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

⑤ 제1항 및 제3항외에 세금계산서의 작성·교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○【 부가가치세법 시행령】

○제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

○【 부가가치세법 시행규칙】

○제9조 【재화 또는 용역의 공급시기 】

① 영 제21조제1항제4호 및 영 제22조제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

• 다. 인정사실 위에서 든 증거에 갑제6호증(수기로 기재된 부분 제외), 갑제13호증의 1 내지 14, 갑제14호증의 1, 2, 을제3호증의 1 내지 4, 을제4호증의 1 내지 15, 을제5호증의 1 내지 6의 각 기재를 종합하면 다음 각 사실은 인정할 수 있다.

1. 원고는 2004, 12, 15, ○○건설과 사이에 ○○건물 리모델링과 관련하여 다음과 같은 공사도급계약을 체결하였다. -공사명: ○○ 리모델링공사 -공사기간: 2005. 1. 16. ~ 2005. 9. 30. -공사금액: 25,969백만원(부가가치세 제외된 공급가액) -계약금: 공급가액의 10%(부가가치세 별도) -대금지급방법 및 시기: 제38조(공사대금의 지급시기 및 지급액)에 따른다. -대가지급 지연이자율:은행이자율 -도급인(갑): 원고, ○○임차인연합위원회, 주식회사 ○○, 주식회사 ○○ -수급인(을): ○○종합건설 -기타사항: 도급인과 수급인은 합의에 따라 붙임의 계약문서에 의하여 계약을 체결하고 신의에 따라 성실히 계약상의 의무를 이행할 것을 확약하며 이 계약의 증거로서 계약문서를 2통 작성하여 각 1통씩 보관한다. -붙임: 1.민간건설공사 표준도급계약 일반조건 1부

2. 건축주 시방서 1부

3. 공사내역서 1부 [민간건설공사 표준도급계약 일반조건] 제2조(정의) 이 조건에서 사용하는 정의는 다음과 같다.

9. 산출내역서라 함은 물량내역서에 수급인이 단가를 기재하여 도급인에게 제출한 내역서를 말한다. 제9조(계약금) 갑은 공사착공에 필요하다고 하여 을이 청구하는 경우 공사금액의10%를 을에게 계약금으로 지급하며, 제38조의 규정을 준용한다. 21조(기성부분금) ① 을은 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 이때 갑은 지체없이 검사를 하고 그 결과를 을에게 통지하여야 하며 7일 이내 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다.

② 기성부분은 제2조 제10호의 산출내약서의 단가에 의하여 산정한다. 다만 산출내역서가 없는 경우에는 공사진척율에 따라 갑과 을이 합의하여 산정한다. 제38조(공사대금 지급시기 및 지급액) 모든 공사대금은 을이 갑에게 요청하면 갑은 지체없이 을에게 지급하여야 하며 그 지급시기와 지급금액은 다음과 같다.

1. 계약금: 계약 체결시 공사금액의 10%를 현금으로 지급한다.

2. 기성금: 매월 30일 기준으로 기성청구서에 의거 익월 5일 이내 현금으로 지급한다.

3. 잔금정산: 감리보고서 및 감독관의 확인에 의한 준공검사 합격후 30일 이내 정산처리하여 현금으로 지급한다.

2. ○○건설은 원고로부터 공사계약에 따른 계약금을 받지 못한 상태에서 ○○ 건물의 리모델링 공사에 착수하여 그 공정계획에 따라 공사를 진행하면서 2005. 3월 말부터 원고에게 기성청구서를 첨부하여 설계, 감리의 지도와 감독관의 확인 및 승인과정을 거친 공정진척율에 따른 기성금의 지급을 구하였으나, 원고는 자금사정으로 제때에 기성금을 지급하지 못하였고, 기성청구에 대하여 이의를 제기한 바는 없다.

3. ○○건설은 원고에 대하여 100억 이상의 공사비 투입으로 자금압박이 극에 달하여 공사추진이 힘들다면서 기성금의 지급을 수회 독촉하였고, 원고는 ○○건설에게 2005. 6. 15.까지 지체된 기성금 일체를 지급한다는 내용의 공사비지급 보장각서를 교부하였다. ○○건설은 2005. 5. 31. 다시 원고에게 체불노임 지급을 위하여 약 30억원의 공사대금을 긴급히 지급하여 줄 것을 요청하였고, 원고는 2005.6.3.부터 같은 달 30.까지 7차례에 걸쳐 ○○건설에게 합계 3,478,000,000원의 공사대금을 지급하였다. 4)○○건설은 이 사건 건설공사를 진행하면서 ‘자금소요계획서 및 공사원가 내역별투입내역’을 붙여 아래 내용과 같이 원고에게 기성금청구를 하였고, 그에 따라 원고가 ○○건설에게 지급한 기성금지급내역 및 ○○건설로부터 교부받은 세금계산서 내역은 다음과 같다. 단위: 원

○○건설 기성청구금액 (공급가액) 원고 기성금 지급액 (공급가액) 세금계산서 수수액 (공급가액) 기별 1차 2005-03-31 4,510,000,000 (4,100,000,000) 05.1기 2차 2005-05-02 6,215,000,000 (5,650,000,000) 3차 2005-05-31 5,935,000,000 (5,395,454,545) 2005-06-03 1,058,000,000 (961,818,181) 2005-06-15 300,000,000 (272,727,272) 2005-06-16 630,000,000 (572,727,272) 2005-06-17 140,000,000 (127,272,727) 2005-06-21 150,000,000 (136,363,636) 2005-06-24 700,000,000 (636,363,636) 4차 2005-06-30 1,354,000,000 (1,230,909,090) 2005-06-30 500,000,000 (454,545,454) 소계 3,478,000,000 (3,161,818,181) 2005-07-01 3,478,000,000 (3,161,818,181) 05.2기 2005-07-07 3,000,000,000 (2,727,272,727) 2005-07-07 3,000,000,000 (2,727,272,727) 5차 2005-08-01 1,996,000,000 (1,814,545,454) 2005-08-01 4,000,000,000 (3,636,363,636) 2005-08-02 4,000,000,000 (3,636,363,636) 6차 2005-08-31 5,912,000,000 (5,374,545,454) 2005-09-16 3,100,000,000 (2,818,181,818) 2005-09-16 3,100,000,000 (2,818,181,818) 계 25,922,000,000 (23,565,454,543) 13,578,000,000 (12,343,636,362) 13,578,000,000 (12,343,636,362)

5. 한편 원고 및 ○○건설은 2005. 9. 30. 이 사건 공사완공일을 당초 2005. 9. 30.에서 2006. 2.28.까지로 연장하고, 공사금액도 28,564,800,000원(부가가치세 포함)에서 32,476,400,000원으로 증액하기로 하는 변경계약을 체결하였으며, 그 후 이 사건 건설공사는 추가공사 등을 포함하여 2007. 5. 31. 최종적으로 완공되었고, 원고 및 ○○건설은 2007. 7. 13. 이 사건 총 공사비(2004. 12. 15.자 1차 공사, 2005. 2. 15.자 2차 공사, 추가공사 포함)를 24,919,000,000원(부가가치세 포함)으로 하기로 하는 정산합의를 하였다.

• 라. 판단

1. 부가기치세법 제16조 제1항은 납세의무자로 등록한 사업자는 재화 또는 용역의 공급시기에 세금계산서를 작성 ‧ 교부하도록 규정하고 있고, 법 제9조 제2항은 용역의 공급시기는 역무가 제공되거나 재화‧시설물 또는 권리가 사용되는 때라고 규정하고 있으며, 법 제9조 제4항의 위임에 따른 법 시행령 제22조 제2호는 완성도 기준지급‧중간지급‧장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있고, 법 시행규칙 제9조 제1항 제1호는 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지금하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우를 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우로 규정하고 있다.

2. 살피건대, 이 사건 도급공사의 공사기간은 2005. 1. 16.부터 2005. 9. 30.이고 계약금은 계약 체결시 공사금액의 10%를 지급하고, 기성금은 매월 30일 기준으로 기성청구서에 의거 익월 5일 이내 지급하며, 잔금정산은 감리보고서 및 감독관의 확인에 의한 준공검사 합격 후 30일 이내 정산처리하여 지급하기로 약정되어 있음은 앞서 본바와 같으므로, 이 사건 도급공사는 그 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우에 해당한다 할 것이어서 법 시행규칙 제9조 제1항 제1호 소정의 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우라고 할 것이다. 중간지급조건부 용역의 경우 법 시행령 제22조 제2호에 따라 공급시기를 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때라고 할 것인데, 이 사건 도급계약서에 의하면 기성금의 지급 시기에 대하여 기성금은 매월 30일 기준으로 기성청구서에 의거 익월 5일 이내 현금으로 지급한다고 되어 있고(제38조 제2호), ○○건설은 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 이때 원고는 지체없이 검사를 하고 그 결과를 ○○ 건설에게 통지하여야 하며 7일 이내 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다(제21조 제1항)고 되어 있는바, 위 규정들에 의하면, ○○건설이 공정계획에 따라 공사를 진행하면서 매월 30일을 기준으로 기성청구서에 의하면 원고에게 기성청구를 하면 그 기성금에 대하여 원고가 이의가 있는 경우 그 기성부분에 대한 검사를 할 수 있다고 할 것인데, 이 사건에 있어 원고는 ○○건설의 기성청구에 대하여 아무런 이의를 제기한 바 없으므로 ○○건설이 2005. 3. 31.부터 같은 해 8. 31.까지 6차례에 걸쳐 한 기성청구는 그 익월 5일 이내에 모두 확정되었고, 그 공급시기가 도래한 것이라 할 것이다. 한편 ○○건설이 2005. 3.31.부터 같은 해 8. 31.까지 요청한 기성청구 중 2005년 제2기분 부가가치세 과세기간(2005. 7. 1.부터 같은 해 12. 31.까지) 내에 공급시기가 도래한 기성금은 2005. 6. 30.자(2005. 7. 5.이 공급시기) 공급가액 1,230,909,090원, 2005. 8. 1.자(2005.8.5.이 공급시기)공급가액 1,814,545,454원, 2005.8.31.자(2005. 9. 5.이 공급시기) 공급가액 5,374,545,454원 등 합계 8,420,000,000원인데, 원고는 피고에게 2005년 제2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 ○○건설로부터 받은 공급가액 총12,343,636,366원의 세금계산서 수취분에 대한 환급신청을 하였으므로, 위 환급신청한 공급가액 총 12,343,636,366원의 세금계산서 수취분 중 공급시기가 도래한 8,420,000,000원을 초과하는 부분(3,923,636,366원)은 과다 신고된 것이라 할 것이다.

3. 원고는 이 사건 도급계약서는 원고와 ○○건설이 거래계에서 통상 사용되고 있던 표준도급계약서를 그대로 차용하여 계약서 작성에 갈음한 것에 불과하고, 당사자 사이에 기성금 및 공사대금지급시시에 관하여 별도의 합의가 있었다고 주장하므로 살피건대, ① 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑제8호증(변경도급계약서)은 원고의 주장에 의하더라도 사후(증인 정○○의 증언에 의하면 2005. 10. 경)에 작성연월일을 2005. 7. 1.로 소급하여 작성하였다는 것인데, 이 사건에서 문제된 기성금의 지급과 세금계산서가 모두 발행된 이후에 작성된 도급계약서의 내용에 따라 이미 그 대가지급이 완성되고 세금계산서가 발행된 용역의 공급시기가 달라진다거나 종전의 도급계약서(갑제6호증)의 문언내용을 달리 해석할 수는 없다 할 것이고, ② 갑제6호증(도급계약서)의 제39조(특약사항) 제11호는 ‶2005년 7월 1일 1차 기성금으로 약 35억을 ＇을＇에게 지급하고, 추후 기성금은 상호 협의 후 처리하도록 한다‶고 기재되어 있으나, 원고 주장과 같이 위 특약사항에 따라 기성금 및 공사대금지급시기를 정하기로 한 것이었다면, 기성금 및 공사대금지급시기에 관한 계약서 제7조 자체를 변경하면 되는 것인데도 굳이 추기의 형식을 취한 점이나 다른 규정들과 달리 수기로 작성되어 있다는 점 및 ′1차 기성금 약35억원´은 원고가 ○○건설에게 계약금 및 기성금을 지급하지 못하다가 ○○건설의 긴급요청에 따라 2005. 6월 중에 7차례에 걸쳐 지급한 총 3,478,000,000원의 공사대금액수와 그 금액이 부합하는 점 등에 비추어 볼 때, 위 특약규정은 계약당시부터 기재된 것이 아니라 2005, 7, 1.자 세금계산서와 관련하여 부가가치세 매입세액을 공제받기 위하여 사후에 추가된 것으로 보여지므로, 위 특약규정은 원고의 주장사실을 인정할 증거로 삼을 수 없으며, ③ 그밖에 갑제7호증의 기재 및 증인 정○○의 증언만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하고, 이를 인정할 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다. 3.결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.