폐업시 잔존재화에 대한 부가세 납부액을 취득가액에 포함 필요경비 공제 가능여부

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 5. 30.자로 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세17,102,570원의 부과처분을 취소한다.

• 가. ○○ 원고는 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터 2002. 9. 13.○○ ○○구 ○○동 ○○-○○ 소재 ○○ 오피스텔 ○○호 (이하 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다)를 994,400,000원에 분양받은 후 이 사건 오피스텔을 이용하여 임대사업을 할 목적으로 2002. 9. 25. 사업자등록로 하였다.
• 나. 원고는 2002년 제2기분부터 2005년 제1기분까지의 부가가치세 확정신고서에 계약금 및 중도금을 납부하고 소외 회사로부터 교부받은 각 매입세금계산서를 부가가치세 매입세액으로 신고하여 부가가치세 합계 47,507,157원을 환급받았다.
• 다. 원고는 2005. 10. 20. 폐업신고를 하면서 잔존재화에 대한 부가가치세 매출세액 47,507,157원을 납부세액으로 하여 부가가치세 확정 신고를 한 후 2005. 10. 25. 이를 자진납부 하였다.
• 라. 한편, 원고는 2005. 12. 12. 이 사건 오피스텔을 잔금을 아직 납부하지 않은 분양권 상태에서 양도한 후, 2005. 12. 28.자로 양도소득세 예정신고를 하면서 양도가액을 1,114,960,000원으로, 취득가액을 위 부가가치세를 포함한 894,960,000원으로 계산하여 양도차익을 산정하였다.
• 마. 피고는 원고가 폐업 시 잔존재화에 대한 부가가치세로 납부한 위 건물분 매출세액은 이 사건 오피스텔 분양권의 취득가액에 포함하여 필요경비 공제를 할 수 없다는 이유로 필요경비 산입을 부인하고, 2006. 5. 30.자로 2005년 귀속 양도소득세 17,102,570원을 경정⋅고지하는 이 사건 부과처분을 하였다. [인정 근거] 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 을 제1호증 내지 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 오피스텔의 취득가액에 포함되어 있는 부가가치세 매입세액 47,507,157원을 원고가 환급받기는 하였으나 임대사업을 개시하기도 전에 폐업을 하고 다시 이를 납부한 만큼 이 사건 오피스텔에 원고가 지출한 부가가치세 매입세액도 필요경비로서 이 사건 부동산의 취득가액에 포함되어야 한다.
• 나. 관계 법령 소득세법(2005. 12. 31 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

○ 97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정한는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가, 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. 삭제 <2000. 12. 29>

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산 보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득임대⋅사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호의 외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 소득세법 시행령(2005. 12. 31 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

○ 제163 (양도자산의 필요경비)

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서“취득에 소요된 실지거래가액”이라함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용⋅화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간중에 동 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 부동산임대소득금액⋅사업소득금액 또는 산림소득금액 계산시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라는 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용⋅화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경⋅개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

• 다. 판단 먼저, 원고가 소외 회사로부터 이 사건 오피스텔을 분양받은 다음 계약금 및 중도금에 포함된 부가가치세 합계 47,507,157원을 소외 회사에 지급한 사실은 있으나, 원고는 당시 임대사업을 목적으로 하는 사업자등록을 한 상태였었고, 원고가 위 부가가치세 상당액을 당해 부가가치세 과세기간 중에 부가가치세 매입세액으로 환급받았던 만큼 이 사건 오피스텔에 대한 취득가액을 계산함에 있어 원고가 환급받은 부가가치세 상당액을 공제한 것은 타당하다고 판단된다. 나아가, 원고가 2005. 10. 20. 임대사업을 폐업함에 따라 원고가 납부하게 된 부가가치세 매출세액 합계 47,507,157원은 부가가치세법상 폐업시 잔존재화에 대한 공급의제 규정에 따라 원고가 부담하게 된 부가가치세액일 뿐이지, 원고가 이전에 부가가치세 매입세액을 환급받은 행위 자체가 원인 무효가 되어 그 부가가치세 매입세액을 반환한 것은 아니라고 할 것이므로, 위 부가가치세 매출세액을 이 사건 오피스텔의 양도소득세 계산에 있어 취득가액에 산입할 수는 없다고 할 것이고, 이 사건의 경우와 같이 원고가 임대사업을 실제로 개시하기 이전 단계에서 폐업을 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.