양도소득세 감면한도 1억원 규정이 소급입법에 해당하는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청 구 취 지 피고가 2006.11.1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 80,546,790원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 답 1,728㎡(이하 '이 사건 농지'라 한다)를 1988.3.16. 취득하였고, 그 후 이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다.
• 나. 그 후 이 사건 농지는 2006.2.27. ○○ ○○○ ○○○○ 개발 사업을 위하여 ○○○○○에 수용되었고, 이에 원고는 2006.4.21. 이 사건 농지의 양도에 따른 양도소득세 예정신고를 하면서 조세특례제한법 제69조 규정에 따라 양도소득세 180,546,790원 전체에 대한 감면신청을 하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는 조세특례제한법 제133조 규정에 의거하여 원고가 8년 이상 자경 농지의 양도로 인한 양도소득세의 감면을 받을 수 있는 한도는 1억원이라는 이유로 1억원을 초과하는 80,546,790원에 대하여 감면배제하고, 2006.11.1. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 80,546,790원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 농지는 ○○○에 수용당하기 전인 1996.3.16. 이미 8년 이상의 자경농지로서 구 조세특례제한법(1996.12.30. 법률 제5214호로 개정되기 전의 법) 제69조에 따라 100% 양도소득세 감면대상이 되며, 양도소득세 감면한도가 1억원으로 되어 있는 2006.1.1. 이후 시행된 조세특례제한법 139조 를 적용하여 한 이 사건 처분은 법률불소급원칙이나 소급입법 금지원칙에 어긋나므로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 ■ 구 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

○ 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[ 농지법 제32조 의 규정에 의한 농업진흥지역 내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상,대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상 (비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 〈단서 생략〉

○ 제133조 【양도소득세감면의 종합한도】

① 개인이 제43조, 제69조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하며. 감면의 종합한도액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하는 바에 의한다. 부칙

○ 제1조【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다.

• 다. 판단 살피건대, 원고가 이 사건 농지를 2006.2.27. 수용 당하여 양도한 이상 위 양도일을 기준으로 시행되는 조세특례제한법을 적용하여야 할 것인데, 이 사건 양도 당시 시행되던 위 구 조세특례제한법 133조 에 의하면 8년 이상 자경농지의 양도로 인한 양도소득세 감면한도는 5개 과세기간별 1억원이므로, 위 규정을 적용하여 1억원만을 감면하고 이를 초과한 금액만을 부과한 이 사건 처분은 아무런 위법이 없고 법률불소급원칙이나 소급입법 금지의 원칙에도 반하지 아니한다고 할 것이다.

그렇다면 원고의 이사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.