공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 해당여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 4. 28. 원고가 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세에 관한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 10. 8. ○○시 ○○동 376-9 답 2,048㎡ 중 10분의 5 지분(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하여 보유하고 있었는데, 경기도지사는 2004. 1. 11. 이 사건 토지를 포함한 ○○시 ○○동 475 일대 125,805㎡에 대한 주택법 제16조 에 의한 대지조성사업계획을 승인하고 같은 날 그 지정의 고시를 하였으며, 원고는 2005. 5. 30. 이 사건 토지를 위 대지조성사업계획의 시행자인 대한주택공사에 공익 사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’이라 한다)에 의하여 협의양도하였다.
• 나. 한편, 재정경제부장관은 이 사건 토지가 위치하고 있는 ○○시를 2004. 5. 29. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 단서 및 그 제6호의2, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에 의하여 양도가액 및 취득가액이 실지거래가액에 의하여 계산되는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2 소정의 지정지역(이하 ‘지정지역’이라 한다)으로 지정하였다.
• 다. 원고는 2005. 7. 31. 이 사건 토지의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 계산하고 이를 기초로 양도차익을 산정하여 양도소득과세표준예정신고를 하고 그 세액 73,579,140원을 납부하였다.
• 라. 원고는 이 사건 토지를 취득한 날인 2003. 10. 8. 이 재정경제부장관이 이 사건 토지 등을 지정지역으로 지정한 날 이전이므로, 이 사건 토지는 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제85조 소정의 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 해당하여 이 사건 토지의 양도가액 및 취득가액은 기준시가에 의하여 계산하여야 한다고 주장하면서, 2006. 2. 23. 피고에게 위와 같이 납부한 2005년도 귀속 양도소득세 73,579,140원 중 47,251,390원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 4. 28. 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
• 마. 원고가 2006. 7. 28. 이의신청을 거쳐 2006. 12. 4. 심사청구를 제기하였으나, 2007. 2. 13. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다. [인정 근거] 갑 제1호증 내지 갑 제4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변혼 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지의 취득일은 2003. 10. 8.로서 사업계획 승인일인 2004. 10. 11. 이전이고, 투기지역으로 지정된 날인 2004. 5. 29. 이전이기도 하므로, 기준시가를 기준으로 이 사건 토지의 양도차익을 산정하여야 함에도 피고가 사업계획 승인일, 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날과 투기지역 지정일 중 가장 빠른날 전에 취득하여야만 기존시가의 적용이 가능하다고 보고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 구 조세특례제한법 제85조 는 거주자가 지정지역내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정 고시일 부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정 고시일 부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 토지보상법 또는 그 밖에 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서의 규정에 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하며, 그 제1 내지 4호에서 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 등을, 그 제5호에서는 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구․지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날을 규정하고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 (2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 삭제되기 전의 것) 제79조의2 제1항은 구 조세특례제한법 제85조 제5호 에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 [별표 7]의 기준시가 과세기준일을 말한다고 규정하며, 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2 관련[별표 7] 기준시가 과세기준일 제15호는 주택법 제16조 의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날을 규정하고, 주택법 제27조 제1항 에서는 같은 법 제18조 제2항의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용하는 경우에는 이 법에 규정한 것을 제외하고는 토지보상법을 준용하도록 하고, 같은 조 제2항에서는 제1항의 규정에 의하여 토지보상법을 준용하는 경우에는 같은 법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 토지보상법 제20조 제1항 의 규정에 의한 사업인정으로 본다고 규정한다. 따라서 구 조세특례제한법 제85조 가 위와 같이 법문상 ‘그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날’과 ‘그 고시한 날이 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날’을 병렬적으로 규정하고 있으나 구 조세특례제한법 제85조 의 입법취지가 지정지역 내 부동산이라도 공익목적을 위하여 양도하거나 수용되는 경우 부동산 소유자의 의사와 관계없이 소유권이 이전되는 것이라는 점을 고려하여 실지거래가액 대신 기준시가로 과세함으로써 납세자의 세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행를 도모함과 동시에, 통상 사업인정고시일부터 2년 전이라면 현지조사 등을 통하여 사업이 시행될 개연성이 높고, 지정지역 지정 후의 부동산 취득에는 사실상 투기목적이 많다는 점을 고려하여 그와 같은 경우에는 원래의 원칙대로 실지거래가액에 의하여 과세함으로써 그 투기소지를 차단하기 위한 것이라는 점을 고려하면, 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례에 해당하기 위하여는 ‘사업계획을 승인․고시한 날’, ‘사업계획을 승인․고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날’, ‘사업계획을 승인․고시한 날이 지정지역 지정 후에 도래한 경우 지정지역을 지정한 날’등 위 세 개의 날 전에 거주자가 지정지역 내의 부동산을 취득하여야 한다고 해석함이 상당하고, 위 법문의 규정 형식에 의하더라도 구 조세특례제한법 제85조 에서 위 세 개의 날을 괄호 안에 모두 포함시키고 괄호 밖에서 그 날 전에 취득한 경우 과세특례에 해당한다고 규정하고 있으므로, 그 입법취지를 고려한 위와 같은 해석이 과세요건 명확주의 원칙이나 조세법의 엄격해석 원칙 등에 반하여 위법하다고 판단되지는 아니한다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 지정지역을 지정한 날 전에만 취득하였을 뿐, 이 사건 토지의 사업인정고시일로 의제되는 2004. 10. 11.부터 소급하여 2년이 되는 날인 2002. 10. 11. 이후인 2003. 10. 8. 취득하였다는 이유로 이 사건 토지의 양도가 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 적법하다

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.