양도소득세 감면대상이 되는 신축 임대주택인지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 7. 1. 원고에 대하여 한 2005년 귀속분 양도소득세 144,013,330원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2000. 9. 2.경 ○○ ○○구 ○○동 0-000 대 331㎡ 및 그 지상의 단독주택을 취득하여 소유하고 있다가, 그 지상 건물을 철거하고 철근콘크리트벽식구조 평스라브지붕 1층 내지 4층 다세대주택(9세대) 및 5층 근린생활시설(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)을 신축하여 2001. 6. 30. 사용승인을 받았다.
• 나. 원고는 이와는 별도로 2001. 8. 10.경 ○○ ○○구 ○○동 00-00 대 288㎡ 및 그 지상의 지하 1층, 지상 2층 주택 289.26㎡(이하 ‘이 사건 양도주택’이라 한다)을 취득하여 소유하고 있다가, 2005. 12. 8. 재단법인 ○○○○○○연구센터에 695,000,000원에 양도하고, 2005. 12. 29. 잔금을 모두 지급받은 다음 2006. 1. 9. 소유권이전등기절차를 마쳐 주었다.
• 다. 원고는 2001년 7월경부터 이 사건 신축주택을 이용하여 임대사업을 하여 오기는 하였으나 임대법 제6조에 기한 임대사업자로는 등록을 하지 않고 있다가, 2006. 1. 3.에서야 관할구청에 임대사업자 등록을 하였다.
• 라. 한편, 원고는 2001. 7. 27.경 이 사건 신축주택 중 5층 근린생활시설 부분을 8가구의 주택으로 무단 용도변경하여 현재까지 타인에게 임대하여 오고 있다.
• 마. 원고는 2006. 3. 31. 1세대 1주택 보유자임을 전제로, 고가주택의 양도차익 계산방식에 의거하여 이 사건 양도주택의 양도로 인한 양도소득세 3,742,661원을 피고에게 자진신고, 납부하였다.
• 바. 그런데, 피고는 원고가 이 사건 양도주택 양도당시 보유하고 있던 이 사건 신축주택이 조세특례제한법 제97조의2 제1항 제1호 의 규정에 의한 건설임대주택의 요건에 해당하지 않는다는 이유로, 원고를 1세대 1주택 보유자에 해당하지 않는 것으로 보아 2006. 7. 1. 2005년 귀속분 양도소득세 144,013,330원을 경정 ․ 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.
• 사. 원고가 이 사건 부과처분에 불복하여 2006. 8. 8. 심판청구를 하였으나 2006. 12. 29. 기각결정을 받았다. [인정 근거] 갑 제1호증 내지 갑 제6호증의 2, 갑 제13호증의 3, 갑 제14호증의 1 내지 8, 을 제1호증의 1 내지 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 신축주택은 ① 조세특례제한법 제97조의2 제1항 제1호 소정의 신축임대주택의 요건을 충족하거나 ② 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 소정의 신축주택의 요건을 충족하므로 원고의 이 사건 양도주택은 1세대 1주택에 해당함에도, 피고가 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

① 주장에 관하여 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조의2 제1항 제1호 가목에 의하면 1999. 8, 20.부터 2001. 12. 31.까지의 기간 중에 신축된 임대주택법에 의한 건설임대주택의 경우에는 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하도록 규정하고 있고, 임대 주택법 제2조 에 의하면 건설임대주택은 ‘임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택’을 말하고, 임대사업자라 함은 ‘국가․지방자치단체․대한주택공사․ 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다) 또는 임대사업법 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 등’을 말한다. 양도소득세의 부과처분에 있어 비과세나 감면요건에 해당하는 지 여부는 양도소득세의 과세요건의 성립시기인 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 다른 특별한 사정이 없는 한 자산의 취득시기 및 양도시기는 ‘당해 자산의 대금을 청산한 날’이라 할 것인바(소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 참조), 이 사건 양도주택의 대금청산일이 2005. 12. 29.인 사실 및 원고가 그 이후인 2006. 1. 3.에서야 임대 주택법 제6조 에 기한 임대사업자로 등록을 하였던 사실은 위에서 살펴본 바와 같으므로 이 사건 양도주택의 양도시점을 기준으로 볼 때 이 사건 신축주택이 조세감면규제법 제97조의2 제1항 제1호 소정의 신축임대주택에 해당하지 않음은 분명하다. 나아가 위 조세특례제한법상의 감면조항을 임대 주택법 제6조 에 기한 임대사업자로 등록을 하지는 않았으나, 사업자등록을 한 채 사실상 2채 이상의 임대사업을 하고 있는 자에 대하여도 유추적용을 할 수 있는 지 여부에 관하여 살피건대, 조세채무를 감면하는 조항은 엄격하게 해석하여야 하고, 임대주택자로 등록한 자에 대하여 임대주택의 매각제한(임대 주택법 제12조), 임대조건의 제한(같은 법 제14조), 표준임대차계약서의 사용강제(같은 법 제18조) 등 많은 공법적인 감독을 받게 되고, 이를 위반할 경우 과태료 또는 형사처벌을 받게 하면서(같은 법 제22조, 제23조, 제25조), 그 반대급부로서 임대주택의 취득 및 양도에 대하여 비과세 혜택을 주고 있는 위 임대 주택법 및 조세특례제한법의 각 입법취지를 감안하건데 임대사업법에 기한 임대사업자로 등록하지 아니한 채 사실상 임대사업을 하고 있는 자에 대하여도 위 조항을 유추적용하여 비과세혜택을 주기는 어렵다고 판단된다. 따라서, 이 사건 신축주택이 구 조세특례제한법 제97조의2 제1항 제1호 소정의 신축임대주택에 해당함을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

② 주장에 관하여 원고가 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1항에서 정하고 있는 신축주택취득기간(2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일) 내인 2001. 6. 30. 이 사건 신축건물의 사용승인을 받은 사실 및 이 사건 건물이 건축물대장상으로 1층 내지 4층까지는 다세대 주택(9세대) 및 5층은 근린생활시설로 구성되어 있는 사실은 위에서 살펴본 바와 같고, 이 사건 건물의 준공 당시를 기준으로 할 때, 이 사건 신축주택 중 5층 근린생활시설 부분은 주택이 아니므로 1세대 1주택 판정시 주택수의 계산에 처음부터 포함되지 아니하는 것이고, 나머지 1층부터 4층까지의 다세대 주택 부분은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 신축주택의 요건을 모두 충족하고 있으므로 원고는 그 당시 1세대 1주택 보유자에 해당하였다. 그렇지만, 원고가 1세대 1주택 보유자인지 여부를 확정하는 시점인 이 사건 양도주택의 양도시기를 기준으로 할 때 원고가 이 사건 신축건물 중 5층 근린생활시설을 8가구의 임대주택으로 무단 용도변경하여 사용하고 있었던 사실 또한 위에서 살펴본 바와 같고, 1세대 1주택 요건의 해당여부를 따짐에 있어 주택인지 여부를 판정함에 있어서는 공부상 용도가 주택인지 여부뿐만 아니라 실제 건물의 구조 및 사용실태 등을 모두 참작하여 이를 판정하여야 할 것이므로, 이 사건 양도주택의 양도시기에는 원고가 이 사건 양도건물 이외에 8가구의 주택을 추가로 소유하고 있었다고 보아야 할 것이다. 그렇다면, 원고는 이 사건 양도건물의 양도시를 기준으로는 결국 1세대 1주택 보유자의 요건을 충족하지 못하였으므로, 원고가 1세대 1주택 보유자임을 전제로 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 위 주장도 이유 없다.

따라서, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.