후입선출법에 의할 경우 양도차익이 없다는 사실이 종전 판결에 의해 확정된 것으로 볼 수 있는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 10. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 65,228,813원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1999. 12. 31. 주권상장법인인 ○○합성공업 주식회사(이하 ‘소외회사’라 한다)의 주식 44,760주(총 발행주식의 4.9%)를 소유하고 있다가, 2000년에 유가증권 시장을 통하여 수차례에 걸쳐 79,038주(이하 ‘이 사건 주식’이라고만 한다)를 1,216,610,000원에 양도하였으나 양도소득세를 신고ㆍ납부하지 아니하였다.
• 나. 이에 피고는 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제3호, 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항 제1호의 규정에 따라 이 사건 주식의 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도인 1999. 12. 31. 현재 원고가 소외회사의 대주주(총발행 주식의 3% 이상)에 해당한다는 이유로, 이 사건 주식의 양도가액을 1,216,610,000원, 취득가액을 991,442,000원으로 하여 양도차익을 계산한 후 2004. 2. 17. 원고에게 2000년 귀속 양도소득세 66,204,021원(당초에는 취득가액을 991,295,000원으로 보아 양도소득세로 66,250,694원을 부과하였다가 소송 도중에 일부 감액하였다)을 부과 고지하는 처분을 하였는데, 위 취득가액은 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 이른바 선입선출법을 적용하여 산정한 가액이었다.
• 다. 원고는 서울행정법원 2004구단10800호로 위 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였는데, 그 소송에서 원고는 이 사건 주식의 매매 당시 모든 증권회사들이 증권예탁원에 예탁된 주식의 출고방식에 있어 후입선출법을 채택함에 따라, 원고가 위탁자계좌를 개설한 ○○증권 주식회사(이하 ‘○○증권’이라고만 한다) 및 ○리증권 주식회사(이하 ‘○리증권’이라고만 한다) 역시 소외회사 발행주식을 양도함에 있어 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 처리하였음에도 불구하고, 피고가 이와 달리 선입선출법에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 양도차익을 산정하였으므로 위 처분이 위법하다는 등의 주장을 하였다.
• 라. 원고는 위 소송의 1심에서는 패소하였으나, 그 항소심인 서울고등법원 2005누27163호 사건에서는 2006. 12. 21. 제1심 판결을 취소하고 위 처분의 취소를 구하는 판결이 선고되었고, 2007. 4. 13. 피고의 상고가 기각됨으로써 위 항소심 판결이 확정되었는데, 위 항소심 판결의 이유는 원고가 거래하던 ○○증권 및 ○리증권 뿐만 아니라 모든 증권회사들이 1998. 1. 1. 이후로 고객의 계좌에 남아 있는 잔고 주식을 취득일자 별로 분류하여 그 중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 나중에 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 관리하여 오고 있으므로 이 사건 주식 역시 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아야 함에도 그와 달리 보아 취득가액을 산정한 것은 위법하고, 따라서 사실심 변론 종결시까지 제출된 자료에 의해 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출하여 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이나, 후입선출법에 따라 이 사건 주식의 적법한 양도차익을 산정하기 위하여 필요한 취득가액 등에 관한 객관적인 자료가 제대로 제출되지 아니하여 정당한 양도소득세액을 산출할 수 없으므로 위 처분 전부를 취소한다는 것이었다.
• 마. 피고는 그 후 2007. 10. 1. 이 사건 주식의 취득가액을 993.805,500원으로 다시 산정하여 그에 따른 2000년 귀속 양도소득세로 65,228,810원(가산세 포함, 10원 미만버림)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 원고는 위 선행소송에서 후입선출법에 의할 경우 양도차익이 없다는 점을 주장ㆍ입증한 바 있고, 당시 피고는 아무런 반박도 하지 못하였으므로 후입선출법에 의할 경우 양도차익이 없다는 사실은 위 판결에 확정된 것으로 보아야 함에도 그와 달리 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 후입선출법에 의한다면 ‘먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것’으로 보게 되므로 원고가 2000년에 처분한 주식은 먼저 취득한 주식에 해당하는 1997년부터 순차로 취득한 주식을 처분한 것으로 보아야 하고, 그와 같이 산정할 경우 취득가액이 양도가액을 초과하여 양도차익이 없음에도 불구하고 그와 달리 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관련법령 구 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 구 소득세법 시행령 제157조 (토지 등의 범위)
• 다. 판단

(1) 위 가. (1)의 주장에 대한 판단 과세처분을 취소하는 확정판결의 기판력은 확정판결에 나온 위법사유에 대하여만 미치므로 과세처분권자가 확정판결에 나온 위법사유를 보완하여 한 새로운 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처분과는 별개의 처분으로서 확정판결의 기판력에 저촉되지 아니한다 할 것인바(대법원 2002. 7. 23. 선고 2000두6237 판결 등 참조), 위 서울고등법원 2005누27613 판결이 지적한 2004. 2. 17.자 과세처분의 위법사유는 이 사건 주식의 취득가액을 선입선출법에 의해 산정한 것에 위법이 있다는 것이었으므로 피고가 그 취지에 따라 이 사건 주식의 취득가액을 후입선출법에 의해 산정하여 이 사건 처분을 하는 것이 확정판결의 기판력에 반한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 위 판결이 2004. 2. 17.자 과세처분 전부를 취소한 것은 이 사건 주식의 취득가액을 후입선출법에 따라 산정할 수 있는 객관적인 자료가 제대로 제출되지 아니하여 정당한 양도소득액을 산출할 수 없다는 데에 따른 것이었을 뿐 후입선출법에 따를 경우 양도차익이 존재하지 않음을 그 이유로 한 것이 아니어서 후입선출법에 따를 경우 양도차익이 존재하지 않는다는 사실관계과 확정되었다고 볼 수도 없으므로 위 주장은 이유 업삳.

(2) 위 가. (2)의 주장에 대한 판단 원고의 위 주장은 후입선출법이 ‘먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것’으로 보는 방식임을 전제로 하고 있으나, 후입선출법은 나중에(직전에) 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것이므로 원고가 주장하는 방식을 후입선출법에 따른 산정방식이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 나아가 을 제3, 4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 소외회사 주식을 양도한 각각의 시점을 기준으로 당해 주식을 취득순서와는 반대로 나중에 취득한 것부터 양도한 것처럼 취득가액을 산정하는 후입선출법에 따라 이 사건 주식의 취득가액을 산정하면 그 가액이 993,805,500원인 사실을 인정 할 수 있으므로, 이 사건 주식의 취득가액이 위와 같음을 이유로 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.