실지거래가액으로 계산하여 과세예고통지를 받은 경우, 다시 기준시가로 확정신고 가능 여부

1. 피고가 2005. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 83,505,960원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1966. 12. 31. 서울 ○○구 ○○동 ○○○-6 대지 481.7㎡(이하, ‘이 사건 토지’라고 한다)을 취득하여 보유하다가 2004. 4. 1. 소외 김○태, 손○춘에게 양도한 후 2004. 6. 30. 실지거래가액에 의하여 양도가액을 13억 8,000만원, 취득가액을 4억 9,700만원으로 하여 양도소득과세표준 예정신고를 하고 이에 따른 양도소득세 171,427,690원을 자진납부하였다.
• 나. 그 후 피고가 이 사건 토지의 양도가액이 18억원임을 확인하고 2005. 5. 17. 원고에게 2004년도 귀속 양도소득세 83,505,960원을 부과한다는 과세예고통지를 하였고 원고가 2005. 5. 25. 그 통지를 수령하였다. 원고는 2005. 5. 30. 이 사건 토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 양도소득과세표준 확정신고를 하고 이에 따른 양도소득세 14,611,270원을 자진납부하였다.
• 다. 그러나, 피고는 원고의 2005. 5. 30.자 양도소득과세표준 확정신고를 인정하지 않은 채 원고가 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가목에 의하여 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였으나 양도가액의 신고가액이 사실과 달라 구 소득세법 제114조 제4항 단서에 의하여 확인된 양도가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있다고 보고 양도가액을 18억원으로 하여 2005. 6. 1. 2004년도 귀속 양도소득세 83,505,960원을 경정고지하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 3호증, 을1, 2호증(가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 토지에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였더라도 확정신고기한까지는 언제라도 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 할 수 있고 그에 따라 기준시가에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 한 이상 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제96조 제1항 제6호의 실지거래가액에 의하여 신고한 경우라고 할 수 없고 달리 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 경우에도 해당하지 아니한다. 그러므로, 이 사건 토지에 대한 양도차익은 원칙에 따라 기준시가에 의하여 산정하여야 한다. 그럼에도 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련법령 구 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 구 소득세법 제95조 (양도소득금액) 구 소득세법 제96조 (양도가액) 구 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비계산)
• 다. 판단

(1) 구 소득세법에 의하면, 토지의 양도로 인한 양도차익은 기준시가에 의하여 산정하는 것이 원칙이지만, 양도자가 확정신고기한까지 증빙서류와 함께 실지거래가액에 의하여 신고하는 경우 등의 예외적인 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 한다(구 소득세법 제96조 제1항 본문, 단서 제6호, 제97조 제1항 제1호 가목). 과세관청은 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정할 수 있고 이 경우 양도차익은 구 소득세법 제96조 및 제97조의 규정에 의하되 다만 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가목에 의하여 양도자가 확정신고기한까지 증빙서류와 함께 실지거래가액에 의하여 신고한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다(구 소득세법 제114조 제2항, 제4항).

(2) 앞서 본 사실관계에 의하면, 원고가 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가목에 의하여 증빙서류와 함께 실지거래가액에 의하여 이 사건 토지에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 하였으나 양도가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 사실은 인정된다. 그런데 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 예정신고를 이행한 경우에도 구 소득세법 제110조 제4항 단서, 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 확정신고를 하여야 하는 점, 그 밖에 예정신고납부의 예납적 성격, 예정신고 및 자진납부의 불이행에 대하여 가산세가 부과되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸한다고 보아야 하고, 이에 따라 예정신고를 기초로 이루어진 과세처분 역시 효력을 상실한다고 보아야 한다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두1609 판결). 그러므로 원고가 확정신고기간 내에 기준시가에 의하여 확정신고를 한 이상 실지거래가액에 의하여 한 예정신고의 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 기준시가로 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸한 것으로 보아야 한다. 따라서, 실지거래가액에 의하여 한 예정신고의 효력이 존재함을 전제로 하여 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

따라서, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.