주식 교환거래에 있어 양도가액 산정이 적법한지 여부

1. 원고의 청구를 기가한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006.7.30. 원고에 대하여 한 양도소득세 47,367,723원에 관한 경정청구거부 처분을 취소한다.

갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7, 8호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 각 사실을 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2004.9.16. 이후 비상장법인인 ○○○생명과학 주식회사 (이하 ○○○생명과학이라 한다)의 주식 53,541주(이하 이 사건 주식이라 한다)를 소유하고 있었다.
• 나. 코스닥 상장법인인 ○○이엔티 주식회사(이하 ○○이엔티라고 한다)는 2005.5.31. ○○○생명과학과 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 대원을 ○○모회사, ○○○생명과학을 완전자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환계약을 체결하였는데, 위 교환계약에는 1주 미만 단주에 대하여는 주식교환 신주가 거래소 시장에 상장되는 초일의 종가를 기준으로 계산한 금액을 ○○○생명과학의 주주에게 현금으로 지급한다‘는 내용이 포함되어 있었다.
• 다. 위 교환계약을 체결함에 이어 ○○이엔티와 ○○○생명과학은 우선 ○○회계법인에 의뢰하여 ○○○생명과학 발행 주식을 1주당 17,107원으로 평가하였다. 한편 ○○이엔티와 ○○○생명과학은 ○○이엔티 발행 주식 3,76주를 1주로 병합하는 감자를 실시할 것을 전제로 하고 위 교환계약 당시인 2005.5.31. ○○이엔티 주식의 2005.3.31.부터 소급한 1개월 가중평균종가, 1주일 가중평균종가 및 최근일 종가의 산술평균종가와 최근일 종가 중 낮은 금액(증권거래법 시행규칙 제36조 의 12 제1항의 규정한 방법)이 421원임을 감안하여 ○○○생명과학 1주당 ○○이엔티 주식 10,8주 (17,107÷1,582,96원)를 교환하는 것으로 약정하였다.
• 라. ○○이엔티의 감자절차가 있는 이후 ○○○생명과학의 전환사채가 주식으로 전환되자 ○○○생명과학 주식 1주당 가치는 15,973원으로 재평가되었고, 이에 따라 ○○○생명과학 주식 1주당 약 10,09주(15,973÷1,582.96)를 교환하기로 교환비율이 변경되었다.
• 마. 위 주식교환계약에 따라 2005.8.31. ○○이엔티(주식교환 후 상호가 주식회사 ○○○바이오로 변경되었다)는 ○○○생명과학의 완전 모회사가 되었고, ○○○생명과학은 ○○이엔티의 완전사회사가 되었으며, 그 과정에서 원고 소유의 이 사건 주식은 ○○이엔티에게 이전되었고, 원고 코스닥 상장법인인 ○○이엔티의 주주가 되었다.
• 바. 이후 원고는 2005.11.30. 이 사건 주식의 양도가액을 위 평가액인 1주당 15,973,원으로 하여 양도소득세 예정신고를 한 후 양도소득세 71,988,691원을 납부하였다.
• 사. 원고는 2006.5.30. 이 사건 주식의 양도가액은 위 평가액인 1주당 15,973원이 아니고, 위 주식교환 무렵의 ○○○생명과학 주식의 매매사례가액을 산술평균하여 산정한 1주당 6,143원이 되어야 하고 이를 기준으로 하면 원고는 양도소득세를 과다하게 신고ㆍ납부한 것이 되었으니 과다 납부한 양도소득세액 47,367,723원을 환급하여 달라는 취지의 감액경정청구를 피고에 대하여 하였다.
• 아. 이에 대하여 피고는 국세기본법 제45조의2 제3항 소정의 통지기간인 2월 이내에 원고의 경정청구에 대하여 아무런 통지를 하지 아니하였다(피고로서는 국세기본법 제45조의2 제3항 에 의하여 경정청구를 받은 날로부터 2개월 이내에 원고에게 원고의 감액경정청구 내용을 받아들여 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지하여야 하나, 위 법정기한 내에 아무런 통지를 하지 아니하는 경우에 원고로서는 피고가 경정청구를 거부한 보아 이에 대한 항고소송을 제기할 수 있다고 할 것인바(대법원 2003.6.27. 선고 2001두10639 판결 등 참조), 이에 따라 원고의 위 경정청구에 대하여 청구로부터 2개월이 경과한 2006.7.30.자로 피고의 거부처분이 있는 것으로 볼 것이고, 이하 이를 이 사건 처분이라고 한다.

• 가. 원고의 주장 이 사건 주식은 비상장주식이어서 실지거래가액에 의하여 그 양도가액이 산정되어야 하나 원고가 당초 신고한 양도가액 1주당 15,973원은 감정평가액에 불과한 것으로서 이를 들어 실지거래가액이라고 할 수 없어 이 사건 주식의 양도는 실지거래가액이 없는 경우로서 그 양도가액은 소득세법의 규정에 따라 매매사례가액인 1주당 6,143원 또는 5,500원 혹은 6,500원이 되어야 하고 그 것이 부당하다면 상속세 및 증여세법도 불구하고 피고가 이와 달리 보고, 원고의 위 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
• 나. 관계법령 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 소득세법 제96조 (양도가액)
• 다. 판단 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 다목, 제96조 제2항의 규정에 의하면 거래소에 상장되지 아니한 주식의 양도로 인하여 발생하는 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액은 양도당시의 실지거래에 의하도록 되어 있고, 소득세법 제11조 제5항, 소득세법시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의2 제1항 제1호, 제3항의 각규정에 의하면 양도가액을 실지거래가액에 의하여 정하는 경우라 하더라도 양도당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되어 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 일반적으로 양도소득세액의 산정기준이 되는 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 당해 자산을 양도함에 있어서 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고, 사후에 양도 당시로 소급하여 한 시가감정에 의하여 파악되는 양도당시의 객관적인 교환가치에 의한 가액을 가리키는 것은 아니다(대법원 1992.5.12. 선고 91누10848 판결 등 참조). 다만, 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지양도가액을 확인할 수 없다고 할 것이지만, 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반한 교환의 경우에는 그 실지양도가액을 확인할 수 있는 경우에 해당하고, 이 경우 교환으로 양도되는 목적물의 소유자가 교환으로 취득하는 목적물의 감정가액과의 차액을 현금으로 지급받는 경우에는 교환으로 취득하는 목적물의 감정가액과 그 현금을 합한 금액이 교환으로 양도되는 목적물의 실지양도가액이 된다고 할 것이다(대법원 1997.2.11. 선고 96누860 판결 참조) 돌이켜 이 사건에서 보건대, 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 점 즉, 코스닥 상장법인인 ○○이엔티가 ○○○생명과학과 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 ○○이텐티를 ○○모회사, ○○○생명화학을 완전자회사로 하는 내용의 주식의 표괄적 교환에 관한 계약을 체결하여 그 이행과정에서 이 사건 주식 또한 ○○이엔티 주식으로 교환된 점, 위 주식교환시 비상장회사인 ○○○생명과학의 주식 1주당 가치는 ○○회계법인의 감정평가액에 기초하여 산정되었고, 상장회사인 ○○이엔티의 주식 1주당 가치는 실제 거래소에서 거래되는 가액 기준으로 평가되어 그 가치 평가가 객관성을 지니고 있는 점 (○○회계법인의 감정평가가 잘못되었다는 점을 입증할 객관적인 자료가 없는 상태에서 원고가 주장하는 바와 같이 위 주식교환이 이루어진 후인 2005.7.11. ○○회계법인이 ○○○생명과학의 주식 가치를 2004.12.31.자 기준으로 다시 평가한 결과 1주당 4,512원으로 평가된 사실이 있고, 주식 교환 무렵의 매매거래사례가액 평균금액이 1주당 6,143원 정도에 불과하였다는 사정만으로 위 ○○회계법인의 평가가 적절하게 이루지지 않았다고 인정하기에 부족하다.) 포괄적 주식 교환의 방법으로 주식을 취득하는 경우 교환되는 주식들의 가치를 평가하여 평가된 가치에 해당하는 수의 주식을 새로 취득하고 그 과정에서 단주 발생시에는 현금으로 정산되어 그 교환은 합의된 가치는 교환으로 볼 수도 있는 점, 상장 주식을 교환으로 취득한 경우 그 환가 및 가액 평가가 용이하여 환가 및 평가가 어려운 물건을 교환으로 취득한 경우와 달리 볼 수 있는 점 등 제반 사정을 참작하면, 주식교환 과정에서 ○○○생명과학의 주식 1주당 가액으로 평가된 15,973원은 이 사건 주식의 교환거래에 있어서 적용된 실지거래가액이고 그 가액은 관련 서류에 의하여 확인 가능한 것이어서, 이 사건 주식의 교환과 관련한 양도소득세는 실지거래가액으로 인정되는 위 평가액인 1주당 15,973원을 기준으로 하여 산정함이 상당하다. 그리고 이와 같은 판단은 위 주식교환이 원고와 ○○이엔티 사이의 직접적 합의에 상당하다. 그리고 이와 같은 판단은 위 주식교환이 원고와 ○○이엔티 사이의 직접적 합의에 의하여 이루어진 것이 아니고, 주식교환이 이루어진 후인 2005.7.11. ○○회계법인이 ○○○생명과학의 주식 가치를 다시 평가한 결과 1주당 4,512원으로 평가된 사실이 있고, 위 교환계약에서 교환계약일 당시의 주가가 아닌 주식교환 신주가 상장된 초일 종가를 기준으로 하여 단주를 현금으로 정산하기로 하였다고 하여 이를 달리 볼 것은 아니다. 따라서 위 판단과 달리 위 평가액 1주당 15,978원을 기준으로 하여 이 사건 주식의 양도와 관련한 양도소득세를 산정하는 것이 부당하다는 취지의 원고의 주장은 나머지 점에 대하여 살펴 볼 필요 없이 이유 없고, 원고의 위 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 적법한 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각한다.