자진신고한 매출세금계산서가 가공의 허위 매출세금계산서인지 여부

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여, 2005.7.4. 한 1999년 사업연도 법인세 34,568,000원의 부과처분, 1999년도 2기분 부가가치세 22,934,990원의 부과처분 및 2005년 7. 8. 한 1999년 사업년도 110,000,000원의 소득금액 변동통지처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 바코드 제조 및 컴퓨터 주변기기 제조·판매업을 영위하는 법인으로,1999년 2기분 부가가치세와 1999년 사업연도 법인세를 신고함에 있어 실물거래 없이 주식회사◯◯◯◯(2000.7.10.‘주식회사 ◯◯◯◯ ’로 상호 변경, 이하 ‘◯◯◯◯’라 한다)로부터 공급가액 합계 100,000,000원인 매입세금계산서 2매를 교부받아, 그 매입세액을 공제하고, 손금 산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다
• 나. 피고는 ◯◯세무서장으로부터 위 매입세금계산서가 실물거래 없는 가공 매입세금계산서라는 사실을 통보받아 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금 불산입하여, 2005.7.4. 원고에게 1999년 2기분 부가가치세 22,934,990을, 1999년 사업연도 법인세 34,568,000원을 가 경정·고지하는 한편, 가공매입액 및 이에 대한 부가가치세를 합한 110,000,000원을 대표이사 상여로 소득처분한 후, 2005.7.8 원고에게 같은 내용의 소득금액 변동통지를 하였다(이하 위 법인세, 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지를 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2005.9.15. 피고에게 이의신청을 제기하였고, 이에 대하여 피고는 원고가 주장하는 바에 따라 1999년 2기에 ○◯소프트웨어주식회사로부터 수취한 공급가액 201,200,000원 및 같은 과세기간 ◯◯◯◯ 주식회사에 매출한 공급가액 300,000,000원이 가공매입 및 가공매출인지 여부를 재조사하여 과세표준과 세액을 결정한다는 취지의 결정(이하‘이 사건 재조사결정’을 하였다)을 하였고, 원고는 위 결정서를 2005.10.27. 송달받았다.
• 라. 피고는 2005.11.3.부터 2005.11.28.까지 이의신청 결정서에 따른 재조사(이하‘이 사건 재조사’라 한다)를 한 후, 2006.1.11. 이 사건 재조사 결과 이사건 각 부과처분은 정당한 것으로 판단하고 이를 원고에게 통지하였다. 이에 원고는 2006.4.7. 국제심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2006.9.26. 기각결정을 받았다. [인정근거] 갑 1내지 3호증, 갑 4호증의1,2, 갑 5호틍의 1,2, 갑 6내지 9호증, 갑17, 22,호증, 을 1호증, 을 2호증의 1 내지7, 을 3, 4호증의 각 기재

• 가. 피고의 주장 원고는 2005.10.27. 이 사건 재조사결정을 통지받고서도 심판청구기간인 90일이 경과한 2006.4.7.에서야 이 사건 각 부과처분에 대한 심판청구를 제기하였으므로 원고는 적법한 전심절차를 경유하지 않은 채 이 사건 소를 제기하여 부적법하다.
• 나. 판단 (1)일반적으로 감액경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 당초 부과처분의 변경이고 그에 의해 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이지 경정결정이 아니라 할 것이므로 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 부과처분을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 1998.5.26. 선고 98두3211 판결 등 참조). (2)그런데 이 사건에서 앞에서 본 바와 같이, 원고의 주장을 받아들인 재조사결정이 있었다면 원고로서는 이의신청을 한 목적이 달성될 것으로 기대하고 재조사결정의취지에 따른 후속처분을 보고 불복 여부를 결정하는 것이 합리적이라 할 것인데, 향후 처분청이 재조사에 따라 어떤 결정을 내릴지 알 수 없어 재조사 결정 자체만으로는 원고의 쟁송목적을 달성했는지에 대한 판단을 유보할 수밖에 없고, 이 사건 각 부과처분에 대한 불복 여부를 결정하기 위하여는 재조사에 따른 후속처분이 행하여진 이후에야 비로서 판단할 수 있는 것이어서, 이의신청절차에서 부과처분의 일부가 취소 또는 경정될 것으로 예상되는 재조사결정을 한 경우에 잔존하게 되는 나머지 부분에 관하여 적법한 심판청구기간을 준수하였는지 여부를 재조사결정일을 기준으로 판단하여야 한다는 것과는 달리, 이 사건과 같이 원고의 주장을 대부분 받아들인 이 사건 재조사결정에 있어서는 피고가 재조사절차를 거쳐 그 결과를 통보한 날인 2006.1.11.원고의 이의신청을 종국적으로 기각하는 결정을 한 것으로 봄이 타당하다.

(3) 따라서 원고로서는 이 사건 재조사 결과를 통보받은 날을 기준으로 90일 이내에 국세심판원에 심판청구를 제기하여 적법한 전심절차를 거쳤다고 할 것이므로, 90일의 심판청구기간을 경과하여 심판청구가 제기되었음을 전제로 하는 피고의 본안전 항변은 이유없다.

3. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 1999년2기에 있었던 ◯◯◯◯ 로부터의 공급가액 100,000,000원의 매입거래(이하‘이 사건 1거래’라 한다)가 가공거래인 것은 사실이나 같은 과세기간 중 ◯◯소프트웨어 주식회사(2001.10.20. ‘주식회사 ◯◯◯◯ ’로 상호 변경, 이하 ◯◯소프트‘라 한다)로부터의 공급가액 합계 201,200,000원의 매입거래(이하 ’이 사건 2거래‘라 한다)와◯○○◯ 주식회사(2002.3.28 ’◯○○◯주식회사‘ 상호변경, 이하’◯◯테크‘라 한다)에 대한 공급가액 300,000,000원의 매출거래(이하 ’이 사건 매출거래‘라 한다) 역시 실물거래 없는 가공거래로서 위 각 거래는 순환거래의 형태로 직접적으로 연관되어 있으므로 이 사건 1, 2거래에 따른 매입금액과 이 사건 매출거래에 따른 매출금액은 함께 부인되어야 하고, 실제 대금의 지급 및 유입이 이루어지지 않은 형식적인 회계처리에 불과하여 사외로 유출된 법인의 수익이 없음에도 이 사건 1거래만은 가공거래로 판단하여 그 공급가액에 해당하는 매입금액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지를 함과 동시에 법인세 및 부가가치세를 경정·고지한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) 이 사건 1, 2 거래외 이 사건 매출거래와 관련된 원고의 회계처리 내역은 아래와 같다. 상대업체 일자 회계처리 금액 일자 회계처리

○○○○(이사건 1거래 1999.11.10 외상매입 28,000,000 1999.12.30 현금지급 1999.12.6 외상매입 72,000,000

○○소프트(이사건 2거래) 1999.10. 6 외상매입 78,260,000 당일 현금지급 1999.10.22 외상매입 43,200,000 1999.11.18 외상매입 79,740,000,

○○테크(이사건매출거래) 1999.11.25 외상매입 300,000,000 1999.12.15 현금회수 (2)◯◯소프트는 ◯◯세무서장이 2004.3.에 한 자료상 혐의조사에서 부분 자료상으로 확인되었으나 이 사건 2거래가 실물거래가 없는 가공거래라는 사실은 확인되지않았으며 원고는 이 사건 2거래가 실물거래가 없는 가공거래라는 사실은 확인되지 않았으며 원고는 이 사건 2거래뿐만 아니라 2000년 1기에도 ◯◯소프트로부터 공급가액 150,000,000원의 매입세금계산서를 교부받은 사실이 있다. 한편 ◯◯소프트는 이 사건 2거래의 가공거래 여부에 관한 피고의 소명 요구에 아무런 답을 하지 아니하였다.

(3) ◯◯소프트는 1999년 2기에 ◯◯테크와 사이에 11억 3,000만원의 매출거래와 3억 7천만원의 매입거래가 있었으나, ◯◯세무서장이 2004년 3월에 한 ◯◯소프트에 대한 자료상 혐의조사 결과 ◯◯소프트와 ◯◯테크 사이의 위 매출·매입거래가 가공거래로 확인되지 않았고, 피고가 ◯◯소프트와◯◯테크 사이의 위 거래에 대하여 이사건 재조사를 한 결과 가공거래에 대한 별다른 혐의점을 발견하지 못하였다. 한편 ◯◯테크는 2002.12.31. 직권 폐업되었는데, 2001년 2기부터 2002년 1기까지의 거래에 대하여 자료상 혐의조사를 받아 부분 자료상으로 확인되었으나 이 사건 매출거래 및 ◯◯소프트와의 거래에 대하여는 가공거래로 확인되지 아니하였다.

(4) 1999년 2기의 경우 원고의 총매출액은 1,326,367,000원이고, 총매입액은 1,127,891,000원으로 이 사건 매출거래는 같은 기간의 매출금액 중 가장 다액의 매출이다. 원고의 1999.12.8 발생한 22,656,931원의 외상 매입거래와 1999.11.30. 발생한 10,551,200원의 외상 매입거래 역시 원고가 가공거래로 인정한 이 사건 1거래의 변제일자인 1999.12.30.에 현금 변제된 것으로 회계처리 되어 있어 외상 매입이 일어난지 1개월 이내에 전액 변제된 것으로 되어 있다. [인정근거] 갑 11호증의 1 내지 8, 갑 12호증의 1 내지 6, 갑 13 내지 15호증, 갑 16호증의 1 내지 3, 갑 17호증, 을 5호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 (1)과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로, 부가가치세액 산정의 기초가 되는 매출세액 또는 매입세액 및 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는익금에 산입될 수익액 또는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있되, 다만 납세의무자가 신고한 매출세액 또는 매입세액 및 수익 또는 비용에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의하여 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지수익 또는 비용인지 등이 다투어지고, 납세의무자측이 주장하는 수익 또는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우 등에 한하여, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점 등에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결 등 참조)

(2) 살피건대 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 20호증의 기재는 뒤에서 보는 사실에 비추어 믿지 아니하고, 앞서 본 사실에 의하면 비록 원고가 가공거래라고 주장하는 이 사건 1, 2거래와 이 사건 매출거래의 매입·매출금액이 유사하고(301,200,000원과300,000,000원), 회계처리방법에 있어 외상거래의 일반적인 상관행과 달리 단기간에 대금결제가 된 것으로 처리되어 있으며, 이 사건 매출거래의 매출금액이 다액이고,◯◯소프트 및 ◯◯테크가 부분 자료상으로 확인된 점은 인정되나, 한편 원고의 주장이 인정되기 위해서는 이 사건 매출거래가 매출액을 부풀려 은행 등으로부터 자금융통 등을 받을 목적으로 실제 재화의 거래 없이 세금계산서만 발행된 가공거래이고 여기에 대응하기 위하여 이 사건 1, 2거래를 발생시켜 매입액을 매출액에서 공제하였음이 입증되어야 할 것이나, 앞에서 본 바와 같이 ◯◯테크와 원고 사이의 이 사건 매출거래가 ◯◯테크에대한 자료상 협의조사 당시나 이 사건 재조사 당시 가공거래로 확인되니 않은 점 가공매출을 발생시켜 매출액을 부풀리는 순환거래에있어서는 가공매출에 대응하는 가공매입이 해당 기업간에 전체적으로 연관되어 있어야 하나 원고의 경우 ◯◯테크에 관한 이 사건 매출거래와 ◯◯◯◯ 및 ◯◯ 및 ◯◯소프트에 관한 이 사건 1, 2거래의 매출·매입금액이 유사하다는 것 이외에 ◯◯◯◯,◯◯소프트,◯◯테크 사이의 매입·매출거래는 그 매입·매출금액에 있어 유사성이 인정되지 않는 점, ◯◯소프트에 대한 자료상 혐의조사 및 이 사건 재조사 당시 이 사건 2거래 및 ◯◯소프트와 ◯◯테크 사이의 매입·매출거래에 대하여 가공거래임이 확인되지 않았으며, 원고는 ◯◯소프트와 사이에 2000년 1기에도 150,000,000원의 매입거래가 있었음에도 이 사건 2거래만을 가공거래로 주장하는 점, 원고의 회계처리 내역에 의하면 1,000만원 이상의 다른 외상매입거래에 대하여 매입후 1개월 이내에 대금결제가 이루어진 점에다가 원고가 허위의 매입세금계산서를 통해 매출누락을 하는 것 이외에 가공매출을 발생시켜 매출액을 확대할 필요성이 있었다고 볼 자료가 없는 점 등을 종합하여 보면, 앞에서 인정한 사정 및 갑 20호증의 기재만으로는 매입거래인 이 사건 2거래가 가공거래였음은 별론으로 하더라도 이 사건 매출거래까지 가공거래였다고 인정하기에 부족하고, 앞에서 믿지 아니하는 증거 이외에는 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 각 부과처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과같이 판결한다. 관계법령 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 법인세법 시행령(2001.12.31.대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998. 12. 31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호내용생략)에게 귀속된 것으로 본다.끝. 부가가치세법(2003.5.29.법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다. (1995. 12. 29 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때. 끝.