가공세금계산서에 상당하는 실물거래의 존재 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005.7.1.자로 원고에 대하여 한 2003 사업연도 귀속분 법인세 20,452,020원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 섬유 및 컴퓨터 소프트웨어의 제조 및 도매업을 영위하는 자로서 주식회사 ○○정보통신(이하 ○○정보라 한다)으로부터 2003년 제1기 공급가액 96,364,000원(이하 쟁점금액이라 한다)의 세금계산서 5장(이하 이 사건 세금계산서라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2003년 제1기 부가가치세 신고를 하였고, 이를 손금에 산입하여 2003 사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. ○○세무서장은 세무조사 결과 ○○정보가 이른바 자료상이라고 확정한 후 이 사건 세금계산서를 가공자료로 피고에게 통보하였고, 피고는 원고가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 취득한 것으로 보아 매입세액 및 손금불산입하여 2005. 7. 1. 원고에게 2003년 제1기 부가가치세 14,834,310원 및 2003 사업연도 법인세 20,452,020원을 결정⋅고지하였다(위 각 부과처분 중 법인세 부분을 이하 이 사건 처분이라 한다).
• 다. 원고가 이에 불복하여 2005. 8. 20. 피고에게 이의신청을 하였고, 피고는 2005. 10. 13. 법인세 부분에 대한 원고의 주장이 이유 있는 것으로 판단되므로 법인세 부분에 대한 실지거래여부를 재조사하여 과세표준 및 세액을 결정하도록 한다는 취지의 결정(이하 이 사건 재조사결정이라 한다)을 하였는데 이 사건 재조사결정은 2005. 10. 17. 원고에게 도달되었다.
• 라. 피고가 2006. 2. 22. 원고에게 재조사 결과 당초 결정이 정당한 것으로 조사되었다는 내용의 통보를 하자 원고는 2006. 4. 20. 국세청에 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 2006. 9. 25. 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증, 을 제1호증의 각 기재

• 가. 피고의 주장 원고는 2005. 10. 17. 피고로부터 재조사결정을 수령하였고, 이로부터 청구기간 90일이 도과한 2006. 4. 20. 국세청에 심사청구를 하였으므로, 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 이 사건 소는 부적법하다.
• 나. 판단

(1) 일반적으로 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 당초 부과처분의 변경으로써 그에 의해 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다 할 것이고, 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결 등 참조).

(2) 이 사건의 경우, 갑 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이의신청절차에서 ‘처분청이 실지거래내역 등에 대한 정확한 근거 없이 원고에게 법인세를 부과한 것은 위법하다’는 취지로 주장하였고, 피고는 원고의 주장을 받아들여 2005. 10. 13. ‘원고의 주장이 이유 있는 것으로 판단되므로 실지거래 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준액 및 세액을 경정하도록 한다.’는 취지의 재조사결정을 한 사실이 인정되고, 그 후 피고가 2006. 2. 22. 당초 처분이 정당하다는 재조사결과를 원고에게 통보하자, 원고가 2006. 4. 20. 이 사건 처분에 관하여 국세심사청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

(3) 위 인정사실에 의하면, 원고로서는 향후 처분청이 재조사결정에 따라 어떤 결정을 내릴지 알 수 없어 재조사결정 자체만으로는 원고의 쟁송목적을 달성했는지에 대한 판단을 유보할 수 밖에 없고, 이 사건 처분에 대한 불복 여부를 결정하기 위하여는 재조사결과에 따른 처분이 행하여진 이후에야 비로소 판단할 수 있는 것이어서, 이의신청 절차에서 부과처분의 일부가 취소 또는 경정된 것으로 예상되는 재조사 결정을 한 경우에 잔존하게 되는 나머지 부분에 관하여 적법한 심사청구 기간을 준수하였는지 여부를 재조사 결정일을 기준으로 판단하여야 한다는 것과는 달리 이 사건과 같이 원고의 주장이 이유 있음을 전제로 한 재조사결정에 있어서는 피고가 재조사절차를 거친 이후 그 결과를 통보한 날인 2006. 2. 22. 원고의 이의신청을 종국적으로 기각하는 결정을 한 것이라고 볼 것이다.

(4) 따라서 원고로서는 재조사결과를 통보받은 날을 기준으로 90일 이내에 국세청에 대하여 심사청구를 할 수 있다고 할 것이므로 2006. 4. 20. 제기된 원고의 심사청구는 위 기간 내 제기된 것이어서 적법하므로 피고의 위 주장은 이유 없다.

• 가. 원고의 주장 원고는 2003. 1. 13.부터 2003. 2. 27.까지 사이에 김○○로부터 238,146,300원 상당의 게임소프트웨어 및 주변기기를 매입하여 은행계좌를 통하여 물품대금을 지급하였고, 위 금액 중 공급가액 96,402,500원 상당에 대하여는 ○○정보가 발행한 이 사건 세금계산서를 교부받았는바, 피고의 재조사 당시 김○○는 ○○구치소에 수감 중에 있었고, 원고는 2003년 당시 사업과 관련된 자료가 보관된 노트북 컴퓨터를 분실하였으며, 김○○로부터 구입한 게임소프트웨어 등은 주식회사 ○○드림스에 정상적으로 매출하였으므로, 김○○로부터 상품을 매입하면서 자료상인 ○○정보로부터 이 사건 세금계산서를 교부받았다고 하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한다 하더라도 쟁점금액은 김○○로부터 실제 매입한 부분에 대한 것으로 이를 가공매입으로 보아 손금불산입한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 인정사실

(1) ○○세무서장은 ○○정보에 대한 세무조사 결과 ○○정보가 공급가액 11,781,000,000원 상당의 가공 매출세금계산서를 20개 업체에 교부하고 공급가액 8,215,000,000원 상당의 가공 매입세금계산서를 14개 업체로부터 취득한 사실을 적발하여 검찰에 고발하였다.

(2) 원고는 이의신청 및 심사청구 과정에서 실물거래 없이 ○○정보로부터 이 사건 세금계산서를 교부받은 사실은 인정하면서도 동생인 김○○로부터 게임소프트웨어 등을 실지 매입하였다고 주장하면서 그 근거로서 다음과 같은 내용의 원고 법인 대표 김○○의 국민은행 계좌(이하 이 사건 계좌라 한다)를 제출하였다. 실지거래내역 주장 내역 (단위, 원) 거래처 명 품명 공급일자 공급가액 매입대금 송금 송금일자 금액 합계 96,402,500 96,000,000 매입처 (김○○) 소프트웨어

2003. 1. 13. 10,362,000

2003. 1. 19. 23,285,500

2003. 1. 29. 13,134,000

2003. 2. 7. 5,016,000

2003. 2. 12. 11,676,000

2003. 2. 15. 7,546,000

2003. 2. 25. 18,000,000

2003. 2. 23. 3,273,000

2003. 2. 28. 12,000,000

2003. 2. 25. 14,454,000

2003. 3. 20. 36,000,000

2003. 2. 27. 7,656,000

2003. 5. 13. 30,000,000

(3) 그런데 이 사건 계좌에는 2003. 2. 3.부터 2003. 10. 14.까지 위 송금내역뿐만 아니라 이를 포함하여 김○○에게 총 28회 540,549,990원을 송금하였고, 김○○로부터 총 43회 426,150,000원을 송금 받은 것으로 되어 있다.

(4) 피고가 실시한 재조사 결과에 의하면, 2003년 제1기 상품의 매입원가는 296,000,000원이나 매출은 159,000,000원에 불과하여 원고 법인 대표이사에 확인한 바, 게임소프트웨어는 재고로 보유할 실익이 없으므로 할인하여서라도 판매할 수 밖에 없는 실정이라고 진술하였다. [인정근거] 갑 제6호증의 2, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 다. 판단

(1) 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지는 경우 과세관청에 의하여 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출이 아님을 시인하면서도 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 등 참조).

(2) 이 사건의 경우, 원고는 자료상인 ○○정보로부터 취득한 이 사건 세금계산서가 정상적인 것이 아님을 자인하고 있는바, 원고가 2003. 1. 13.부터 2003. 2. 27.까지 사이에 김○○로부터 쟁점금액 상당의 게임소프트웨어 및 주변기기를 실제 매입하여 그 비용을 지급하였다는 원고의 주장사실에 부합하는 증인 김○○의 증언은 믿지 아니하고, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1 내지 6, 갑 제10호증의 1 내지 4, 갑 제11호증의 1 내지 5, 갑 제12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14 내지 18호증, 갑 제19호증의 1, 2, 3, 갑 제20, 21, 22호증의 각 기재만으로 이를 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 쟁점금액을 손금불산입하여 한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.