세금계산서 거래금액에 상당하는 실물을 수반한 거래인지 여부

1. 피고가 2005. 10. 14. 원고에 대하여 한 2002년 2기분 부가가치세 27,292,090 원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문 기재와 같다.

• 가. 원고는 1984. 6. 20.부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ‘○○전자’라는 상호로 원자재인 반도체소자를 매입하여 그 반도체소자를 이용하여 전자부품을 제조한 후 이를 판매하는 전자부품제조업을 영위하였다.
• 나. 원고는 2002년 2기분 부가가치세를 신고하면서, ○○○ 주식회사(이하 ‘소외회사’라 한다)로부터 교부받은 아래와 같은 공급가액 합계 160,024,000원의 세금계산서 5매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 매입세액으로 공제하였다. 거래일자 공급가액 세액 합계

2002. 8. 14. 23,653,000원 2,365,300원 26,018,300원

2002. 9. 10. 36,364,000원 3,636,400원 40,000,400원

2002. 10. 30. 28,653,000원 2,865,300원 31,518,300원

2002. 11. 28. 36,768,000원 3,676,800원 40,444,800원

2002. 12. 9. 34,586,000원 3,458,600원 38,044,600원 합계 160,024,000원 16,002,400원 176,026,400원

• 다. 피고는 ○○세무서장으로부터 소외 회사가 자료상이라는 통보를 받자, 이 사건 세금계산서가 실물 거래 없이 수취한 가공의 세금계산서임을 이유로 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2005. 10. 14. 원고에게 2002년 2기분 부가가치세 27,292,090원을 경정 ․ 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2005. 12. 15. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2006. 9. 25. 기각결정을 받았다. [인정근거] 갑 1호증, 갑 2호증의 1, 2, 갑 3호증의 1 내지 5, 을 1, 2호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 소위 회사로부터 이 사건 세금계산서 기재와 같이 원자재(chip)를 매입하여 그 대금으로 2002. 10. 13. 60,000,000원, 2002. 12. 11. 50,000,000원 같은 날 60,000,000원등 합계 170,000,000원을 소외 회사의 계좌로 무통장입금 하였고, 나머지 6,018,000원은 2002. 10. 16. 직접 현금으로 지급하였으며, 그러한 입출금내역을 장부에 정확히 기재하였음에도 단지 원고와 거래한 소외 회사가 자료상으로 처벌받았다는 등의 이유로 이 사건 세금계산서가 허위라고 단정하고 한 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조(납부세액)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서 합계표를 제출 하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서 합계표의 기재사 항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였 거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외 된다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기 재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였 거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매 입세액은 제외한다.

• 다. 인정사실

(1) ○○세무서장은 소외 회사가 CPU ․ IC ․ 메모리 등 컴퓨터 관련 주변기기를 무자료로 매입하고 실거래처와 다른 매입세금계산서나 가공의 매입세금계산서를 수취한 후, 이들 물품을 용산전자상가 등에서 현금거래 형태로 시중가격보다 낮게 판매하면서 실제 거래금액보다 세금계산서 금액을 과다발행하거나, 가공세금계산서를 발행하는 등의 방법으로 자료상 행위를 한 것으로 판단하여 소외 회사의 대표이사인 이○○(대표이사 기간: 2001. 2. 15.~2002. 4. 11.)와 황○○(대표이사 기간: 2002. 4. 11.이후)을 검찰에 고발하고 거래상대방 관할세무서에 과세자료를 통보하였다.

(2) 소외 회사의 대표이사인 황○○은 ‘2002. 4. 11.부터 2003. 3. 27.까지 허위기재한 매출세금계산서 52장 공급가액 합계 1,612,756,816원 상당을 교부하였다’는 등의 조세법처벌법위반 범죄사실로 기소되어 2005. 12. 5. 서울중앙지방법원(2005고단5519)으로부터 징역 1년 및 벌금 20,000,000원에 집행유예 2년을 선고받아, 그 무렵 위 판결이 확정되었다. 그러나 ○○세무서장으로부터 허위세금계산서 발행으로 고발된 금액 중 상당부분은 실거래로 인정되어 황○○에 대한 공소사실에서 제외되었고, 이 사건 세금계산서 발행 부분도 황○○의 범죄사실에 포함되어 있지 않았으며, 황○○은 2004. 9. 17. 원고에게 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 실질거래임을 확인하는 내용의 확인서를 작성하여 주었다.

(3) 원고는 이 사건 세금계산서에 기재된 원자재 대금으로 2002. 10. 16. 60,000,000원, 2002. 12. 11. 50,000,000원, 같은 날 60,000,000원 등 합계 170,000,000원을 소외 회사의 은행계좌로 무통장입금하였고, 이러한 내용과 원고가 2002. 10. 16. 소외 회사에 현금으로 원자재 대금 6,018,700원을 지급하였다는 것은 원고가 작성한 ‘2002년 외상매입장’에 기재되어 있다.

(4) 황○○은 위와 같이 원고가 입금한 금원을 입금과 동시에 출금하여 주식회사 ○○프로페셔널에 60,000,000원, 주식회사 ○○철강에 50,000,000원, 주식회사 ○○앤드림에 72,000,000원을 지급하였으나, 위 각 회사 역시 자료상으로 고발된 업체이다. [인정근거] 갑 3, 4, 5호증의 각 1 내지 5, 갑 6호증의 1 내지 3, 갑 7호증의 1 내지 6, 갑 8호증, 갑 9호증의 1 내지 3, 을 3호증의 1, 2, 을 4호증의 1 내지 3, 을 5호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것이므로, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증 책임은 과세관청에 있다고 할 것이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거개 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 있어 원고에게 이 사건 세금계산서를 교부한 소외 회사가 자료상으로 고발된 업체이고, 소외 회사의 대표이사 황○○이 원고로부터 입금받은 금원을 자료상으로 고발된 업체에 각 송금한 사실은 인정되나, 한편 앞서의 인정사실에서 본 바와 같이, 이 사건 세금계산서는 황○○의 범죄사실에 포함되어 있지 않고, 소외 회사의 거래 내역 전체가 가공거래가 아니라 실지거래에 기초하여 세금계산서가 발행된 부분도 적지 않은 점, 원고는 소외 회사에 이 사건 세금계산서의 원자재 매입대금에 상응하는 170,000,000원을 송금하였고 이는 원고의 매입장부에도 기재되어 있으며, 황○○도 2004. 9. 17. 원고와의 거래가 가공거래가 아님을 확인하는 내용의 확인서를 작성하여 준 점에 비추어 볼 때, 앞서 본 소외 회사가 자료상으로 고발되었고, 황○○이 원고로부터 입금받은 금원을 자료상으로 고발된 업체에 송금하는 등 의심스러운 점이 있다는 등의 사정만으로 이 사건 세금계산서의 내용과 상대방 등이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다고 볼 수 없어, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 여전히 피고에게 있다고 할 것인데, 앞서 본 사정만으로 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 않은 허위의 세금계산서라고 단정할 수 없고, 달리 이 사건 세금계산서가 가공의 세금계산서임을 추정할 아무런 자료가 없다.

(3) 따라서, 이와 전제를 달리하여 이 사건 세금계산서가 허위임을 이유로 한 이 사건 부과처분은 위법하고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

그렇다면, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.