소득금액 계산 방법과 관련한 사유들이 부과처분의 당연무효사유가 될 수 있는지 여부

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 피고가 2005. 3. 3. 원고에게 한 1998년 제2기분 부가가치세 13,472,720원, 1999년 제1기분 부가가치세 23,392,270원, 1999년 제2기분 부가가치세 22,338,810원, 2000년 제1기분 부가가치세 21,395,720원, 2000년 제2기분 부가가치세 17,035,220원, 2001년 제1기분 부가가치세 22,926,180원, 2001년 제2기분 부가가치세 27,338,180원, 2002년 제1기분 22,247,990원, 2002년 제2기분 부가가치세 21,043,630원, 2003년 제1기분 부가가치세 21,195,560원, 1998사업연도 법인세 106,860원, 1999사업연도 법인세 8,297,380원, 2000사업연도 법인세 3,391,880원, 2001사업연도 법인세 197,940원, 2002사업연도 법인세 188,760원, 2003사업연도 법인세 136,990원의 각 부과처분은 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 1989. 8. 23. ○○의료원과 사이에 ○○의료원이 운영하여 오던 ○○의료원 내 구내식당의 운영권을 원고가 인수하는 내용의 운영협정을 체결하고, 1999.경부터 구내식당 중 종합관은 직영으로, 일반관은 위탁경영의 방법으로 운영하여 왔다.
• 나. 그런데 원고가 직영으로 운영하던 종합관의 적자가 누적되자 1996. 7.경 운영위원회의 결의를 거쳐 종합관은 제3자에게 위탁경영하기로 결정한 후, 유○○에게 1996. 10.부터 2001. 3.까지는 월 1,900만 원, 2001. 4.부터 2002. 12.까지는 월 2,400만 원, 2003. 1.부터 2003. 5.까지는 월 4,860만 원의 대가를 받고 종합관의 원영권을 위탁하되, 식당에 대한 세금과 근로자들의 튀직금, 산재․고용․의료보험 및 국민연금은 원고가 부담하기로 약정하였다.
• 다. 피고는 원고가 유○○에게 식당운영권을 임대하여 그 대가를 수수하고도 관련세금을 신고하지 않을 것으로 조사하여, 2005. 3. 3. 원고에 대하여 1998년 제2기분 부가가치세 13,472,720원, 1999년 제1기분 부가가치세 23,392,270원, 1999년 제2기분 부가가치세 22,338,810원, 2000년 제1기분 부가가치세 21,395,720원, 2000년 제2기분 부가가치세 17,035,220원, 2001년 제1기분 부가가치세 22,926,180원, 2001년 제2기분 부가가치세 27,338,180원, 2002년 제1기분 22,247,990원, 2002년 제2기분 부가가치세 21,043,630원, 2003년 제1기분 부가가치세 21,195,560원의 각 부가가치세 및 1998사업연도 법인세 49,356,820원, 1999사업연도 법인세 53,199,840원, 2000사업연도 42,526,080원, 2001사업연도 64,185,550원, 2002사업연도 53,095,020원, 2003사업연도 25,019,490원의 각 법인세를 부과․고지하였다.
• 라. 이에 원고는 국세청장에게 2005. 4. 11. 위 각 법인세 및 부가가치세 부과처분에 대하여 심사청구를 하였고, 국세청장은 2005. 8. 30. 원고의 과세소득금액을 계산함에 있어 추계조사방법으로 결정한 위 각 법인세 부과처분은 사실관계 확인을 소홀히 한 잘못이 있으므로, 금전출납부 등 장부 및 증빙, 기타 노동조합회의 자료 등 관계서류에 의하여 이를 실지조사방법으로 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 위 각 부가가치세부과처분에 대한 청구는 기각한다는 결정을 하였다.
• 마. 피고는 국세청장의 위 결정에 따라 2005. 10. 6.부터 2005. 11. 2.까지 재조사를 실시한 결과 2005. 11. 7. 1998사업연도 법인세를 106,860원으로, 1999사업연도 법인세를 8,297,380원으로, 2000사업연도 법인세를 3,391,880원으로, 2001사업연도 법인세를 197,940원으로, 2002사업연도 법인세를 188,760원으로, 2003사업연도 법인세를 136,990원으로 각 감액 경정하였다(이하 위 각 법인세 부과처분 중 감액 경정되고 남은 부분 및 위 각 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 〔인정 근거〕다툼 없는 사실, 갑1~5호증, 을1호증의 1~10, 을2호증의 1~6, 을3호증, 을4호증의 1~6, 을5호증의 1~6의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 (1)원고의 주장 원꼬가 유○○으로부터 수수한 위탁금은 부가가치세를 창출하는 용역의 대가가 아니고, 구내식당 직원들의 퇴직금, 4대보험, 관련세금 등에 충당되어 원고에게 아무런 소득이 발생한 바 없으므로 부가가치세 및 법인세의 과세대상이 될 수 없다. 이 사건 각 처분은 과세대상을 그르친 위법이 있고, 그 하자가 중대하고 명백하여 무효이므로 그 확인을 구한다. (1)피고의 주장 이에 대하여 피고는, 원고의 이 사건 소는 이 사건 각 처분에 대한 국세심사청구 결정을 송달받은 날로부터 90일을 도과하여 제기되었으므로 부적법하다고 본안전 항변을 한다.
• 나. 판단

(1) 본안전 항변에 관한 판단 먼저, 피고의 본안전 항변에 관하여 살피건대, 원고가 제기한 이 사건 소는 90일의 제소기간 제한을 받은 취소소송이 아니라 제소기간에 대하여 아무런 제한이 없는 무효 확인 소송인 점에서 피고의 항변은 이유 없다..

(2) 본안에 관한 판단 (가) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별함에 있어서는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고 명백하다고 할 것이나 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그 것이 과세대상이 되는 지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 위와 같이 과세요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고는 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 2001. 7. 10. 선고 2000다24986판결 등 참조). (나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 유○○에게 구내식당을 위탁, 운영하기로 하고 그 대가로 임료를 지급받은 이상 이는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당한다 할 것이고 원고가 주장하는 바와 같은 사정, 즉 원고가 부담한 직원들에 대한 퇴직금, 4대보험비용 및 관련세금 등의 비용이 과세표준에서 제외되어야 하는 지 여부, 원고의 소득금액 계산 방법과 관련한 사유들은 이 사건 각 처분의 취소사유가 될 수 있을 뿐 당연무효사유가 될 수는 없다 할 것이다.

그렇다면, 이 사건 각 처분의 무효 확인을 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.