사실과 다른 세금계산서인지 여부

1. 피고가 2006. 4. 10. 원고에 대하여 한 2003년 제1기분 부가가치세 3,819,290원 및 제2기분 부가가치세 5,190,330원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다(다만, 청구취지 기재 처분일자 ‘2006. 4. 15.’은 ‘2006. 4. 10.’의 오기로 보인다).

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1,2호증의 각 1,2, 을1호증의 1, 2, 4, 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2003. 5.경부터 ○○ ○○구 ○○동 ○○○ 소재 ○○○○ ○○○ 지상 2층에 ‘○○○’라는 상호의 사업장을 두고 준보석을 판매하는 사업자이고, 주식회사 ○○골드(이하 ‘○○골드’라고 한다)는 ○○ ○○구 ○○동 ○○○ 소재 ○○상가내에서 지금도매업을 영위하는 법인이다.
• 나. 원고는 2003. 제1기 부가가치세 과세기간 중에 ○○골드로부터 수취한 세금계산서 3장의 공급가액 합계 25,513,000원을 매입세액으로, 제2기 부가가치세 과세기간 중에 ○○골드로부터 수취한 세금계산서 6장의 공급가액 합계 35,999,000원을 매입세액으로 각 공제하여 부가가치세 신고를 하였다(이하 위 각 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다).
• 다. 피고는 2006. 4. 10. 원고에게 이 사건 세금계산서가 가공거래에 의한 것이라는 이유로 매입세액 공제를 부인하여 2003. 제1기분 부가가치세 3,819,290원 및 제2기분 부가가치세 5,190,330원을 각 경정ㆍ고지하였고(이하 위 각 경정ㆍ고지를 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다), 이 사건 부과처분은 2006. 4. 15. 원고에게 도달하였다.
• 라. 원고는 2006. 7. 11. 이 사건 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2006. 9. 21. 기각되었다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는 ○○골드로부터 지금을 매입하고 그 대금을 모두 지급한 후 이 사건 세금계산서를 교부받았으므로 이 사건 세금계산서는 정상거래에 의한 것임이 명백하고, 따라서 실물 거래 없이 가공거래에 의하여 이 사건 세금계산서를 수취하였음을 전제로 하는 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 제2항 1의2호, 제21조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ‘매출세액’이라고 한다)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입에 대한 세액(이하 ‘매입세액’이라고 한다)을 공제한 금액으로 하되, 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 관할 과세관청은 사업자의 부가가치세 확정신고의 내용에 오류가 있는 경우 등에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 조사하여 경정한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 내용 및 체계에 비추어 볼 때, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 과세관청인 피고에게 있다고 봄이 상당하므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이다. 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 을1호증의 3, 을2호증의 1 내지 3, 을3 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○세무서장은 2004, 12.경 ○○골드가 실물거래 없이 허위세금계산서를 수취하거나 발행하는 등 자료상 행위를 하였다는 협의로 ○○골드와 ○○골드 대표이사 ○○○을 종로경찰서에 고발하였고, 2006. 3.경 원고가 ○○골드와 실질거래를 하였다는 점을 소명할 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있다는 이유로 관할세무서장인 피고로 하여금 원고에 대하여 부가가치세를 경정 고지하도록 그 내용을 통보한 사실을 인정할 수 있고, 원고가 ○○골드에게 지금대금 전액을 보관하고 있던 현금으로 지급하였을 뿐 예금된 돈을 인출하여 지급한 일이 없다는 원고의 주장은 받아들이기 쉽지 않은 점이 있다. 그러나, 갑3호증, 갑6호증의 10내지 18, 갑7호증, 갑11호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 서울중앙지방검찰청은 2005. 12. 23. ○○세무서장이 위와 같이 고발한 ○○골드와 ○○○에 대한 조세범처벌법위반 피의사건에 관하여 각 ‘혐의없음(증거 불충분)’ 결정을 한 사실, 원고가 입금표(갑6호증의 10 재지 18), 거래사실확인서(갑7호증), ○○골드의 현금출납장 및 매입매출장(갑11호증의 1, 2)등 나름대로의 거래관련 자료를 제출하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 점에 비추어 볼 때, 앞서 본 사정만으로는 이 사건 세금계산서가 실물 거래 없는 허위의 거래에 의한 것임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 이 사건 세금계산서가 가공거래에 의한 허위의 것임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.