일부자료상과 거래한 매입세금계산서를 부인하고 과세한 부과처분의 당부

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 피고가 별지 부과처분 내역 기재 각 납부통지일에 원고들을 제2차 납세의무자로 지정하여 한 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 ○○(주식회사 ○○에서 2002. 12. 23. 주식회사 ○○로 상호가 변경되었고, 2003. 1. 14. 주식회사 ○○로 상호가 변경됨, 이하 ‘○○’라고 한다)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○빌딩 7층에서 소프트웨어개발 공급업 등을 영위하는 법인으로, ○○주식회사(이하 ‘○○’라 한다)로부터 수취한 2001년 제1기분 공급가액 82,473,000원 상당의 매입세금계산서와 2001년 제2기분 공급가액 11,556,000원 상당의 매입세금계산서 상의 각 매입세액을 공제하고, 그 매입액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고・납부하였다(이하 위 각 매입세금계산서를 총칭하여 “이 사건 매입세금계산서”라 한다).
• 나. 원고 안○○은 2000. 12. 15.부터 2001. 7. 1.까지 ○○가 발행한 주식 총수의 65%를 보유하고 있었다. 그리고 2001. 7. 2.부터 2002. 12. 23.까지의 기간 동안에는 원고 안○○의 형인 원고 안○○이 ○○가 발행한 주식 총수의 65%를 보유하고 있었고, 원고 안○○은 ○○ 발행주식 총수의 1%를, 원고 안○○의 배우자인 원고 정○○은 ○○ 발행주식 총수의 15%를 보유하고 있었다.
• 다. 피고는 이 사건 매입세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하고, 매입액을 손금불산입하여 ○○에 대하여 2005. 7. 14.에 2001년 제1기분 부가가치세 16,946,396원을, 2001년 제2기분 부가가치세 2,279,421원을 각 부과하였고, 2005. 9. 16.에 2001 사업연도 법인세 47,438,456원을 부과하였다.
• 라. ○○가 위 각 부가가치세와 법인세를 체납하자, 피고는 원고들을 ○○가 체납한 위 각 부가가치세와 법인세의 제2차납세의무자로 지정하고, 별지 부과처분 내역 기재와 같이 각 부가가치세와 법인세를 납부하도록 통지하였다(이하, 원고들에 대한 각 부가가치세 및 법인세 납부통지를 “이 사건 각 부과처분”이라 한다).
• 마. 원고들은 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2005. 12. 7. 국세심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. 7. 18. 원고들의 청구를 모두 기각하였다. [ 인정근거 ] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 4, 갑 2호증의 1, 2, 갑 3호증의 1 내지 4, 갑 4호증의 1, 2, 을 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고들의 주장

○○는 ○○로부터 이 사건 매입세금계산서상의 재화를 실제로 매입하였으므로 이 사건 매입세금계산서는 가공세금계산서가 아닌데도 불구하고 이 사건 매입세금계산서가 가공세금계산서임을 전제로 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) ○○는 소프트웨어개발 공급업 등을 영위하는 법인으로 1999. 8. 16. 개업하였다가 2003. 12. 31. 폐업하였다. 원고 안○○은 2000. 12. 15.부터 2001. 7. 1.까지 ○○의 대표이사로 재직하였고, 원고 안○○은 2001. 7. 2.부터 2002. 12. 23.까지 ○○의 대표이사로 재직하였다.

(2) 피고는 이 사건 매입세금계산서와는 관련 없이 2004. 5월경에 ○○에 대한 자료상 거래자료 처리과정에서 사업장이 무단으로 폐쇄되었음을 확인하고, 2004. 5. 31. 직권으로 사업자등록을 폐업시켰으며, 2004. 6. 12. ○○에 대하여 자료상으로부터의 수취한 공급가액 597,820,000원에 대한 매입세액을 불공제한 후 2003년 제1기분 부가가치세 83,509,470원을 부과하였다.

(3) ○○세무서는 2004. 10월경 ○○를 자료상 혐의로 조사하였고 그 결과, 2001. 2. 15.부터 2002. 4. 11.까지는 이○○가 ○○의 실질적인 대표자로서 일부는 실제로 영업활동을 하고, 일부는 자료상 행위를 하였으며, 2002. 4. 11. 이후부터는 황○○이 ○○의 실질적인 대표자로서 일부 소액현금 거래를 제외하고는 대부분 자료상 행위를 하였다고 보았다. 황○○은 조사받을 당시에 가공매출세금계산서 발행과 관련하여 거래 상대방으로부터 거래금액을 입금 받은 후 ○○ 명의로 된 출금전표를 거래 상대방에게 교부하여 해당 거래상대방이 다시 인출하여 갔다고 진술하였다.

(4) ○○세무서장은 위와 같은 조사결과를 토대로 ○○의 2001년도의 거래 내역 중 거래금액 5천만 원 이상의 거래의 경우 그 매입처로부터 거래대금 결재 근거서류 등을 제출받아 정상적인 거래인지 여부를 판단하기 위해 각 매입처를 관할하는 세무서에 그 자료를 통보하였고, 가공거래로 확정된 부분에 대하여는 조세범처벌법위반으로 이○○, 황○○ 등을 서울○○경찰서에 고발하였다.

(5) 피고는 2005. 5. 27. ○○의 대표자인 이○○ 에게 이 사건 매입세금계산서상의 거래가 정상적인 거래라는 점을 거래일시, 물품명세서, 물품인도자, 대금지급 및 수령과 방법, 대금지급에 대한 증빙(어음, 수표, 통장입금 사본 등) 자료를 통하여 밝혀달라는 내용의 ‘과세자료 해명 안내문’을 보냈으나, 이○○ 은 아무런 회신도 하지 않았다.

(6) 피고는 ○○ 사업장이 자료상 자료처리를 위한 조사 과정에서 무단으로 폐업하였음을 확인하고 직권으로 폐업시킨 사업장인 점, 그 대표자인 이○○ 으로부터 아무런 회신이 없는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 매입세금계산서는 실물거래가 없는 가공세금계산서라고 판단한 후 위 처분의 경위에서 본 바와 같이 ○○ 에 부가가치세 및 법인세를 경정・고지하였고, ○○ 가 이를 체납하자 원고들에게 이 사건 각 부과처분을 하였다.

(7) ○○ 세무서장이 서울 ○○ 경찰서에 고발한 위 (4)항 기재 사건과 관련하여 ○○ 검찰청은 2005. 9. 30. 김○○, 이○○, 김○○에 대하여는 각 혐의없음(증거불충분) 처분을 하였고, 이○○, 황○○에 대하여는 공소제기를 하였으며, ○○법원은 2005. 12. 5. 이○○에 대하여는 징역 1년에 집행유예 2년 및 벌금 9,000,000원을, 황○○에 대하여는 징역 1년에 집행유예 2년 및 벌금 20,000,000원을 각 선고하였고(2005고단5519호), 위 판결은 확정되었다. 다만, 위 판결의 범죄사실에 이 사건 매입세금계산서가 포함되어 있지는 않다.

(8) 원고들은 ○○ 가 이 사건 매입세금계산서와 관련하여 ○○ 로부터 DSP 등 소프트웨어 제품을 구입하고 그 대금을 지급한 것으로 기재된 “기간별 출납보고”서를 국세심판 절차에서 제출하였는데 위 서류는 ○○ 가 원래 보관하고 있던 서류가 아니라 재작성한 서류이다. 또한 원고들은 ○○ 가 ○○ 로부터 매수한 컴퓨터주변기기 제품들을 판매한 자료로 각 판매처에 대한 “기간별 거래보고”, “거래명세표” 및 “판매처의 확인서”등을 국세심판 절차에서 제출하였는데 판매한 제품에 대한 대금을 지급 받은 금융자료의 제시가 없고, 판매처로부터 확인 받은 판매금액의 합계가 38,420,000원으로 이 사건 매입세금계산서상의 공급가액 합계 94,029,000원과는 차이가 있다. [ 인정근거 ] 다툼 없는 사실, 갑 6호증의 5 내지 23, 37, 40, 41, 을 1, 2호증, 을 7 내지 9호증, 을 10호증의 1 내지 6, 을 11호증, 을 12호증의 1, 2, 을 13호증, 을 14호증의 1, 2, 을 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있은 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

(2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, ○○ 의 경우 2001년도에 발행한 매출세금계산서 중 일부는 실질거래이고, 이○○ 에 대한 형사사건에서 가공매출세금계산서로 확정된 세금계산서에 이 사건 매입세금계산서가 포함되어 있지 않은 사정을 감안하더라도, 위 인정사실에서 나타난 바와 같이 ○○ 가 이 사건 매입세금계산서를 발행한 2001년도에는 이○○ 가 ○○ 를 실질적으로 운영하면서 상당한 양의 매출세금계산서를 실물거래 없이 발행한 점, 이○○ 는 그로 인해 조세법처벌법위반죄로 처벌받은 점, 피고가 ○○ 의 대표자인 이○○ 에게 이 사건 매입세금계산서상의 거래가 실질 거래임을 입증할 수 있는 자료를 제출해 달라고 하였으나 아무런 회신도 없었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 매입세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 점에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 입증이 있다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 매입세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고처분의 위법성을 다투는 원고들로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장과 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다. 그러나 위 인정사실에서 본 바와 같이 ○○ 는 가공매출계산서의 공급가액에 상당하는 금액을 거래 상대방으로부터 입금 받은 후 거래처가 그 금액을 찾아 갈 수 있도록 거래처에 출금전표를 건네주는 형식으로 자료상 거래를 하였고, 일반적으로 자료상과 거래를 하는 경우 실제 거래로 위장하기 위해 그 대금을 송금하는 점에 비추어 보면, ○○ 가 이 사건 매입세금계산서상의 거래금액을 ○○ 에게 송금하였다는 사실만으로는 이 사건 매입세금계산서상의 거래를 실제로 하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 매입세금계산서를 허위의 매입세금계산서로 보고 ○○ 에 대하여 한 각 부가가치세 및 법인세 부과처분은 적법하고, 그에 기초하여 과점주주인 원고들에게 한 이 사건 각 부과처분도 적법하다.

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 부과처분 내역 (단위 원) 구 분 세 목 과세기간 납부통지일 계 본 세 가산금 원고 안○○ 부가세 2001.2기 1,543,830 1,481,620 62,210 2005.9.5. 법인세 2001귀속 32,130,040 30,834,990 1,295,050 2005.11.9. 소 계 33,673,870 32,316,610 1,357,260 원고 안

○○ 부가세 2001.1기 11,477,770 11,015,150 462,620 2005.9.5. 원고 정

○○ 부가세 2001.2기 356,260 341,910 14,350 2005.9.5. 법인세 2001귀속 7,414,610 7,115,760 298,850 2005.11.9. 소 계 7,770,870 7,457,670 313,200 합 계 52,922,510 50,789,430 2,133,080 관계법령 국세기본법(2003. 12. 30.법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】

① 법인(주식을 한국증권선물거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 과점주주중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

• 가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
• 나. 명예회장·회장·사장·부사장·전무·상무·이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
• 다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속

② 제1항제2호에서 "과점주주"라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51이상인 자들을 말한다. 국세기본법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것) 제20조 【친족 기타 특수관계인의 범위】 법 제39조 제2항에서 "대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.

1. 6촌이내의 부계혈족과 4촌이내의 부계혈족의 처

5. 배우자. 끝.