주식매입선택권의 과세특례 적용 요건

원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고 ㅇㅇ세무서장이 2005. 9. 1. 원고에게 고지한 2002년 귀속 종합소득세 174,444,500원의 부과처분, 피고 서울특별시 ㅇㅇ구청장이 같은 날 원고에게 고지한 2002년 귀속 주민세 17,444,450원의 부과처분을 모두 취소한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2 내지 4호증, 을 제1호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 1998. 6. 10. 코스닥 등록법인이자 벤처기업인 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’라 한다)에 입사하여 근무하던 중, ○○○가 1999. 2. 26. 원고에게 주식매입선택권을 부여하기로 결의함에 따라 1999. 2. 27. 20,000주에 대한 주식매입선택권(매입가액 2,000원, 당시 1주당 시가 1,756원)을 부여받은 후 1999. 6. 9. 퇴직하였다.
• 나. (1) 그런데 원고와 ○○○는 주식매입선택권 부여 계약을 체결하면서 주식매입선택권의 행사가격(매입가격)은 1주당 2,000원으로 정하되(계약서 제9조) 주식매입선택권 부여 이후에 유․무상 증자, 주식 배당, 전환사채, 신주인수권부사채의 발행, 주식분할․합병․액면분할 등을 실시하여 주식가치의 희석화가 이루어지는 경우에는 행사가격 및 부여량을 조정할 수 있도록 하고, 행사가격 및 부여수량의 조정에 대해서도 규정을 두었다(계약서 제5조)

(2) ○○○는 유․무상 증자, 전환사채, 신주인수권부사채의 발행, 액면분할 등으로 주식가치가 희석되자 1999. 7. 3. 및 1999. 10. 8. 이사회 결의를 거쳐 행사가격을 1,420원으로 조정하였다.

(3) 그리하여 원고는 2002. 2. 27. 주식매입선택권 부여 계약에 따라 주식매입선택권을 행사하여(매입가액 1,420원, 당시 시가 49,250원) 2002. 3. 8. ○○○로부터 그 주식을 교부받았다.

• 다. ○○○는 원고의 주식매입선택권 행사이익에 대하여 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하‘법’이라 한다) 제15조 제1항, 제2항 제4조의 과세특례규정을 적용하여 원천징수를 하지 아니하였다.
• 라. ○○○에 대한 관할 세무서장은 ○○○에 대한 세무조사과정에서 원고가 얻은 주식매입선택권 행사이익이 주식매입선택권에 대한 과세특례 적용을 받을 수 없는 것으로 보아 2005. 1. 14. ○○○에게 원고의 기타 소득에 대한 원천세 203,192,000원을 부과하는 처분을 하였다.
• 마. 한편, 원고는 2002년에 주식회사 ××××내셔날에 근무하면서 위 회사로부터 근로소득금을 지급받았다.
• 바. 피고 ○○세무서장은 ○○○의 관할세무서장으로부터 원고에 대한 2002년 귀속 기타소득 자료를 통보받고 위 기타 소득과 원고가 2002년에 주식회사 ××××내셔날에서 지급받은 근로소득을 합산하여 2005. 9. 1. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 174,444,500원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)을 하였다.
• 사. 피고 서울특별시 ○○구청장은 2005. 9. 1. 이 사건 제1처분의 종합소득세 금액을 과세표준으로 하여 지방세법 제176조 제2항 의 세율을 적용하여 산출한 소득세할 주민세 17,444,450원을 원고에게 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 원고의 주장 법 제15조서 주식매입선택권에 대한 과세특례가 적용되기 위한요건으로 주식매입선택권의 매입가액이 법 시행령에 정하는 가액 이상일 것을 규정하고 있는 취지는 단지 주주총회 결의 당시 도는 종업원 등과의 약정 당시의 시점에서 행사가액이 법 시행령에서 정한 가액 이상이면 된다는 것이지 주식매입선택권을 부여한 후 당해 법인에 유상 또는 무상 증자 등 주식의 실질가치에 변동을 초래하는 사정이 발생한 경우 등 그와 다른 시점의 가액을 반영하여 당초의 행사가액을 변경할 때도 그 가액이 법 시행령에서 정한 가액을 초과하여야 한다는 것은 아니므로, 휴맥스가 원고에게 주식매입선택권을 부여할 당시의 매입가액인 2,000원이 법 시행령에서 정한 가액인 1,756원보다 높은 가액임이 분명한 이상 과세특례 요건을 총족하였다고 보아야 함에도 그 후 휴맥스가 액면분할과 관련하여 주식매입선택권을 행사하였다는 등의 이유로 과세특례 요건을 갖추지 못하였다고 보고 한 이 사건 제1처분은 위법하고, 나아가 이 사건 제1처분에 터잡은 이 사건 제2처분 또한 위법하므로 각 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) (가) 법 제15조 제1항은 ‘창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 ‘창업법인 등’이라 한다)의 종업원이 주식매입선택권을 2003년 12월 31일까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(그 주식의 실제 매입가액과 시가와의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함하는 것으로 한다)은 이를 근로소득․사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니한다‘고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ’제1항의 규정에 의한 주식매입선택권은 창업법인 등이 당해 주식매입선택권을 부여하기 전에 주식매입선택권의 수량․매입가액․대상자 및 기간 등을 고려하여 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원 등과 약정한 것일 것(제1호)의 규정에 의한 주식의 매입가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것(제2호), 주식매입선택권을 부여받은 날부터 3년이 경과한 후에 주식매입선택권을 행사하는 것이어야 하되, 다만 창업법인 등의 종업원이 주식매입선택권을 부여받은 날부터 3년이 경과한 후에 퇴직한 경우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것일 것(제4호) 등의 요건을 갖춘 것에 한한다‘고 규정하고 있으며, 법 시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것) 제13조 제10항은 ’주식매입선택권을 행사한 종업원은 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 1월분 근로소득을 지급받는 날(퇴직 후 주식매입선택권을 행사한 경우에는 퇴직일부터 4월이 되는 날을 말한다)까지 재정경제부령이 정하는 소득세감면신청서를 원천징수의무자(법 제15조 제1항의 규정에 의한 창업법인등을 말한다)에게 제출하여야 한다‘고 규정하고 있다. (나) 위와 같은 관계 법령의 규정 문언과 그 취지, 그리고 조세법률주의의 원칙상 과세요건사실이거나 비과세요건사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확정해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점(대법원 1984.6.26. 선고 83누680판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 법에 규정된 주식매입선택권에 대한 과세특례가 적용되기 위해서는 창업법인 등의 종업원이 주식매입선택권을 부여받은 후 3년이 경과한 후에 이를 행사할 때까지 원칙적으로 창업법인 등에 근무하고 있어야 하고, 다만 주식매입선택권을 부여받은 날부터 3년이 경과한 후에 퇴직한 경우에는 그로부터 3개월 이내에 주식매입선택권을 행사하는 경우에 한하여 과세특례가 적용되는 것이라 봄이 상당한바, 만일 이와 같이 보지 않고 창업법인 등의 종업원이 3년 이내에 퇴직한 경우에도 위와 같은 과세특례가 적용된다고 보면 법 제15조 제2항 제4호 단서의 반대해석상 그 행사시기에 있어 아무런 제한을 받지 않게 됨으로써 오히려 주식매입선택권을 부여 받은 날로부터 3년이 경과한 후에 퇴직한 사람보다 광범위하게 과세특례의 혜택을 누리게 되는 불합리한 결과에 이르게 되고, 법 시행령 제13조 제10항의 규정도 아무런 의미를 찾을 수 없게 된다.

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 1998. 6. 10. ○○○에 입사하여 근무하던 중 1999. 2. 27. ○○○로부터 20,000주에 대한 주식매입선택권을 부여받고 1999. 6. 9. 퇴직하였다가 2002. 2. 27. 주식매입선택권 행사를 하였으므로 원고는 ○○○로부터 주식매입선택권을 부여받은 후 3년이 경과하기 이전에 퇴직함으로써 법 제15조 제2항 제4호에 규정된 주식매입선택권에 대한 과세특례 요건을 충족하지 못하였다고 할 것이어서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 각 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.