가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한, (1) 2005.7.1.자 부가가치세 2000년 제1기분 8,731,770원 2000년 제2기분 21,139,760원, 2002년 제2기분 3,825,430원 2003년 제2기분 1,665,200원의 각 부과처분, (2)2005.7.7자 2002 사업년도 법인세 8,182,990원의 부과처분, (3) 2006.7.1.자 2001 사업년도 법인세 13,292,062원의 부과처분 중 8,471,570원 부분, 2003 사업연도 법인세 10,046,445원의 부과처분, (4) 2006.12.1.자 2000사업연도 법인세 50,182,270원의 부과처분, (5) 2005.7.27자 2002년도 귀속분 24,046,000원, 2003년도 귀속분 12,540,000원, 2006. 12. 8.자 2000년도 귀속분 153,431,300원을 김○○에 대한 상여로 인정한 각 소득금액 변동통지처분을 각 취소한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 5호증, 제10, 28, 29, 32, 33호증, 을 제1 내지 15호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 철근콘크리트공사, 토공사 등을 목적으로 설립된 회사로서 ○○산업([사업자 등록명의자: 이○○)으로부터 2000.4.10.자 39,555,000원(부가가치세 제외, 이하 같음), 2000.8.31.자 65,007,080원, 2000.9.30.자 34,921,500원 상당의 각 매입세금계산서를 수취한 다음, 피고에게 위 각 세금계산서 상당 금액을 매입세액으로 공제하여 2000년 제1․2기분 부가가치세 신고를 마쳤고, 위 각 세금계산서 상당 금액 139,483,580원 중 87,350,580원을 2000 사업연도 손금으로 산입하고, 나머지 52,133,000원은 기말에 저장품 계정으로 대체한 수, 위 52,133,000원 중 15,641,000원 및 16,458,000원을 각 2001 및 2003 사업연도 손금으로 산입하는 방식으로 2000년, 2001년, 2003년 법인세 신고를 마쳤다.
• 나. 또한 원고는 ○○산업중기(사업자 등록 명의자: 장○○)로부터 2002.12.31.자 13,160,000원(부가가치세 제외, 이하 같음), 2003.9.30자 3,900,000원, 2003.10.31.자 2,100,000원, 2003.11.30.자 1,800,000원, 2003.12.31.자 3,600,000원 상당의 세금계산서를 수취한 다음, 피고에게 위 각 세금계산서 상당 금액을 매입세액으로 공제하여 2002년 제2기, 2003년 제2기 부가가치세 신고를 하고, 위 금원을 2002 사업연도 및 2003 사업연도 손금으로 산입하여 법인세 신고를 하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는 원고와 ○○산업 및 ○○산업중기 사이의 거래 등을 모두 가공의 거래로 판단한 다음 원고에게,

(1) 2005.7.1. 2000년 제1기분 부가가치세 8,731,770원, 2000년 제2기분 부가가치세 21,139,760원, 2002년 제2기분 부가가치세 3,826,430원, 2003년 제2기분 부가가치세 1,665,200원을 부과하였고,

(2) 2005.7.7. 2000 사업연도 법인세 101,405,310원, 2001 사업연도 법인세 90,000원, 2002 사업연도 법인세 8,182,990원, 2003 사업연도 법인세 3,886,260원을 부과하였고,

(3) 2005.7.27. 2000년도 귀속분 153,431,300원, 2002년도 귀속분 24,046,000원, 2003년도 귀속분 12,540,000원을 원고의 대표이사인 김○○에 대한 상여로 인정한다는 내용의 소득금액변동통지를 하였다.

• 라. 이에 원고는 피고의 위 처분에 불복하여 2005.10.4. 국세심판원에 심판청구를 하였는바, 국세심판원은 2006.6.16. 원고가 ○○산업으로부터 매입한 유로폼 등 139,483,580원 중 2000 사업연도는 52,133,000원을 손금산입하고 △유보로 처분하며, 2001 및 2003 사업연도는 15,641,000원 및 16,458,000원을 각각 손금불산입하고 유보로 처분하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다는 취지의 결정을 하였다.
• 마. 위 심판결정 후 피고는 원고에게,

(1) 2006.6.29. 2000사업연도 법인세를 101,405,310원에서 44,003,730원으로 감액 경정하고, 2000년도 김○○에 대한 상여처분으로 인한 소득금액 153,431,300원 중 57,346,300원을 감액한다는 소득금액변동통지를 하고,

(2) 2006.7.1. 2001 사업연도 법인세 세액을 13,292,062원으로 하여 8,471,570원을 추가로 납부고지 하고, 2003 사업연도 법인세 세액을 10,046,445원으로 하여 6,160,170원을 추가로 납부고지 하였다.

• 바. 현편, 원고는 피고의 위 2006.7.1.자 2000 사업연도 법인세 결정에 대하여 당초 법인세 신고 시 손금으로 산입된 부분이 누락되었다는 등의 이유로 피고에게 고충시정을 요구하였고, 이에 피고는 2006.7.경 2000 사업연도 법인세 22,484,460원을 직권으로 감액한다는 결정을 하였다가. 다시 2006.12.1. 손금불산입 항목이 누락된 사실이 발견되었다면서 원고에게 2000 사업연도 법인세 세액을 50,182,264원으로 하여 28,663,000원을 추가로 납부고지 하였고, 2006.12.8. 원고에게 위 2006.6.29.자 2000년도 김○○에 대한 상여처분으로 인한 소득금액 153,431,300원 중 57,346,300원을 감액한다는 소득금액변동통지를 취소한다는 통지를 하였다.

원고는 ○○건설 주식회사로부터 ○○○ 분기 전력구 공사 중 철근콘크리트공사를 하도급 받아 이를 시행하기 위하여 그 필수 자재인 유로폼, 단관파이프, 프레타이를 ○○산업으로부터 매수하였고, 그에 따라 ○○산업의 사업자등록 명의자인 이○○에게 매수대금을 계좌송금 하였다. 또한, 원고는 ○○종합건설 주식회사로부터 검단 2지구 토지구힉정리사업 기반시설 조성공사 중 토지조성공사를 하도급 받아 이를 시행하기 위하여 ○○산업중기로부터 덤프트럭 토사운반 용역을 제공받고 은행도 어음을 교부하는 방법으로 장비사용료를 지급하였다. 위와 같이 원고와 ○○산업 및 ○○산업중기 사이의 거래는 실물거래임에도 불구하고 피고가 이를 가공거래로 판단하고 위와 같이 부가가치세 및 법인세 부과처분을 한 것은 위법하고, 가사 ○○산업의 실제 대표자가 사업자등록 명의자인 이○○이 아니라하여도 원고는 그와 같은 사정을 알지 못하였고, 나아가 그마저 받아들여지지 아니하고 위장거래로 인정된다 하여도 원고가 ○○산업을 통하여 위와 같이 자재를 구입한 이상 최소한 법인세액을 산정함에 있어서는 실제 지출한 자재구입비 상당액이 손금으로 산입되어야 한다.

• 가. 원고와 ○○산업 사이의 거래에 관한 판단 을 제16 내지 22, 24, 32호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 ○○산업의 개업과 폐업 시점, ○○산업의 사업장 이전 경위와 최후 사업장 현황, ○○산업의 명의상 대표자인 이○○과 민○○과의 관계, 이○○과 민○○의 체납결손액 이력 내역 및 그에 대한 고발경위 등에 비추어 보면 원고는 ○○산업으로부터 실물 거래없이 위1.의 가.항 기재 세금계산서를 수취한 것으로 인정할 수 있고, 이에 반하는 을 제23, 25, 26호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재는 믿지 아니하고, 갑 제11 내지 14호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재, 갑 제8호증의 1, 2의 각 영상만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.
• 나. 원고와 ○○산업중기 사이의 거래에 관한 판단 을 제27 내지 32, 35호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 장병기의 일부증언(뒤에서 배척하는 부분 제외)에 변론전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 ○○산업 중기의 규모와 전체 세금계산서 발행 내역, 세금계산서 발행 이후 대금지급방식으로 이루어진 어음의 발행 경위 및 부가가치세 명목의 별도 금원이 송금된 경위, ○○산업중기의 원고이외의 다른 업체에 대한 가공세금계산서 발행사실 등에 비추어 보면 원고는 ○○산업 중기로부터 실물거래 없이 위1.의 나.항 기재 세금계산서를 수취한 것으로 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제31호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 장 ○○의 일부 증언은 믿지 아니하고, 갑 제17 내지 26호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

그렇다면, 피고가 원고와 ○○산업 및 ○○산업중기와 사이의 세금계산서에 의한 매입세액 공제와 손금 산입을 부인하고 이 사건 처분을 한 것은 적법하다고 할 것이므로 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.