과세기간이 경과한 후에 작성한 매입세금계산서의 매입세액 공제 여부

1. 원고의 청구를 기각한다. 2, 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005. 8, 19. 원고에게 한 2003년 제1기 귀속 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 6. 12. 시공사인 ○○건설 주식회사('○○건설')와 ○○시 ○○동 ○○번지에 있는 ○○상가건물("이 사건 건물")에 대해 도급금액 3,501,300,000원(공급대가), 착공일 2002. 6. 12. 완공예정일 2002, 12. 20.로 정하여 도급계약을 체결했으나, 공사 지연으로 인하여 2003. 3. 31.에 이르러서야 이 사건 건물이 준공되었다.
• 나. 원고는 ○○건설로부터 아래와 같이 2003. 2기의 당초 매입세금계산서를 교부 받아 2003. 10. 25. 2003사업년도 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 당초 매입세금계산서 매입세액의 합계인 220,830,000원{=(1,200,000,000원+ 700,000,000원 +308,300,000원)× 10%}을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고했다. (매입 세금계산서 수취내역) (단위:원) 당초 매입세금계산서 수정 매입세금계산서 작성일자 공급가액 세 액 작성일자 공급가액 세 액

2003. 8. 1 1,200,000,000 120,000,000 2003.5. 1 1,200,000,000 120,000,000

2003. 8. 1 700,000,000 70,000,000 2003.5. 1 700,000,000 70,000,000

2003. 9. 1 308,300,000 30,830,000 2003.6. 1 308,300,000 30,830,000 합 계 2,208,300,000 220,830,000 합 계 2,208,300,000 220,830,000

• 다. ○○지방국세청은 2005. 1.경 원고에 대하여 세무조사를 실시하여 이 사건 건물 준공일이 2003, 3. 31.임을 확인하고, 이 사건 건물의 준공으로 ○○건설의 원고에 대한 건설용역의 공급이 완료된 것으로 보아, 2005. 2.경 피고에게 당초 세금계산서는 세금계산서의 필수 기재 사항인 작성연월일이 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 2003년 제2기분 부가가치세 매입세액의 공제대상이 아니라는 내용의 과세자료를 통보했다.
• 라. 피고가 2005. 5, 18. 원고에게 자료소명 안내문을 발송하자, 원고는 ○○건설로부터 당초 매입세금계산서의 작성연월일(공급일)을 2003. 1.기로 한 위 수정 매입세금 계산서를 교부받아 2005, 6 17.에 2003, 1기 부가가치세 경정을 청구했으나, 피고는 수정 매입세금계산서가 세무조사 이후 당초 매입세금계산서의 기재 내용 중 작성일자만을 수정하여 소급작성된 것에 불과하여 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 2005. 8. 19. 원고의 경정청구를 거부하는 "이 사건 처분"을 했다. [인정근거] 갑 1-3호증, 갑 5호증의 1-3, 갑 6~8호증, 갑 9호증의 I~3, 갑 10호증의 각기재

• 가. 원고의 주장 (1) 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2, 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호, 제3호("이 사건 쟁점조항")에 의하면 세금계산서가 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부되었으나 아직 과세기간을 경과하지 않은 경우를 매입세액 공제대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 쟁점조항을 문언대로 해석하여 재화 또는 용역을 공급받은 사람이 세금계산서를 교부받지 못한 상태로 과세기간이 경과했지만 과세기간 경과 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 기재한 세금계산서를 교부받아 경정청구를 한 경우, 실제거래사실이 명백하게 입증되더라도 이를 매입세액 공제대상에서 제외한다면 이는 조세 법률주의와 실질과세의 원칙에 위반하여 국민의 재산권을 침해하므로 헌법에 위반될 소지가 있고, 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 것에 대하여 아무런 귀책사유가 없는 경우까지 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 공제하지 않는 것은 지나치게 가혹하며, 부가가치세가 과세되는 거래의 당사자 사이에 그 거래에 대한 다툼이 발생하거나 기타 사정으로 인하여 재화 또는 용역의 공급자가 세금계산서 교부를 거부하는 경우에 재화 또는 용역을 공급받는 자는 세금계산서의 교부를 강제할 수 있는 유효한 수단이 존재하지 않고, 부가가치세법 시행령 제54조 의 세금계산서 교부특례 는 과세기간이 경과한 경우에도 적용되어 과세기간이 경과한 후에 작성된 세금계산서라 하여 예외 없이 매입세액 공제를 부정해야 한다는 이 사건 쟁점조항의 해석과도 모순되므로, 재화 또는 용역을 공급받은 자가 세금계산서를 교부받기 위하여 가능한 모든 노력을 다했으나 귀책사유 없이 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못하다가 당해 공급시기가 지난 후에 비로소 세금계산서를 교부받았고, 그 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우에는 이 사건 쟁점조항의 규정에도 불구하고 여전히 그 매입세액은 공제되어야 한다고 해석함이 타당하다.

(2) 그런데 원고는 이 사건 건물 준공 후 ○○건설과 추가 공사대금의 부담에 대해 합의한 후 ○○건설에 세금계산서의 교부를 청구했으나, ○○건설의 귀책사유로 인하여 당초 매입세금계산서 및 수정 매입세금계산서가 괴세기간을 경과하여 발행되었으므로 원고에게 귀책사유가 있다고 할 수 없고, 당초 매입세금계산서와 수정 매입세금계산서에 의하여 실제 거래사실 또한 확인되므로, 수정 매입세금계산서 매입세액은 2003년 제1기 부가가치세 매출세액에서 공제되어야 한다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는"세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 '작정연월일'이 사실과 다르게 기재된 경우"라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제3호의 규정에 따라 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한해 매입세액이 공제되어야 하는데, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이므로, 결국 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성했다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 안 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조) 따라서 이 사건 쟁점조항을 귀책사유 없이 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못하다가 당해 공급시기가 지난 후 세금계산서를 교부받았고, 그 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우에도 그 매입세액은 공제되는 것으로 해석해야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 피고의 이 사건 처분은 적법하고 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 않는다. 별지: 관계법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】

① (생략)

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③, ④ (생략)

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서'라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

② -⑤ (생략)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략) 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2.~5. (생략)

③ ~⑥(생략)

○ 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① (생략)

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다. [개정 94·12·31, 99·12·31]

1. 제7조제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조제1한의 규절에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산저의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항 으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우

③ ~ ⑥ 생략 끝