자료상으로부터 수취한 가공매입 세금계산서에 대한 대표자 상여처분의 적법여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005.03.15. 원고에 대하여 한 1998년 귀속 종합소득세 102,563,220원의 부과처분을 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. ○○주식회사 (이하 ‘○○’이라고 한다)는 통조림 등의 제조, 판매를 목적으로 1997.02.05. 설립된 법인으로, 원고는 1997.02.05.부터 1999.03.11.까지 ○○의 대표이사로 근무하였다.
• 나. ○○세무서장은 주식회사 ○○마트 (1999.07.16. 주식회사 ○○로 상호가 변경되었다. 이하 ○○마트라고 한다)를 상대로 세무조사를 실시한 결과 ○○마트가 세금계산서만 주고받는 이른바 자료상임을 확인하였고, 2001.12.경 ○○마트의 상대방 중의 하나인 원고의 거래금액인 1998년 제2기 200,901,000원, 1999년 제1기 230,190,000원이 가공자료에 기한 것이라고 피고에게 통보하였다.
• 다. 피고는 1998년 제2기 과세기간 중의 자료인 공급가액 200,901,000원의 세금계산서(이하 이 사건 세금계산서라고 한다)를 가공자료로 확정하여 매입세액 불공제한 후 2004.12.01. ○○마트에게 1998년 제2기 부가가치세 29,914,930원, 1999년 제1기 부가가치세 61,723,760원을 결정, 고지하였고, 1998년 사업연도 법인소득은 당시 대표이사인 원고에게 인정상여로 소득처분하였으나 추가신고를 하지 아니하자 2005.03.15. 원고에게 1998년 귀속 종합소득세 102,563,220원을 결정, 고지하였다(이하 이 사건 처분이라고 한다). [인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제4호증, 갑 제6호증의 1 내지 9, 을 제1,2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 실제 거래하던 업체는 상호 변경되기 전인 ○○마트였고, 상호가 변경된 ○○마트(○○○○○)가 1999년경부터 상습적으로 가공의 세금계산서를 발행한 것임에도 불구하고, 피고가 그 이전에 정상적으로 거래하던 ○○과 ○○마트 사이의 거래를 가공거래로 보고 이 사건 처분에 이른 것은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) ○○마트는 1996.02.01. 음․식료품 도매업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 법인 등기부상 설립시부터 1998.02.05.까지는 권○○이, 1998.02.06.부터 1998.03.28.까지는 김○○이, 1998.03.28.부터 1999.05.27.까지는 권○○이 대표이사로 등재되어 있었는데 1999년경 내분에 의하여 법인이 제출한 1999년 제2기 부가가치세 예정신고서와 법인이 명의를 도용당했다고 주장하는 부가가치세 신고서 2부 등 내용이 서로 다른 3건의 신고서가 ○○세무서에 접수되었다.

(2) 이에 대하여 ○○세무서장이 ○○마트를 상대로 세무조사를 실시한 결과 자료상임을 확인하고 ○○마트 및 그 대표이사 등을 검찰에 고발하였는데 ○○마트는 세무조사 기간 중인 1999.12.01. 폐업하였다.

(3) 한편 ○○세무서장은 2001.07.경 ○○의 지점에 대한 세무조사 결과 자료상임이 확인되자 위 지점과 그 경영주인 전○○을 검찰에 고발하였다.

(4) ○○이 2001.03.경 1999년 사업연도 법인소득에 대하여 법인세 신고를 하지 아니하자 피고는 2001.04.11. 1999년 사업연도 법인세 무신고자로 추계경정하여 법인세 31,485,690원을 부과, 고지하였고, 세금계산서 합계표 제출내역을 검토한바, 실물거래 없이 주식회사 ○○상사로부터 수취한 167,604,000원의 세금계산서는 가공자료로 확인되어 2001.07.02. ○○에게 1999년 제1기 부가가치세 27,026,140원 부과, 고지함과 동시에 원고에게 8,746,760원의, 김○○에게 26,746,430원의 종합소득세를 각 부과, 고지하였는데 원고는 이를 납부하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 원고가 주장하는 바와 같이 ○○과 ○○마트 사이에 이 사건 세금계산서 금액 상당의 실제 거래가 있었는지에 관하여 보건대, 이에 부합하는 듯한 갑 제5호증, 갑 제7호증의 1 내지 9, 갑 제8, 9호증의 각 기재와 증인 권○○의 증언은, ① 1998년도분 거래원장(갑 제2호증)상 외상매입금 결제가 매월말에 일괄하여 원단위까지 전액 현금으로 변제된 것으로 나타나는 점, ② 위 거래원장상 1998년 말 현재 외상매입금 미지급금이 없는 것으로 나타나는데 1999년에 전년도 미수금 5,000만원을 변제하였다고 주장하는 점(갑 제3호증, 증인 권○○의 증언), ③ 이 사건 세금계산서(갑 제6호증의 1 내지 9)는 1998년 총 거래분에 해당하는 것으로 그 일련번호가 연번호로 연결되어 있어 일시에 작성된 것으로 보이는 점, ④ 예금통장으로 입금된 5,000만원 외에 나머지 거래금액이 입금되거나 사용되었다는 자료가 없는 점, ⑤ 원고가 정상적으로 거래 하였다고 주장한 ○○마트의 대표이사인 권○○은 법인등기부상 가공거래가 있은 1999.05.27.까지 ○○마트를 경영하고 있었던 것으로 나타나는 점, ⑥ 그 밖에 ○○의 지점도 자료상으로 확인되어 지점과 함께 경영자가 검찰에 고발되었다는 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 이 사건 처분에 원고가 주장하는 위법이 있다고 할 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다. 관계법령

○ 구 법인세법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제66조【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 구 법인세법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내보류 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.

○ 구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 지정되기 전의 것) 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무자가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

○ 구 소득세법 (2002. 12. 18 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제20조【근로소득】

① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

• 다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액.