조사당시 작성한 확인서만으로 그 진위여부를 확인하지 아니하고 한 과세의 당부

원고들의 청구를 모두 기각한다. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 한,부가가치세 2000년 1기분 8,927,030원, 2기 분2,949,170원, 2001년 1기분 4,828,590원, 2가뷴 2,546,830원, 2003년 1기분 1,1024,750원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 임○○은 처인 송○○ 명의로 ‘○○물류’라는 상호로 사업자등록을 하고 ○○ ○○구 ○○동 ○○에 있는 지입회사에 차적을 두고 강원도에서 운수알선업 등을 영위하다가 2002. 12. 31. 폐업한 사업자이다. 원고는 1998. 4. 1.~2001. 2. 12. ○○○○운수‘라는 상호로, 2003. 7. 1. ~2004. 12. 31. ○○운수라는 상호로 사업자등록을 하고 지입차주로서 화물운수업 등을 하였으나 2001. 2. 13. ~2003. 6. 30. 사이에는 아무런 사업자등록을 하지 아니하였다.
• 나. ○○세무서장은 ○○물류가 김○○, 이○○ 등에게 화물을 운송하여 준 바 없음에도 이에 관한 허위의 매출세금계산서를 발행한 것과 관련하여 세무조사를 하는 과정에서 임○○이 김○○ 등의 거래처 물량의 일부를 원고 등 12명의 지입차주들에게 소개하여 운송하도록 하였으나 차주들이 조세를 부담하지 않기 위하여 거래처에 대하여 매출세금계산서를 발행하지 않음에 따라 ○○물류가 김○○등 거래처에 대하여 직접 세금계산서를 발행한 것이라는 내용의 확인서를 작성함에 따라 원고가 김○○, 이○○에게 화물을 운송하여 주었음에도 불구하고 이에 관한 매출신고를 하지 않았다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 피고는 이에 따라 2005. 4. 1. 원고에 대하여 위와 같은 매출신고 누락분 2000년 1기분 43,430,000원,2기분 15,020,000원, 2001년 1기분 25,780,000원,2기분 14,3000,000원, 2003년 1기분 7,400,000원 합계 105.930,000원에 해당하는 청구취지 기재와 같은 부가가치세를 부과 ․ 고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다).
• 라. 원고가 이에 불복하여 2005. 6. 29. 피고에게 이의신청을 하였고 이에 대하여 피고는 2005. 7. 27. 원고의 주장이 이유 있는 것으로 판단되므로 실지거래여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하도록 한다는 취지의 결정을 하였고 (이하 이 사건 재조사결정이라 한다), 2005. 7. 29. 원고에게 그 결정서가 도달하였다.
• 마. 피고는 자신의 위와 같은 재조사결정에 따라 재조사한 결과 당초조사결과가 정당한 것으로 판단하고 2005. 10. 24. 원고에 대하여 그와 같은 취지의 재조사 결과를 통보하였다.
• 바. 이에 원고는 2005. 10. 28. 국세청에 심사청구를 제기하였는데, 국세청은 원고의 심사청구는 원고가 이 사건 재조사결정을 통보받은 2005. 7. 29. 로부터 심사청구기간인 90일을 도과하여 제기된 것으로서 부적법하다는 이유로 2005. 12. 29. 청구를 각하하는 결정을 하였다.
• 사. 이에 원고는 2006. 3. 20. 이 사건 소를 제기하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1의 1~5, 을 2.

• 가. 피고의 주장 원고의 피고에 대한 이 사건 처분의 이의신청에 관하여 비록 피고가 이 사건 재조사결정을 하고 그 재조사결과가 2005. 10. 24. 통보되기는 하였으나 재조사결정 자체만으로는 이 사건 처분이 취소 또는 경정된 것이 아니므로 원고로서는 피고로부터 이 사건 재조사결정을 통보받은 날인 2005. 7. 29. 로부터 90일이 이미 도과한 2005. 10. 28. 국세청에 심사청구를 하여 심사청구가 부적법 각하되어 원고는 전심절차를 거치치 않은 것과 마찬가지 이므로 결국 이 사건 소는 부적법하다.
• 나. 판단 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별도의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져 오는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부,제소기간의 준수여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 하고, 이러한 법리는 국세심판원이 심판청구를 일부 인용하면서 정당한 세액을 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 당해 행정청으로 하여금 구체적인 과세표준과 세액을 결정하도록 함에 따라 이루어진 감액경정결정의 경우에도 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 없는 한 마찬가지라 할 것이다(대법원 1999. 5. 28. 선고 99두1021 판결, 대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768판결, 대법원 1996. 7. 30. 선고 95누6328판결 등 참조). 이러한 법리에 비추어 살피건대, 원고가 이 사건 처분에 불복하여 2005. 6. 29. 피고에게 이의신청을 하였고 이에 대하여 피고는 2005. 7. 27. 이 사건 처분 전체에 관한 원고의 주장이 이유 있는 것으로 판단되므로 실지거래여부를 재조사하여 그결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하도록 한다는 취지의 이 사건 재조사결정을 하고 그 결정서가 2005. 7. 29. 원고에게 도달하기는 하였으나 재조사한 결과 당초조사결과가 정당한 것으로 판단하여 2005. 10. 24. 결국 원고의 이의신청을 기각하는 취지의 재조사결과를 통보한 점은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이의신청절차에서 부과처분의 일부가 취소 또는 경정될 것으로 예상되는 재조사결정을 한 경우에 잔존하게 되는 나머지 부분에 관하여 적법한 심사청구기간을 준수하였는지 여부를 재조사결정일을 기준으로 판단하여야 한다는 것과는 달리, 위와 같은 취지의 이 사건 재조사결정은 그 내용상 원고의 이의신청에 대하여 적어도 일부에 대하여 이의를 받아들인 결정이라고 볼 수 없고, 결국 피고가 재조사절차를 거친 이후 그 결과를 통보한 날인 2004. 10. 24. 원고의 이의신청을 종국적으로 기각하는 결정을 한 것이라고 볼 것이다. 따라서 이러한 경우 원고로서는 재조사결과를 통보받은 날을 기준으로 90일 이내에 국세청에 대하여 심사청구를 할 수 있다고 할 것이므로 2004. 10. 25. 제기된 원고의 심사청구는 위 기간 내 제기된 것이어서 적법함에도 불구하고 심판청구기간 도과를 이유로 한 국세청의 심사청구 각하결정은 결국 위법하다고 할 것이므로 피고의 위 주장은 이유 없다.

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 처분의 당해기간 동안에는 사업자등록을 하지 않았고 사업을 한 바 없어 ○○물류와 사이에 거래가 없었음에도 불구하고 피고는 ○○물류에 대한 세무조사 당시 임○○이 자신의 조세부담을 경갑하기 위하여 허위로 작성한 확인서만을 기초로 그 진위여부를 확인하지 아니한 채 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) 임○○은 2004. 6. 18. 위와 같은 세무조사를 받으면서 자신이 기록하여 관리 하여 오던 운행일지에 기초하여 실거래처인 원고 등 12명의 지입차주에 대한 운송 알선 내용을 월별로 기재한 명세서를 첨부하여 원고 등에게 운송을 알선하고 그 대금을 지급하였다는 취지의 확인서(을 5의 2,3)를 작성하였다.

(2) 임○○은 세무조사를 받은 이후인 2005. 6. 23. 원고에 대하여 위 확인서 중 원고에 관한 부분은 실수로 잘못 기재한 것이라는 내용의 확인서(갑 9의 2)를 작 성한 바 있고 다만 이 법원의 증인으로 출석하여 증언하면서 세무조사시 작성한 명세서는 임○○이 원고 등에 대한 운송알선내역을 기록한 운행일지를 기초하여 작성한 것이며 명세서 중 일부가 착오로 기재된 것이지만 그 부분을 명확하게 구 분할 수 없다고 증언하고 있다.

(3) 한편, 임○○은 세무조사당시 피고에게 위와 같은 운행일지를 제출하였다고 주 장하나 세무서에 보관되어 있지 아니하고 제출여부도 확인되지 않고 있다. [증거] 갑 9의 2, 을 2, 을 5의 1~4,6, 증인 임○○, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 앞서 본 바와 같은, 임○○이 세무조사를 받으면서 작성한 확인서에 첨부된 명세 서가 원고 등 특정 거래업체에 관하여 비교적 구체적으로 거래금액을 특정 하는 내용으로 작성된 점, 임○○이 그 뒤 원고에 대하여 위 확인서가 착오로 기재되었 다는 취지의 확인서를 다시 작성하여 주고 이 법원에서 증언을 하면서도 일부가 착오로 기재 된 것이라고 진술하고 있기는 하나, 위 명세서가 운행일지에 기초하 여 작성되었다고 일관되게 진술하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 사업자등 록을 하지 않은 채 이 사건 처분 해당기간에 임○○으로부터 운송알선을 받아 운 송업을 영위하고 그 운송대금을 지급받았으면서 그에 관한 부가가치세 신고를 하 지 않은 사실을 추인할 수 있다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 한다. 관계 법령 부가가치세법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 끝.