검인계약서를 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고가 2005. 7. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 169,189,834원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는

1989. 3. 13.경 소외 이○○로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 지상 연립주택 ○○동 ○○호(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하였다. 그 후 원고는 이 사건 종전주택 등에 관하여 재건축결의가 이루어지자 조합원 분담금으로 231,510,000원을 납부한 후 2003. 10. 20.경 재건축 된 아파트인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○동 ○○번지 외 1필지 지상 ○○동 아이파크 ○○동 ○○호(이하 ‘이사건 아파트’라 한다)를 취득하였다.

• 나. 그 후 원고는 2004. 1. 7.경 소외 조○○에게 이 사건 아파트를 12억 원에 양도한 후, 피고에게 이 사건 아파트의 양도가액은 11억 원, 취득가액은 양도가액을 기준으로 환산한 가액인 843,341,981원으로 양도소득세를 신고 ․ 납부하였다.
• 다. 그런데, 피고는 이 사건 아파트에 대한 양도 당시의 실지거래가액은 12억 원으로서 이 사건 아파트는 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3호, 구 소득세법 시행령(2005.12.31.대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제156조 제1항 소정의 고가주택에 해당하므로 구 소득세법 제96조 제1항 제1호, 제97조 제1항 제1호 가목단서, 제100조의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 각 실지거래가액으로 하여 양도차익을 산정하여야 한다는 전제하에, 원고가 이○○ 로부터 이 사건 종전주택을 9,500만 원에 매수하였다고 보고, 이사건 아파트의 취득가액을 326,510,000원{9500만 원(이 사건 종전주택의 취득가액)+231,510,000원(조합원 분담금)}으로, 양도가액을 12억 원으로 하여 과세표준을 경정한 후, 2005. 7. 1. 원고에 대하여 2004년 귀속 양도소득세 177,564,460원을 부과・고지하였다.
• 라. 그 후 원고가 위 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하자, 국세심판원에서는 2005.11.4. 원고의 이 사건 종전주택에 대한 취득 당시의 실지거래가액은 검인계약서상의 1억 2500만 원으로 보아야 하므로, 이 사건 아파트의 취득가액을 356,510,000원{1억 2500만 원(검인계약서상 이 사건 종전주택의 취득가액) + 231,510,000원(조합원 분담금)}으로 하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다.
• 마. 이에 따라 피고는 당초 결정한 원고에 대한 2004년 귀속 양도소득세에서 8,374,626원을 감액하는 결정을 하였다(이하 위 2005. 7. 1.자 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 갑2-1, 갑2-2, 을1내지 을4(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의취지

• 가. 원고의 주장

(1) 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 각 규정에 의하여 양도자가 양도 당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하지만, 이러한 신고가 없거나 신고가 있더라도 증빙서류의 제출이 없을 때 또는 그 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득가액 또는 양도가액 중 어느 하나만의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여야 하고, 과세표준 확정 신고 기간이 지난 후에는 실지거래가액이 확인되더라도 그에 의하여 양도차익을 결정할 수는 없다. 그런데, 피고는 이 사건 아파트의 양도에 대한 과세표준 확정 신고 기한인 2005. 5. 31.이 경과한 2005. 7. 1.에 기준시가가 아닌 실지거래가액을 기초로 이 사건 처분을 하였으므로 이는 위법하다.

(2) 피고는 원고의 이 사건 종전주택의 실지취득가액을 위 주택의 소유권이전등기를 위하여 작성한 검인계약서상의 1억 2500만 원으로 보고 이 사건 처분을 하였는바, 검인계약서는 통상 실지거래가액에 따라 작성되지 않는 것이 관행인 점, 원고가 이 사건 종전주택을 취득한 직후에 매도인인 이○○를 채무자로 하여 채권최고액 1,300만 원의 근저당권설정등기를 경료 하였다가 말소한 점 등에 비추어 보면, 위 검인계약서상의 매매대금을 이 사건 종전주택의 실지취득가액으로 볼 수 없다고 할 것이며, 원고의 이 사건 종전주택의 실지취득가액은 이를 확인할 수 있는 장부・ 매매계약서 ・ 영수증 기타 증빙서류가 없으므로 구 소득세법 제114조 제5항, 구 소득세법 시행령 제176조 의 2 제1항의 각 규정에 따라 이 사건 아파트의 양도 당시의 실지거래가액을 기준으로 환산한 가액으로 산정하여야 한다. 이점에서 또한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 이 사건 아파트는 구 소득세법 제89조 제3호 소정의 고가주택에 해당하므로 그 양도소득금액은 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 의 규정에 의하여 산정되어야 함에도, 피고는 구 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의하여 양도소득금액을 산정하였으므로 이는 위법이다.

• 나. 관계법령 [구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것]

○ 제89조 (비과세양도소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 장착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 양도로 인하여 발행하는 소득

○ 제95조 (양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 ″양도가액″이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ″양도차익″이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

○ 제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하″실지거래가액″이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

○ 제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

○ 제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액・감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ・감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 ・감정가액 ・환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ・감정가액 ・환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

○ 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정・경정 및 통지)

① 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정 신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정 신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방 국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액・매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계 조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. [구 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)]

○ 제156조 (고가주택의 범위)

① 법 제89조 제3호에서 ″가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택″이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거애가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억 원을 초과하는 것을 말한다.

○ 제160조 (고가주택에 대한 양도차익등의 계산)

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기 양도 자산에 해당하는 때에는 6억 원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산 한다. 1.고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익×(양도가액-6억 원)/양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×(양도가액-6억 원)/양도가액

○ 제176조의 2 (추계결정 및 경정)

① 법 제147조 제5항에서 ″대통령령이 정하는 사유″라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부・매매계약서・영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부・매매계약서・영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액,부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인 (이하 이 조에서 ″감정평가법인″이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

• 다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단 구 소득세법 제96조 1항 은 “제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하‘실지거래가액’이라 한다)에 의한다”고 규정하면서, 그 제1호에 “제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우”를,그 제6호에 “양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우”를 각 규정하고 있으며, 구 소득세법 제114조 제4항 은 ‘납세지 관할세무서장 등이 양도소득과세표준을 경정하는 경우에는 구 소득세법 제96조 및 제97조의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액에 의하여야 한다.’ 는 취지로 규정하고 있다. 살피건대, 이 사건 아파트의 양도 당시의 실지거래가액이 12억 원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 이 사건 아파트의 양도가액은 6억 원을 초과하여 구 소득세법 제96조 제1항 제1호 에 따라 실지거래가액에 의하여야 하며, 양도차익을 계산함에 있어 양도가액을 실지거래가액에 의하는 경우 취득가액 역시 구 소득세법 제100조 제1항 에 따라 실지거래가액에 의하여야 하므로, 이 사건 아파트의 양도차익을 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 산정하여야 한다는 원고의 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다(원고가 주장하는 사유는 양도가액을 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 에 따라 산정하는 것을 전제로 하는 것이다). (2)원고의 두 번째 주장에 대한 판단 을 제4호 증의 기재에 의하면, 원고가 이○○로부터 이 사건 종전주택을 취득하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료 할 당시 ○○구청장의 검인을 받아 제출한 매매계약서에는 매매대금이 1억 2,500만 원으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 이를 입증하여야 하는바(대법원 1993. 4. 9. 선고 93누2353 판결 등 참조), 원고 주장과 같이 원고가 이 사건 종전주택을 취득한 직후 이에 관하여 이○○를 채무자로 하여 채권최고액 1,300만원의 근저당설정등기를 경료 하였다가 말소하였다는 사정만으로는 위 검인계약서의 매매대금 1억 2,500만 원을 허위라고 보기는 어렵고, 위 검인계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다. (3)원고의 세 번째 주장에 대한 판단 구 소득세법 제95조 제1항 은 “양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하‘양도가액’이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하‘양도차익’이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.” 고, 제95조 제3항은 “제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.” 고 각 규정하고 있으므로, 구 소득세법 제95조 제3항 에 의하여 양도차익 및 장기보유특별공제액을 산출하기 위하여는 당해 양도주택이 구 소득세법 제89조 제3호 의 소정의 1세대 1주택에 해당함을 전제로 하여야 한다. 그러므로 원고가 이 사건 아파트를 양도할 당시 1세대 1주택 소유자였는지에 관하여 보건대, 을 제5호 증의 1,2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 아파트를 양도할 당시 이 사건 아파트 이외에 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 지상에 2층 주택을 소유하고 있던 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 이 사건 아파트의 양도 당시 1세대 1주택 소유자임을 전제로 한 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.