신축주택취득기간이후 사용승인된 경우에 양도소득세 감면대상인지 여부

1. 피고가 2005. 7. 15. 원고에 대하여 한 2005년도 귀속 양도소득세 64,582,160원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ ○○아파트 ○동 ○○○호를 보유하다가 위 아파트에 대하여 재건축사업이 시행되자 이를 ○○아파트재건축조합(이하 ‘이사건 조합’이라 한다)에 출자하였는데, 이 사건 조합은 2001. 9. 25. ○○구청장으로부터 구 주택건설촉진법(2003. 5. 29. 법률 제6916호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항 소정의 사업계획승인을 얻어 2002. 9.경 아파트재건축공사에 착수하였다.
• 나. 원고는 조합원 자격으로 2002. 5. 29. 이 사건 조합과 위 ○○동 ○○○-○ ○○○○○○아파트 ○○○동 ○○○○호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 공급받기로 하는 분양계약을 체결한 후, 같은 날 계약금 11,973,200원을 지급하였다.
• 다. 이 사건 조합은 2002. 10. 29.부터 같은 달 31.까지 위 아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트 67세대에 관하여 일반분양계약을 체결하고 계약금을 납부받았고, 2004. 12. 29. 이 사건 아파트를 510,000,000원에 양도한 후, 2005. 5. 31. 피고에게 이 사건 아파트의 양도에 따른 양도소득세과세표준예정신고를 하면서 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제99조의3 규정에 따라 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액의 감면신청을 하였다.
• 마. 이에 피고는, 원고가 이 사건 아파트를 주택재개발조합의 조합원자격으로 취득하였으므로 주택건설사업자로부터 취득한 것이 아니고, 이 사건 아파트가 신축주택취득기간(2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지)이 경과한 2004. 12. 29. 사용승인 받았으므로 구법 제99조의 3이 규정한 양도소득세의 과세특례대상에 해당되지 않는다는 이유로 2005. 7. 15. 원고에 대하여 2005년 귀속 양도소득세로 64,582,160원을 결정, 고지하는 내용의 이 사건 처분을 하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑1,2,4호증, 을1호증, 을2호증의 1,2의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 주장

(1) 조합이 조합원들에게 공급하고 남은 일반분양분 주택에 관하여 조합원이 아닌자와 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 신축주택취득기간 내에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 있으므로, 이 사건 주택에 대한 사용승인이 신축주택취득기간 이후인 2004. 4. 13.에 있었다고 하더라도, 원고는 구법 제99조의3 제1항 제1호, 구 조세특례제한법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구시행령’이라 한다) 제99조의3 제3항 제2호에 의하여 감면대상이 되는 신축주택의 취득자에 해당함에도, 이와 달리 피고는 이 사건 주택이 구법 제99조의3 제1항 제2호 소정의 신축주택으로서 신축주택취득기간 후에 사용승인을 받아 위 법조 소정의 감면요건에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 처분을 하였는바, 이는 관계법령을 잘못 적용한 위법한 처분이다.

(2) 원고는 2002. 10.12. 국세청을 상대로 이 사건 아파트가 구법 제99조의 3 소정의 감면대상이 되는지 질의하였고, 이에 대하여 국세청은 이 사건 아파트가 위 법소정의 감면대상에 해당한다는 점을 분명히 밝히고 있는바, 이와 같이 원고가 위 국세청 회신을 받고 양도소득세가 부과되지 않을 것으로 신뢰한 사정 하에서 피고가 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙 혹은 금반언의 원칙에 반하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 주택의 조합원이 재개발조합을 통하여 취득한 주택은 자기가 건설한 신축주택에 해당하므로 그 주택을 양도한다면 구법 제99조의3 제1항 제2호에 의하여 당해 주택이 신축주택취득기간인 2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지 사이에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 조합원은 양도소득세를 감면받을 수 있고, 그에 비하여 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우에는 구법 제99조의3 제1항 제1호에 의하여 신축주택취득기간 내에 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였다면 신축주택 취득기간 이후에 사용승인 또는 사용검사를 받았다 하더라도 양도소득세를 감면받을 수 있다. 그러나, 구법 제99조의3 제1항 제1호에서는 주택을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택은 구법 제99조의3 제1항 제1호의 신축주택에 해당한다고 규정하고 있고, 위 주택의 범위를 정하는 구시행령 제99조의3 제3항 제2호에서는, 주택조합이 조합원들에게 분양하고 남은 잔여주택에 관하여 신축주택취득기간 내에 조합원외의 자와 사이에 매매계약을 직접 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있으면 주택조합의 조합원이 취득한 주택으로서 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택이 구법 제99조의3 제1항 제1호 상의 ‘주택건설축진법에 의한 주택조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택’에 해당한다고 규정하고 있다. 그렇다면, 주택조합이 조합원들에게 분양하고 남은 잔여주택에 관하여 신축주택취득기간 내에 조합원 외의 자와 사이에 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있으면 조합원이 취득한 주택은 신축주택취득기간 이후에 사용승인 또는 사용검사를 받았다 하더라도 구법 제99조의3 제1항 제1호의 신축주택이 되어 양도소득세를 감면 받을 수 있다고 할 것인바, 이는 주택조합이 신축주택의 공급자로서 신축주택취득기간내에 조합원들에 조합원분을 우선 분양하고 조합원 외의 자들에게 잔여주택을 분양하였다면, 신축주택이 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사 받을 경우 조합원이나 비조합원 모두 양도소득세를 감면받도록 하는 것이 형평에 부합하기 때문이라고 할 것이다. 이 사건의 경우를 보건대, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 조합은 주택건설촉진법에 의한 주택조합이고, 원고는 이 사건 조합의 조합원으로서 주택조합을 통하여 신축주택을 취득하였으며, 이 사건 조합은 신축주택취득기간 냉 조합원들에게 분양하고 남은 잔여주택에 대하여 조합원외의 자와 매매계약을 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는바, 그렇다면, 위 주택은 신축주택취득기간이 경과한 2004. 12. 29. 사용승인을 받았다 하더라도 구 시행령 제99조의3 제3항 제2호에 의하여 구법 제99조의 제1항 제1호 상의 신축주택에 해당한다고 할 것이므로 원고가 취득일로부터 5년 이내에 이 사건 아파트를 양도한 이상 구법 제99조의3 제1항 본문에 의하여 양도소득세 전액을 감면받는다 할 것이다. 이에 대하여 피고는, 원고가 신축주택을 취득하면서 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘신법’이라 한다) 시행일 현재 사용승인 등을 받지 못하고 신축주택취득기간을 경과한 2004. 4. 13. 사용승인을 받았으므로 신법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의한 구법 적용대상이 아니라 신법 적용대상이라고 보아야 하고, 따라서 신법 제99조의3 제1항 제1호 및 2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정된 같은 법시행령(이하 ‘신시행령’이라 한다) 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 서울 지역에 소재하는 이 사건 주택은 양도소득세 감면대상 신축주택이 아니라고 주장한다. 살피건데, 신법 제99조의3 제1항 제1호 및 신시행령 제99조의3 제1항에서는 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 서울을 비롯한 수도권의 과천, 분당, 일산, 평촌, 산본, 중동 등의 신도시지역에 소재하는 주택은 양도소드거세 감면의 대상에서 제외하기로 하면서 다만, 신법 부칙 제29조 제1항에서 경과조치로서 신법 시행 전에 구법 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금은 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 등을 받은 신축주택을 신법 시행 후 양도하는 경우에는 신법의 개정규정에 불구하고 구법을 적용하도록 규정하고 있다. 여기서 구법 적용의 요건에 관한 위 경과조항의 규정은 신법 시행 전에 구법 제99조의3 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖출 것을 요구하는 내용으로, 여기에는 위법조항에서 괄호 안에 병기한 ‘주택조합 등을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택’(제1호) 내지 ‘주택조합 등을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택’(제2호)이 병기되지는 아니하였지만, 이들 경우를 ‘주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우’(제1호) 또는 ‘자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 등을 받은 신축주택을 신법 시행 후 양도하는 경우’(제2호)와 달리 취급할 아무런 합리적인 이유도 없다는 점에서 구법을 적용받는 위 경과규정의 요건 중에는 구법 제99조의3 제1항 제1호 및 제2호의 괄호 안에 병기된 내용들도 포함되어 있다고 해석함이 상당하다. 따라서 이 사건의 경우 원고는 앞서 본 바와 같이 구법 제99조의3 제1항 제1호, 구시행령 제99조의3 제3항 제2호에 의하여 감면대상이 되는 신축주택의 취득자에 해당하므로 신법 부칙 제29조 제1항에 의하여 감면대상이 되는 신축주택취득자에 해당한다고 보아야 할 것이어서, 원고가 신법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의한 구법 적용대상이 아님을 전제로 하는 피고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계법령 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2001.8.14, 2001.12.29>

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 구 조세특례제한법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ‘주택조합등’이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ‘잔여주택’이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 ‘신축주택취득기간’이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경고 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결항여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조 의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 <개정 2001.8.14>】 ①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2001.8.14, 2001.12.29, 2002.12.11, 2002.12.11>

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 부칙 제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치)

① 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.(이하 생략)

② 제99조의3제1항제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.